1. Анализ экспрессии генов

2. Центральная догма молекулярной биологии
(F.Crick, 1958, 1970)
DNA
RNA Protein
Экспрессия генов

3. Количество генов
4300
6300
18000
25000
28000

4. Тканеспецифичная экспрессия
Индуцибельная экспрессия

5. Тканеспецифичная экспрессия

6. Анализ экспрессии
• На уровне мРНК
• На уровне белков

8. Лазерная микродиссекция
для анализа экспрессии в отдельных клетках или гомогенных
популяциях клеток

9. Анализ мРНК

10. Синтез кДНК

11. Создание кДНК библиотек

12. Сравнение геномной и кДНК
библиотек

13. Специфичный
синтез кДНК

14. Методы основанные на
гибридизации
• Nothern blot
• Tissue in situ hybridization (TISH)

15. Southern Blot (DNA)

16. Northern blot (RNA)
• Наличие мРНК
• Размер мРНК

17. TISH
Локализации мРНК в тканях, клетках

18. Количественная ПЦР
1. RT-PCR (reverse transcriptase PCR)
2. qPCR (real-time PCR)

19. Количественная ПЦР
• Неспецифичная детекция
- интеркалирующие красители
•Специфичная детекция
- TaqMan
- molecular beacon
- и тд
TaqMan
Molecular Beacon

20. Microarray

21. Heatmap – визуализация microarray анализа

22. Heatmap – визуализация microarray анализа

23. Сравнительный экспрессиионный анализ

24. Сравнение экспрессии

25. Affymetrix GeneChip

26. Next-generation sequencing
RNA-seq experiment

27. Анализ белков

28. Westernblot
(иммуноблоттинг)
Используются специфичные антитела
А, В – антитела с разной
специфичностью
С – контрольные образцы
здоровых людей
1-8 – образцы больных
мышечной дистрофией
in vitro

29. Двумерный электрофорез белков
1. Разделение по pH
2. Разделение в электрическом
поле (электрофорез)
Разрешение – до 10 000 белков в
одном геле

30. Иммуногистохимия
Используются специфичные меченые антитела
in situ

31. Флуоресцентная микроскопия
• Белок метится аминоксилотной
последовательностью, к которой подобраны
антитела
• Белок метится флюоресцентым белком GFP
in vivo

32. Масс-спектрометрия
Определение массы и заряда молекул
MALDI-TOF

33. Анализ белков при помощи масс-
спектрометрии

34. ChiP-seq
(chromatin immunoprecipitation sequencing)
Анализ взаимодействия белков с ДНК

35. Паттерны метилирования
Метилирование тканеспецифично, локусспецифично, особьспецифично

36. Methylated DNA immuno-
precipitation (MeDIP-Seq)

37. Bisulfite sequencing

38. Спасибо за внимание