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dans l'écosystème des publications
scientifiques
• Le 12 février 2014
• Institut Pasteur
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Qui suis-je?
• Un utilisateur final, « enduser » de
l'IST depuis longtemps
– SCICOM Nancy
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Quelles données ? « Big Data »
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Astronomie...
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(numérisées!)
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On faisait déjà du big data sans
le savoir
• En France et à l'international, depuis
1981
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En Europe
• IMGT/Montpellier
IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®
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Genes, aux USA
• ENCODE
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Immunité innée et cellules NK
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Molecules
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Immunopeptidome
– Full repertoire of petides
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Cellules
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Cellules et Tissus
EPIC Sciences (San Diego)
A new kind of cytology detecting rare cells (CTCs and CECs) on blood
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Sciences de la Santé:
Recherche clinique et big data
• Du papier aux e-CRFs
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Big Data and HIV Research
AIDS 2013;27:835-8
• HIVsystemsbiology.org
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UK/(USA): Clinical research
• General Practice Research Database
– 15 years..
• CPRD / NHS
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Recherche clinique
Médecine personnalisée
• Myélome: MMRF Multiple Myeloma
Research Foundation
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• Sources
• Software: CrowdSource Coders
• Nature Biotechnology Feb 2013
• TopCoder.com
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Les Besoins des chercheurs
• Outils informatiques!?
E-BIOTHON: cloud dédié à la 
bioinformatique CNRS, IBM, Inria, the Ins...
Besoins des futurs chercheurs
Les publications: big data and information 
overload
• Teaching and training of students 
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L'écosystème des publications 
scientifiques?
• Le Chaos?
• Sortir du chaos: la curation
A few other references
• http://www.hsph.harvard.edu/news/mag
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GFII 2014 Big Data

  1. 1. Les Données de la recherche dans l'écosystème des publications scientifiques • Le 12 février 2014 • Institut Pasteur • Les besoins des chercheurs en Sciences de la Vie et de la Santé: exemple de l'Immunologie • GC Faure, MD, PhD, PUPH • Faculté de Médecine, Univ Lorraine • UMR CRAN/CNRS 7039
  2. 2. Qui suis-je? • Un utilisateur final, « enduser » de l'IST depuis longtemps – SCICOM Nancy – Ex-Chargé de Mission à la documentation UHP Nancy – ASSIM, SFI, IUIS, ICSU • Website, Scientific Curation – Un Immunologiste clinicien engagé en cytomique • Des Workshops HLDA • aux CTCs et CECs
  3. 3. Quelles données ? « Big Data » • Mathématiques, Physique, Astronomie... – Des chiffres et des images (numérisées!) • En SBS? – Sciences de la Vie: Gènes, Molécules, Cellules, Tissus... Données sans risque mais pas sans impact – Sciences de la Santé: Données à risque?!
  4. 4. On faisait déjà du big data sans le savoir • En France et à l'international, depuis 1981 • CDs, Workshops HLDA – Data shared – Molécules nombreuses, >363! – mais non diverses
  5. 5. En Europe • IMGT/Montpellier IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org, is the global reference in immunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 by Marie-Paule Lefranc ( Université Montpellier 2 and CNRS). IMGT® is a high-quality integrated knowledge resource specialized in the immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility (MH) of human and other vertebrate species, and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MH superfamily (MhSF) and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates. Estimated size of immune repertoire: 10 10
  6. 6. Genes, aux USA • ENCODE – 75% and not 3% of genome can be transcribed • Immunological GENOME project Curr Opinion Immunol 2013;25:593-7 Trends immunol 2013;34:602-9 Microarray-based transcriptomes for most of the well-defined leukocyte subsets of the C57BL/6 mouse
  7. 7. Immunité innée et cellules NK IPD-KIR • Molécules: The database provides a centralised repository for human KIR sequences. Killer-cell Immunoglobulin-like Receptors (KIR) have been shown to be highly polymorphic at the allelic and haplotypic level. KIRs are members of the immunoglobulin superfamily (IgSF) formerly called Killer-cell Inhibitory Receptors.
