벤처기업 연구소장 공동연구개발, 공동발명자, 라이선스, 특허귀속 계약분쟁 등 분쟁사례연구 Case study 세미나 발표자료

1. 벤처기업 – 연구소장 사이 공동발명자,
LICENSE, R&D COLLABORATION
특허분쟁 사례연구 CASE STUDY
2017. 2. 26.
가산종합법률사무소
변호사 김 국 현
kkh@kasanlaw.com
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2. 연구소장 v. 벤처기업2

3. 신약 공동연구개발 분쟁
1. 관계 발명자: 네델란드 X사 대표이사 A 박사, 한국 대학교수 Y 사 연구소장 B 박사,
한국 Z사 대표이사 C 박사
2. 관계 회사: 특허출원인 한국 Z사, 페이퍼 컴퍼니 Cayman 소재 K사
3. 외국학회에서 A와 B가 만나 비소대사체(Sodium Meta Arsenite) 화합물의 특정 암
치료 효능 관련 아이디어 교환, B는 귀국 후 Z사 대표이사 C 박사와 공동연구 계약체
결, 프로젝트 진행 및 A 박사에 효능 효과 확인실험 의뢰
4. 그 결과를 활용하여 B, C를 공동발명자로, B, C, Z사를 공동 출원인으로 1차 특허출
원 (발명자 중 A는 없음), B는 Y사를 퇴직하고 Z사의 연구소장으로 이직, PCT 출원
및 미국, 유럽 등 국내단계 진입 심사진행
5. B와 C 사이 분쟁 발생, 연구소장에서 해임, 미국 로펌으로부터 B와 C는 발명자 인정
되지 않는다는 의견서 받음. C는 1/3 지분 포기 및 Z회사의 단독 소유 주장, B에서 지
분 포기 요구, 각국에서 발명자 정정 등 절차진행, B의 반발로 쟁송 확대
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4. 공동발명자 및 계약해지 등 쟁점
6. 2차 PCT 출원 – 네델란드인 A 박사를 발명자, 해외법인 K사를 출원인으로 함.
7. Z사 – 단독 소유를 이유로 특허 공유자 B의 공유지분 무효심판 제기, 대법원 각하 결정
- 대법원 2015. 1. 15. 선고 2012후2432 판결 : 특허심판원, 특허법원, 대법원은
일관되게 공유자의 일부 지분 무효심판은 허용되지 않다고 심결 및 판결.
특허무효심판은 특허자체의 유무효 판단, 특허권 자체의 유무효가 아닌 그 내부적
지분에 관한 분쟁은 특허심판이 아니라 민사소송 대상이라 판결
8. 공동연구개발 및 특허공유 계약해지 관련 민사소송 1심 판결 - 서울중앙지법
2008가합60921 판결 : B는 공유 특허권자 확인 + 출원 단계의 공동 출원인 +
계약위반으로 인한 특허공유 및 공동개발 계약의 해지 + 공동개발계약의 해지 시 Z사
및 C의 후속 연구금지조항에 따라 연구개발 금지명령
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5. 네델란드 J 회사와 국내기업 Z사 개발 계약
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6. 분쟁대상 특허
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7. 명세서 기재내용 - 발명의 구성 및 작용
 “본 발명은 아르세닉산나트륨 염, 메타아르세나이트 염 또는 이의 혼합물을 함유한 항
암제 조성물을 그 특징으로 한다. 본 발명은 삼산화비소의 생체 내 대사체인 아르세닉
산나트륨 염(arsenic acid sodium salt) 또는 메타아르세나이트염(salt of meta-
arsenite, AsO2-)이 직접적인 세포독성활성을 나타냄으로써 항암활성을 갖는 새로운
항암제 조성물에 관한 것이다.
