第34回統合DB MTGの発表スライドです。

1. 2014/7/24
第34回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
2014/07/24
1

2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
– 分生のブースタイトル決め
– 新規ファセット項目 学会 追加の是非について
– 新規ファセット分類（医薬品）に追加するデータベースに
ついて
– 日本国外のDBの追加について
– Sagace独自に追加するDBについて
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– 進捗報告・相談
2

3. 分生ブースタイトル
• 候補
– 創薬・疾患研究のためのデータベース統合
– 創薬・疾患研究のためのビッグデータ探索

4. 新規ファセット項目
学会 追加の是非について
• ターゲットとなるユースケース
– 大学・研究機関の研究者，製薬会社の医薬
情報担当者
• モチベーション
– 学会発表する研究者や，学会に出展する
製薬企業の担当者が，過去の学会情報を検
索して情報を得たい。
– 論文にはなっていないが，学会で発表され
た事項を調べたい。

5. 新規ファセット項目
学会 追加の是非について
• インデックス済みのDB追加候補
– 学会名鑑
• 未インデックスのDB追加候補
– 国際医学会議一覧表
– 日本医学会 Onlineライブラリーシンポジウム
– 日本医学会 Onlineライブラリーフォーラム
– 一般財団法人 国際医学情報センター 学会情報データベース
– UMIN-学会集会の一覧
– 日経メディカルオンラインー学会カレンダー
• 懸念事項
– 独自のインデックスを作る必要がありそう。ただ，医薬系に
絞ってしまえば，こちらで対応可能である。

6. 新規ファセット分類（医薬品）に
追加するデータベースについて
• 実際の結果をみてから判断したほう
がよいのでは？
– 内部版のみファセット分類と項目変更
– メンバーの意見を伺う（特に今週1週間）
– 適宜修正，更新

7. 日本国外のDB追加について
• NBDCでインデックス済みの英語DB
– Gene(Entrez Gene Human)
– Gene(Entrez Gene Mouse)
– UniProt(The Universal Protein Resource)
– Gene Wiki Wikiproject（MCB）

8. Sagaceに独自に追加するDBに
ついて
• 日本遺伝子診療学会 ガイドライン集
• 災害時 心の情報支援センター
• 緊急被ばく医療研修

9. 進捗報告
• JSON-LDクローラーの作成
• 実験医学の原稿の作成
– Sagace
– Google等の検索Tips（http://bit.ly/1upkuE3）
• 分子生物学会のブース要旨，トーゴーの
日ポスター要旨の作成
• 新規追加対象DBの調査
– 小児医療のリンク集
– バイオバンク

10. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• アプリケーション実装に向けて，疾患モデ
ル小動物研究室の研究員の方々とMTG
– 外部のDB連携より，基盤研内部のデータを参照でき
る方が，エンドユーザーには良いのでは？とのご提案
– 内部全てのDBをRDFにするにはコストがかかる
– RDFを使用してのデータベース統合としての利点を示
すにはそれだけでは不十分？

11. 提案
• 実験動物研究資源バンクの各エント
リをベースとし，それに関連する基盤
研内外のデータを参照データとして
示していく。

12. 目的・意識すること
• RDFとSPARQLによるデータベース統
合の意義を示す
– 外部DBのSPARQLエンドポイントから実験動物
に関連する情報の取得
– 基盤研内部のDBのRDF化と実験動物に関連する
情報の取得
• 実際に研究に役立つアプリケーション
• 恒久的に更新される体制

13. 基盤研外部
基盤研外部

14. 基盤研内部

15. 今後の予定
• 次回
– 8月22日（金）or 29日（金）or ?
• トーゴーの日
– 10月５日（日）？
• BioHackathon 2014
– 11月９日（日）∼14日（金）
• 分子生物学会
– 11月25日（火）∼27日（木）