Dokumen ini menjelaskan tentang marka molekuler mikrosatelit, termasuk mekanisme kerjanya, manfaat, dan contoh penggunaannya. Mikrosatelit merupakan alat yang akurat untuk membedakan genotipe dan seleksi karakter tertentu karena bersifat kodominan dan polimorfik. Penggunaannya telah bermanfaat dalam berbagai studi genetik populasi tanaman dan hewan.

1. MARKA MOLEKULER
MIKROSATELIT
OLEH:
Desi Hayati Putri
NIM. 8126173002
Bio
A1_PPs_Unimed
2013

2. PENDAHULUAN
 Marka molekuler merupakan alat yang baik
bagi pemulia dan ahli genetik untuk
menganalisis genom mahluk hidup.
 Penggunaan marka molekuler utamanya untuk
memonitor variasi susunan DNA di dalam dan
pada sejumlah spesies serta merekayasa
sumber baru variasi genetik dengan
mengintroduksi karakter-karakter yang baik.

3. MEKANISME KERJA MARKA
MOLEKULER MIKROSATELIT
 Mikrosatelit yang juga sering disebut dengan SSR
merupakan alat bantu yang sangat akurat untuk
membedakan genotipe, evaluasi kemurnian
benih, pemetaan, dan seleksi genotip untuk
karakter yang diinginkan.
 Mikrosatelit tergolong sebagai penanda molekuler
yang sangat efektif.
 Marka ini sangat berguna sebagai marka genetik
karena bersifat kodominan.
 SSR memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi
stabil secara somatik dan diwariskan secara
Mendelian.

4. Adapun mekanisme kerja dengan menggunakan
marka molekuler mikrosatelit (berdasarkan penelitian
Matra (2010) tentang Analisis keragaman genetic
manggis berdasarkan karakter fenotipe dan marka
molekuler mikrosatelit pada empat sentra produksi di
pulau Jawa) adalah sebagai berikut:
 Melakukan ekstraksi DNA
 Melakukan pemotongan DNA genom dan ligase
adaptor.
 Melakukan hibridisasi filter
 Meligasi ke vektor dan transformasi
 Melakukan skrining biru-putih dan koloni berfragmen
mikrosatelit
 Mengisolasi plasmid dan proses sequen
 Mengkarakterisasi primer
 Menganalisis lokus mikrosatelit

5. MANFAAT DAN KEGUNAAN
MIKROSATELIT
 Penggunaan mikrosatelit dalam studi-studi
genetic telah banyak dilakukan untuk studi
genetic populasi, ekologi, pemuliaan tanaman,
aliran gen (gene flow), dan keragaman genetic
intraspesies maupun interspesies.
 Mikrosatelit umumnya dipakai pada tanaman
diploid, sedangkan manggis merupakan
tanaman allotetraploid. Penggunaan
mikrosatelit pada tanaman allotetraploid telah
berhasil membedakan populasi tanaman alfafa
(Matra, 2010)

6.  Identifikasi alel pada populasi monyet ekor
panjang di Alas Kedaton menggunakan lokus
mikrosatelit D18S536 yang dikaji pada
penelitian ini, teridentifikasi 5 jenis alel
dengan frekuensi alel tertinggi (0,31) untuk
alel 160, dan terendah (0,06) untuk alel 176
serta digolongkan polimorfik (Lumban Gaol
dkk, 2013).

7. DAFTAR PUSTAKA
Lumban Gaol, A. D., Suatha, I. K., dan Wandina, I. N.
2013. Struktur Genetika Populasi Monyet Ekor
Panjang Di Alas Kedaton Menggunakan Marka
Molekul Mikrosatelit D18S536. Jurnal Indonesia
Medicus Veterinus 2(1): 32 – 42.
Matra, D. D. 2010. Analisis Keragamangenetik Manggis
Berdasarkan Karakter Fenotipe dan Marka Molekuler
Mikrosatelit pada Empat Sentra produksi Di Pulau
Jawa. Bogor: Departemen Agronomi dan Hortikultura,
Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Moeljopawiro, S. 2010. Marka Mikrosatelit sebagai
Alternatif Uji BUSS dalam Perlindungan Varietas
Tanaman Padi. Bogor: Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya
Genetik Pertanian.