第34回 DDBJing 講習会 in 三島 講師：向田 志保（DDBJ アノテータ） 日時：2016年12月15-16日 場所：国立遺伝学研究所 （静岡県三島市）

1. BioProject と BioSample の紹介
向田 志保
Shiho Mukaida, Ph.D
DDBJ センター、アノテータ
DDBJ center, annotator

2. 2016年12月15日
DDBJ センターが運営するデータベース
INSDC: オープンアクセスデータベース
個人レベルの遺伝型と表現型
JGA
アクセス制限データベース
ヒトデータ審査委員会
DDBJ
アセンブリ
アノテーション
リード
Quality value
アライメント
(bam)
DRA
BioProject
BioSample
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

3. 2016年12月15日
SRA データモデルにおける BioProject, BioSample
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
1. 「なぜ」そのサンプルを
シークエンスしたのか 2. 「なに」をシークエンスしたのか
3. 「どのように」シークエンスしたのか
4. シークエンスの結果

4. 2016年12月15日 第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
3. 「どのように」シークエンスしたのか
4. シークエンスの結果
1. 「なぜ」そのサンプルを
シークエンスしたのか 2. 「なに」をシークエンスしたのか
SRA データモデルにおける BioProject, BioSample

5. 2016年12月15日
プロジェクトの登録が必要な場合
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 DRA 登録では BioProject と BioSample の登録が必須
 微生物や真核生物のゲノム配列を登録する場合
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#プロジェクトの登録が必要な場合

6. 登録を始める前に
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

7. 2016年12月15日
D-way アカウントを取得しておく
 D-way アカウントをウェブサイト (https://trace.ddbj.nig.ac.jp/D-way/) で取得
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/book/account.html登録アカウント Handbook:
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

8. BioProject
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

9. 2016年12月15日
プロジェクト番号でデータを関連付ける
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 同じBioProject アクセッション番号を引用しデータを関連付ける
DDBJ
DRA
シークエンシングと
サンプリング
アノテーション
BioProject

10. 2016年12月15日
ゲノム配列
SRA データ
Pubmed 論文情報
タイトル
プロジェクト単位でデータをまとめる
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
論文情報
概要
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB4356NCBI BioProject:
グラント情報
BioSample

11. 2016年12月15日
BioProject 登録管理情報の入力
 登録者情報（名前、メールアドレス、所属組織）
 即日公開 or 非公開を選択 (公開予定日は指定できない)
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

12. 2016年12月15日
プロジェクトの登録
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 過去の登録内容と重複していないか確認
 質問等はコメント欄に記入
コメント
概要
タイトル

13. 2016年12月15日
ヒトを対象とした研究データの登録
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
市販の検体以外のヒト由来試料を用いた研究においては、以下の点を確認
 提供予定データを産出した実験手法および対象が明記された研究計画書が登録者の
所属機関の倫理委員会において承認されている
 研究計画書・インフォームドコンセント説明同意文書内にデータベースへデータを
提供し、研究者間で共有することが記載されている
 フィルタによりヒト配列が除去されている（メタゲノム登録の場合）
個人レベルの遺伝型と表現型
JGA
アクセス制限データベース
ヒトデータ審査委員会
BioProject の General Info の Private comments to DDBJ staff の項目に、
上記を満たしている旨を記載すれば、アクセッション番号発行がスムーズに
データ公開に際してアクセス制限が必要な場合、Japanese Genotype-phenotype
Archive (JGA) へ登録
JGA
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/human-j.html
ヒト対象とした研究データの登録について
https://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/index.html

14. 2016年12月15日
プロジェクトの登録
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

15. 2016年12月15日
プロジェクトの登録
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合、共通する階層までの生物分類を記入

16. 2016年12月15日
アンブレラプロジェクトの活用
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 アンブレラプロジェクト(非公開にできない) でプロジェクトをまとめる
DDBJ 側では申告されないとアンブレラとの関係が分からない
コメント欄に記入
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#アンブレラプロジェクトの活用
微生物 植物 動物
アンブレラ

17. 2016年12月15日
BioProject の投稿
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 プレフィックス PRJDB の BioProject アクセッション番号 を発行

18. 2016年12月15日
プロジェクトの定義は柔軟
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 植物サンプルのゲノム配列と遺伝子発現を解析  三つの微生物株のゲノム配列を解析
アセンブルゲノムとそれに関わる DRA 登録では同じ BioProject
アクセッション番号を引用することを推奨

