CromoCat y GenoCat:  dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes Joan Simon & Cèsar Blanché Laboratorio de Bot...
Convención por la Biodiversidad BIOC La conservación de la biodiversidad exige que los países y sus gobiernos tomen decisi...
(Sobre-)Abundancia de datos BIOC La recopilación de la diversidad de los genes y de su distribución es muy incipiente Rela...
Procesamiento de datos BIOC Informática de la biodiversidad ( Biodiversity Informatics ) centrado en los organismos indivi...
Procesamiento de datos: resultados BIOC En general, a partir de  datos , se genera  información  (datos interpretados),  c...
Antecedentes (inicio año 1999) <ul><li>Atlas cromosómico PPCC </li></ul>BIOC <ul><li>Recopilar variación cromosómica infra...
Características técnicas <ul><li>Basado en les normas OPTIMA ( Comission de OPTIMA Karyosystematics , 1993) </li></ul><ul>...
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Consulta BDBC BIOC
Diversidad genética BDBC BIOC
CromoCat en la actualidad <ul><li>51.098 registros </li></ul><ul><li>7.115 referencies bibliográficas  </li></ul><ul><li>4...
Mòdulo GenoCat (2006) <ul><li>Agrupa los datos de diversidad genética molecular  </li></ul><ul><li>En la actualidad, GenoC...
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Tareas básicas base de datos BIOC captura  de datos  transferencia información análisis e interpretación  VALIDACIÓN   RES...
Problemática actual <ul><li>Disminución números cromosómicos </li></ul><ul><li>Aumento exponencial datos genéticos </li></...
Fuentes: IPCN /  Tropicos BIOC
Bases de datos / Europa BIOC
Específicas: DNA C-values BIOC
Bases de datos especializadas BIOC
PubMed / GenBank BIOC
Genetical Flora Database BIOC
CromoCat/GenoCat: estrategia BIOC CromoCat Datos cromosómicos  BASE DE DATOS GESTOR DE DOCUMENTOS Referencias bibliográfic...
Genocat: migración BIOC GENOCAT v 1.0 (2006) Tablas de valores de C-DNA  GENOCAT v. 2.0 (2007) Tabla de  Refworks
Ventajas: de la BD al GD <ul><li>Interoperabilidad en la gestión documental  </li></ul><ul><li>Acceso fácil y seguro a las...
Gestor Documental: eficacia <ul><li>Modelo descentralizado </li></ul><ul><li>Multiplataforma  </li></ul><ul><li>Automatiza...
Proveedores BD bibliográficos BIOC SFX fue el primer protocolo en la resolución de enlaces  OpenURL
Arquitectura  OpenURL <ul><li>Arquitectura para crear aplicaciones que suministra unos datos u otros sobre una fuente de i...
Búsqueda información BIOC CROMOCAT  (Género o especie + 21 palabras clave) chromosomal chromosome cytogenetic cytogenetica...
Algunas reflexiones BIOC
Biological Flora / Monografías BIOC
Herramientas colaborativas BIOC (REPOSITORIO) (WIKI)
Financiación con fondos públicos BIOC <ul><li>Datos de libre acceso  </li></ul><ul><li>Restricciones de disponibilidad sól...
De la web social a la semántica BIOC Web 2.0 Web 3.0
Futuro tecnológico CromoCat <ul><li>Web 1.0 (estática) </li></ul><ul><li>Web 2.0 (social) </li></ul><ul><li>Web 3.0 (semán...
Metadatos BIOC Para compartir datos es imprescindible incorporar metadatos (información que describe el contenido, calidad...
Metadatos BIOC Conseguir la estandarización de los metadatos permite definir una terminología común y posibilita llevar a ...
Estructura de servicios BIOC Entrada de datos (CENTRALIZACIÓN) (DISPONIBILIDAD) (CLOUD COMPUTING) Biocat Microsoft Access®
Agradecimientos: este trabajo es financiado por el DMAH de la  Generalitat de Catalunya  y es consultable en línea a travé...