 삼산화비소는 항암제로 이미 공지된 바 있으나, 이를 음용시 부작용이 많이 문제시 되
어왔다, 이에, 본 발명자들은 처음으로 삼산화비소가 생체 내에 들어가 생성되는 대사
산물인 비소화합물 중 아르세닉산나트륨 염 또는 메타아르세나이트 염에 대한 암세포
주에 대한 세포독성 활성을 조사하여 강력한 항암활성이 있음을 확인함으로써 이들이
항암제로 유효함을 알아낼 수 있었다. 또한, 아르세닉산나트륨 염 및 메타아르세나이트
염이 삼산화비소의 생체 내 대사체로서 각각 항암활성을 나타내므로 이들의 혼합물도
역시 우수한 항암활성을 나타내리라고 기대된다.”
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8. 특허무효심판 – 특허유효
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9. 특허공유 및 계약분쟁 민사소송
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10. 해외법인 명의 후속 특허
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11. 후 등록특허의 특허청구범위
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12. 특허등록 후 2005. 5. 16. 체결한 특허공유계약
– 주식회사 갑(B), 대표이사 을(C), 연구소장 병(A)
 주식회사 B(이하 ‘갑’)과 C(이하 ‘을’) 및 A(이하 ‘병’)은 소디움메타아르세나이트(이하
‘M’) 항암제에 대한 계약(이하 ‘본 계약’)을 체결하기에 앞서 다음과 같은 사실을 상호
확인한다.
전 문
 갑은 동물용 백신을 개발, 제조, 판매하는 회사이며, 본 계약 체결일 현재 을은 갑의 대
표이사로, 병은 갑의 연구소장으로 근무하고 있다.
 을과 병은 1980년대 초 비소를 이용하여 항암제를 만들 수 있다는 아이디어를 착안한
후, 각자 개별로 시험을 하다가 삼산화비소의 대사 산물인 메타아르세나이트를 이용한
항암제를 공동 연구개발하기로 합의하였다. 그 후 을과 병은 M 항암제에 대한 연구개발
(이하 ‘본건 연구개발’)을 계속 해오고 있는바, 2001년경부터 갑은 이 과정에서 필요한
모든 비용을 지급해 오고 있다.
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13. 계약서 전문
 본건 연구개발이 진척되어 그 중간 결과물을 인간에게 임상실험 할 수 있는 정
도에 이르게 되어 M 항암제에 대한 임상실험을 시작하였다.
 갑, 을, 병은 본건 연구개발 과정에서 취득한 기술적 사상에 대하여 3자 공동명
의 또는 을과 병의 공동명의로 첨부된 특허출원 목록 기재와 같이 특허를 출원
한 바 있으며, 비소류 항암제에 대하여 ‘M’라는 상표 및 제품명을 사용하기로
결정하였다.
 이에 갑, 을, 병은 M 및 본건 연구개발 과정에서 발생되는 모든 성과물(보고서,
Know-how, 기술정보, 영업비밀, 특허권 등 지적재산권 및 이를 출원할 권리 등
을 포함하며, 이하 ‘본건 성과물’이라 함)에 대한 갑, 을, 병의 권리, 의무를 명확
하게 하기 위하여 아래와 같이 본 계약을 체결하기로 한다.
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14. 주요 계약조항
제1조(역할의 분담)
(1) 갑은 M 완제품 개발과 관련된 모든 비용을 부담하고, 그 상용화를 담당하며, 상용화를 위하여 최선의
노력을 다한다. 다만, 갑은 자신의 책임으로 제3자에게 동 비용을 부담하게 할 수 있다.
(3) 을과 병은 본건 연구개발과 관련된 갑의 모든 연구를 담당하며, 이에 대한 모든 책임을 부담한다. 또한,
본건 연구개발과 관련된 갑의 모든 연구결과에 관한 정보는 갑, 을, 병이 공유한다. 단, 을과 병은 상호
서면합의에 의해 본건 연구개발과 관련된 갑의 모든 연구에 있어서의 역할을 별도로 분담할 수 있다.
