Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.

Семинар по генным сетям. Mirob.

696 views

Published on

Слайды с пилотного семинара в высшей школе экономики.
Слайд варианта динамической сети можно посмотреть здесь: http://gyazo.com/22669956269833c6eb68582ffb8f9409

http://mirob.interactome.ru

Published in: Science
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Семинар по генным сетям. Mirob.

  1. 1. “Анализ и визуализация генных сетей” Александр Фокин Институт Биологии Развития им. Н.К.Кольцова РАН, РНИМУ им. Н.И. Пирогова
  2. 2. Генная сеть — группа координировано экспрессирующихся генов, их белковых продуктов и микроРНК, контролирующих выполнение определенных функций организма, а также механизмы взаимосвязей между собой . Работа генной сети регулирует биохимические, физиологические и другие процессы внутри клетки. Кроме этого, генные сети тесно переплетены между собой и активно влияют на работу друг друга.
  3. 3. Использованнные инструменты и базы данных: ● NCBI gene ● PubMed Central ● Gene Onthology ● DrugBank ● dbSNP ● SNPPER ● BioGPS ● StringDB ● BioGrid ● WikiPathways ● Panter ● GeneMania ● PharmGkb ● Bio4J ● Reactome ● Biokarta ● GEO ● ArrayExpress ● Manualy Curted Data ● HPRD ● MirBase ● MirTarBase ● OMIM ● Mesh ● FDA ● NCI ● NCCN ● что вспомнил!
  4. 4. Нужно уметь задавать правильные вопросы: • Что и зачем мы хотим получить из огромного количества информации? • Как это сделать?
  5. 5. Что пошло не так внутри клетки конкретного организма? • биомаркеры прогностические диагностические Кто виноват? • гены-мишени/мутации • сигнальные каскады Как исправить? • лекарственные препараты • гайд-лайны
  6. 6. Вначале была база данных
  7. 7. Надо бы это все визуализировать
  8. 8. Генная сеть TP53 на GraphViz
  9. 9. Очень много информации на одном экране. Проблема: получается сложно и непонятно Что делать?
  10. 10. Создали графическую и цветовую нотацию:
  11. 11. Опять инфохаос
  12. 12. Связали Ген-РНК-Белок-микроРНК в единые сущности
  13. 13. А что будет, если использовать открытые базы? данных?
  14. 14. Информация об узле Информация о ребре
  15. 15. Информация о генной сети
  16. 16. Все равно все очень сложно и непонятно.
  17. 17. Фильтры Планируем добавить фильтры: ● Тканевая специфичность ● Cut-off по уровням экспрессии ● По сигнальным каскадам
  18. 18. Колоректальный рак
  19. 19. Gene Ontology?
  20. 20. MirOB Ontology!
  21. 21. Cisplatin resistance gene network
  22. 22. Антагонизм MIR34A и MIR21
  23. 23. Кратчайший путь: PAX6 => OPTN
  24. 24. Потенциальные пути: PAX6 => OPTN
  25. 25. Случайно уронили SNPPer
  26. 26. Лекартсва, действующие на мишени
  27. 27. http://omictools.com/rna-seq-c1212-p1.html RNA-seq analysis
  28. 28. Gene expression microarray analysis http://omictools.com/gene-expression-array-c1210-p1.html
  29. 29. MirOB -- инструмент анализа генных сетей http://mirob.interactome.ru
  30. 30. Что дальше ● Динамическая визуализация генных сетей ● Градации по экспрессионным уровням на генной сети ● Анализ “сырых” данных в облаке (Arrays & RNA-seq) ● GWAS анализ ● Имплементация основных мировых гайд-лайнов лечения онкозаболеваний ● Распределенные вычисления Полноценный workflow от загрузки любых данных, до понятного отчета.
  31. 31. Александр Фокин bifurc8@gmail.com http://mirob.interactome.ru +7 910 452 44 84

×