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ANOVA君とanovatan 
統計ソフトRで行う分散分析 
広島大学教育学研究科 
山根嵩史 
2014.11.29 
Hijiyama.R
自己紹介 
氏名: 山根嵩史 
所属: 広島大学大学院教育学研究科 
教育人間科学専攻学習心理学研究室(D2) 
研究テーマ: メタ記憶,読解方略 
R歴:4年程度 
Mail : t.yamane1969@gmail.com 
Twitter...
お品書き 
【基本的な使い方】 
ANOVA君の使い方 
anovakun関数のオプション 
【ちょっと応用的な使い方】 
anovatan関数による単純単純主効果の検定 
球面性の検定 
信頼区間の算出
いざ分散分析!という時に... 
Rの分散分析パッケージは使い勝手がいまいち 
oneway.test関数⇒ 一元配置の分散分析を実行 
aov関数,anova関数⇒ 分散分析表を作成 
2要因以上の分散分析は? 
交互作用が出た場合の下...
ANOVA君とは? 
井関龍太先生(理化学研究所)が作成された分散分析 
用の関数 
【ANOVA君でできること】 
・被験者間要因,被験者内要因,混合計画の分散分析 
・単純主効果の検定・様々な方法による多重比較 
・効果量の算出,球面性の...
次回DARMの宣伝 
テーマ「混合モデルを使って反復測定分散分析をする」 
発表者: 井関龍太(独立行政法人理化学研究所) 
【予定している内容】 
・混合モデルを使い一般的な反復測定分散分析の再現 
・欠損値があっても分析できることを確認 
...
ANOVA君を入手する 
井関先生のホームページより最新版をダウンロード 
※2014.11.29時点ではanovakun_462 
Rのワーキングディレクトリに保存しておきましょう
お品書き 
【基本的な使い方】 
ANOVA君の使い方 
anovakun関数のオプション 
【ちょっと応用的な使い方】 
anovatan関数による単純単純主効果の検定 
球面性の検定 
信頼区間の算出
ANOVA君を読み込む 
source関数でANOVA君を読み込み 
source(“anovakun_462.txt”) 
※1 拡張子まで含めること 
※2 いわゆるパッケージとは読み込み方が違うので注意
ANOVA君のデータセット 
ANOVA君の分析用にデータセットを作る 
・参加者間要因は縦に,参加者内要因は横に並べる 
※IDの列は不要 
例)参加者間要因参加者内要因 
ID class score 
001 classA 75 
00...
ANOVA君のデータセット 
2要因以上の場合は入れ子状に 
例) 2要因参加者間計画2要因参加者内計画 
ID class gender score 
001 classA M 75 
002 classA M 74 
003 classA...
ANOVA君を実行する 
分散分析の実行は“anovakun”関数 
anovakun(データ, “要因計画の型”, 各要因の水準数,…) 
“s”を挟んで左側に参加者間要因,右側に参加者内要因の文字 
その後に各要因の水準数を追記 
例...
要因・水準名の指定 
ヘッダをつけておけば,要因名・水準名を指定することもできる 
その場合は水準数の入力は不要 
anovakun(データ, “ABs”, 
class = c(“classA”, “classB”), gender = ...
多重比較の方法の指定 
多重比較の指定 
デフォルトではShafferの方法による多重比較を行う 
Holmの方法: 
anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,holm=T) 
Holland-Copenhaverの方法:...
効果量の算出 
算出する効果量の指定 
偏イータ二乗: 
anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,peta=T) 
一般化イータ二乗: 
anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,geta=T) 
その他...
出力のコピー 
オプションで“copy = T”とすることで,出力を 
クリップボードにコピーする 
anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,copy = T) 
ANOVA君を実行してみましょう!!
お品書き 
【基本的な使い方】 
ANOVA君の使い方 
anovakun関数のオプション 
【ちょっと応用的な使い方】 
anovatan関数による単純単純主効果の検定 
球面性の検定 
信頼区間の算出
2次の交互作用の分析 
anovakun関数では2次以上の交互作用の下位検定は行われない 
anovatan関数で関心のある水準ごとにデータを分割する 
書き方はanovakun関数と同様で,tfact=“○○”で分割する要因 
を指定す...