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CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes

  1. 1. CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes Joan Simon & Cèsar Blanché Laboratorio de Botánica, Facultad de Farmacia, Universidad de Barcelona Grupo de Biología de la Conservación BioC (GREB, IRBio) C Cromo Cat
  2. 2. Convención por la Biodiversidad BIOC La conservación de la biodiversidad exige que los países y sus gobiernos tomen decisiones que tienen importantes implicaciones sociales, políticas y económicas. <ul><li>Se demanda acceso fácil y oportuno a información relevante en los tres niveles reconocidos: </li></ul><ul><ul><li>ecológica o de las comunidades biológicas, </li></ul></ul><ul><ul><li>específica o diversidad sistemática </li></ul></ul><ul><ul><li>genética o diversidad intraespecífica </li></ul></ul>
  3. 3. (Sobre-)Abundancia de datos BIOC La recopilación de la diversidad de los genes y de su distribución es muy incipiente Relativamente pocos y recientes sistemas almacenan datos a nivel genético
  4. 4. Procesamiento de datos BIOC Informática de la biodiversidad ( Biodiversity Informatics ) centrado en los organismos individuales, poblaciones y taxones, y su interacción Bioinformática centrado en la biología molecular
  5. 5. Procesamiento de datos: resultados BIOC En general, a partir de datos , se genera información (datos interpretados), conocimiento (información sintetizada en forma de reglas y propiedades) y experiencia
  6. 6. Antecedentes (inicio año 1999) <ul><li>Atlas cromosómico PPCC </li></ul>BIOC <ul><li>Recopilar variación cromosómica infraespecífica en los territorios de habla catalana </li></ul><ul><li>Razas cromosómicas susceptibles de ser explotadas o que requieren ser conservadas </li></ul>
  7. 7. Características técnicas <ul><li>Basado en les normas OPTIMA ( Comission de OPTIMA Karyosystematics , 1993) </li></ul><ul><li>Diseñado como un módulo independiente, vinculado y disponible a través BIOCAT (Base de Datos de Biodiversidad de Cataluña) </li></ul><ul><li>Completa cobertura territorial (Cataluña, País Valenciano, Islas Baleares, Franja de Aragón, Andorra y Cataluña Norte) </li></ul>BIOC
  8. 8. Características técnicas <ul><li>Basado en Microsoft Access ® i implementado como una base de datos relacional </li></ul><ul><li>Tesauro taxonómico según el criterio de Bolòs, Vigo, Masalles & Ninot, 2005 ( Flora Manual dels Països Catalans . 3 ª ed., Pòrtic, Barcelona) </li></ul><ul><li>Datos completos de estudios con material del territorio (CRO-IN) y resumidos de material exterior (CRO-OUT) </li></ul><ul><li>Parcialmente financiado por el Gobierno Autónomo de Catalñya - Generalitat de Catalunya </li></ul>BIOC <ul><li>Disponible a través de Internet en les referencias </li></ul><ul><ul><li>http://biodiver.bio.ub.es/biocat/homepage.html </li></ul></ul><ul><ul><li>http://www.bib.ub.edu/cedocbiv/ </li></ul></ul>
  9. 9. Consulta BDBC BIOC
  10. 10. Diversidad genética BDBC BIOC
  11. 11. CromoCat en la actualidad <ul><li>51.098 registros </li></ul><ul><li>7.115 referencies bibliográficas </li></ul><ul><li>4.235 taxones (el 86,8% de la flora vascular de los PPCC) </li></ul>BIOC Futura necesidad de investigación en citogenética de los PPCC: 747 taxones de los cuales no se dispone de ninguna información y que constituyen una prioridad para documentar los niveles de diversidad genética de la flora vascular, como base para su conservación
  12. 12. Mòdulo GenoCat (2006) <ul><li>Agrupa los datos de diversidad genética molecular </li></ul><ul><li>En la actualidad, GenoCat consta de 3.012 referencias, que cubren 1.325 taxones, el 26,3 % de la flora de los PPCC. </li></ul>BIOC GenoCat
  13. 13. Recuentos totales BIOC
  14. 14. Tareas básicas base de datos BIOC captura de datos transferencia información análisis e interpretación VALIDACIÓN RESPONSABLES Evaluación de los usuarios
  15. 15. Problemática actual <ul><li>Disminución números cromosómicos </li></ul><ul><li>Aumento exponencial datos genéticos </li></ul><ul><li>Exceso de información dispersa </li></ul><ul><li>Poca capacidad colaborativa </li></ul><ul><li>Poco enfocado a la gestión documental </li></ul><ul><li>Arquitectura rígida y cerrada </li></ul><ul><li>Falta de acceso seguro a las fuentes primarias </li></ul>BIOC Limitación recursos económicos!
