39th MTG in NIBIO

1. 2014/12/26
第39回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
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2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
– 進捗報告
– メタデータ付与促進ツールについて
– 新規追加DBについて
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– 化合物からの副作用データ取得について
• SPARQLthonの報告
• 分子生物学会のブース展示
– 感想・反省
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3. 進捗報告
• メディカルバイオリソースDB, 実験動物研
究資源バンク，難病情報センターの最終更
新日を取得
• 実験動物研究資源バンクの画像を取得
• 検索中のアニメーションを追加
• Open TG-GATEs病理写真版で生物種のリ
ンクの追加
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4. メタデータ付与促進ツール
• データベース管理者の自発的なメタデータ
マークアップを支援する仕組みとして作成
– http://sagace.nibio.go.jp/devel/
metadata.html
• 紹介スライド
– http://prezi.com/ewunmgczcjcv/
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5. 新規追加DBについて
• 以下のDBを検索対象に追加（開発版）
– 国際基準に基づく小奇形アトラス
– 染色体異常をみつけたら、Gene Reviews
– Orphanet
– UR-DBMS(琉球大学遺伝性疾患データベース)
– ClinicalTrials.gov
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6. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• SIDER経由で化合物から副作用情報を取得
• 副作用のみを出す場合
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PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX sider_vocab: <http://bio2rdf.org/sider_vocabulary:>
PREFIX bio2rdf: <http://bio2rdf.org/bio2rdf_vocabulary:>
select distinct ?side_effect
where{
?drug sider_vocab:generic-name ?generic;
sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem;
sider_vocab:side-effect ?side.
?generic dcterms:title "allopurinol"@en .
?pubchem bio2rdf:identifier ?pubchem_id.
?side dcterms:title ?side_effect.
}
ORDER BY ?side_effect

7. クエリのイメージ図
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8. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• SIDER経由で化合物から副作用情報を取得
• 副作用と頻度も出す場合
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PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX sider_vocab: <http://bio2rdf.org/sider_vocabulary:>
SELECT distinct ?side_effect ?frequency_data
WHERE {
?drug sider_vocab:generic-name ?generic;
sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem_id.
?drugeffect sider_vocab:drug ?drug;
dcterms:title ?drugeffectname;
sider_vocab:reported-frequency ?frequency.
?frequency dcterms:title ?frequency_data;
sider_vocab:preferred-term ?side.
?side dcterms:title ?side_effect.
}

9. クエリのイメージ図
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10. 作業概要
• Bio2RDFのSPARQL Endpointでクエリを作成
• SIDERのデータを一括ダウンロード，OWLIMに
アップロード
• Open TG-GATEsで扱っている化合物に対してリ
ンクする方法を模索
– PubChem IDで繋げることに
– 元データにPubChem IDを付与
– SIDERのRDFに化合物の文字情報（from Open TG-
GATEs)を追加
– SIDERのRDFの化合物情報を一元化した新しい
predicateを作成。
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11. 試行錯誤…
• 元々のクエリ
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12. 化合物のリンク付けについて
• 170化合物中
– 58化合物は頻度まで取得可能
– 43化合物は副作用情報のみ取得可能
– 他の化合物については，そもそもSIDERに無
い可能性が高い
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13. アプリケーション
• 化合物から副作用情報を取得
– http://10.100.0.34/link/toxico/
chemicaliquery.html
• PHPにて入力からクエリ取得まで作成
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14. 相談事項
• 疾患名のまとめ方について
– ICD10とのマッピング→半数程度
– MedDRA
• 慶応義塾大学SFC研究所 or (財)国際医学情報セン
ター（IMIC）でOWLが作成されているらしい
• おそらく有料
– 頻度の表示の仕方
• ダウンロードフォーマット
– csv, json, rdf ?
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15. 今後の予定
• 遺伝子発現データとの統合
• （スキーマの修正）
• （RDFのダウンロード機能の追加）
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16. 分子生物学会
反省・感想
• 分子生物学会全般
• ブース
• NBDCへの要望等
– 準備，当日，学会後
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17. SPARQLthonの報告
• 12月18日（木）＠三島
– Open TG-GATEsの化合物データのうち，
SIDERに紐付けられ無い化合物の調査 with 時
松さん@DBCLS
– ICD10のRDFの不備の有無を確認（LSDとの
マッピングの調査） with 山本さん@DBCLS
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18. 今後の予定
• 次回 1月23日（金) or 30日（金）
• 国内版 BioHackathon
– 2月2日∼6日
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