제3조(본건 성과물의 공유)
(1) 본건 성과물은 갑, 을, 병이 공동소유하는 것으로 한다.
(2) 본건 성과물에 대한 특허 등의 지적재산권을 국내외에서 출원하는 경우, 갑, 을, 병 3자 명의로 공동출
원하는 것으로 한다. 다만, 3자 명의의 공동출원이 가능하지 않는 경우에는 일단 을과 병 명의로 출원
하되, 동 출원에 대한 제반 권리는 갑, 을, 병 3자가 공유한다.
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15. 주요 계약조항
제4조(본건 성과물의 사용 및 처분)
(1) 갑, 을, 병은 본건 성과물을 다른 당사자의 사전 서면동의 없이 단독으로 사용할 수 없다.
(2) 을 및 병은 본건 성과물의 실시를 제3자에게 라이선스하는 등 본건 성과물을 처분할 수
있는 권한을 갑에게 위임한다.
제9조(계약 종료시 조치)
(1) 본 계약이 종료되는 경우, 갑, 을, 병은 아래와 같은 권리, 의무를 보유한다.
나. 본 계약 종료 당시까지 발생한 본건 성과물은 제3조에 따라 갑, 을, 병에게 귀속되며,
그 사용, 처분에 대하여는 제4조가 적용된다.
다. 본 계약 종료에 대하여 귀책사유 있는 당사자는 본건 연구개발과 동일 또는 유사한
범위에 있는 사항에 대한 연구개발을 그 종료일로부터 특허만료일까지 할 수 없다. 그러
나 귀책사유가 없는 당사자는 그러하지 아니하다.
제11조(권리의 양도)
갑, 을 또는 병은 다른 당사자의 사전 서면동의 없이 본 계약에서 정한 모든 권리, 의무를
제3자에게 양도, 담보제공 등 처분할 수 없다.
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16. 2007년 소송시작 – 원고(연구소장 박사)의 청구요지
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17. 1심 판결
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18. 1심 판결 주문
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19. 판결 요지 정리
 최초 1심 판결 - 서울중앙지법 2008가합60921 판결 : 연구소장 B는 공유
특허권자 지위 확인 + 출원 단계의 공동 출원인 + 계약위반으로 인한 특허
공유 및 공동개발 계약의 해지 인정 + 공동개발계약의 조항에 따라 해지
시 Z 회사와 대표이사 C의 후속 연구금지의무 조항에 따라 연구개발 금지
명령
 1차 항소심 판결: 계약무효 + 원고청구 기각 + 반소청구 각하
 1차 대법원 판결: 계약무효 but 원심파기 + 환송
 2차 서울고등법원 판결: 특허공유 불인정 + 단독실시권 확인청구 기각
 2차 대법원 판결: 공유인정 + 원심파기 + 환송
 3차 서울고등법원 판결: 특허공유계약 유효 + 원고 연구소장 B의 특허공유
자 인정 + 단독실시권 확인청구 각하 (확인의 이익 부존재)
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20. 1차 항소심 판결
피고회사 주장:
(1) 원고 연구소장과 체결한 2005년 공유계약은 이사의 자기거래에 해당함에도 이사회 승인
이 없는 바, 상법상 이사의 자기거래 금지규정을 위반한 무효인 계약 – 계약무효 확인 또
는 착오로 이유로 계약취소
(2) 반소청구 - 원고 연구소장은 공동발명자에 해당하지 않음 – 발명자 지위 부존재 확인
서울고등법원 판결:
“피고 회사와 소외 레파톡스사 사이에 체결된 개발약정에 의하면 레파톡스사의 연구성과
는 모두 피고 회사의 자산으로 귀속되고, 이 사건 연구성과는 피고 회사의 자산이다. 이 사
건 공유계약은 피고 회사의 자산에 속하는 성과물에 대한 지분을 피고 회사의 이사인 원
고에게 양도하는 것이므로 이사와 회사와의 자기거래에 속한다. 그런데 이 사건 공유계약
의 체결에 관하여 피고 회사 이사회의 승인이 없었음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로
이 사건 공유계약은 무효이다.”
