SlideShare a Scribd company logo

出会い系タンパク質を探す旅

•Download as PPTX, PDF•
•
Masahito Ohue
Masahito Ohue

IPSJ-ONE 情報処理学会第80回全国大会＠早稲田大学理工キャンパス 2018/3/15 東京工業大学 大上雅史（おおうえまさひと） （slideshare向け調整済版）

Education
1 of 46
2018 バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 推薦 Pilgrimage 東京工業大学 情報理工学院 助教 大上 雅史 (おおうえまさひと) @tonets
タン 質パク
タンパク質？ ヘモグロビン (hemoglobin)
タンパク質？ アミラーゼ (α-amylase)
タンパク質？ コラーゲン (collagen)
タンパク質？ わたしたちの体に重要な分子 ヒトの体の2割くらいはタンパク質
©Kizuna AI
タンパク質の出会い α-amylase RAGI inhibitor
タンパク質の出会い α-amylase RAGI inhibitor
α-amylase/RAGI inhibitor complex タンパク質の出会い
α-amylase/RAGI inhibitor complex タンパク質の出会い
Rac GTPase arfaptin タンパク質の出会い
Rac GTPase/arfaptin complex タンパク質の出会い
β-lactamase inhibitor protein β-lactamase TEM-1 タンパク質の出会い
β-lactamase inhibitor/β-lactamase TEM-1 complex タンパク質の出会い
heparin cofactor thrombin タンパク質の出会い
heparin cofactor/thrombin complex タンパク質の出会い
cab39 zinc finger-like protein ZFRA タンパク質の出会い
タンパク質の出会い cab39 zinc finger-like protein ZFRA
転写制御 シグナル伝達 細胞輸送 代謝 がん 自己免疫疾患 幹細胞 阻害薬 副作用 アレルギー
転写制御 シグナル伝達 細胞輸送 代謝 がん 自己免疫疾患 幹細胞 阻害薬 副作用 アレルギー 知りたい！
タンパク質の数 10万種類以上
出会い (PPI) の可能性 タンパク質の組み合わせ 50億通り以上
• 数理モデル化 • 賢いアルゴリズム • でかい計算機 • うまい並列化 旅の道具
• Ohue M, et al. Bioinformatics, 2014. • Ohue M, et al. Protein Pept Lett, 2014. • Ohue M, et al. Lect Notes Bioinfo, 2012. 他 数理モデル化、賢いアルゴリズム うまい並列化 でかい計算機
数理モデル化と賢いアルゴリズム タンパク質Bの位置 （平行移動ベクトル） 掛け算 全部足す A B
数理モデル化と賢いアルゴリズム
数理モデル化と賢いアルゴリズム 高速フーリエ変換 (FFT) による高速化
でかい計算機とうまい並列化 東工大 TSUBAME 3.0 計算ノード（Xeon 28コア＋P100 GPU 4枚）が540基
でかい計算機とうまい並列化 プロセス並列(MPI) スレッド並列(CUDA & OpenMP) L R 35 … … Receptor FFT Ligand FFT Ligand 回転 Receptor ボクセル化 複素畳込み 逆FFT 高評価値の構造を抽出 Ligand ボクセル化
1日に100万件くらいなら 予測できる！
旅日記 → データベース化 （現在2800万件） http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock-web/ Hayashi T, et al. BMC Bioinformatics, 2018.
出会い系タンパク質を探す情報技術 創薬 疾病 生命現象
2018 バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 推薦 Pilgrimage 東京工業大学 情報理工学院 助教 大上 雅史 (おおうえまさひと) @tonets

Recommended

学振特別研究員になるために～2024年度申請版
学振特別研究員になるために～2024年度申請版 学振特別研究員になるために～2024年度申請版
学振特別研究員になるために～2024年度申請版
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2023年度申請版
学振特別研究員になるために～2023年度申請版学振特別研究員になるために～2023年度申請版
学振特別研究員になるために～2023年度申請版
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2022年度申請版
学振特別研究員になるために～2022年度申請版学振特別研究員になるために～2022年度申請版
学振特別研究員になるために～2022年度申請版
Masahito Ohue
 
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
Masahito Ohue
 
Learning-to-rank for ligand-based virtual screening
Learning-to-rank for ligand-based virtual screeningLearning-to-rank for ligand-based virtual screening
Learning-to-rank for ligand-based virtual screening
Masahito Ohue
 
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Masahito Ohue
 
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2020年度申請版
学振特別研究員になるために～2020年度申請版学振特別研究員になるために～2020年度申請版
学振特別研究員になるために～2020年度申請版
Masahito Ohue
 