球面性の検定と自由度調整 
分散分析を適切に行うための条件である分散の 
均質性が満たされているかどうかを確認する 
特に反復測定デザインの時に必要 
Mauchlyの球面性検定:mau=T 
Harrisの多標本球面性検定:har=T 
...
信頼区間の算出 
信頼区間を記述統計量の表に追加する 
Loftus-Massonの信頼区間:cilm=T 
ペアワイズ信頼区間:cipair=T など 
bgraph=“信頼区間のオプション名”で信頼区間つきの 
棒グラフを出力 
ano...
参考にしたHP 
井関龍太のページ 
(http://www11.atpages.jp/~riseki/pukiwikiplus/index.php) 
分散分析のノート 
(http://ofmind.net/doc/anova-note#T...
ANOVA君とanovatan
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ANOVA君とanovatan

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2014/11/29のHijiyama.Rでの発表資料です。

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ANOVA君とanovatan

  1. 1. ANOVA君とanovatan 統計ソフトRで行う分散分析 広島大学教育学研究科 山根嵩史 2014.11.29 Hijiyama.R
  2. 2. 自己紹介 氏名: 山根嵩史 所属: 広島大学大学院教育学研究科 教育人間科学専攻学習心理学研究室(D2) 研究テーマ: メタ記憶,読解方略 R歴:4年程度 Mail : t.yamane1969@gmail.com Twitter : @T_Yamane
  3. 3. お品書き 【基本的な使い方】 ANOVA君の使い方 anovakun関数のオプション 【ちょっと応用的な使い方】 anovatan関数による単純単純主効果の検定 球面性の検定 信頼区間の算出
  4. 4. いざ分散分析!という時に... Rの分散分析パッケージは使い勝手がいまいち oneway.test関数⇒ 一元配置の分散分析を実行 aov関数,anova関数⇒ 分散分析表を作成 2要因以上の分散分析は? 交互作用が出た場合の下位検定は? 結局Rって不便なんじゃ... Rあるある
  5. 5. ANOVA君とは? 井関龍太先生(理化学研究所)が作成された分散分析 用の関数 【ANOVA君でできること】 ・被験者間要因,被験者内要因,混合計画の分散分析 ・単純主効果の検定・様々な方法による多重比較 ・効果量の算出,球面性の検定と自由度調整etc... Rで分散分析をするならとりあえずこれでOK
  6. 6. 次回DARMの宣伝 テーマ「混合モデルを使って反復測定分散分析をする」 発表者: 井関龍太(独立行政法人理化学研究所) 【予定している内容】 ・混合モデルを使い一般的な反復測定分散分析の再現 ・欠損値があっても分析できることを確認 ・参加者ごとの総計をしなくても分析できることを確認 使用するRパッケージ( lmerTest, languageR) 日時:2014年12月21日13:00 ~ 16:30(予定) 場所:広島大学東広島キャンパス 6
  7. 7. ANOVA君を入手する 井関先生のホームページより最新版をダウンロード ※2014.11.29時点ではanovakun_462 Rのワーキングディレクトリに保存しておきましょう
  8. 8. お品書き 【基本的な使い方】 ANOVA君の使い方 anovakun関数のオプション 【ちょっと応用的な使い方】 anovatan関数による単純単純主効果の検定 球面性の検定 信頼区間の算出
  9. 9. ANOVA君を読み込む source関数でANOVA君を読み込み source(“anovakun_462.txt”) ※1 拡張子まで含めること ※2 いわゆるパッケージとは読み込み方が違うので注意
  10. 10. ANOVA君のデータセット ANOVA君の分析用にデータセットを作る ・参加者間要因は縦に,参加者内要因は横に並べる ※IDの列は不要 例)参加者間要因参加者内要因 ID class score 001 classA 75 002 classA 74 003 classB 60 004 classB 62 ID time1 time2 001 75 81 002 74 83 003 77 85 004 74 80
  11. 11. ANOVA君のデータセット 2要因以上の場合は入れ子状に 例) 2要因参加者間計画2要因参加者内計画 ID class gender score 001 classA M 75 002 classA M 74 003 classA F 70 004 classA F 71 005 classB M 60 006 classB M 62 007 classB F 58 008 classB F 58 time1 time2 ID test1 test2 test1 test2 001 75 80 81 85 002 74 79 83 88 003 77 80 85 87 004 74 82 80 83
