Ang Pilipinas ay pinamunuan ng Espanya sa pamamagitan ng paghahalu-halo ng simbahan at estado, na nagdulot ng iba't ibang epekto sa politika, ekonomiya, at relihiyon ng bansa. Tanging ang uring maharlika, na naging principalia, ang nakinabang sa mga repormang ipinatupad, habang ang nakararami ay nagdusa. Kabilang sa mga mahalagang institusyon ay ang gobernador-heneral, royal audiencia, at encomienda na nagpatakbo sa sistemang kolonyal.