2. Mikrobiota
• Mikrobiota merupakan suatu kumpulan yang kompleks dari bakteri,
archae, dan virus yang pada umumnya hidup di setiap bagian tubuh
inang. Mikrobioma yang berasosiasi dengan inang disebut mikrobiota,
dan jumlah mikrobiota pada inang paling banyak terdapat di usus
(Dietert 2015).
• Mikrobiota berperan pada pengaturan proses biologis dan fisiologis
tubuh seperti imunitas, metabolisme, nutrisi, dan perkembangan
inang (Prakash et al. 2011).
• Mikroflora adalah komunitas mikroorganisme, termasuk alga, jamur,
dan bakteri yang hidup pada organisme hidup lain atau di habitat
tertentu (Berg 1983)
3. mikroorganisme
• Mikroorganisme merupakan semua makhluk yang berukuran mikron
atau lebih kecil lagi yang termasuk seperti bakteri, cendawan atau
jamur tingkat rendah, alga, hewan bersel satu atau protozoa, dan
virus yang hanya bisa diihat dengan mikroskop (Dwidjoseputro 1990).
4. Mikrobiota usus
• Mikrobiota pada ikan beragam yang diantaranya adalah
protoctista, jamur, ragi, virus, Archaea dan bakteri (Merrifield
dan Rodiles 2015).
• Bakteri merupakan mikrobiota yang dominan
pada usus ikan atau udang (Rombout et al. 2011)
• mikrobiota usus pada mamalia didominasi oleh bakteri dari
filum Bacteroidetes dan Firmicutes (Lozupone et al. 2012)
sedangkan Proteobacteria adalah filum mikroba yang
mendominasi pada usus ikan atau udang (Rombout et al.
2011).
5. Proteobacteria
• Stadia pada perkembangan udang vaname didominasi
oleh Proteobacteria (Huang et al. 2014)
• Stadia larva di dominasi bakteri dari Flavobacteriaceae,
sedangkan stadia juvenile didominasi oleh
Rhodobacteraceae dan Vibrionaceae (Huang et al.
2014)
• Proteobacteria mendominasi semua bagian usus ikan.
Usus bagian depan (fore-gut) didominasi oleh
Proteobacteria dari genus Janthinobacterium,
Pseudomonas, Acinetobacter, dan Vibrio . Usus bagian
tengah (mid-gut) didominasi oleh Proteobacteria dari
Photobacterium phosphoreum dan genus
Pseudomonas, sedangkan usus bagian belakang (hind-
gut) didominasi oleh hotobacterium phosphoreum dan
genusVibrio. (Egerton et al. 2014).
6. Komposisi Dominan
• Kontrol : Proteobacteria (46.37%), Bacteroidetes
(27.89%) dan Tenericutes (23.82%)
• Infeksi WSSV : Proteobacteria (64.99%) dan Fusobacteria (27.94%).
(Wang et al. 2019)
7. Vibrio
• Vibrio, genus beragam dari filum Proteobacteria, adalah salah satu
genera bakteri paling penting dalam akuakultur, dengan spesies
patogen dan probiotik (Vandenberghe et al. 2003).
• Vibrio alginolyticus merupakan probiotik yang mampu
meningkatkan imunitas ikan salmon dari serangan bakteri
Aeromonas salmonicida (Austin et al. 1995)
• Sinbiotik dari probiotik Vibrio alginolyticus dan prebiotik
oligosakarida mampu meningkat imunitas dari udang vaname dari
ko-infeksi IMNV dan Vibrio harveyi (Nuryati et al. 2015)
• Vibrio sp. Strain NM 10 merupakan probiotik yang mampu
menekan pertumbuhan bakteri Pasteurella piscicida (Sugita et al.
1997).
• Beberapa genus Vibrio ditemukan mampu menghasilkan enzim
pencernaan seperti amilase (Hamid et al. 1979; Gatesoupe et al.
1997), lipase (Gatesoupe et al. 1997; Henderson dan Millar 1998),
selulosa (Itoi et al. 2006; Sugita dan Ito 2006) dan kitinase
(MacDonald et al. 1986).
9. Bacteroidetes
• Bacteroidetes adalah bakteri yang memfermentasi polisakarida dan
karbohidrat dan menghasilkan asam lemak rantai pendek (SCFA) yang
memiliki banyak efek menguntungkan dalam usus
