第64回R勉強会@東京RのLT発表資料です。あとで少し修正する箇所もありますが，一旦アップします。

1. R markdownで図表番号の自動付与と参照
@t_macya
第64回R勉強会@東京(#TokyoR)
2017年8月26日
1 / 26

2. 1 はじめに
2 R markdown is 何
3 表番号の自動付与と参照
4 図番号の自動付与と参照
5 まとめ
2 / 26

3. はじめに
3 / 26

4. 自己紹介
Twitter: @t_macya
所属：高松大学
専門：教育心理学
web: http://mtokuoka.net
数式を多用しないがなんとなくbeamerやtexが好きなにわかてふにしゃん
統計とかプログラミングにちょっとだけ知識のある一般人
勝手に近況報告
つい最近やっとR markdownからbeamerが作れるようになりました
ベイズ統計モデリング: R, JAGS, Stanによるチュートリアル (犬4匹本)の中の1
章を訳しました。
本の厚さと大きさがネタになりますよ！
4 / 26

5. 著書
5 / 26

6. モチベーション
ぎょーむにてちょっとしたデータ解析をすることがまれにある
全てのきょーむが楽しいとは限らない
書類作成をRでやればちょっとは楽しめるかもしれない
Rmdからhtmlもいいけど，印刷することを考えるとpdfがいいなー
tex環境があればR markdownからpdf作成ができるらしい
論文もRmdから書けると分析から執筆が進むかも
PDF出力だとなんとなく図表の相互参照したい
6 / 26

7. R markdown is 何
7 / 26

8. R markdown is 何?1
Rの解析結果や文をhtmlやPDFなど様々なフォーマットで出力してくれる
詳しくはドキュメント・プレゼンテーション生成やKazutan.Rを参照
8 / 26

9. R markdown is 何?2
コード部分にはRコード以外にもStanやpythonのコードもいける
9 / 26

10. R markdown is 何?3
こんな感じに出力してくれる。
10 / 26

11. 表番号の自動付与と参照
11 / 26

12. 紹介する関数とパッケージおよび相互参照の仕方
本LTでは，PDF，特にbeamerで利用可能なものを紹介します。
html形式ならDT packageやformattable packageなどがよさそう
関数の引数でラベル名を指定するタイプ
pandoc.table関数 (pander package): ref{ラベル名}
xtable関数 (xtable package): ref{ラベル名}
チャンク名を指定するタイプ
kable関数 (knitr package): ref(tab:チャンク名)
bookdown package: @ref(tab:チャンク名)
bookdownでbeamerを作れるのか確認していないため今回はなし
12 / 26

13. 準備
サンプルデータにはmtcarデータを使用
ぎょーむの報告書では日本語の方が喜ばれそうなので変数名を日本語にしておく
燃費（mile/gallon），排気量，重さの３変数を使用
dat <- mtcars %>%
dplyr::select (mpg, disp, wt) %>%
dplyr::rename (燃費 = mpg, 排気量 = disp, 重さ = wt) %>%
round (digits = 2) %>%
head ()
13 / 26

14. これのきれいな形を目指す
dat
## 燃費 排気量 重さ
## Mazda RX4 21.0 160 2.62
## Mazda RX4 Wag 21.0 160 2.88
## Datsun 710 22.8 108 2.32
## Hornet 4 Drive 21.4 258 3.21
## Hornet Sportabout 18.7 360 3.44
## Valiant 18.1 225 3.46
14 / 26

15. pandoc.table関数: コード
captionの“ほげ label{ }”でラベルを付与しref{ }で参照可能
チャンク名の参照（ref{pandoc.talbe}）はできなさそう（Table ??となる）
# ```{r pandoc.table, eval = TRUE, results=”asis”}
colnames(dat) <- iconv (colnames (dat), from = ”UTF-8”)
# dplyrを使うと文字コードをUTF-8に変換しないとエラーを吐き出す。
# ありがとうございますr-wakarang, @yutannihilationさん
pandoc.table(dat, ”ほげ label{pander}”)
15 / 26