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21. 1차 대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결
 “피고 회사가 피고 회사의 자산인 이 사건 성과물에 대한 지분을 원고에게
양도하는 내용의 이 사건 공유계약이 원고와 피고 회사 사이의 이해가 서로
상반되지 않는 경우에 해당한다고 할 수는 없다.”
 “이 사건 공유계약이 이사회 승인을 얻지 못한 이사와 회사 사이의 거래에 해당하
여 무효라고 보아 이 사건 공유계약이 유효임을 전제로 피고들이 이 사건 공유계
약을 위반하였기에 이를 해지하고 이 사건 공유계약 제9조제1항다호에 따라 피고
들을 상대로 이 사건 특허발명 물질의 생산, 사용 등과 연구개발 수행의 금지를
구하는 원고의 이 부분 본소청구를 기각하고 피고 회사의 이 부분 반소청구를 인
용한 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 상법 제398조
가 정한 이사와 회사 사이의 거래에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을
미친 위법은 없다.”
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22. 이사의 자기거래 관련 별개 사건:
대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67651 판결
원심 서울고등법원 판결: “이 사건 공유계약은 회사자산에 속하는 성과물에 대한 지분을
회사의 이사에게 양도하는 것으로 이사와 회사 사이의 자기거래에 속하는데 그에 관
하여 이사회의 승인이 없었으므로 이 사건 공유계약은 무효이지만, 원고 이사가 이사
회의 결의 없이 이 사건 공유계약이 체결되었음을 알았거나 알 수 있었다고 인정할 아
무런 증거가 없는 이상 선의의 제3자인 원고와 피고 사이에서는 이 사건 공유계약은
무효라고 할 수 없다.”
대법원 판결: “이사와 회사 사이의 거래가 상법 제398조를 위반하였음을 이유로 무효임
을 주장할 수 있는 자는 회사에 한정되고 특별한 사정이 없는 한 거래의 상대방이나
제3자는 그 무효를 주장할 이익이 없다고 보아야 하므로, 거래의 상대방인 당해 이사
스스로가 위 규정 위반을 내세워 그 거래의 무효를 주장하는 것은 허용되지 않는다.
이 사건 공유계약은 이사와 회사 사이의 자기거래에 해당하는 것이기는 하지만 그 계
약의 상대방인 피고가 회사 이사회의 승인이 없었으므로 무효라고 주장하는 것은 허
용되지 않는다.”
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23. 2차 환송심 서울고등법원 2015나22771 판결
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24. 2차 환송심 서울고등법원 판결이유
 특허등록 전 출원 단계 지분양도 + 약리데이터 확보 미흡 등으로 특허등록 불명
확 상황에서 양도 + 3단계 개발계획 중 1단계 또는 2단계에서 양도 + 신약특허
가치평가 객관적 자료 없음 +
 이 사건 공유지분양도의 “묵시적 합의는 ‘특허를 받을 수 있는 권리’ 전부를 양도
한 것이 아니라 그 일부 지분만 양도된 것이다. 그런데 특허권이 공유인 경우 각
공유자는 자신이 특허발명을 실시할 수 있고, 그 지분의 양도나 전용실시권 설정
또는 통상실시권 허락에 관하여 공유자 모두의 동의를 받지 않으면 그 효력이 없
다[특허법 제99조 참조, ‘특허를 받을 수 있는 권리’의 경우도 각 공유자는 다른
공유자의 동의를 얻지 아니하면 그 지분을 양도할 수 없다(특허법 제37조 제3항)].
이와 같이 특허권의 경우는 그 공유 지분을 넘겨주더라도 일반적인 물권과는 달
리 다른 공유자의 권리 행사를 적절하게 통제할 수 있으므로, 이를 일반적인 처분
행위와 같이 평가해서는 안 된다.”
