An Introduction

1. MMIIRRAA SSooffttWWaarree::
BBSS--BBoottaannyy 33rrdd SSeemmeesstteerr ((MM))..
CCllaassss:: IInnttrroodduuccttiioonn TToo CCoommppuutteerr..
SSuummaarriiaa AAhhmmaadd ,, RRoollll NNoo:: 11005577..
SSuubbmmiitttteedd TToo:: SSiirr IInnaamm UUll HHaaqq..
UUnniivveerrssiittyy OOff EEdduuccaattiioonn OOkkaarraa CCaammppuuss..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK1ARA CAMPUS

2. TTaabbllee OOff CCoonntteenntt::
IInnttrroodduuccttiioonn
BBaassiicc AAiimm OOff DDeevveellooppmmeenntt
WWoorrkkiinngg MMooddeess
PPaarraammeetteerrss OOff MMiirraa
AApppplliiccaattiioonnss
CCoonnccuullssiioonn
RReeffeerreennccee
UNIVERSITY OF EDUCATION OK2ARA CAMPUS

3. IInnttrroodduuccttiioonn::
MMiirraa iiss aa mmuullttii--ppaassss DDNNAA sseeqquueennccee ddaattaa aasssseemmbbllyy pprrooggrraamm
((oorr ""ffrraaggmmeenntt aasssseemmbblleerr"")) ffoorr wwhhoollee ggeennoommee aanndd EESSTT
pprroojjeeccttss.. mmiirraa aasssseemmbblleess rreeaaddss ggaaiinneedd bbyy
eelleeccttrroopphhoorreessiiss sseeqquueenncciinngg ((aakkaa SSaannggeerr sseeqquueenncciinngg)),, ccaann bbee
ppaaiirreedd--eenndd
445544 ppyyrroosseeqquueenncciinngg ((GGSS2200,, FFLLXX oorr TTiittaanniiuumm)),, ccaann bbee
ppaaiirreedd--eenndd
SSoolleexxaa sseeqquueenncciinngg ((GGAAII oorr GGAAIIII,, ppuubblliicc tteessttiinngg pphhaassee)),,
ppaaiirreedd--eenndd iinnffoorrmmaattiioonn ccuurrrreennttllyy nnoott uusseedd
iinnttoo ccoonnttiigguuoouuss sseeqquueenncceess ((ccoonnttiiggss)),, aallssoo uussee tthhee sseeqquueenncceess ooff
ddiiffffeerreenntt ttyyppeess iinn aa ssiinnggllee aasssseemmbbllyy rruunn ((tthhiiss iiss ccaalllleedd ttrruuee
hhyybbrriidd aasssseemmbbllyy..
UNIVERSITY OF EDUCATION OOKKAARRAA CCAAMMPPUUSS 33

4. TThhee
BBaassiicc AAiimm OOff IIttss DDeevveellooppmmeenntt::
 TThhee bbaassiicc aaiimm ooff iittss ddeevveellooppmmeenntt iiss ssuucchh aass ffoolllloowwiinnggss::
 hhaavviinngg aa ffuullll oovveerrvviieeww oonn tthhee wwhhoollee pprroojjeecctt aatt aannyy ttiimmee ooff tthhee
aasssseemmbbllyy,, ii..ee.. kknnoowwlleeddggee ooff aallmmoosstt aallll ppoossssiibbllee rreeaadd--ppaaiirrss iinn aa
pprroojjeecctt,,
 uussiinngg hhiigghh ccoonnffiiddeennccee rreeggiioonnss ((HHCCRRss)) ooff sseevveerraall aalliiggnneedd rreeaadd--ppaaiirrss ttoo
ssttaarrtt ccoonnttiigg bbuuiillddiinngg aatt aa ggoooodd aanncchhoorr ppooiinntt ooff aa ccoonnttiigg,, eexxtteennddiinngg
cclliippppeedd rreeggiioonnss ooff rreeaaddss oonn aa ''ccaann bbee jjuussttiiffiieedd'' bbaassiiss..
 uussiinngg aallll aavvaaiillaabbllee ddaattaa pprreesseenntt aatt tthhee ttiimmee ooff aasssseemmbbllyy,, ii..ee..,, iinnsstteeaadd ooff
rreellyyiinngg oonn sseeqquueennccee aanndd bbaassee ccoonnffiiddeennccee vvaalluueess oonnllyy,, tthhee aasssseemmbblleerr
wwiillll pprrooffiitt ffrroomm ttrraaccee ffiilleess ccoonnttaaiinniinngg eelleeccttrroopphhoorreessiiss ssiiggnnaallss,, ttaaggss
mmaarrkkiinngg ppoossssiibbllee ssppeecciiaall aattttrriibbuutteess ooff DDNNAA,, iinnffoorrmmaattiioonn oonn ssppeecciiffiicc
iinnsseerrtt ssiizzeess ooff rreeaadd--ppaaiirrss eettcc..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK4ARA CAMPUS