  12. 12. ANOVA君を実行する 分散分析の実行は“anovakun”関数 anovakun(データ, “要因計画の型”, 各要因の水準数,…) “s”を挟んで左側に参加者間要因,右側に参加者内要因の文字 その後に各要因の水準数を追記 例) 3要因参加者間計画 >anovakun(data,“ABCs”,3,2,2,…) 2つの参加者間要因と1つの参加者内要因の混合計画 >anovakun(data,“ABsC”,2,2,2,…)
  13. 13. 要因・水準名の指定 ヘッダをつけておけば,要因名・水準名を指定することもできる その場合は水準数の入力は不要 anovakun(データ, “ABs”, class = c(“classA”, “classB”), gender = c(“M”, “F”) ) ID class gender score 001 classA M 75 002 classA M 74 003 classA F 70 004 classA F 71 005 classB M 60 … … … 対応するヘッダと水準名を入力 水準名はc( )関数でまとめ,前後に ダブルコーテーション データと同じラベルでなくても可 日本語も可(ただし非推奨)
  14. 14. 多重比較の方法の指定 多重比較の指定 デフォルトではShafferの方法による多重比較を行う Holmの方法: anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,holm=T) Holland-Copenhaverの方法: anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,hc=T) その他にも,Shaffer1,Shaffer2,Welchの方法など
  15. 15. 効果量の算出 算出する効果量の指定 偏イータ二乗: anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,peta=T) 一般化イータ二乗: anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,geta=T) その他にも,イプシロン二乗(eps=T), オメガ二乗(omega=T)など
  16. 16. 出力のコピー オプションで“copy = T”とすることで,出力を クリップボードにコピーする anovakun(データ,“要因計画の型”,各要因の水準数,copy = T) ANOVA君を実行してみましょう!!
  17. 17. お品書き 【基本的な使い方】 ANOVA君の使い方 anovakun関数のオプション 【ちょっと応用的な使い方】 anovatan関数による単純単純主効果の検定 球面性の検定 信頼区間の算出
  18. 18. 2次の交互作用の分析 anovakun関数では2次以上の交互作用の下位検定は行われない anovatan関数で関心のある水準ごとにデータを分割する 書き方はanovakun関数と同様で,tfact=“○○”で分割する要因 を指定する anovatan(データ, “ABsC”, class = c(“classA”, “classB”), gender = c(“M”, “F”), time = c(“time1”, “time2”) tfact = “gender”) ※2変数で分割したいときには,tfact = c(“gender”, “time”)
  19. 19. 球面性の検定と自由度調整 分散分析を適切に行うための条件である分散の 均質性が満たされているかどうかを確認する 特に反復測定デザインの時に必要 Mauchlyの球面性検定:mau=T Harrisの多標本球面性検定:har=T デフォルトでは自由度調整を行わないので, 調整したい場合は:lb = T anovakun(データ, “ABsC”, class = c(“classA”, “classB”), gender = c(“M”, “F”), time = c(“time1”, “time2”) har = T,lb = T)
  20. 20. 信頼区間の算出 信頼区間を記述統計量の表に追加する Loftus-Massonの信頼区間:cilm=T ペアワイズ信頼区間:cipair=T など bgraph=“信頼区間のオプション名”で信頼区間つきの 棒グラフを出力 anovakun(データ, “ABsC”, class = c(“classA”, “classB”), gender = c(“M”, “F”), time = c(“time1”, “time2”) bgraph = “cilm”)
  21. 21. 参考にしたHP 井関龍太のページ (http://www11.atpages.jp/~riseki/pukiwikiplus/index.php) 分散分析のノート (http://ofmind.net/doc/anova-note#TITLE) ーfin-

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