211204 @ JapanR 画像で遊んでみた話 Satoshi Kume

1. Satoshi Kume
画像で遊んでみた話
211204 @ JapanR

2. 自己紹介
久米 慧嗣 (Kume Satoshi) @ 大阪城の近く
専門: バイオインフォと人工知能っぽいこと
MS & PhD (応用生命科学)
経歴: 研究者 (某R研究所 (7年)、大学 (1.7年))
現在: 某ゲノム装置メーカー (今月12月より、4 日目)
・ CRAN & Bioconductorパッケージ開発
・ BioC Asia 2021 (バイオ系開発者会議) オーガナイザー
・ Tokyo.R 聴講 (オンライン開催以降)
R歴: 9 年くらい
(近況) データ解析onlyにやや飽きて、パッケージ開発を楽しむ
「京橋のバイオインフォマティシャンの日常」というブログ執筆

3. 今日話すこと
・ Rの話
・ 画像を取ってくるところ (画像取得)
・ 画像で遊んでみた話
今日話さないこと
・ 細かい実装の話
・ 応用的な内容 (機械学習とか)
発表後、スライド共有します

4. （問） 画像で何をする？？
（答）
Rと画像があれば、何でもできる！

5. R上で画像を扱うのは面倒では？？
（答）
うん、その通り！！
特に、画像の読み込みとかが面倒！！

6. Googleでの検索結果(サムネイル)をそのまま読み込みたい
Google画像検索をすると
画像のサムネイルが表示される
検索
画像を取ってくるところの話

7. そこで、GoogleImage2Arrayパッケージを作った
https://github.com/kumeS/GoogleImage2Array
https://cran.r-project.org/web/packages/GoogleImage2Array/index.html
画像の取得（アレイ）
画像を4次元アレイとして格納
(画像数, 幅ピクセル数, 高さピクセル数, チャネル数)
可視化
表示結果
※ xml2、rvest、EBImage、rTensorとかで実装

8. 【日本語対応】URLエンコードをしてるので、
日本語でも検索可能
何を検索するかは、ユーザーの自由です
(個人利用なら)

9. 最近のアップデート(ver 0.9.6, GitHub)
くるくる表示
(powered by ‘spiralize’)
https://kumes.github.io/GoogleImage2Array/vignettes/HowToUse.html
「取得 + 表示」を1行実行

10. 最近のアップデート(ver 0.9.7, GitHub)
課題: xml2::read_htmlだと一度に20枚しか取得できない(html生成による)
10の地域で検索することで、20枚以上の画像が取得できる！！

11. 実行しているところ

12. コード: https://gist.github.com/kumeS/71da1cf21308b7b23ff3dfd06c8b9d1f
使った画像
それでは、主成分分析(PCA)でもやってみよう

13. それでは、主成分分析(PCA)でもやってみよう
コード: https://gist.github.com/kumeS/71da1cf21308b7b23ff3dfd06c8b9d1f
使った画像
全体 PC320

14. Enjoy R !!