[All in-one2017] 「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋質構造データバンク
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All-in-one 合同講習会 2017 ～生命科学の最先端に触れてみよう～ 講師：鈴木 博文（大阪大学蛋白質研究所 特任助教） 日時：2017年5月27日 場所：三島市民文化会館（ゆうゆうホール） 小ホール（静岡県三島市） YouTube：https://youtu.be/w93IQGKeNOs
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[All in-one2017] 「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋質構造データバンク
- 1. 「生命の素子」のカタチの データベース: 蛋質構造データバンク (PDB) All-in-one 合同講習会 2017 三島市民文化会館 鈴木博文 PDBj / 大阪大学蛋白質研究所
- 3. インフルエンザウイルス の タンパク質 と タミフル 3 大きい球: タミフル (インフルエンザ治療薬) 小さい球: ノイラミニダーゼ (インフルエンザウイルスのタンパク質) 立体メガネ
- 4. 「生命の素子」の構造 4 時計を作る、直す、改造する、には… → 時計の「しくみ」の理解 → 時計の部品の「構造」の理解 「生物」である自分達のことを知るには・・・ 病気の治療、ナノテクなどへの応用には・・・ → 生物の「しくみ」の理解 → 「生命の素子」の「構造」の理解 「生命の素子」とは？ → 主にタンパク質 (蛋白質) → 他にはDNA、RNA、糖、脂質など タンパク質の構造
- 5. PDB と PDBj につて
- 6. PDBの2つの側面 6 PDBは、 - 世界でたったひとつのデータベース 厳重に秘匿 厳密に管理 - 世界中にたくさんあるデータベース 容易に入手・自由に利用 勝手に公開
- 8. Worldwide PDB (wwPDB) 8 ４つの拠点で協力してPDBを運営 ～ wwPDBの役割は、PDBの生体高分子の3次元構造を蓄積した単一の データベースの保守と、PDBデータベースを世界中の研究者コミュニティに無 償で公開し利用できるようにすることである。 Wikipediaより ～
- 9. - 世界中の研究者から集める (研究資金、ジャーナルなどによっては義務) - 登録・検証・品質管理は各拠点で分担 - 共通のデータベースを作成 - 新規データは非公開、公開日まで厳重に管理 (特別の部屋、専門のスタッフのみ) データの受け入れ（登録・検証・品質管理） 9 電子鍵のついた部屋 専門スタッフによる 登録、検証作業
- 10. - 世界同時公開 毎週水曜0:00（日本時間9:00） - パブリックドメイン 使途を問わない、人類の財産 - 各拠点独自のツールやユーザーインターフェース - PDBデータに付随する、各拠点独自の注釈 データの公開 10 サービスの開発作業 サーバーの管理作業
- 11. wwPDBの「諮問委員会」 11 wwPDB Advisory Committee Meetings 2014 メンバーは世界中の構造解析・バイオインフォマティクスの専門家 http://www.wwpdb.org/about/advisory
- 12. PDBのデータ
- 14. 誰が何に使うの？ 14 • よく似た別のタンパク質の構造解析に使う • 多数の構造データを利用した研究 • 病理学、創薬研究への応用 • イラスト作成、教育活動 表紙の画像 科学イベント (サイエンスアゴラ)科学研究に再利用
- 16. PDBj の トップページ 16 https://pdbj.org/
- 19. 研究者 と データベース
- 23. データベース 23 Wikipediaによる「データベース」の解説 • Wikipedia自体も「データベース」 • PDBもデータベース • 外部の人が登録したり利用したりすることができる ようにしたものを「データバンク」ということが多い