Văn hóa Yayoi ra đời từ hoạt động canh tác lúa nước, nhưng không thể tách rời khỏi nền văn hóa Jomon, dẫn đến giai đoạn chuyển tiếp giữa hai nền văn hóa này. Trong khi miền Tây Nhật Bản phát triển văn hóa Yayoi, Hokkaido và các đảo nam Tây vẫn duy trì nền văn hóa độc lập do khí hậu không thuận lợi cho việc trồng lúa. Dưới đây văn hóa Yayoi chia thành ba giai đoạn, được đặt tên từ một phát hiện gốm tại Tokyo vào giữa thời Meiji.

1. Yayoi, đặc sắc của nó là việc bắt đầu canh tác ruộng nước. Nhưng chẳng lẽ dựa vào đó
để bảo chỗ này đang ở vào thời đại Jômon, chỗ kia thuộc thời đại Yayoi hay sao. Giới
nghiên cứu cũng chưa đi đến chỗ đồng ý hoàn toàn nên phải chấp nhận có một thời kỳ
quá độ thay vì chia cắt Jômon và Yayoi thành hai thời kỳ riêng biệt.
Điểm chuyển tiếp giữa hai thời kỳ ấy có thể nhận ra ở di chỉ Nabatake và Itazuke.
Chúng ta biết văn hóa Yayoi với hoạt động nông canh đã bắt đầu xuất hiện ở miền Tây
Nhật Bản trước khi lan rộng ra khắp quần đảo ngoại trừ đảo Hokkaidô và các đảo Nam
Tây. Lúc này, người trên quần đảo bước từ kinh tế sản xuất lương thực bằng hái nhặt
qua kinh tế sản xuất bằng lúa nước. Chúng ta chưa có thể hình dung quần đảo lúc đó
như nước Nhật hiện tại bao gồm Hokkaidô với Okinawa, bởi vì trên hai phần đất này, từ
thời Jômon trở đi, đã thấy có sự phát triển của những nền văn hóa độc lập. Nếu như văn
hóa Jômon là văn hóa chung cho cả phần đất có tên là Nhật Bản ngày nay, văn hóa
Yayoi chưa đặt chân lên Hokkaido và các đảo Nam Tây. Tại sao lại có chuyện như thế
và thử hỏi từ thời Jômon trở đi, Hokkkaidô và các đảo Nam Tây đã có chuyện gì xảy ra?
Câu trả lời là đảo Hokkaidô chỉ bước qua thời Tục-Jômon nghĩa là nối tiếp văn hóa
Jômon trong khi các đảo Nam Tây vẫn sống theo lối hái nhặt lương thực của văn hóa
kaizuka tức thời gò vỏ sò. Có thể hiểu là khí hậu Hokkaidô quá lạnh để trồng lúa nước
còn ở các đảo Tây Nam thì những dụng cụ khai quật và cách phân bố các di chỉ cho ta
biết họ không dựa văn hóa lúa nước nhưng lại xây dựng cho mình một văn hóa đặc biệt.
Dù cả hai không thu nhận văn hóa lúa nước, cuộc sống của cư dân hai vùng đó không vì
thế mà ngưng trệ, lại có cơ hội phát triển văn hóa của mình theo cách thức riêng. Kể từ
thế lỷ thứ 9, ở Hokkaido đã có loại đồ gốm (doki) với hoa văn gọi là satsumon có hình
răng lược. Do đó, người ta đặt tên cho nó là văn hóa satsumon (hoa văn răng lược), theo
tên kiểu đồ gốm. Trong giai đoạn văn hóa ấy, đã thấy dấu hiệu của hoạt động nông canh
nhưng săn bắn và chài lưới vẫn đóng vai trò chủ yếu. Nói cách khác, cho dù không đưa
nông canh lúa nước vào nhưng cư dân trên những hòn đảo ấy cũng biết chuẩn bị đầy đủ
cho hoàn cảnh cuộc sống của mình được thuận lợi.
Tại sao có cái tên là văn hóa Yayoi? Sở dĩ người ta mệnh danh nó như thế là vì vào
khoảng giữa thời Meiji (1884), họ đã phát hiện trong một gò xác vỏ sò (kaizuka) ở
phường Hongô Yayoi thuộc nội thành Tôkyô một hủ gốm (tsubo) có những đặc trưng
khác hẳn với đồ gốm Jômon tìm thấy cho đến nay. Đồ gốm này được gọi là đồ gốm
Yayoi (Yayoi doki), rồi từ đó, thời đại nó xuất hiện mới mang tên là Yayoi. Thời đại này
lại được chia làm 3 giai đoạn gọi là tiền kỳ, trung kỳ và hậu kỳ. Có nghĩa là cho đến lúc
43