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33rd MTG In NIBIO
- 1. 2014/6/19 第33回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO 2014/6/19 1
- 2. 本日の予定 • Sagace – アンケート解析結果 – 追加するDBについて – 新規ファセット分類と項目について – UI修正について – 日本国外のDB導入の是非について – 進捗報告 • 医薬基盤研内のデータのRDF化 – 進捗報告 2
- 3. アンケート解析結果 • 下記のユーザーに着目して解析 • Sagaceを知っていた vs 知らない • リピーター vs 使用０回 3
- 4. 知っていた vs 知らない 所属 0 5 10 15 20 25 30 研究機関 大学 企業 その他： 知っていた 知らなかった 4
- 5. 知っていた vs 知らない 分野 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 医学系 薬学系 工学系 情報系 理学系 農学系 その他： 知っていた 知らなかった 5
- 6. 知っていた vs 知らない WET : DRY 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 0 : 10 1 : 9 2 : 8 3 : 7 4 : 6 5 : 5 6 : 4 7 : 3 8 : 2 9 : 1 10 : 0 知っていた 知らなかった WETDRY 6
- 11. リピーター vs 検索0回 考察 • 全般的にリピーターの方が評価が低 い。 • リピーターの傾向 – 平均ではファセットが低い – 個々のデータでは，速度とファセットは中央 に分布が偏り，精度については評価がわかれ ている。 11
- 12. 追加候補のDBについて ファセット分類／ データベース名 FANTOM5 伝統医薬データベー ス データベースの 種類 その他のデータベー ス その他のデータベース 生物種 ヒト，動物（ヒト以外） 植物 生体の階層 ゲノム・遺伝子 ゲノム，遺伝子， 化合物，個体 分類 B A 12
- 13. 新規ファセット分類と その項目について • データベースの分類に移動，追加 – 生体の階層から移動 • 化合物 • 細胞・組織 – 新規追加 • レギュレーション・ガイドライン • 研究者 13
- 14. データベースの分類に全て追加 すると… • 研究者 → Pending • 生物資源 • 細胞・組織 • 化合物 • 特許 • 実験プロトコル • 文献・用語集・辞書 • レギュレーション・ガイドライン 14
- 15. • 分類を生体の階層から医薬品に変更 • 含まれる項目の是非 – 化合物 – 漢方薬 – 薬効・効能 – 副作用・有害情報 – 臨床試験 新規ファセット分類と その項目について 15
- 16. UIの修正について 16
- 17. 日本国外のデータベース導入の 是非 • 背景 – これまで国内の研究者と国内のデータベース のマッチングを重視するために，国内DBを検 索対象 – これまで実施したアンケートで度々国外のDB の追加の希望が寄せられていた。 17
- 18. 国外DB追加のPros • ユーザーの要望に応えられる。 • ファセットと上手く組み合わせれば， 国内と国外のDBのエントリ内容を比 較できる。 • メタデータが導入されたDBの内容を 反映できる。 18
- 20. 提案 • 方針１ – これまで通り，国内のみ • 方針２ – 現状，NBDCがインデックスしているDBのう ち有用そうなもののみ追加をして，様子を見 る。 – 国内と国外で比較したいDBが見つかった場合 にインデックスの作成＆追加を検討する。 20
- 21. 進捗報告 • NBDCと共同で新規検索エンジンの 調査をすることに – テスト項目の作成 • NBDC生命科学データベース横断検 索のUIが更新（SagaceのUIがベー ス） • NCBNカタログデータベースにDB追 加の依頼 21
- 22. Schema.orgの進捗 • RDFa, JSON-LDを正式にサポート開始。 • Googleはリッチスニペットを手動でつけ る場合には，microdata, microformats, RDFaのみのサポート • 構造化データマークアップ支援ツールで は JSON-LDを使っているらしい。 – https://support.google.com/webmasters/answer/3069 489?hl=ja 22
- 23. JSON-LD 23
- 25. 実験動物研究資源バンクのRDF化 • MTG @ 疾患モデル小動物研究室 – 普段の研究では，MGI (Mouse Genome Informatics) で完結する。 – OMIM,OMIAへのリンク，実際に創薬に使用 された例や特許へのリンクへの需要はありそ う。 – OMIM,MGIとも，SPARQL endpointはある。 • →Endpointがbio2rdfなので，ライセンスの問題が 解決しているか確認が必要 25
- 26. 今後の予定 • トーゴーの日 – 10月５日（日）？ • BioHackathon 2014 – 11月９日（日）〜14日（金） • 分子生物学会 – 11月25日（火）〜27日（木） 26