Kebijakan pengelolaan Danau Limboto belum terkonstruksi secara terpadu dalam konteks kelembagaan, substansi dan regulasi, sehingga menyebabkan degradasi ekosistem danau yang berlangsung secara masif dan berkelanjutan. Peraturan daerah pengelolaan Danau Limboto perlu direview untuk mengintegrasikan prinsip-prinsip ekologi politik dan meningkatkan kolaborasi antar stakeholder guna menyelamatkan ekosistem danau.