  8. 8. Molecules • Molecules: Immunopeptidome – Full repertoire of petides bound to the HLA molecules, in health and disease – Mol Cell Proteomics 2011;10 – Mass spectrometry technologies
  9. 9. Cellules Projets internationaux • Immport: Bioinformatics for the future of Immunology The Immunology Database and Analysis Portal (ImmPort) system was developed under the Bioinformatics Integration Support Contract (BISC) Phase II by the Northrop Grumman Information Technology Health Solutions team for the National Institutes of Health (NIH), National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), Division of Allergy, Immunology, and Transplantation (DAIT) MHC + Cytometry...FLOCK: Flow cytometry clustering without K; + CyTOF Analysis of human T cells
  10. 10. Cellules et Tissus EPIC Sciences (San Diego) A new kind of cytology detecting rare cells (CTCs and CECs) on blood slides, allowing to introduce the concept of fluid biopsy. • Immunome (tumeurs): – Immunity, Volume 39, Issue 4, 631-632, Oct 2013 – Tumors are complex masses containing not just neoplastic cells but also stromal cells, neovasculature, and a gamut of immune cells.
  11. 11. Flu : Google trends • CDC
  12. 12. Sciences de la Santé: Recherche clinique et big data • Du papier aux e-CRFs • GEIL, EGIL, ELN... • GOELAMs – e-CRFs – ARCs, TECs • A risque! Médical, données patients – Secret, confidentialité • Impact – Évaluation de protocoles cliniques, données pharmacoéconomiques
  13. 13. Big Data and HIV Research AIDS 2013;27:835-8 • HIVsystemsbiology.org – Gene Overlapper • 39 lists of genes.. 500billion subsets • 3 genome wide siRNA screens • CDNA overexpression screen • Crowd sourcing for Mason-Pfizer monkey virus proteases – HIV replication Cycle Site – AIDSVu project (géographie de la maladie #GoogleMap) • Publication 15091 papers in 2011:>40/day
  14. 14. UK/(USA): Clinical research • General Practice Research Database – 15 years.. • CPRD / NHS – Asthma – Cardiovascular disorders • Patientslikeme! • SAGE/Bionetworks.. Parkinson
  15. 15. Recherche clinique Médecine personnalisée • Myélome: MMRF Multiple Myeloma Research Foundation – Sept 2013... first and only open access data platform in myeloma The groundbreaking MMRF CoMMpass study is now enrolling NEWLY DIAGNOSED multiple myeloma patients. Landmark 10-year study,1000 patients, Molecular analysis of every patient • Personalized or Precision medicine
  16. 16. « Open... »   • Data • Sources • Software: CrowdSource Coders • Nature Biotechnology Feb 2013 • TopCoder.com – « Big Data in biomedicine » FF Costa – Drugdiscovery Today 2014, in press • Opportunity for future personalized  medicine programs
  17. 17. Les Besoins des chercheurs • Outils informatiques!? E-BIOTHON: cloud dédié à la  bioinformatique CNRS, IBM, Inria, the Institut Français de Bioinformatique and the innovative start-up SysFera are rolling out E-Biothon, an experimental Cloud platform (1) to help speed up and advance research in biology, health and the environment. • Maîtrise des logiciels • Accès aux données publiques et  privées (Dossier Médical) • Maîtrise des concepts de  l'information scientifique • Maîtrise de l'évolution des concepts 
  18. 18. Besoins des futurs chercheurs Les publications: big data and information  overload • Teaching and training of students  – Data: Lab Archives and Notebooks – Papers: Back to Basics • Databases of scientific papers – From PubMed, to Researchgate,  from World of science to Scopus • Grey Literature! (Google!) • Impact Factor: from citations to  altmetrics – Knowledge: Concepts and ideas  Curation?...
  19. 19. L'écosystème des publications  scientifiques? • Le Chaos? • Sortir du chaos: la curation
  20. 20. A few other references • http://www.hsph.harvard.edu/news/mag • Van Noorden R Data-sharing: everything display Nature 2013, 500: 243-5 • Jombart T et al Bayesian reconstruction o disease outbreaks... PLOS Computationa Biology 2014; 

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