Teori atom J.J. Thomson menjelaskan bahwa atom adalah bola pejal bermuatan positif dengan elektron (muatan negatif) yang tersebar di dalamnya, menjadikannya dikenal sebagai model 'roti kismis'. Penemuan elektron melalui percobaan sinar katoda memperbaiki kelemahan teori Dalton, meskipun teori Thomson kemudian dibantah oleh Rutherford yang menunjukkan bahwa muatan positif terkonsentrasi di inti atom. Kelebihan teori ini adalah pengakuan adanya partikel subatomik, meskipun ia memiliki kelemahan dalam menjelaskan susunan muatan atom.