MiRaGE: Inference of gene expression regulation via microRNA transfection II

767 views

Published on

ICIC2011

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
767
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
5
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

MiRaGE: Inference of gene expression regulation via microRNA transfection II

  1. 1. MiRaGE: Inference of gene expression regulation via microRNA transfection II Y­h. Taguchi/Dept.Phys.,Chuo Univ.Jun Yasuda /School Med.,Tohoku Uinv.
  2. 2. MiRaGE:MiRNA Ranking by Gene ExpressionWhat is miRNA?non­coding RNAs which bind to mRNAs and cleavage  them or disturb translation. 
  3. 3. Regulation of gene expression via miRNA Computer oriented  prediction                   (uncertain) Target genes genome microRNA mRNA microRNA mRNA 3
  4. 4. miRNA target gene list  Gene8 Gene7 Gene6 Gene5 Gene4 Gene3 Gene2 Gene1simple seed match(Virtual) miRNA1 ○×○○○○×× miRNA2 ○×○○××○○Prediction miRNA3 ×○○×○○×× miRNA4 ○○○×○○×× VS Human lung cancer gene1 gene2 miRNA1 Real gene3 4
  5. 5. Concepts of MiRaGE method Control Treated All ofmiRNAs Gene target Expression Gather the information of miRNAs targets Compare the expressions of targets for each  miRNAs and check significance (see Next Slides) Calculate False Discovery Rate 5 Generate ranking  of each miRNA
  6. 6. Computation of significance miRNA Targets  Down P­value FDR miR­a 54 3 0.5 0.41st miR­b 120 54 0.0001 0.005 miR­c 36 1 0.5 0.7 ... ... ... ... ...2nd miR­X 60 18 0.001 0.007 Reject miR­a & c because the FDR > 0.05 Ranking 6
  7. 7.  ApplicationInference of transfection of miRNA to human lung cancer cell
  8. 8. Gene expression byArray: AgilentatOne and three days after transfection ofMir­107, mir­185, and let­7a.log(xg[miRNA]) vs log(xg[Control])               xg: gene expressionTarget gene list: simple seed match ICIC2011, LNBI in press. (2011/8/11­14)
  9. 9. Transfected miRNA mir­107 mir­185 let­7atime replicate 1 replicate 2 replicate 1 replicate 2 replicate 1 replicate 2day1 1[1st] 1[1st] 7[1st] 9[1st] 2[1st] 2[1st]day3 1[1st] 0[­­­] 0[1st] 0[­­­] 1[1st] 1[1st]Numbers of significant miRNAs. The ranks of transfected micriRNAs are shown in square brackets. Transfected miRNAs are  correctly identified by MiRaGE  method.
  10. 10. ConclusionMiRaGE method can correctly infer regulation of miRNA vis target mRNA expression.The application is now planed...
  11. 11. Web Serverhttp://granular.com/MiRaGE/ now availableData basehttp://granular.com/MiRaGEDB/Collection of results by MiRaGE to GEO(Gene expression Omnibus)coming soon... 

×