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[N9]
バイナリ生物学入門
2022年8月10日(水)18:30~20:30
講師:大神 祐真
今日やること
● 前回のおさらい
● 演習のつづき
● おわりに
今日やること
● 前回のおさらい
● 演習のつづき
● おわりに
前回の補足
● daisy-toolsの基本機能について
○ syslogにログを出力しています
■ daisy-tools上の細胞変化に関する全てをsyslogへ出力しています
● 主に後の分析用
● これをパースすることで、始まりの細胞からの系統図を描いたりできます
○ 例:daisy-toolsデモ(音声なしYouTube動画)
■ ただし、systemdのjournaldで運用している場合、journaldのRatelimitに引っかかり、
いくらかのログが飛ばされる場合があります
● 例:
● 完全にログを残したい場合は /etc/systemd/journald.conf の RateLimit 設定を変更してみてください
○ 詳しくは"journald ratelimit"などで検索してみてください
Aug 10 08:38:29 xxx dsy-sysenv[15710]: sysenv[f83a409361]: do bin/dsy-eval f83a409361
Aug 10 08:38:29 xxx rsyslogd[821]: imjournal: begin to drop messages due to rate-limiting
Aug 10 08:38:29 xxx dsy-cell2elf[30966]: cell[f83a409361]: load from file.
前回の補足
● daisy-tools実行中の細胞ファイル/コード化合物ファイルの追加について
○ 一旦daisy-toolsを止めて作業を行えば問題ありませんが、以下の方法で daisy-toolsを止めずに追
加することもできます
■ 細胞ファイルについて
■ コード化合物ファイルについて
前回のおさらい
昨日の講義でやったことを振り返ってみます
今日やること
● 前回のおさらい
● 演習のつづき
● おわりに
演習のつづき
前回のつづきをやっていきます
https://github.com/cupnes/daisy-tools/tree/master/docs/exercise
今日やること
● 前回のおさらい
● 演習のつづき
● おわりに
おわりに
小さなELFバイナリをdaisy-toolsの上で動かす(生きさせる)ことで、
daisy-toolsの使い方と世界観を体験していただきました
この様にバイナリを生物として扱うことで、まだ実験レベルではありますが、
バイナリが自ずと成長・進化し機能を獲得させる仕組みができます
おわりに
なお、生物として扱える事にこだわっている理由は他にもあります
● 人類が古くからやってきた行いを適用できる
○ 人類としては、プログラミングを行うようになる遥か前から、
人為選択等による品種改良によって、生物を人類に都合の良い形へ進化させてきました
■ 例) オオカミのイヌ(イエイヌ)への進化
● 遭難救助犬として特化したセント・バーナード、
優れた嗅覚で古くは狩猟犬や今は検疫探知犬として活躍するビーグル犬、など
○ バイナリも生物として扱えるようになれば、品種改良によって進化させていく事ができます
● 面白い
○ 個人的には「面白い」ということを重視していて、
開発行為自体がどこかエンタテイメントになるようなものであればと思っています
おわりに
基盤技術のレイヤーで今までに無い独自なものづくりを行う事は、
新しい世界を作るような、とてもワクワクする楽しいものです。
今回の講義を通して、
基盤技術/低レイヤーを学ぶことがこんな独自なものづくりにも繋がる、
ということがわかっていただければ幸いです。
受講いただきありがとうございました。
お疲れ様でした。

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