国内版バイオハッカソン BH13.13 - http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13 内で発表した資料（抜粋）です。

1. 生命科学分野の横断検索サービス
とメタデータの活用
医薬基盤研究所 伊藤真和吏

2. Sagace
創薬・疾患研究のための生命科学分野の
データベースの横断検索サービス
http://sagace.nibio.go.jp/
2

3. h"p://integbio.jp/ja/
3

4. Search System
NIBIO
NBDC
/
DBCLS
AgriTogo
MEDALS
Collaborate by
using P2P
architecture
JCGGDB
4

5. 悪性リンパ腫での検索結果
Google 対 Sagace
5

6. 広告
一般的な説明
やブログが
ヒット

7. 同義語展開
悪性リンパ腫での検索結果
研究関連の信頼
出来るデータベース
からの情報
7

8. 例：生物資源で動物の
データを調べたい場合
ファセット分類を
使った効率的な絞り込み
8

9. メタデータの活用
• メタデータ：データの情報を示したデータ。
疾患：アルツハイマー病
生物種：ヒト
最終更新日:2012-10-24
文献:PubMed ID 23110816
関連するエントリ：OMIM 134400
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10. 検索結果への反映
• ユーザーが何に関するデータなのかを見つけやすく
なり，データベースへのアクセスがされやすくなる。
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11. メタデータを活用した検索結果例
11

12. メタデータを活用した検索結果例

13. 横断検索サービスはDBとの
出会いを支援するサービス
• ユーザー
– 検索結果を見てそのエントリーが自分が探してい
るものか否かを瞬時に判断可能に。
• データベース管理者
– より多くの人にデータベースを発見してもらいや
すくなる。アクセス増加に繋がる。
• 横断検索サービス
– クローラーが１つで良い。
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14. どうメタデータを入れるのか？
• htmlタグにメタデータを追記するだけ
<div
itemscope=“”
itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>
<span
itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>
</div>
ウェブページ
2013-1-24
http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry/dateModified
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15. どうメタデータを入れるのか？
• htmlタグにメタデータを追記するだけ
<div
itemscope=“”
itemtype=“h"p://schema.org/BiologicalDatabaseEntry”>
<span
itemprop=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>
</div>
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16. ８つのDBが採用
• DoBISCUIT(Database Of BIoSynthesis clusters
CUrated and InTegrated)
• JCRB細胞バンク
• Functional Glycomics with KO mice database
• Glyco-Disease Genes Database
• JCGGDB Report
• MEDALS
• Integbio データベースカタログ
• LSDBアーカイブ
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17. これまでのBioHackathonにて
• Biological Database (Entry)に特化した
Schema.org 用の語彙を策定，宣伝
– Proposal
:
h"p://www.w3.org/wiki/WebSchemas/
BioDatabases
– 独自のプロパティを策定
• entryID,
isEntryOf,
taxon,
seeAlso,
reference
• Schema.org
– 大手検索エンジン（Google,Yahoo!,Bingなど）が共通で使
用することを宣言している横断検索用の語彙体系
• Microdata
– htmlにメタデータを付与するための方法。Schema.orgの
語彙を使用してマークアップをする。
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18. HTMLをマークアップするため
の方法
• Microdata
– 書き方がシンプル。大手検索エンジンの採用。
• RDFa
– マークアップ方法が複雑。書き方がひと通りでは
ない。
• Microformats
– 書き方はシンプルだが，マークアップ定義が曖昧
で機械的処理がしにくい。
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19. 現状の問題点
• 提案した語彙をSchema.orgに追加させるに
は，より多くのDBの協力が必要。(by
Schema.org オーガナイザー）
• Microdataだと（原則）Schema.orgの語彙し
か使えない。
• MicrodataはW3C Working Groupであり
Recommendationではない。
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20. RDFa Lite
• Schema.orgやMicrodataの普及にともない，
W3CがRDFaをかなり単純化させて制定した
形式
– W3C
recommendaon
• schema.orgの語彙体系を基本としながら，
外部のRDFの語彙も柔軟に適用可能。
• マークアップが簡単
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21. RDFa Liteのマークアップ方法
<div
vocab=“h"p://schema.org/”
typeof=“BiologicalDatabaseEntry”>
<span
property=“dateModified”>2013-­‐1-­‐24</span>
</div>
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22. RDFの語彙を使う場合
（検索結果はイメージ）
<div prefix="PDBo : http://rdf.wwpdb.org/schema/pdbx-v40.owl#">
<span property="PDBo:exptl.method">X-RAY DIFFRACTION</span>
</div>
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23. Sagaceが検索結果に
反映するプロパティ
•
•
•
•
•
•
•
•
image （画像）
isEntryOf （どのデータベース由来か）
entryID （エントリーID）
taxon（生物種）
disease （疾患名）
seeAlso （他の参考となるデータベースのエントリ）
dateModified （最終更新日）
reference （文献）
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24. • 現在対応しているマークアップ方法について詳しく
はこちら
– h"p://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/
• 外部のRDF用の語彙も検索結果への反映を予定
• 複数の語彙でのマークアップにおいて混乱がないよ
うに，検索結果に反映させる語彙とプロパティは
Sagaceのページに掲載予定。
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25. 大募集
• 皆さんのデータベースにもぜひマークアップを！
• ライフサイエンス系のDBであれば，検索結果に
マークアップされたプロパティを反映
– NBDC横断検索，MEDALS横断検索の検索結果にも
反映予定
• RDFa Liteの活用方法についても相談したいで
す！
•
マークアップされたデータベースが増えれば，大手の検索エンジンにも反映され
るかも...
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