Recommended

学振特別研究員になるために～2024年度申請版
学振特別研究員になるために～2024年度申請版 学振特別研究員になるために～2024年度申請版
学振特別研究員になるために～2024年度申請版
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2023年度申請版
学振特別研究員になるために～2023年度申請版学振特別研究員になるために～2023年度申請版
学振特別研究員になるために～2023年度申請版
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2022年度申請版
学振特別研究員になるために～2022年度申請版学振特別研究員になるために～2022年度申請版
学振特別研究員になるために～2022年度申請版
Masahito Ohue
 
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
第43回分子生物学会年会フォーラム2F-11「インシリコ創薬を支える最先端情報科学」から抜粋したAlphaFold2の話
Masahito Ohue
 
Learning-to-rank for ligand-based virtual screening
Learning-to-rank for ligand-based virtual screeningLearning-to-rank for ligand-based virtual screening
Learning-to-rank for ligand-based virtual screening
Masahito Ohue
 
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU a...
Masahito Ohue
 
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Molecular Activity Prediction Using Graph Convolutional Deep Neural Network C...
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2020年度申請版
学振特別研究員になるために～2020年度申請版学振特別研究員になるために～2020年度申請版
学振特別研究員になるために～2020年度申請版
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版
Masahito Ohue
 
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Masahito Ohue
 
目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング
Masahito Ohue
 
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
Masahito Ohue
 
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
Masahito Ohue
 
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
Masahito Ohue
 
ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
Masahito Ohue
 
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
Masahito Ohue
 
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction predictionPrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
Masahito Ohue
 
Protein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screeningProtein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screening
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
Masahito Ohue
 
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Masahito Ohue
 
PRML Chapter 14
PRML Chapter 14PRML Chapter 14
PRML Chapter 14
Masahito Ohue
 
W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3
Masahito Ohue
 
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculationAccurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
Masahito Ohue
 
Protein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction PredictionProtein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction Prediction
Masahito Ohue
 
PRML Chapter 5
PRML Chapter 5PRML Chapter 5
PRML Chapter 5
Masahito Ohue
 

More Related Content

More from Masahito Ohue

学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版
Masahito Ohue
 
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Masahito Ohue
 
目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング
Masahito Ohue
 
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
Masahito Ohue
 
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
Masahito Ohue
 
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
Masahito Ohue
 
ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
Masahito Ohue
 
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
Masahito Ohue
 
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction predictionPrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
Masahito Ohue
 
Protein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screeningProtein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screening
Masahito Ohue
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
Masahito Ohue
 
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Masahito Ohue
 
PRML Chapter 14
PRML Chapter 14PRML Chapter 14
PRML Chapter 14
Masahito Ohue
 
W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3
Masahito Ohue
 
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculationAccurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
Masahito Ohue
 
Protein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction PredictionProtein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction Prediction
Masahito Ohue
 
PRML Chapter 5
PRML Chapter 5PRML Chapter 5
PRML Chapter 5
Masahito Ohue
 

More from Masahito Ohue (20)

学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版学振特別研究員になるために～2019年度申請版
学振特別研究員になるために～2019年度申請版
 
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a...
 
目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング目バーチャルスクリーニング
目バーチャルスクリーニング
 
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価
 
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版学振特別研究員になるために～2018年度申請版
学振特別研究員になるために～2018年度申請版
 
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク（FIT2016 助教が吼えるセッション）
 
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock (ISMB2016読み会, 大上)
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成29年度申請版]
 
ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上ISMB/ECCB2015読み会：大上
ISMB/ECCB2015読み会：大上
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～[平成28年度申請版]
 
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
IIBMP2014 Lightning Talk - MEGADOCK 4.0
 
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction predictionPrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
PrePPI: structure-based protein-protein interaction prediction
 
Protein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screeningProtein-protein docking-based virtual screening
Protein-protein docking-based virtual screening
 
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
学振特別研究員になるために～知っておくべき10のTips～
 
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
Protein-Protein Interaction Prediction Based on Template-Based and de Novo Do...
 
PRML Chapter 14
PRML Chapter 14PRML Chapter 14
PRML Chapter 14
 
W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3W8PRML5.1-5.3
W8PRML5.1-5.3
 
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculationAccurate protein-protein docking with rapid calculation
Accurate protein-protein docking with rapid calculation
 
Protein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction PredictionProtein-Protein Interaction Prediction
Protein-Protein Interaction Prediction
 
PRML Chapter 5
PRML Chapter 5PRML Chapter 5
PRML Chapter 5
 

出会い系タンパク質を探す旅

Editor's Notes

  1. 水　７０％ タンパク質　２０％