CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×
 

CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes

on

  • 565 views

 

Statistics

Views

Total Views
565
Views on SlideShare
565
Embed Views
0

Actions

Likes
1
Downloads
0
Comments
0

0 Embeds 0

No embeds

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Microsoft PowerPoint

Usage Rights

CC Attribution-NonCommercial-ShareAlike LicenseCC Attribution-NonCommercial-ShareAlike LicenseCC Attribution-NonCommercial-ShareAlike License

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes Presentation Transcript

  • CromoCat y GenoCat: dos bases de datos genéticas con estrategias diferentes Joan Simon & Cèsar Blanché Laboratorio de Botánica, Facultad de Farmacia, Universidad de Barcelona Grupo de Biología de la Conservación BioC (GREB, IRBio) C Cromo Cat
  • Convención por la Biodiversidad BIOC La conservación de la biodiversidad exige que los países y sus gobiernos tomen decisiones que tienen importantes implicaciones sociales, políticas y económicas.
    • Se demanda acceso fácil y oportuno a información relevante en los tres niveles reconocidos:
      • ecológica o de las comunidades biológicas,
      • específica o diversidad sistemática
      • genética o diversidad intraespecífica
  • (Sobre-)Abundancia de datos BIOC La recopilación de la diversidad de los genes y de su distribución es muy incipiente Relativamente pocos y recientes sistemas almacenan datos a nivel genético View slide
  • Procesamiento de datos BIOC Informática de la biodiversidad ( Biodiversity Informatics ) centrado en los organismos individuales, poblaciones y taxones, y su interacción Bioinformática centrado en la biología molecular View slide
  • Procesamiento de datos: resultados BIOC En general, a partir de datos , se genera información (datos interpretados), conocimiento (información sintetizada en forma de reglas y propiedades) y experiencia
  • Antecedentes (inicio año 1999)
    • Atlas cromosómico PPCC
    BIOC
    • Recopilar variación cromosómica infraespecífica en los territorios de habla catalana
    • Razas cromosómicas susceptibles de ser explotadas o que requieren ser conservadas
  • Características técnicas
    • Basado en les normas OPTIMA ( Comission de OPTIMA Karyosystematics , 1993)
    • Diseñado como un módulo independiente, vinculado y disponible a través BIOCAT (Base de Datos de Biodiversidad de Cataluña)
    • Completa cobertura territorial (Cataluña, País Valenciano, Islas Baleares, Franja de Aragón, Andorra y Cataluña Norte)
    BIOC
  • Características técnicas
    • Basado en Microsoft Access ® i implementado como una base de datos relacional
    • Tesauro taxonómico según el criterio de Bolòs, Vigo, Masalles & Ninot, 2005 ( Flora Manual dels Països Catalans . 3 ª ed., Pòrtic, Barcelona)
    • Datos completos de estudios con material del territorio (CRO-IN) y resumidos de material exterior (CRO-OUT)
    • Parcialmente financiado por el Gobierno Autónomo de Catalñya - Generalitat de Catalunya
    BIOC
    • Disponible a través de Internet en les referencias
      • http://biodiver.bio.ub.es/biocat/homepage.html
      • http://www.bib.ub.edu/cedocbiv/
  • Consulta BDBC BIOC
  • Diversidad genética BDBC BIOC
  • CromoCat en la actualidad
    • 51.098 registros
    • 7.115 referencies bibliográficas
    • 4.235 taxones (el 86,8% de la flora vascular de los PPCC)
    BIOC Futura necesidad de investigación en citogenética de los PPCC: 747 taxones de los cuales no se dispone de ninguna información y que constituyen una prioridad para documentar los niveles de diversidad genética de la flora vascular, como base para su conservación
  • Mòdulo GenoCat (2006)
    • Agrupa los datos de diversidad genética molecular
    • En la actualidad, GenoCat consta de 3.012 referencias, que cubren 1.325 taxones, el 26,3 % de la flora de los PPCC.
    BIOC GenoCat
  • Recuentos totales BIOC
  • Tareas básicas base de datos BIOC captura de datos transferencia información análisis e interpretación VALIDACIÓN RESPONSABLES Evaluación de los usuarios
