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![もうちょっと高度なことをする
import
pyper
import
numpy
as
np
r=pyper.R()
data1
=
np.array([[1,2,3,4,5],[0.5,1.5,2.5,3.5,4.5]])
r.assign("dat",data1)
print
r("dat")
r("setwd('C:/temp')")
print
r("mean(dat[1,])")
print
r("mean(dat[2,])")
r("png('plot1.png')")
r("plot(dat[1,])")
r("dev.off()")
numpyパッケージを使って
⇦ Python側で行列を作成
⇦ r.assign( )でRにデータを渡す
⇦ R側で関数を適用
• Pythonで作ったデータをRに渡す pyper.R.assign( )
• Rで解析した結果をPythonに返す pyper.R.get( )
⇦ R側でグラフを作成し，保存
※グラフウィンドウが出ないため
保存が必要。要検討](https://image.slidesharecdn.com/kazutanr4-160530051455/85/PypeR-8-320.jpg)
![[DL輪読会]Clebsch–Gordan Nets: a Fully Fourier Space Spherical Convolutional Neu...](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/20181214clebschgordanmizuta-181214051939-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
PypeRで実験と分析を一本化する
- 1.
- 2.
- 3. PypeRとは • Python とR をpypeするから“PypeR” • 要するに，Python上でRを走らせちゃおうぜ！というパッケージ • Python で実験制御 ＋ Rでデータ整形・解析 という環境が実現 実験と分析が 両方そなわり 最強に見える
- 4. 3秒で分かるPypeR ここにPythonとRの コードがあるじゃろ？ ( ＾ω＾) ⊃Python R⊂ こうじゃ ( ＾ω＾) ⊃pyper.R(“Rcode”)⊂ これをこうして... ( ＾ω＾) ≡⊃⊂ ≡
- 5.
- 6. (にわかPythonユーザなので) PsychoPy使いまーす • PsychoPyについては 『PsychoPy講座』(http://ogwlab.org/?page_id=460) 『PsychoPy Builderで作る心理学実験』 (http://www.s12600.net/psy/python/ppb/index.html) にて詳しく説明されています • なお，PsychoPyにPypeRをインストールするのはちょっと手間 なので 『【python】PsychoPyからRを使う』 (http://tyamane1969.net/?p=136) の記事を参考にしてください PsychoPy とは...
- 7. PsychoPy CoderでRを動かす import pyper r=pyper.R() r("dat1<-‐c(1:10)") r("dat2<-‐c(10:20)") print r("t.test(dat1,dat2)") ⇦ PypeRパッケージをインポート ⇦ pyper.Rの入力を簡略化 ⇦ “ ”の内部にRのコマンド 今回は２つのベクトルを作成し t検定を実施 • PsychoPy Coderで以下のコマンドを実行
- 8. もうちょっと高度なことをする import pyper import numpy as np r=pyper.R() data1 = np.array([[1,2,3,4,5],[0.5,1.5,2.5,3.5,4.5]]) r.assign("dat",data1) print r("dat") r("setwd('C:/temp')") print r("mean(dat[1,])") print r("mean(dat[2,])") r("png('plot1.png')") r("plot(dat[1,])") r("dev.off()") numpyパッケージを使って ⇦ Python側で行列を作成 ⇦ r.assign( )でRにデータを渡す ⇦ R側で関数を適用 • Pythonで作ったデータをRに渡す pyper.R.assign( ) • Rで解析した結果をPythonに返す pyper.R.get( ) ⇦ R側でグラフを作成し，保存 ※グラフウィンドウが出ないため 保存が必要。要検討
- 9. こんなこともできます • PsychoPy Builderで作った実験にRコードを追記して ①実験を行う度にデータセットを更新し ②検定とグラフの出力を行う ようにセッティング Pythonの実験結果からRTを抽出し，assignでRに渡す これまでの実験データをRで呼び出し 渡されたデータを追加して更新 検定と結果の出力 Figureの作図と保存
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