Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.

出会い系タンパク質を探す旅

3,028 views

Published on

IPSJ-ONE 情報処理学会第80回全国大会@早稲田大学理工キャンパス 2018/3/15
東京工業大学 大上雅史(おおうえまさひと)
(slideshare向け調整済版)

Published in: Education
  • Be the first to comment

出会い系タンパク質を探す旅

  1. 1. 2018 バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 推薦 Pilgrimage 東京工業大学 情報理工学院 助教 大上 雅史 (おおうえまさひと) @tonets
  2. 2. タン 質パク
  3. 3. タンパク質? ヘモグロビン (hemoglobin)
  4. 4. タンパク質? アミラーゼ (α-amylase)
  5. 5. タンパク質? コラーゲン (collagen)
  6. 6. タンパク質? わたしたちの体に重要な分子 ヒトの体の2割くらいはタンパク質
  7. 7. ©Kizuna AI
  8. 8. タンパク質の出会い α-amylase RAGI inhibitor
  9. 9. タンパク質の出会い α-amylase RAGI inhibitor
  10. 10. α-amylase/RAGI inhibitor complex タンパク質の出会い
  11. 11. α-amylase/RAGI inhibitor complex タンパク質の出会い
  12. 12. Rac GTPase arfaptin タンパク質の出会い
  13. 13. Rac GTPase/arfaptin complex タンパク質の出会い
  14. 14. β-lactamase inhibitor protein β-lactamase TEM-1 タンパク質の出会い
  15. 15. β-lactamase inhibitor/β-lactamase TEM-1 complex タンパク質の出会い
  16. 16. heparin cofactor thrombin タンパク質の出会い
  17. 17. heparin cofactor/thrombin complex タンパク質の出会い
  18. 18. cab39 zinc finger-like protein ZFRA タンパク質の出会い
  19. 19. タンパク質の出会い cab39 zinc finger-like protein ZFRA
  20. 20. 転写制御 シグナル伝達 細胞輸送 代謝 がん 自己免疫疾患 幹細胞 阻害薬 副作用 アレルギー
  21. 21. 転写制御 シグナル伝達 細胞輸送 代謝 がん 自己免疫疾患 幹細胞 阻害薬 副作用 アレルギー 知りたい!
  22. 22. タンパク質の数 10万種類以上
  23. 23. 出会い (PPI) の可能性 タンパク質の組み合わせ 50億通り以上
  24. 24. • 数理モデル化 • 賢いアルゴリズム • でかい計算機 • うまい並列化 旅の道具
  25. 25. • Ohue M, et al. Bioinformatics, 2014. • Ohue M, et al. Protein Pept Lett, 2014. • Ohue M, et al. Lect Notes Bioinfo, 2012. 他 数理モデル化、賢いアルゴリズム うまい並列化 でかい計算機
  26. 26. 数理モデル化と賢いアルゴリズム タンパク質Bの位置 (平行移動ベクトル) 掛け算 全部足す A B
  27. 27. 数理モデル化と賢いアルゴリズム
  28. 28. 数理モデル化と賢いアルゴリズム 高速フーリエ変換 (FFT) による高速化
  29. 29. でかい計算機とうまい並列化 東工大 TSUBAME 3.0 計算ノード(Xeon 28コア+P100 GPU 4枚)が540基
  30. 30. でかい計算機とうまい並列化 プロセス並列(MPI) スレッド並列(CUDA & OpenMP) L R 35 … … Receptor FFT Ligand FFT Ligand 回転 Receptor ボクセル化 複素畳込み 逆FFT 高評価値の構造を抽出 Ligand ボクセル化
  31. 31. 1日に100万件くらいなら 予測できる!
  32. 32. 旅日記 → データベース化 (現在2800万件) http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock-web/ Hayashi T, et al. BMC Bioinformatics, 2018.
  33. 33. 出会い系タンパク質を探す情報技術 創薬 疾病 生命現象
  34. 34. 2018 バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 推薦 Pilgrimage 東京工業大学 情報理工学院 助教 大上 雅史 (おおうえまさひと) @tonets

×