Register risiko digunakan untuk mendokumentasikan risiko-risiko dan tindakan pengelolaannya. Risiko-risiko yang diidentifikasi dicatat beserta tindakan untuk merespons risiko tersebut. Puskesmas diminta mengidentifikasi risiko pelayanan klinik, kegiatan UKM, dan terkait sarana prasarana, kemudian menyusun register risiko untuk masing-masing.