1. Bapa Ai Ling yang berkacamata membaca koran sambil duduk di sofa, sementara itu Ai Ling menghidangkan minuman untuk keluarganya. Emak Ai Ling sedang menjahit baju yang robek dengan mesin jahit, sementara adiknya bermain dengan kucingnya. Abang Ai Ling pula membaca buku cerita yang menarik.
The document discusses various blotting techniques used to detect DNA, RNA, and proteins. It describes Southern blotting for detecting DNA, Northern blotting for detecting RNA, and Western blotting for detecting proteins. It provides details on the steps involved in each technique, including separating biomolecules by electrophoresis, transferring them to a membrane, and using probes for detection through hybridization or antibody binding.
The Polymerase Chain Reaction (PCR) revolutionized life sciences by providing an efficient means of amplifying DNA. Invented in 1983 by Kary Mullis, PCR uses the DNA polymerase from Thermus aquaticus bacteria and cycles of heating and cooling to amplify a targeted region of DNA. The primary materials needed for PCR are DNA nucleotides, template DNA, primers that are complementary to the template DNA, and a heat-stable DNA polymerase. PCR changed molecular biology techniques and applications.
1. Bapa Ai Ling yang berkacamata membaca koran sambil duduk di sofa, sementara itu Ai Ling menghidangkan minuman untuk keluarganya. Emak Ai Ling sedang menjahit baju yang robek dengan mesin jahit, sementara adiknya bermain dengan kucingnya. Abang Ai Ling pula membaca buku cerita yang menarik.
The document discusses various blotting techniques used to detect DNA, RNA, and proteins. It describes Southern blotting for detecting DNA, Northern blotting for detecting RNA, and Western blotting for detecting proteins. It provides details on the steps involved in each technique, including separating biomolecules by electrophoresis, transferring them to a membrane, and using probes for detection through hybridization or antibody binding.
The Polymerase Chain Reaction (PCR) revolutionized life sciences by providing an efficient means of amplifying DNA. Invented in 1983 by Kary Mullis, PCR uses the DNA polymerase from Thermus aquaticus bacteria and cycles of heating and cooling to amplify a targeted region of DNA. The primary materials needed for PCR are DNA nucleotides, template DNA, primers that are complementary to the template DNA, and a heat-stable DNA polymerase. PCR changed molecular biology techniques and applications.
DNA extraction is a method to purify DNA from a sample by separating it from other cellular components using physical and chemical methods. It involves disrupting cell walls and membranes to release DNA, then precipitating the DNA and removing contaminants like proteins, lipids, and RNA. Common extraction methods use chemicals like phenol, chloroform, and isopropanol to separate DNA, which is then analyzed on a gel for quality and yield assessment or used in applications like forensics, ancestry tracking, medical testing, and genetic engineering.
Polymerase chain reaction (PCR) is a technique used to amplify a specific DNA sequence. There are several factors to consider when designing primers for PCR, including length of 18-30 nucleotides, melting temperature between 65-75°C, GC content of 40-60%, and avoiding repeats or secondary structures. Real-time PCR uses fluorescent dyes and probes to quantify the amount of DNA produced during each cycle. SYBR Green binds double-stranded DNA produced and fluorescence increases with more DNA, while TaqMan probes have a reporter dye separated from a quencher until the probe is cleaved during PCR. To amplify RNA via PCR, it is first converted to cDNA using reverse transcriptase, then the cDNA
The ‘Three Peak Challenge’ for long-read, ultra-deep stool metagenomics on th...scalene
Dr Joshua Quick presented on optimizing nanopore metagenomic sequencing methods to achieve long reads from complex microbial samples. He described a "Three Peak Challenge" approach using NaCl/PEG size selection, bead beating, and MetaPolyzyme lysis to generate overlapping read length distributions up to 778kb. This method enabled assembly of genomes from a mock community at different abundance levels, including detection over 6 logs of abundance. Future work includes applying these methods to clinical samples like fecal microbiome transplants.
Bài này mình sưu tầm được, một số phần bị lỗi font. Mình thấy nó khá hay, và có thể giúp ng đọc hiểu được về cơ bản PCR là gì, và cách chạy PCR ra sao.