19. BioSample
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

20. 2016年12月15日
BioSample でサンプル情報を集中管理
 データベースに散在していたサンプル情報を集中管理
 サンプル記述を標準化
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/index.html
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

21. 2016年12月15日
属性 (attributes) でサンプルを記述
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 「属性名:値」のペアでサンプルを記述 (例: tissue:liver)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/1990977
サンプルタイプ
サンプル属性
関連データ
タイトル
NCBI BioSample:

22. 2016年12月15日
BioSample の登録
 サンプルの種類 (Sample type) に応じた属性セット
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.htmlサンプル属性一覧:
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
例: ゲノムの場合 num_replicons が必須
 SUBMITTER: 登録者情報（名前、メールアドレス、所属組織）
 GENERAL INFO: 即日公開 or 非公開を選択 (公開予定日は指定できない)
 SAMPLE TYPE: サンプルの種類を選択

23. 2016年12月15日
ATTRIBUTES: サンプル属性を記載
 Sample type に対応したタブ区切りのテキストファイルをダウンロード
 エクセルなどで１行に１サンプルの情報を入力し、テキストファイルをアップロード
必須属性に対する値がない場合は “missing” などを記入
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/submission.html#値がない場合の記載方法
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

24. 2016年12月15日
[登録例１] 同じ薬物で処理された三匹の「同一」なトランスジェニックマウス
3 BioSamples
 Biological/Technical replicate は異なる BioSample として登録
 サンプル属性 replicate の値に "biological replicate 1” "biological replicate 2"
のように記載
[登録例２] 遺伝子発現レベルの経時的な変化を解析するために，ウイルスに感染
させた CHO 細胞を 0，2，4，8 時間後にサンプリング - 4 BioSamples
(4 time points)
[登録例３] 発現している遺伝子の差異を組織毎に調べるためオスのマウス一個体
から採取した脳，心臓，肺，精巣，肝臓 - 5 BioSamples (５つの異なる組織)
塩基配列登録にはいくつのサンプルが必要ですか?
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/faq.html#samples-for-sra
*sample_name *sample_title replicate
BPD treatment mouse 1 transgenic mouse treated with BPD_replicate_1 biological replicate 1
BPD treatment mouse 2 transgenic mouse treated with BPD_replicate_2 biological replicate 2
BPD treatment mouse 3 transgenic mouse treated with BPD_replicate_3 biological replicate 3

25. 2016年12月15日
サンプルを投稿
 属性ファイルの内容を確認し投稿
 プレフィックス SAMD の BioSample アクセッション番号 を発行
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

26. BioProject と BioSample の利用
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

27. 2016年12月15日
BioProject/BioSample ID の引用
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 DRA 登録を構成する BioProject と BioSample アクセッション番号を選択
 塩基配列登録では、DBLINK に、関連する BioProject/BioSample アク
セッション番号を記入

28. データの公開と更新
BioProject・BioSample
第33回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

29. 2016年12月15日
BioProject と BioSample の連動公開
 塩基配列データの公開は参照している BioProject/BioSample の公開を引き起こす
 BioProject/BioSample の公開は参照元の塩基配列データの公開を引き起こさない
(※) BioSample に BioProject アクセッション番号が記載されている場合は、
BioSample の公開が BioProject の公開を引き起こす
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#データ公開
第33回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
(※)

30. 2016年12月15日
データの公開
 公開されたデータはミラーされ DDBJ/EBI/NCBI で利用できるようになります
NCBI BioProject
NCBI BioSample
NCBI SRA
第33回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

31. 2016年12月15日
データの更新
 更新内容を BioProject チームに連絡
 関連する論文が公開されたら pubmed ID などの文献情報を連絡
BioProject
BioSample
 更新内容を BioSample チームに連絡
 Submission 終了後、Sample の追加はできない ⇒ 新規登録
第33回 DDBJing 講習会 (遺伝研)

32. 2016年12月15日
お問い合わせ先
第34回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/contact.html
 登録について問い合わせる場合には ID をお知らせください

33. 補足

34. 2016年12月15日
DDBJ と NBDC の役割分担
第33回 DDBJing 講習会 (遺伝研)
 利用制限が必要な個人由来の遺伝型・表現型情報を受付・保存・提供
 原則として匿名化されたメタデータを受付
 データ提供と利用を NBDC ヒトデータ共有ガイドラインに従って審査
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/submission.html