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2016年度 第5回バイオインフォマティクス実習
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2016年度 第5回バイオインフォマティクス実習
1.
発現変動遺伝子の機能解析 GSEA, pathway解析,GO解析 2016年度第5回 バイオインフォマティクス実習
2.
• Gene Set
Enrichment Analysis (GSEA) • 特定の遺伝子セットと発現比の間に相関があ るか調べる 2
3.
KO/WT gene set {Otx2,Msx1,Rbp1,…} 発現比ランキングの 上位に偏って存在する 遺伝子セットと発現に相関あり 発現比ランキングの下位に偏って存在する 遺伝子セットと発現に逆相関あり 発現比ランキングによる偏り無し 遺伝子セットと発現に相関なし 3
4.
http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp 4
5.
DownloadセクションからGSEAを取得 Javaプログラム(OSに依存しない) メールアドレスを登録する必要あり 5
6.
Download JNLPファイル その都度プログラムを ダウンロードして実行 する Java実行ファイル 6
7.
• 課題配布フォルダからgsea2-2.1.0を各自のデ スクトップにコピー • gsea2-2.1.0をダブルクリック 7
8.
GSEA 8
9.
データファイルをload 9
10.
データファイルのload • 必要なファイルは3つ • 発現プロファイル
gctファイル • 遺伝子セット grpファイル • カテゴリー clsファイル 10
11.
gctファイル #1.2 21530 4 NAME Description
KO1 KO2 WT1 WT2 Ctss NA 1730.1 1681.1 10.2 10.5 Ahnak NA 1650.3 1510.1 11.3 14.2 … … … … … … 遺伝子数 サンプル数 遺伝子名 大文字、小文字の区別に注意 常に必要 常に必要 ファイル名の拡張子はgct 11
12.
#gene symbol Evi1 Myct1 … grpファイル 遺伝子名の羅列 gctファイルと大文字、小文字を一致させる ファイル名の拡張子はgrp clsファイル 4 2
1 #KO WT KO KO WT WT サンプル数 クラス数 常に必要 clsファイルはスペース区切りのテキストファイル 拡張子はcls 12
13.
• 課題配布フォルダから • GSE40493_Normalized_GSEA_UPPER.gct •
geneset_Bcl6.grp,geneset_BRAIN.grp • GSE40493_Class.cls • 各ファイルを各自のデスクトップフォルダへ コピー 13
14.
Load Data Browse for
filesをクリックしてファイルを選択 14
15.
Run Run GSEAをクリックして実行 15
16.
Run gctファイルを選択 grpファイルを選択 発現比の方向 WT/KO KO/WT false gene_set runをクリックして実行 ステータスが表示 Succesと表示されたらクリック 結果を確認 16
17.
ブラウザ上で結果を表示 enrichment result in
htmlをクリック 17
18.
ブラウザ上で結果を表示 detailsをクリック 18
19.
ブラウザ上で結果を表示 統計量 enrichment score 19
20.
結果のファイル • 結果はgsea_homeフォルダに自動的に保存 されます。 20
21.
Gene Ontology解析 • GO
: 人が定義した遺伝子のアノテーション情 報で、3つの階層を持つ。 Molecular Function MF Cellular Component CC Biological Process BP 21
22.
generic gene ontology
term finder • http://go.Princeton.edu/cgi-bin/GOTermFinder 22 入力欄に遺伝子名のリストを 入力 or 遺伝子リストのテキストファイ ルを選択 生物種を選択 クリックして検索
23.
KEGG Pathway • http://www.genome.jp/kegg/ 生命システム情報統合データベース 分子レベルから細胞、個体、生態までの情報を 取り揃えている •
KEGG mapper – Search pathway http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathwa y1.html 23
24.
24 入力欄に遺伝子名のリストを 入力 or 遺伝子リストのテキストファイ ルを選択 生物種を選択 ヒト:hsa マウス:mmu クリックして検索
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