第3回生命医薬情報学連合大会のライトニングトークのスライドです． http://iibmp2014.castle104.com/#!_/presentations/11648

1. MEGADOCK 4.0
an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers
1T1-35 (G-06)
大上雅史，下田雄大，鈴木脩司，松崎由理，石田貴士，秋山泰（東工大・情報理工）
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タンパク質ドッキングを1日で100万ペア計算するよ^^
タンパク質ドッキングって何？
2つのタンパク構造から複合体構造を予測する計算のこと
なんで1日に100万ペア？
タンパク質間相互作用(PPI)ネットワークの予測や、アン
サンブルドッキングとかに気軽に応用できるようにする
ためには、そのくらい速い計算が必要なんだ。
へぇ、どうやってやるの？
GPUスパコンを使うよ

2. MEGADOCK 4.0 大上雅史
MPI, OpenMP, and CUDA Hybrid Parallelization
東工大TSUBAME 2.5のGPU（1ノードあたり3枚）を全て活用
1ノードフル利用で
84倍高速化
(12CPUコアに対して9.4倍)
1T1-35 (G-06)
世界第13位(2.8 PetaFlops)
17,984 CPUコア，4,258 GPU
1ノード：12CPUコア＋3GPU
並列化効率
強スケーリング
97%以上を達成
単一ノードでのGPUによる高速化
複数ノードでの並列化効率

3. MEGADOCK 4.0 大上雅史1T1-35 (G-06)
で、結局100万ペアのドッキングは何時間でできたの？
論文Open Access!
ツールOpen Source!
www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock
ノートPCからTSUBAMEまで!
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TSUBAME 2.5の420ノード利用でおよそ12時間だったよ
Binding Partner
Recognition Test
Chemotaxis
Pathway Analysis
Human Apoptosis
Pathway Analysis