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25. 발명자 판단: 대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결
 “발명자(공동발명자 포함)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와
아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와
실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에
그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나,
실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인
수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이
기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다.”
 “실험의 과학이라고 하는 화학발명의 경우에는 당해 발명 내용과 기술수준에 따라 차이가 있을
수는 있지만 예측가능성 내지 실현가능성이 현저히 부족하여 실험데이터가 제시된 실험예가
없으면 완성된 발명으로 보기 어려운 경우가 많이 있는데, 그와 같은 경우에는 실제 실험을
통하여 발명을 구체화하고 완성하는 데 실질적으로 기여하였는지의 관점에서 발명자인지 여부를
결정해야 한다.”
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26. 공동 발명자 판단
 원고 B 박사는 네덜란드 회사 대표 A 박사에게 “비소화합물을 이용한 항암
제 개발이라는 기본적인 과제와 아이디어를 제공하기는 하였지만, 이 사건
특허발명의 유효성분인 메타아르세나이트 염에 항암 효과가 있다는 것을
실제 실험 등을 통하여 규명하는 데 구체적인 기여를 한 바는 없는 것으로
보인다.”
 “원고는 개발약정에 따른 연구감시자(Study Monitor) 및 피고 Z 회사의
책임자로서 소외인의 위 연구개발 과정 전반을 관리하면서 항암물질의 투
여간격 등 구체적인 실험의 진행방향에 관한 제안 등을 하기도 하였으나,
그 역할이나 행위는 소외인 연구개발 과정을 일반적으로 관리하거나 그 실
험연구를 보조하는 정도에 지나지 않았던 것으로 보인다.”
 발명자는 A 박사. 원고 B 박사는 공동발명자 불인정
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27. 특허를 받을 권리의 지분양도 묵시적 합의존재
 “이 사건 특허 출원에 이르기까지의 원고의 역할과 기여도 및 원고와 피고
들 사이의 관계, 이 사건 특허 출원의 경위 등을 앞서 본 법리에 비추어 보
면,
 이 사건 특허발명의 발명자인 A 박사로부터 특허받을 수 있는 권리를 승
계한 피고 Z 회사가 그 출원인에 원고 B 박사를 포함시킴으로써 원고에게
특허를 받을 수 있는 권리의 일부 지분을 양도하여 장차 취득할 특허권을
공유하기로 하는 묵시적 합의가 출원 당시 이미 있었다고 볼 여지가 없지
않은 것으로 보인다.”
 특허출원인 명의를 B 박사, Z 회사, 대표이사 C 박사, 3인으로 한 법률행위
의미 해석 –지분양도의 묵시적 합의 인정
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28. 1차 환송심 서울고등법원 2013나3189 판결
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29. 구체적 사정: 2차 대법원 2013다77591 판결
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30. 2차 환송심 서울고등법원 판결 주문
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31. 정리 – 3차 대법원 상고심 진행 중
 최초 1심 판결 - 서울중앙지법 2008가합60921 판결 : 연구소장 B는 공유
특허권자 지위 확인 + 출원 단계의 공동 출원인 + 계약위반으로 인한 특허
공유 및 공동개발 계약의 해지 인정 + 공동개발계약의 조항에 따라 해지
시 Z 회사와 대표이사 C의 후속 연구금지의무 조항에 따라 연구개발 금지
명령
 1차 항소심 판결: 계약무효 + 원고청구 기각 + 반소청구 각하
 1차 대법원 판결: 계약무효 but 원심파기 + 환송
 2차 서울고등법원 판결: 특허공유 불인정 + 단독실시권 확인청구 기각
 2차 대법원 판결: 공유인정 + 원심파기 + 환송
 3차 서울고등법원 판결: 특허공유계약 유효 + 원고 연구소장 B의 특허공유
자 인정 + 단독실시권 확인청구 각하 (확인의 이익 부존재)
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