16. pandoc.table関数: 出力
pandoc.table(dat, ”ほげ label{pander}”)
Table 1: ほげ
燃費 排気量 重さ
Mazda RX4 21 160 2.62
Mazda RX4 Wag 21 160 2.88
Datsun 710 22.8 108 2.32
Hornet 4 Drive 21.4 258 3.21
Hornet Sportabout 18.7 360 3.44
Valiant 18.1 225 3.46
Table ref{pander}とすると，Table 1となって相互参照できた！
16 / 26

17. xtable関数: コード
xtable関数の引数でラベル名を付与し（label = ” “），ref{ }で参照可能
チャンク名を参照しようとしても（ref{tab:xtable}），Table ??となってしま
い参照できさなそう。
# ```{r xtable, results = 'asis'}
print (xtable (dat, caption = ”ほげほげ”, label = ”x”),
type = ”latex”,
comment = FALSE,
caption.placement = ”top”)
17 / 26

18. xtable関数: 出力
# ```{r xtable, results = 'asis'}
print (xtable (dat, caption = ”ほげほげ”, label = ”x”), type = ”latex”,
comment = FALSE, caption.placement = ”top”)
Table 2: ほげほげ
燃費 排気量 重さ
Mazda RX4 21.00 160.00 2.62
Mazda RX4 Wag 21.00 160.00 2.88
Datsun 710 22.80 108.00 2.32
Hornet 4 Drive 21.40 258.00 3.21
Hornet Sportabout 18.70 360.00 3.44
Valiant 18.10 225.00 3.46
Table ref{x}とすると，Table 2となって相互参照できた！
18 / 26

19. kable関数: コードと出力
ref{tab: }内にチャンク名を指定すれば参照可能
# ```{r kable, results = 'asis'}
knitr::kable(dat, format = ”latex”, caption = ”ほげほげほげ”, booktabs = TRU
Table 3: ほげほげほげ
燃費 排気量 重さ
Mazda RX4 21.0 160 2.62
Mazda RX4 Wag 21.0 160 2.88
Datsun 710 22.8 108 2.32
Hornet 4 Drive 21.4 258 3.21
Hornet Sportabout 18.7 360 3.44
Valiant 18.1 225 3.46
Table ref{tab:kable}とすると，Table 3となって相互参照できた！ 19 / 26

20. なんでパッケージによってcaptionと表の位置が違うのか
pandoc.table ()
3つの中では最もコードが複雑な構造になっている
{longtable}の中で{minitable}を使いコードが長い
xtable ()
{table}の中で{tabular}で表を作成
hlineで罫線
arrayrulewidthが0.4ptがデフォルトらしい
kable ()
{table}から始まり，begin{tabular}で表を作成
toprule, midrule, bottomruleで罫線を引く
デフォルトではtopとbottomはheavyrulewidthを0.08em
さらにbooktab = TRUEとしているため，いろいろと制御されているっぽい
20 / 26

21. 図番号の自動付与と参照
21 / 26

22. 図番号の自動付与と参照: コード
チャンクオプションのfig.capで加える図のラベルを付与できる。
ラベルの付与にはバックスラッシュを2つ入れる必要があるので注意。
Figure 1(ref{fig01})はmtcarデータの中の燃費と重さの関係を可視化したも
の。
# ```{r fig, dev='png', fig.cap = ”ふが. label{fig01}”}
g <- ggplot (dat, aes (x = 重さ, y = 排気量))
g + geom_point()
22 / 26

23. 図番号の自動付与と参照: 出力
Figure 1: ふが.
23 / 26

24. まとめ
24 / 26

25. まとめ
表はrefで引数にするものがラベル名やチャンク名で異なるので注意
パッケージによってもキャプションの位置が微妙に変わる
図はチャンクオプションのfig.capでラベル指定
yamlでkeep_tex: trueにしてtexファイルを参照するとよいかも
25 / 26

26. 参考webサイトなど
rmarkdownパッケージで楽々ドキュメント生成
R markdown from R studio
Miler S. V. (2015). Moving from Beamer to R Markdown
topruleとhlineの違い
r-wakarang
@yutannihilationさん, @hoxo_wさん, @keikuさん, @kazutanさんありがとうござ
います。
26 / 26