CRANパッケージの作成・投稿とコードレビュー対応 〜 GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 〜 @BioPackathon

1. Satoshi Kume
CRANパッケージの作成・投稿と
コードレビュー対応
〜GoogleImage2Arrayパッケージでの事例紹介〜
211013 @ BioPackathon

2. 今回の内容
・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要
・ CRANへの投稿とコードレビュー対応
・ RコードのTips:
・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc)
・サンプル実⾏時にローカル保存させない
・on.exit()
・ CRANでのコンパイルエラー

3. 今回の内容
・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要
・ CRANへの投稿とコードレビュー対応
・ RコードのTips:
・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc)
・サンプル実⾏時にローカル保存させない
・on.exit()
・ CRANでのコンパイルエラー

4. https://cran.r-project.org/web/packages/GoogleImage2Array/index.html
GoogleImage2Arrayパッケージ
主な⽤途:
・R上で使う画像取得全般
・機械学習などで使うデータ
GANとか分類問題とか
次元圧縮とか
概要:
・Google画像検索の結果をR
に取り込んで、4次元アレイ形
式に変換する
・画像の可視化
・ 4次元アレイの結合 (New)

5. R Array (アレイ, 配列) とは？？
R Array/配列とは、⾏列を多次元に拡張したもの。
Matrix/⾏列: 2次元のデータ構造
Array/配列: 3次元、4次元、それ以上の次元のデータ構造。
http://venus.ifca.unican.es/Rintro/dataStruct.html
要素
ex. numeric

6. 多次元テンソルの⼤まかな考え⽅
https://www.javatpoint.com/pytorch-tensors
要素
ex. numeric
2D画像の扱いは、
2D テンソル ？？
2D画像の扱いは、
・横ピクセル数
・縦ピクセル数
・チャネル（RGBなど原色数）
・画像の枚数

7. GoogleImage2Arrayパッケージでできること
Google画像検索をすると
画像のサムネイルが表⽰される
検索
R アレイ/テンソル
(20 images/query)
画像取得&変換
R上での可視化
（ラスター表⽰）
20 images以上取得したい場合
RSeleniumパッケッージを使うことに

8. 実⾏コード
アレイの取得: GoogleImage2array関数
(20, 幅ピクセル数, ⾼さピクセル数, チャネル数)
アレイの結合
（１次元⽅向で）
アレイの可視化: display.array関数

9. GoogleImage2array関数の中⾝をちょっと説明
https://github.com/kumeS/GoogleImage2Array/blob/main/R/GoogleImage2array.R
URL⽣成 + %エンコード
検索⾔語の指定
Webスクレイピング
+ 画像URL取得
画像処理、アレイへの変換
などの処理と続く
関数の引数
wh: 縦横ピクセル数
Col: カラー(T) or グレイ(F)
Save: ローカル保存の有無
gl: 検索エリア指定

10. CRANへの投稿
https://cran.r-project.org/submit.html
必要事項の記載
gzファイルを選択
ここをクリック

11. CRANへの投稿(準備)について、詳しくは
を参照のこと

12. CRANから本⼈確認メールが届く
ココをクリック

13. 次に、投稿完了のメールが届く

14. 次に、CRANでのコンパイルが⾛る
OKなら、レビューが始まる

15. 約11時間後、、コードレビュー結果が返ってくる
ハヤっ！！
WebサービスのURLを概要
に⼊れてください。
コメントは４点
Exampleは、dontrun{}ではなく、
donttest{}を使ってください。
テストの途中ファイルをローカ
ルに保存しないでください。
ユーザーの設定を変えない
でください。この場合、
on.exit()を使ってください。

16. 修正して再投稿 〜投稿時と同じところで〜
https://cran.r-project.org/submit.html
ココにレスポンス・
修正点を書く。
論⽂のレスポンスレターというより、
カジュアルな返事でOK!!

17. 次の⽇にOKメールが届く
同⽇中には、CRANに登録されていた。

18. 今回の内容
・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要
・ CRANへの投稿とコードレビュー対応
・ RコードのTips:
・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc)
・サンプル実⾏時にローカル保存させない
・on.exit()
・ CRANでのコンパイルエラー

19. RコードのTips: Exampleコードのラップ⽅法/例外ルール
https://runebook.dev/ja/docs/r/library/utils/html/example
コードが本当に実⾏でき
ない時だけ
# Not run: ⾏を追記
(1)実⾏が5秒以上かかる
(2)途中でデータダウン
ロードを実⾏する
実⾏が正常かつ5秒未満なら、unwrapする
結果として、サンプルコードは、
donttestか、unwrapを推奨

20. RコードのTips: ローカル保存させない
https://github.com/kumeS/GoogleImage2Array/blob/main/R/GoogleImage2array.R
デフォルト値が「Save=TRUE 」
になっていたのを突っ込まれる。
引数
wh: 縦横ピクセル数
Col: カラー(T) or グレイ(F)
Save: ローカル保存の有無
gl: 検索エリア指定
どうしても保存したい場合は、
tempdir()で作成される⼀時ディレ
クトリに出⼒するようにとのこと。

21. RコードのTips: on.exit()を使って、ユーザーオプション
(作図の設定 etc)を元に戻すこと。
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/31.html

22. RコードのTips: CRANでのコンパイルエラー
CRANでは、毎回、コンパイル環境が違う？
１つくらいなら、Errorがでててもあまり気にしなくてもよそさそう。

23. RコードのTips: CRANでのコンパイルエラー
CRANでは、毎回、コンパイル環境が違う？
１つくらいなら、Errorがでててもあまり気にしなくてもよそさそう。

24. まとめ
・ パッケージ作成 2⽇、投稿・レビュー・再投稿1.5⽇
=> 今回、コードの下書きがあったので、
パッケージ化から3⽇程度で、CRANに採択された。
・ コードレビューは、コードの中⾝というより
CRANポリシーに合っているかどうかが審査される。
・ 普段のデータ解析⽤途では、気にしてないところを突っ込まれる