2018年度　第2回バイオインフォマティクス実習

1. 2018年
第二回バイオインフォマティクス実習
遺伝子の機能推定
CytoscapeのBiNGO Appを使ったGO解析
先端医科学研究センター
バイオインフォマティクス解析室 中林潤

2. 実習の進め方
• サブモニターで講師の作業を見る
• 自分の手元のPCで同じ手順を実行する
サブモニターと配布資料を参考にしてください

3. 今日の内容
• GO解析全般について
GOタームとは？
Fisherの正確確率検定について
• Cystoscapeを使ったGO解析
Cytoscapeのインストールと設定
Appのインストール
BiNGO Appを用いたGO解析

4. GO解析
• GO term
遺伝子の機能や構造を記述するための、生物種に非依
存的な統一された用語。
• GO解析
遺伝子リストの中に特定のGOタームを持つ遺伝子が
高頻度に存在しているか判定して、その機能を推定する。

5. Fisher’s の正確確率検定
性質1 性質2
A群 a b
B群 c d
2×2 クロス集計表
!!!!!
!!!!
dcban
hgfe
C
CC
p
gn
cfae
a 


e
f
g h n
…
…
赤玉
20
白玉
80
10個
赤 ：4
白 ：6
取った 残り
赤 4 16
白 6 74
20
80
10010 90
p=0.0841073計100個
ある集団のある変数に出現頻度の偏りがあるか判定する方法

6. 発現変動遺伝子 GOタームAを持つ遺伝子
80 20
1480
全遺伝子
20000
発現変動遺伝子 残り
GOタームAを持つ遺伝子 20 1480
その他の遺伝子 80 18420
全遺伝子 : 20000
GOタームAを持つ遺伝子 : 1500
発現変動遺伝子 : 100
1500
2000018500100
19900
p-value = 0.00004509

7. 発現変動遺伝子 その他
GOタームBを持つ遺伝子 5 95
その他 95 19805
100
20000
19900
100 19900
p-value = 0.0001461
発現変動遺伝子 その他
GOタームAを持つ遺伝子 10 1490
その他 90 18410
1500
20000
18500
100 19900
p-value = 0.3379
全遺伝子 : 20000
GOタームBを持つ遺伝子 : 100
発現変動遺伝子 : 100
全遺伝子 : 20000
GOタームAを持つ遺伝子 : 1500
発現変動遺伝子 : 100

8. Cytoscape
http://www.cytoscape.org
グラフ作成用アプリケーション

9. CytoscapeにAPP をインストール
• cytoscapeのホームページからインストーラーをダウン
ロード
• インストールして実行
• プロクシの設定
• APPをインストール

10. 編集メニューからpreferencesのPropertiesを選択

11. cytoscape preference editorウインドウの
proxy server に“proxy.med.yokohama-cu.ac.jp”
proxy server port に“8080”
proxy server typeに”http”
を入力してModifyをクリック

12. APPsのApp Managerを選択

13. App ManagerウインドウのBiNGOを選択
installをクリック

14. Appメニューの中にBiNGOが表示されるので、選択して実行

15. BiNGO settingsウィンドウの
Cluster Nameに適当な名前を入力
Paste Gene from Textにチェック
入力欄に遺伝子名を入力
生物種を選択
Start BiNGOをクリック

16. GOタームのネットワーク図画出力されます。
有意にエンリッチされているGOタームが黄色で示されます。

17. ネットワークのズームアップ