An Introduction

1. MMAAFFFFTT SSooffttWWaarree::
BBSS--BBoottaannyy 33rrdd SSeemmeesstteerr ((MM))..
CCllaassss:: IInnttrroodduuccttiioonn TToo CCoommppuutteerr..
NNaazziiaa LLaattiiff ,, RRoollll NNoo:: 11004411..
SSuubbmmiitttteedd TToo:: SSiirr IInnaamm UUll HHaaqq..
UUnniivveerrssiittyy OOff EEdduuccaattiioonn OOkkaarraa CCaammppuuss..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK1ARA CAMPUS

2. TTaabbllee OOff CCoonntteenntt::
• IInnttoodduuccttiioonn
• RReellaatteedd RReessoouucceess
• DDoowwnnllooaadd aanndd iinnssttaallllaattiioonn
• PPaakkggeess AAvvaaiillaabbllee ffoorr LLuunniixx
• IIttss pprroocceessssiinngg ccrriittaarriiaa
• CCoonncclluussiioonn
• RReeffeerreennccee
UNIVERSITY OF EDUCATION OK2ARA CAMPUS

3. MMAAFFFFTT SSooffttWWaarree::
MMAAFFFFTT iiss aa mmuullttiippllee sseeqquueennccee aalliiggnnmmeenntt pprrooggrraamm ffoorr uunniixx--
lliikkee ooppeerraattiinngg ssyysstteemmss.. IItt ooffffeerrss aa rraannggee ooff mmuullttiippllee
aalliiggnnmmeenntt mmeetthhooddss,, LL--IINNSS--ii ((aaccccuurraattee;; ffoorr aalliiggnnmmeenntt ooff
<<∼∼220000 sseeqquueenncceess)),, FFFFTT--NNSS--22 ((ffaasstt;; ffoorr aalliiggnnmmeenntt ooff
<<∼∼3300,,000000 sseeqquueenncceess)),, eettcc..
DDoowwnnllooaadd aanndd IInnssttaallllaattiioonn::
11.. MMaacc OOSS XX
22.. LLiinnuuxx
33.. WWiinnddoowwss
44.. SSoouurrccee
55.. CChhaannggeelloogg
TThhee llaatteesstt vveerrssiioonn iiss 77..220055 ((22001144/OOcctt/2200))..
E UNIVERSITY OF EDDUUCCAATTIIOONN OOKKAARRAA CCAAMMPPUUSS 33

4. RReellaatteedd RReessoouurrcceess::
• CClluussttaallWW // MMAAFFFFTT // PPRRRRNN aatt GGeennoommeeNNeett
• CClluussttaallWW // TTCCooffffeeee // MMAAFFFFTT iinn MMyyHHiittss,, SSIIBB
• MMAAFFFFTT sseerrvviiccee iinn MMoobbyyllee@@PPaasstteeuurr
• MMAAFFFFTT sseerrvviiccee iinn TT--RREEXX wweebb sseerrvveerr
• MMAAFFFFTT sseerrvviiccee iinn WWAABBII,, DDDDBBJJ
• CCIIPPRREESS SScciieennccee GGaatteewwaayy:: TTeerraaGGrriidd rreessoouurrcceess ffoorr PPhhyyooggeenneettiicc ttrreeee
iinnffeerreennccee
• JJaallvviieeww:: aann aalliiggnnmmeenntt eeddiittoorr wwrriitttteenn iinn JJaavvaa
• PPffaamm:: PPrrootteeiinn ffaammiilliieess ddaattaabbaassee ooff aalliiggnnmmeennttss aanndd HHMMMMss
• SSttrraapp:: EEddiittoorr ffoorr mmuullttiippllee sseeqquueennccee aalliiggnnmmeenntt wwrriitttteenn iinn JJAAVVAA
• BBiiooRRuubbyy:: RRuubbyy ttoooollss ffoorr bbiiooiinnffoorrmmaattiiccss
• aaLLeeaavveess ccoolllleeccttss aammiinnoo aacciidd sseeqquueenncceess ffrroomm ddiivveerrssee aanniimmaall ggeennoommeess
UNIVERSITY OF EDUCATION OK4ARA CAMPUS

