2017年度　第3回バイオインフォマティクス実習

1. 2017年
第三回バイオインフォマティクス実習
疾患関連データベース
先端医科学研究センター
バイオインフォマティクス解析室 中林潤

2. 公共の研究インフラとしてのデータベース
• データ量の爆発的な増加
• 研究結果の検証、再現、研究の促進のために情報共有が必要不可
欠
• 論文投稿時にデータベースへの登録が要請される
• 研究インフラとしてデータベースを整備する必要性が高まってきた

3. 1000＄ゲノム
https://www.genome.gov/sequencingcosts/
The cost to generate a high-quality 'draft' human
genome sequence had dropped to ~$14 million by 2006.
Hypothetically, it would have likely cost upwards of $20-
25 million to generate a 'finished' human genome
sequence.
The cost to generate a high-quality 'draft' whole human
genome sequence in mid-2015 was just above $4,000;
by late in 2015, that figure had fallen below $1,500. The
cost to generate a whole-exome sequence was generally
below $1,000.

4. ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
http://lifesciencedb.jp/

5. Integbioデータベースカタログ
http://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja

6. MalaCards Human Disease Database
http://www.malacards.org/

7. GeneAnalytics
http://geneanalytics.genecards.org/

8. GeneAnalytics

9. GeneAnalytics
Tissues & cells

10. GeneAnalytics
Diseases

11. GeneAnalytics
Pathways

12. GeneAnalytics
GO analysis

13. The Cancer Genome Atlas
https://cancergenome.nih.gov/

14. The Cancer Genome Atlas

15. The Cancer Genome Atlas

16. The Cancer Genome Atlas

17. The Cancer Genome Atlas

18. • Comprehensive and genomic characterization of hepatocellular
carcinoma
Cell 2017 169 1327-1341
• Integrated genomic characterization of pancreatic ductal
adenocarcinoma
Cancer Cell 2017 32 185-203