( Rất cảm ơn người làm bài present này)
The document describes creating a SNP calling pipeline for potato data from RNA-Seq experiments. Key steps included aligning reads to the potato genome using BWA or Bowtie, converting SAM to BAM and sorting, generating coverage profiles with SAMtools, and calling SNPs from the BAM files using SAMtools and bcftools. SNPs identified from the RNA-Seq data were then selected for inclusion on an Illumina GoldenGate SNP chip to genotype samples for genetic mapping. Comparison of the SNP chip results to the original RNA-Seq data was performed to evaluate accuracy. Remaining questions around discrepancies in the data were noted for further investigation.
DNA extraction is a method to purify DNA from a sample by separating it from other cellular components using physical and chemical methods. It involves disrupting cell walls and membranes to release DNA, then precipitating the DNA and removing contaminants like proteins, lipids, and RNA. Common extraction methods use chemicals like phenol, chloroform, and isopropanol to separate DNA, which is then analyzed on a gel for quality and yield assessment or used in applications like forensics, ancestry tracking, medical testing, and genetic engineering.
Polymerase chain reaction (PCR) is a technique used to amplify a specific DNA sequence. There are several factors to consider when designing primers for PCR, including length of 18-30 nucleotides, melting temperature between 65-75°C, GC content of 40-60%, and avoiding repeats or secondary structures. Real-time PCR uses fluorescent dyes and probes to quantify the amount of DNA produced during each cycle. SYBR Green binds double-stranded DNA produced and fluorescence increases with more DNA, while TaqMan probes have a reporter dye separated from a quencher until the probe is cleaved during PCR. To amplify RNA via PCR, it is first converted to cDNA using reverse transcriptase, then the cDNA
The ‘Three Peak Challenge’ for long-read, ultra-deep stool metagenomics on th...scalene
Dr Joshua Quick presented on optimizing nanopore metagenomic sequencing methods to achieve long reads from complex microbial samples. He described a "Three Peak Challenge" approach using NaCl/PEG size selection, bead beating, and MetaPolyzyme lysis to generate overlapping read length distributions up to 778kb. This method enabled assembly of genomes from a mock community at different abundance levels, including detection over 6 logs of abundance. Future work includes applying these methods to clinical samples like fecal microbiome transplants.
Bài này mình sưu tầm được, một số phần bị lỗi font. Mình thấy nó khá hay, và có thể giúp ng đọc hiểu được về cơ bản PCR là gì, và cách chạy PCR ra sao.
( Rất cảm ơn người làm bài present này)
The document describes creating a SNP calling pipeline for potato data from RNA-Seq experiments. Key steps included aligning reads to the potato genome using BWA or Bowtie, converting SAM to BAM and sorting, generating coverage profiles with SAMtools, and calling SNPs from the BAM files using SAMtools and bcftools. SNPs identified from the RNA-Seq data were then selected for inclusion on an Illumina GoldenGate SNP chip to genotype samples for genetic mapping. Comparison of the SNP chip results to the original RNA-Seq data was performed to evaluate accuracy. Remaining questions around discrepancies in the data were noted for further investigation.
2. DNS RNS Fehérje Transzkripció Transzláció polipeptid szintézise mRNS minta alapján Centrális dogma
3.
4. A DNS kettős spirál szerkezetéből magából adódik a replikáció módja. A DNS replikációja Szemikonzervativ replikáció A emberi sejtek 8 óra alatt replikálják kromatinjukat.
5. A DNS kettős spirál szerkezetéből magából adódik a replikáció módja. Ha a kettős spirál az egyik végén cipzár szerűen szétnyílik, a bázisok hozzáférhetővé válnak. Az ellentétes szál a komplementaritás elve alapján készülhet el. A DNS replikációja Szemikonzervativ replikáció
6. Figure 5-8. The structure of a DNA replication fork. Because both daughter DNA strands are polymerized in the 5′-to-3′ direction, the DNA synthesized on the lagging strand must be made initially a series of short DNA molecules, called Okazaki fragments. A DNS replikáció mechanizmusa A DNS szintézis kezdés, elongáció és termináció szakaszokra bontható.
7. A replikációs kezdőpont (origó). A replikációnak kitüntetett kezdőpontja (origója) van. Az E.coli egyetlen replikációs origója, az oriC , 245 nukleotidpár hosszú.
