生命の歴史を学ぶ生体分子モデル教材集（日本コンピュータ化学会2011年春季年会） https://www.sccj.net/content/files/nenkai/2011sp/program/program.htm http://www.ecosci.jp/life/

1. 本間善夫（ecosci.jp）
日本コンピュータ化学会2011春季年会＆10周年記念シンポジウム
（ 東京工業大学, 2010/06/16）
http://www.ecosci.jp/life/

2. 1. はじめに
2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震により多くの尊い生命が失われ，無数
の悲しみが日本列島を覆ったばかりでなく，派生して起きた原子力発電所の事故とその
後の対応の遅れなどがあって放射線に脅えながら住み慣れた地を離れなければならない
被災者も多数にのぼっている。人間ばかりでなく豊かな生態系も取り返しのつかない痛
手を負ったことも忘れるべきでない。
地球という希有な惑星に誕生し，およそ40億年という永い時間をかけて生命の世界が
構築されてきた。隕石衝突や地殻変動・大陸移動，スノーボールアース（仮説）など過
酷な自然環境に翻弄されながら，地球表層という限られた生存可能領域で時々に適応し
ながら循環システムを機能させ続けている。
人類がその出自を知るべく宇宙のからくりや生命の神秘を解き明かそうとする営みを
継続してきている中で，宇宙や地球の起源と歴史，分子レベルでの生命システムの記述
などの蓄積が進められてきている。生命誕生のきっかけが地球外から持たされたのかも
知れないということや，地球環境を形成している大気や岩石の一部などが生物によって
長い時間をかけて形づくられてきたこともわかってきたほか，地球の生命活動を支える
には太陽の光エネルギーだけでなく深海などの化学環境も欠かせないことが極限環境
（高温，低温，高塩濃度，酸性，アルカリ性，高圧，真空と乾燥，放射線など）に棲む
多様な生命体の研究によって明らかになったことで，地球外生命の存在可能性について
も議論されるようになってきている。
《中略》
本データ集の利用により，生命の大切さを科学的に理解すると同時に，生命システム
に学ぶことがまだまだ多いことを知るきっかけになればと考えている。
SCCJ2011春季年会＆10周年記念シンポジウム
http://www.sccj.net/event/nenkai/2011sp/program/program.htm
2P18「生命の歴史を学ぶ生体分子モデル教材集」予稿より
http://www.sccj.net/event/nenkai/2011sp/program/abstract/2P18.pdf

3. ◆ DNA修復／3.11東日本大震災を受けて
http://www.ecosci.jp/chem14/DNA_repair.html
損傷DNA修復酵素hOGG1／DNA複合体1ebm
http://www.mext.go.jp/
a_menu/saigaijohou/
（文部科学省，2011/05/6）
「極限環境生物学」（岩波書店）
極限環境：高温，低温，高塩濃度，
酸性，アルカリ性，高圧，真空と乾
燥，放射線など

4. ●生命の歴史を学ぶ生体分子モデル教材集
http://www.ecosci.jp/life/
DNAの脆弱性と強靭性
DNA修復
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性 ｜ 金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
古細菌関連生体分子のSITE例
光合成に関係する生体分子のSITE例
ミトコンドリア関連生体分子のSITE例
チューブワーム関連データのSITE例
バイオミネラリゼーション関連データのSITE例
「世界で一番美しい元素図鑑」で気になった元素の関連データSITE例
ヒ素Asを含む生体分子のSITE例
銅Cuを含む生体分子のSITE例
バイオミネラルとして鉄Feを含むPDBデータ1TKPのSITE例
鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
水銀Hgを含む生体分子のSITE例
リチウムLiを含む生体分子のSITE例
マンガンクラスター／CaMn4O4（酸素発生系）を含む生体分子のSITE例
プラチナPtを含む生体分子のSITE例
亜鉛フィンガー（ジンクフィンガー，Zn finger）例

5. ◆生命の誕生／物化生地
http://togetter.com/li/136859
画像：LS-EDI UT http://csls-db.c.u-tokyo.ac.jp/
※「生命の跳躍」ではp.152
生命の起源 – Wikipedia
※ 「生命を知り生命に学ぶ」へリンク

6. ◆生命の誕生の場は？ (1)
「生命の跳躍」，p.393
それでも、ストロマトライトを構成する
青緑色の細菌「シアノバクテリア」は、
すでに微量だがその危険なガスを
大気に加えはじめていた。
国立科学博物館展示

7. ◆生命の誕生の場は？ (2)／鉄硫黄クラスター
「生命の跳躍」，p.34
痕跡化した熱水孔と同様，顕微鏡サイズの小部屋の壁が
鉄硫黄化合物でできており，触媒の役目も果たしていた。
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html
Fe2S2，Fe4S4，Fe3S4 を含むPDBデータ2wqy http://en.wikipedia.org/wiki/
Abiogenesis

8. ◆極限環境生物／チューブワーム
http://www.ecosci.jp/s/bm_tubeworm.html
http://en.wikipedia.org/wiki/
Lamellibrachia
※「極限環境生物学」ではp.96
チューブワーム由来ヘモグロビン
1yhu

9. ◆光合成 (1)／光化学系I関連
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html
好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcq
（鉄硫黄クラスター含む）

10. ◆光合成 (2)／光化学系II関連
http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps.html
光合成光化学系IIの構造例3arc
http://www.spring8.or.jp/ja/news_publications/
press_release/2011/110418
「生命の跳躍」，p.130

11. ◆話題：不定形タンパク質(鍵と鍵穴以前)
http://www.ecosci.jp/s/idp.html
『しなやかなタンパク質』，日経サイエンス 2011年7月号
PDBデータ 1jsu（サイクリン依存性キナーゼ2〈A鎖〉／
サイクリンA〈B鎖〉／不定形タンパク質p27〈C鎖〉）

12. ◆話題：地下生物圏，地球外生命
http://www.natureasia.com/japan/nature/
updates/index.php?i=83313
http://www.youtube.com/watch
?v=VNFDFGWHbUk
http://www.nhk.or.jp/kokokoza/tv/rikasougou/
archive/chapter008.html
http://togetter.com/li/58135