  16. 16. Fuentes: IPCN / Tropicos BIOC
  17. 17. Bases de datos / Europa BIOC
  18. 18. Específicas: DNA C-values BIOC
  19. 19. Bases de datos especializadas BIOC
  20. 20. PubMed / GenBank BIOC
  21. 21. Genetical Flora Database BIOC
  22. 22. CromoCat/GenoCat: estrategia BIOC CromoCat Datos cromosómicos BASE DE DATOS GESTOR DE DOCUMENTOS Referencias bibliográficas (documentos a texto completo) · CRO-IN · CRO-OUT migración
  23. 23. Genocat: migración BIOC GENOCAT v 1.0 (2006) Tablas de valores de C-DNA GENOCAT v. 2.0 (2007) Tabla de Refworks
  24. 24. Ventajas: de la BD al GD <ul><li>Interoperabilidad en la gestión documental </li></ul><ul><li>Acceso fácil y seguro a las fuentes primarias </li></ul><ul><li>Integración herramientas colaborativas </li></ul><ul><li>Cloud Computing (bajo coste) </li></ul>BIOC (compartir colaborar y comunicar)
  25. 25. Gestor Documental: eficacia <ul><li>Modelo descentralizado </li></ul><ul><li>Multiplataforma </li></ul><ul><li>Automatización vía RSS </li></ul><ul><li>Colaborativo (RefShare) </li></ul><ul><li>Eficiencia via OpenURL </li></ul>BIOC
  26. 26. Proveedores BD bibliográficos BIOC SFX fue el primer protocolo en la resolución de enlaces OpenURL
  27. 27. Arquitectura OpenURL <ul><li>Arquitectura para crear aplicaciones que suministra unos datos u otros sobre una fuente de información determinada según desde qué entorno se le pidan. </li></ul><ul><li>RefShare tiene la opción de incluir el Open URL de OCLC WorldCat ® en una carpeta compartida o una base de datos para tener acceso directo a artículos de texto completo y otros recursos en línea disponibles, si su organización participa en WorldCat </li></ul>BIOC
  28. 28. Búsqueda información BIOC CROMOCAT (Género o especie + 21 palabras clave) chromosomal chromosome cytogenetic cytogenetical cytogenetics cytological cytology cytotaxonomic cytotaxonomical cytotaxonomy cytotypes karyological karyomorphological karyosystematic karyotaxonomical karyotype karyotypes phylogenetic polyploidy aneuploid poliploid GENOCAT (Género o especie + 29 palabras clave) genetic molecular phylogenetic DNA rbcL 18s AFLP AFLPs RAPD PCR ITS ISSR SSR   allozyme   allozymes allozymic phylogenetic markers microsatellite isozyme gene population RFLP cpDNA sequence RNA DNA, phylogeography phylogeographic
  29. 29. Algunas reflexiones BIOC
  30. 30. Biological Flora / Monografías BIOC
  31. 31. Herramientas colaborativas BIOC (REPOSITORIO) (WIKI)
  32. 32. Financiación con fondos públicos BIOC <ul><li>Datos de libre acceso </li></ul><ul><li>Restricciones de disponibilidad sólo contener información relacionada con especies en peligro de extinción, comprometer derechos de confidencialidad y privacidad, etc. </li></ul><ul><li>El uso compartido y el acceso público a los datos favorece la optimización de los recursos invertidos </li></ul>
  33. 33. De la web social a la semántica BIOC Web 2.0 Web 3.0
  34. 34. Futuro tecnológico CromoCat <ul><li>Web 1.0 (estática) </li></ul><ul><li>Web 2.0 (social) </li></ul><ul><li>Web 3.0 (semántica) </li></ul>BIOC CROMOCAT/GENOCAT Web semántica
  35. 35. Metadatos BIOC Para compartir datos es imprescindible incorporar metadatos (información que describe el contenido, calidad, estructura y accesibilidad de una serie de datos concreta) y el correcto almacenamiento de los mismos junto a los datos Barreras logísticas para compartir (herramientas y protocolos diferentes)
  36. 36. Metadatos BIOC Conseguir la estandarización de los metadatos permite definir una terminología común y posibilita llevar a cabo la entrada, validación, acceso, integración y síntesis de los datos de manera automatizada
  37. 37. Estructura de servicios BIOC Entrada de datos (CENTRALIZACIÓN) (DISPONIBILIDAD) (CLOUD COMPUTING) Biocat Microsoft Access®
  38. 38. Agradecimientos: este trabajo es financiado por el DMAH de la Generalitat de Catalunya y es consultable en línea a través del Banco de Datos de Biodiversidad de Cataluña ( http://biodiver.bio.ub.es/biocat/homepage.html ) Cromo Cat
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