Hijiyama.R#4での発表資料です。

1. PypeRで実験と分析を
一本化する
広島大学大学院 教育学研究科
山根 嵩史
2016.05.28
Hijiyama.R #4

2. PythonとR
とは...
• 強力かつ高速な汎用プログラミング言語
• 無償＋オープンソース
• 何でもできるが，心理学の分野では主に実験制御に使われる
とは...
• 統計処理を目的とするプログラミング言語
• 無償＋オープンソース
• データ処理・統計処理に関してはだいたい何でもできる
データ整形，広範&高度な統計処理，作図 etc…

3. PypeRとは
• Python とR をpypeするから“PypeR”
• 要するに，Python上でRを走らせちゃおうぜ！というパッケージ
• Python で実験制御
＋
R でデータ整形・解析 という環境が実現
実験と分析が
両方そなわり
最強に見える

4. 3秒で分かるPypeR
ここにPythonとRの
コードがあるじゃろ？
(
＾ω＾)
⊃Python R⊂
こうじゃ
(
＾ω＾)
⊃pyper.R(“Rcode”)⊂
これをこうして...
(
＾ω＾)
≡⊃⊂
≡

5. (にわかPythonユーザなので)
PsychoPy使いまーす
• Python言語をベースとした心理実験用のアプリケーション
• 無償＋オープンソース
• 強力なGUIも備えており，直感的に心理実験を組み立てること
ができる
PsychoPy とは...

6. (にわかPythonユーザなので)
PsychoPy使いまーす
• PsychoPyについては
『PsychoPy講座』 (http://ogwlab.org/?page_id=460)
『PsychoPy Builderで作る心理学実験』
(http://www.s12600.net/psy/python/ppb/index.html)
にて詳しく説明されています
• なお，PsychoPyにPypeRをインストールするのはちょっと手間
なので
『【python】PsychoPyからRを使う』 (http://tyamane1969.net/?p=136)
の記事を参考にしてください
PsychoPy とは...

7. PsychoPy CoderでRを動かす
import
pyper
r=pyper.R()
r("dat1<-­‐c(1:10)")
r("dat2<-­‐c(10:20)")
print
r("t.test(dat1,dat2)")
⇦ PypeRパッケージをインポート
⇦ pyper.Rの入力を簡略化
⇦ “ ”の内部にRのコマンド
今回は２つのベクトルを作成し
t検定を実施
• PsychoPy Coderで以下のコマンドを実行

8. もうちょっと高度なことをする
import
pyper
import
numpy
as
np
r=pyper.R()
data1
=
np.array([[1,2,3,4,5],[0.5,1.5,2.5,3.5,4.5]])
r.assign("dat",data1)
print
r("dat")
r("setwd('C:/temp')")
print
r("mean(dat[1,])")
print
r("mean(dat[2,])")
r("png('plot1.png')")
r("plot(dat[1,])")
r("dev.off()")
numpyパッケージを使って
⇦ Python側で行列を作成
⇦ r.assign( )でRにデータを渡す
⇦ R側で関数を適用
• Pythonで作ったデータをRに渡す pyper.R.assign( )
• Rで解析した結果をPythonに返す pyper.R.get( )
⇦ R側でグラフを作成し，保存
※グラフウィンドウが出ないため
保存が必要。要検討

9. こんなこともできます
• PsychoPy Builderで作った実験にRコードを追記して
①実験を行う度にデータセットを更新し
②検定とグラフの出力を行う ようにセッティング
Pythonの実験結果からRTを抽出し，assignでRに渡す
これまでの実験データをRで呼び出し
渡されたデータを追加して更新
検定と結果の出力
Figureの作図と保存

10. こんなこともできます
• 実験を走らせるだけで検定結果とグラフが出力される
実
験
す
る
分
析

11. まとめ
• 実験と分析が一本化できたら便利だと思った(けど毎回分析を
走らせる必要性は無いかも)
• ロング型の煩雑なデータが出力されるような実験で，すぐにR
にデータを渡して整形・分析したりできる
• Rには高度な統計技術の蓄積があるので，それらをPythonで
使えるのは強み(もちろんlibrary( )やsource( )も使えます)
• 無償で実験から分析までできるのはヤバすぎてヤバい