5. WWoorrkkiinngg mmooddeess
MMiirraa hhaass tthhrreeee bbaassiicc wwoorrkkiinngg mmooddeess:: ggeennoommee,, EESSTT oorr EESSTT--
rreeccoonnssttrruuccttiioonn--aanndd--SSNNPP--ddeetteeccttiioonn.. FFrroomm vveerrssiioonn 22..44 oonn,,
tthheerree iiss oonnllyy eexxeeccuuttaabbllee wwhhiicchh ssuuppppoorrttss aallll mmooddeess.. TThhee
nnaammee wwiitthh wwhhiicchh tthhiiss eexxeeccuuttaabbllee iiss ccaalllleedd ddeeffiinneess tthhee
wwoorrkkiinngg mmooddee::
11.. MMiirraa((11)) ffoorr aasssseemmbbllyy ooff ggeennoommiicc ddaattaa aass wweellll aass aasssseemmbbllyy
ooff EESSTT ddaattaa ffrroomm oonnee ssttrraaiinn//oorrggaanniissmm
aanndd
22.. MMiirraaSSeeaarrcchhEESSTTSSNNPPss((11)) ffoorr aasssseemmbbllyy ooff EESSTT ddaattaa ffrroomm
ddiiffffeerreenntt ssttrraaiinnss ((oorr oorrggaanniissmmss)) aanndd SSNNPP ddeetteeccttiioonn wwiitthhiinn
tthhiiss aasssseemmbbllyy.. TThhiiss iiss tthhee ffoorrmmeerr mmiirraaEESSTT((11)) pprrooggrraamm
wwhhiicchh wwaass rreennaammeedd aass mmaannyy ppeeooppllee ggoott ccoonnffuusseedd rreeggaarrddiinngg
wwhheetthheerr ttoo uussee mmiirraa iinn eesstt mmooddee oorr mmiirraaEESSTT..
33.. NNoottee tthhaatt mmiirraaSSeeaarrcchhEESSTTSSNNPPss((11)) iiss uussuuaallllyy rreeaalliisseedd aass aa
lliinnkk ttoo tthhee mmiirraa((11)) eexxeeccuuttaabbllee,, tthhee eexxeeccuuttaabbllee ddeecciiddeess bbyy tthhee
nnaammee iitt wwaass ccaalllleedd wwiitthh wwhhiicchh mmoodduullee ttoo ssttaarrtt..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK5ARA CAMPUS

6. PPaarraammeetteerrss OOff MMIIRRAA::
 PPaarraammeetteerrss ccaann bbee ggiivveenn oonn tthhee ccoommmmaanndd lliinnee oorr vviiaa ppaarraammeetteerr ffiilleess..
SSiinnccee vveerrssiioonn 22..66..00,, mmiirraa kknneeww ttwwoo bbaassiicc ppaarraammeetteerr ttyyppeess:: qquuiicckk
sswwiittcchheess aanndd eexxtteennssiivvee sswwiittcchheess..
 qquuiicckk sswwiittcchheess,, aallssoo dduubbbbeedd DDWWIIMM sswwiittcchheess ((ffoorr ''DDoo--WWhhaatt--II--MMeeaann'')),,
aarree eeaassyy ttoo uussee--aanndd--ccoommbbiinnee sswwiittcchheess aaccttiivvaattiinngg ppaarraammeetteerr
ccoolllleeccttiioonnss ffoorr pprreeddeeffiinneedd ttaasskkss tthhaatt wwiillll ssuuiitt mmoosstt ppeeooppllee''ss nneeeeddss..
BBeewwaarree:: dduuee ttoo tthhee aaddvveenntt ooff 445544,, SSoolleexxaa aanndd AABBII SSOOLLiiDD
tteecchhnnoollooggiieess,, tthheessee sswwiittcchheess cchhaannggeess aa bbiitt ssiinnccee tthhee 22..88..xx sseerriieess..
 eexxtteennssiivvee sswwiittcchheess ooffffeerr aa wwaayy ttoo sseett aabboouutt aannyy ppoossssiibbllee ppaarraammeetteerr ttoo
ccoonnffiigguurree mmiirraa ffoorr aannyy kkiinndd ooff ssppeecciiaall nneeeedd.. WWhhiillee tthhee ffoorrmmaatt ooff
eexxtteennssiivvee sswwiittcchheess mmiigghhtt llooookk aa lliittttllee bbiitt ssttrraannggee,, iitt iiss bboorrrroowweedd ffrroomm
tthhee SSGGII CC ccoommppiilleerr ooppttiioonnss aanndd aalllloowwss bbootthh ccoommppaacctt ccoommmmaanndd lliinneess
aass wweellll aass rreeaaddaabbllee aanndd // oorr ssccrriipptt ggeenneerraatteedd ppaarraammeetteerr ffiilleess..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK6ARA CAMPUS

