34th mtg in NIBIO

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第34回統合DB MTGの発表スライドです。

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34th mtg in NIBIO

  1. 1. 2014/7/24 第34回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO 2014/07/24 1
  2. 2. 本日の予定 •  Sagace –  アクセス解析 –  分生のブースタイトル決め –  新規ファセット項目 学会 追加の是非について –  新規ファセット分類(医薬品)に追加するデータベースに ついて –  日本国外のDBの追加について –  Sagace独自に追加するDBについて •  医薬基盤研内のデータのRDF化 –  進捗報告・相談 2
  3. 3. 分生ブースタイトル •  候補 – 創薬・疾患研究のためのデータベース統合 – 創薬・疾患研究のためのビッグデータ探索
  4. 4. 新規ファセット項目 学会 追加の是非について •  ターゲットとなるユースケース – 大学・研究機関の研究者,製薬会社の医薬 情報担当者 •  モチベーション –  学会発表する研究者や,学会に出展する 製薬企業の担当者が,過去の学会情報を検 索して情報を得たい。 – 論文にはなっていないが,学会で発表され た事項を調べたい。
  5. 5. 新規ファセット項目 学会 追加の是非について •  インデックス済みのDB追加候補 –  学会名鑑 •  未インデックスのDB追加候補 –  国際医学会議一覧表 –  日本医学会 Onlineライブラリーシンポジウム –  日本医学会 Onlineライブラリーフォーラム –  一般財団法人 国際医学情報センター 学会情報データベース –  UMIN-学会集会の一覧 –  日経メディカルオンラインー学会カレンダー •  懸念事項 –  独自のインデックスを作る必要がありそう。ただ,医薬系に 絞ってしまえば,こちらで対応可能である。
  6. 6. 新規ファセット分類(医薬品)に 追加するデータベースについて •  実際の結果をみてから判断したほう がよいのでは? – 内部版のみファセット分類と項目変更 – メンバーの意見を伺う(特に今週1週間) – 適宜修正,更新
  7. 7. 日本国外のDB追加について •  NBDCでインデックス済みの英語DB – Gene(Entrez Gene Human) – Gene(Entrez Gene Mouse) – UniProt(The Universal Protein Resource) – Gene Wiki Wikiproject(MCB)
  8. 8. Sagaceに独自に追加するDBに ついて •  日本遺伝子診療学会 ガイドライン集 •  災害時 心の情報支援センター •  緊急被ばく医療研修
  9. 9. 進捗報告 •  JSON-LDクローラーの作成 •  実験医学の原稿の作成 –  Sagace –  Google等の検索Tips(http://bit.ly/1upkuE3) •  分子生物学会のブース要旨,トーゴーの 日ポスター要旨の作成 •  新規追加対象DBの調査 –  小児医療のリンク集 –  バイオバンク
  10. 10. 医薬基盤研内のデータのRDF化 •  アプリケーション実装に向けて,疾患モデ ル小動物研究室の研究員の方々とMTG –  外部のDB連携より,基盤研内部のデータを参照でき る方が,エンドユーザーには良いのでは?とのご提案 –  内部全てのDBをRDFにするにはコストがかかる –  RDFを使用してのデータベース統合としての利点を示 すにはそれだけでは不十分?
  11. 11. 提案 •  実験動物研究資源バンクの各エント リをベースとし,それに関連する基盤 研内外のデータを参照データとして 示していく。
  12. 12. 目的・意識すること •  RDFとSPARQLによるデータベース統 合の意義を示す – 外部DBのSPARQLエンドポイントから実験動物 に関連する情報の取得 – 基盤研内部のDBのRDF化と実験動物に関連する 情報の取得 •  実際に研究に役立つアプリケーション •  恒久的に更新される体制
  13. 13. 基盤研外部 基盤研外部
  14. 14. 基盤研内部
  15. 15. 今後の予定 •  次回 – 8月22日(金)or 29日(金)or ? •  トーゴーの日 – 10月5日(日)?  •  BioHackathon 2014 – 11月9日(日)∼14日(金) •  分子生物学会 – 11月25日(火)∼27日(木)

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