5. TTwwoo ppaacckkaaggeess aarree aavvaaiillaabbllee ffoorr lliinnuuxx
UNIVERSITY OF EDUCATION OK5ARA CAMPUS
• FFoorr 6644bbiitt xx8866
– mmaafffftt--77..220055--ggcccc__ffcc66..xx8866__6644..rrppmm ((bbuuiilltt oonn kkeerrnneell 22..66))
• FFoorr 3322bbiitt xx8866
– mmaafffftt--77..220055--ffcc66..ii338866..rrppmm ((bbuuiilltt oonn kkeerrnneell 22..66))

6. UNIVERSITY OF EDUCATION OK6ARA CAMPUS

7. • ((AA)) AA ppaarrtt ooff oouuttppuutt ooff tthhee ––––ttrreeeeoouutt ooppttiioonn sshhoowwiinngg tthhee pphhyyllooggeenneettiicc
ppoossiittiioonnss ooff nneeww sseeqquueenncceess ((nneeww##)) iinn tthhee ttrreeee ooff tthhee eexxiissttiinngg
aalliiggnnmmeenntt ((bbaacckkbboonnee##)),, UNIVERSITY eessttiimmaatteedd OF bbeeffoorree EDUCATION tthhee aalliiggnnmmeenntt ccaallccuullaattiioonn..
TThhiiss ffiillee aallssoo sshhoowwss aa NNeewwiicckk ffoorrmmaatt ttrreeee ooff tthhee eexxiissttiinngg OK7ARA aalliiggnnmmeenntt
CAMPUS
((nnoott sshhoowwnn iinn tthhiiss ffiigguurree)).. FFoorr eeaacchh nneeww sseeqquueennccee,, tthhee nneeaarreesstt

8. CCoonncclluussiioonn::
• TThheerree iiss aann eessttaabblliisshheedd mmeetthhoodd bbaasseedd oonn tthhee DDyynnaammiicc
PPrrooggrraammmmiinngg ((DDPP)) aallggoorriitthhmm ffoorr ccaallccuu--
• llaattiinngg aa ppaaiirrwwiissee aalliiggnnmmeenntt ((aann aalliiggnnmmeenntt bbeettwweeeenn
ttwwoo sseeqquueenncceess)) [[11––33]] wwiitthh aa ttiimmee ccoommpplleexxiittyy ooff
OO((LL22)),, wwhheerree LLiiss tthhee sseeqquueennccee lleennggtthh..
• MMuullttiippllee sseeqquueennccee aalliiggnnmmeenntt ((MMSSAA)) iiss aann iimmppoorrttaanntt sstteepp iinn
vvaarriioouuss ttyyppeess ooff ccoommppaarraattiivvee ssttuuddiieess
• ooff bbiioollooggiiccaall sseeqquueenncceess.. MMSSAA iiss uusseedd iinn pphhyyllooggeenneettiicc
iinnffeerreennccee,, ccoonnsseerrvveedd rreeggiioonn ddeetteeccttiioonn,,
• ssttrruuccttuurree pprreeddiiccttiioonn ooff nnccRRNNAAss aanndd pprrootteeiinnss aanndd mmaannyy ootthheerr
ssiittuuaattiioonnss..
UNIVERSITY OF EDUCATION OK8ARA CAMPUS

9. RReeffeerreennccee::
• mmaafffftt..ccbbrrcc..jjpp//aalliiggnnmmeenntt//ssooffttwwaarree//
• eenn..wwiikkiippeeddiiaa..oorrgg//wwiikkii//MMAAFFFFTT
• wwwwww..ggeenneeiioouuss..ccoomm//pplluuggiinnss//mmaafffftt--pplluuggiinn
UNIVERSITY OF EDUCATION OK9ARA CAMPUS

10. RReeffeerreennccee::
• mmaafffftt..ccbbrrcc..jjpp//aalliiggnnmmeenntt//ssooffttwwaarree//
• eenn..wwiikkiippeeddiiaa..oorrgg//wwiikkii//MMAAFFFFTT
• wwwwww..ggeenneeiioouuss..ccoomm//pplluuggiinnss//mmaafffftt--pplluuggiinn
UNIVERSITY OF EDUCATION OK9ARA CAMPUS