7. AApppplliiccaattiioonnss::
 MMiirraa ssooffttwwaarree mmaakkeess iitt eeaassyy ttoo mmaakkee rreesseeaarrcchh qquuaalliittyy
pphhoottoommeettrriicc mmeeaassuurreemmeennttss ooff aannyy nnuummbbeerr ooff ssttaarrss wwiitthh aannyy
nnuummbbeerr ooff ssttaannddaarrddss oonn aannyy nnuummbbeerr ooff iimmaaggeess.. DDooiinngg
eennsseemmbbllee pphhoottoommeettrryy,, pplloottttiinngg lliigghhtt ccuurrvveess,, aanndd rreeppoorrttiinngg
rreessuullttss aarree aa ssnnaapp!!
 UUssee MMiirraa ssooffttwwaarree ffoorr VVaarriiaabbllee ssttaarr ddiissccoovveerryy && mmoonniittoorriinngg,,
eexxooppllaanneett sseeaarrcchh,, mmiillllii--mmaagg lleevveell pphhoottoommeettrryy,, ssuuppeerrnnoovvaa
ppaattrrooll,, mmiinnoorr ppllaanneett rroottaattiioonn ssttuuddiieess..
 UUssee MMiirraa ssooffttwwaarree ttoo ddaattaa mmiinnee aarrcchhiivvaall sscciieennccee iimmaaggeess
aavvaaiillaabbllee oonn tthhee WWeebb.. DDoo hhaannddss--oonn aannaallyyssiiss ooff tteerraabbyytteess ooff
mmuullttii--wwaavveelleennggtthh ddaattaa ffrroomm ggrroouunndd aanndd ssppaaccee--bbaasseedd
iinnssttrruummeennttss,, aass wweellll aass yyoouurr oowwnn CCCCDD iimmaaggeess..
 IIddeeaall ffoorr KK--1122 aanndd ccoolllleeggee aassttrroonnoommyy eedduuccaattiioonn..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK7ARA CAMPUS

8. CCoonncclluussiioonn::
 DDiissppllaayy,, pplloott,, aanniimmaattee,, bblliinnkk,, aanndd vviissuuaallllyy
eennhhaannccee iimmaaggeess iinn ggrraayyssccaallee,, ccoolloorr,, aanndd
ppsseeuuddoo--ccoolloorr..
 MMeeaassuurree hhiigghh--pprreecciissiioonn ccoooorrddiinnaatteess,,
ddiissttaannccee,, aannggllee,, bbrriigghhttnneessss,, aanndd ssttaattiissttiiccss,,
uussiinngg bbootthh ppiixxeell uunniittss aanndd wwoorrlldd
ccoooorrddiinnaatteess..
 DDeetteecctt ffaaiinntteerr oobbjjeeccttss aanndd iinnccrreeaassee tthhee
ssttaattiissttiiccaall ssiiggnniiffiiccaannccee ooff mmeeaassuurreemmeennttss
uussiinngg iimmaaggee ccoommbbiinniinngg aanndd nnoorrmmaalliizzaattiioonn
tteecchhnniiqquueess..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK8ARA CAMPUS

9. RReeffeerreennccee::
ssoouurrcceeffoorrggee..nneett//pprroojjeeccttss//mmiirraa--aasssseemmbblleerr//
mmiirraa--
aasssseemmbblleerr..ssoouurrcceeffoorrggee..nneett//ddooccss//DDeeffiinniittiivvee
GGuuiiddeeTTooMMIIRRAA..hhttmm
wwwwww..mmiirraammeettrriiccss..ccoomm//mmiirraa__aall..hhttmm
UNIVERSITY OF EDUCATION OK9ARA CAMPUS

10. RReeffeerreennccee::
ssoouurrcceeffoorrggee..nneett//pprroojjeeccttss//mmiirraa--aasssseemmbblleerr//
mmiirraa--
aasssseemmbblleerr..ssoouurrcceeffoorrggee..nneett//ddooccss//DDeeffiinniittiivvee
GGuuiiddeeTTooMMIIRRAA..hhttmm
wwwwww..mmiirraammeettrriiccss..ccoomm//mmiirraa__aall..hhttmm
UNIVERSITY OF EDUCATION OK9ARA CAMPUS