  • Problemática actual
    • Disminución números cromosómicos
    • Aumento exponencial datos genéticos
    • Exceso de información dispersa
    • Poca capacidad colaborativa
    • Poco enfocado a la gestión documental
    • Arquitectura rígida y cerrada
    • Falta de acceso seguro a las fuentes primarias
    BIOC Limitación recursos económicos!
  • Fuentes: IPCN / Tropicos BIOC
  • Bases de datos / Europa BIOC
  • Específicas: DNA C-values BIOC
  • Bases de datos especializadas BIOC
  • PubMed / GenBank BIOC
  • Genetical Flora Database BIOC
  • CromoCat/GenoCat: estrategia BIOC CromoCat Datos cromosómicos BASE DE DATOS GESTOR DE DOCUMENTOS Referencias bibliográficas (documentos a texto completo) · CRO-IN · CRO-OUT migración
  • Genocat: migración BIOC GENOCAT v 1.0 (2006) Tablas de valores de C-DNA GENOCAT v. 2.0 (2007) Tabla de Refworks
  • Ventajas: de la BD al GD
    • Interoperabilidad en la gestión documental
    • Acceso fácil y seguro a las fuentes primarias
    • Integración herramientas colaborativas
    • Cloud Computing (bajo coste)
    BIOC (compartir colaborar y comunicar)
  • Gestor Documental: eficacia
    • Modelo descentralizado
    • Multiplataforma
    • Automatización vía RSS
    • Colaborativo (RefShare)
    • Eficiencia via OpenURL
    BIOC
  • Proveedores BD bibliográficos BIOC SFX fue el primer protocolo en la resolución de enlaces OpenURL
  • Arquitectura OpenURL
    • Arquitectura para crear aplicaciones que suministra unos datos u otros sobre una fuente de información determinada según desde qué entorno se le pidan.
    • RefShare tiene la opción de incluir el Open URL de OCLC WorldCat ® en una carpeta compartida o una base de datos para tener acceso directo a artículos de texto completo y otros recursos en línea disponibles, si su organización participa en WorldCat
    BIOC
  • Búsqueda información BIOC CROMOCAT (Género o especie + 21 palabras clave) chromosomal chromosome cytogenetic cytogenetical cytogenetics cytological cytology cytotaxonomic cytotaxonomical cytotaxonomy cytotypes karyological karyomorphological karyosystematic karyotaxonomical karyotype karyotypes phylogenetic polyploidy aneuploid poliploid GENOCAT (Género o especie + 29 palabras clave) genetic molecular phylogenetic DNA rbcL 18s AFLP AFLPs RAPD PCR ITS ISSR SSR   allozyme   allozymes allozymic phylogenetic markers microsatellite isozyme gene population RFLP cpDNA sequence RNA DNA, phylogeography phylogeographic
  • Algunas reflexiones BIOC
  • Biological Flora / Monografías BIOC
  • Herramientas colaborativas BIOC (REPOSITORIO) (WIKI)
  • Financiación con fondos públicos BIOC
    • Datos de libre acceso
    • Restricciones de disponibilidad sólo contener información relacionada con especies en peligro de extinción, comprometer derechos de confidencialidad y privacidad, etc.
    • El uso compartido y el acceso público a los datos favorece la optimización de los recursos invertidos
  • De la web social a la semántica BIOC Web 2.0 Web 3.0
  • Futuro tecnológico CromoCat
    • Web 1.0 (estática)
    • Web 2.0 (social)
    • Web 3.0 (semántica)
    BIOC CROMOCAT/GENOCAT Web semántica
  • Metadatos BIOC Para compartir datos es imprescindible incorporar metadatos (información que describe el contenido, calidad, estructura y accesibilidad de una serie de datos concreta) y el correcto almacenamiento de los mismos junto a los datos Barreras logísticas para compartir (herramientas y protocolos diferentes)
  • Metadatos BIOC Conseguir la estandarización de los metadatos permite definir una terminología común y posibilita llevar a cabo la entrada, validación, acceso, integración y síntesis de los datos de manera automatizada
  • Estructura de servicios BIOC Entrada de datos (CENTRALIZACIÓN) (DISPONIBILIDAD) (CLOUD COMPUTING) Biocat Microsoft Access®
  • Agradecimientos: este trabajo es financiado por el DMAH de la Generalitat de Catalunya y es consultable en línea a través del Banco de Datos de Biodiversidad de Cataluña ( http://biodiver.bio.ub.es/biocat/homepage.html ) Cromo Cat