8. A replikáció iránya, a replikációs villa Az új szál mindig 5’ 3’ irányban szintetizálódik. A replikációs villában az egyik szál a villa irányában, a másik attól távolodó irányban íródik. Vezető szál (folytonos átírás) Elmaradó szál (szakaszos átírás) Elsőként átíródott darab 2. 3. 5’ 3’
9. A replikáció az origótól mindkét irányban halad. Az origótól két irányba haladó DNS replikáció összesen négy újonnan szintetizálódó szálat jelent, két folytonos (vezető) és két elmaradó szálat. villa villa origó
10. A DNS polimerázok működése A DNS polimerázok az egyes szálú DNS templátra (minta) azt kiegészítő (komplementer) szálat szintetizálnak a rendelkezésre álló nukleotid trifoszfátokból. A szálat azonban elkezdeni nem tudják, csak hosszabbítani. A kezdéshez egy rövid kezdő (primer) szakaszra van szükségük. templát (= minta DNS egyesszál) primer (= kezdő) új szál dATP dCTP dGTP dTTP DNS Polimeráz
11. A DNS szintézis kezdése (priming) A DNS szintézist egy rövid RNS primer szintézise előzi meg, melyet az RNS polimeráz (primáz) készít. A szintézis iránya az egyik szálon a villa felé mutat, a másik szálon a villától távolodik. RNS primer RNS primer PRIMÁZ szintézis irány
12. templát RNS primer DNS Polimeráz III. templát (minta) új DNS szál DNS Polimeráz I. A DNS polimeráz III ( pol III ) végzi a replikációs szintézist. a DNS polimeráz I ( pol I vagy Kornberg enzim) elemészti az RNS primereket és befejezi az elmaradó szál szintézisét. Az E.coli DNS replikációjában két polimeráz vesz részt:
13. Az elmaradó szál szintézise A vezető szál szintézise folytonos. Az elmaradó szálon: 1., A primáz RNS templátokat szintetizál. 2., A DNS polimeráz III DNS-t szintetizál a primer folytatásaként. 3., A DNS polimeráz I eltávolítja az előtte lévő RNS darabot és befejezi a láncot. 4., A DNS ligáz összekapcsolja a különálló DNS darabokat. régi szál vezető szál elmaradó szál a villa mozgása Az elmaradó szál szintézise: régi szál RNS primer új DNS Okazaki fragment ligálás 1., 2., 3., 4.,
15. A replikáció pontossága A szintézis során 10 4 -10 6 nukleotidonként történik egy hibás beépülés. Ez igen magas mutációs rátát eredményezne. A polimeráz III enzim saját hibajavító rendszerrel rendelkezik, és a hibás beépülések 99%-át azonnal kijavítja, így csak 10 8 nukleotidonként marad egy hiba. A replikáció utáni javítórendszer ennek 99%-át is kijavítja. Így adódik a végső pontosság, ami 10 10 nukleotidonként egy hiba. (Ez az emberi genom esetén egyetlen hibát jelent egy replikáció során.)
16. A Polimeráz III enzim hibajavítása A pol III ε (epszilon) alegysége végzi annak ellenőrzését, hogy nem történt-e hiba a szintézis során. A hibásan beépített (rosszul párosodó) nukleotidokat azonnal kivágja. A kivágás visszalépést igényel, ezért annak iránya 3’ 5’. szintézis iránya 5’ 3’ kivágás iránya 3’ 5’
17. A polimerázok aktivitása Az E.coli DNS replikációjában két polimeráz vesz részt: A DNS polimeráz III ( pol III ) végzi a replikációs szintézist. a DNS polimeráz I ( pol I vagy Kornberg enzim) elemészti az RNS primereket és befejezi a lemaradó szál szintézisét. pol I pol III 5’->3’ polimerizáció + + 3’->5’ exonukleáz (hibajavítás) + + 5’->3’ exonukleáz + - molekula/sejt 400 10
18. Az eukarióta kromoszóma sok replikációs origót tartalmaz Egy diploid sejt 3 H timidin beépülésének képe a szintézis fázis elején. Drosophila politén kromoszóma 3 H timidin beépülésének képe a szintézis fázis elején. A radioaktív jelek replikációs origókat jelölnek.
27. tRNS-ek Az aminosav adenilát és az aminoacil tRNS képződése ugyan azon az enzimen képződik. Az enzim nemcsak a aminosav kötést végzi, de hiba javító funkcióval is bír („editing site”).
