Paradigma pendataan pendidikan melalui DAPODIK menimbulkan beberapa masalah, antara lain dinas pendidikan daerah kekurangan data dan sulit menerapkan sistem informasi manajemen. Usulan solusinya adalah meningkatkan kepercayaan pusat ke daerah, pendataan secara berjenjang, dan mengubah paradigma dari pengumpulan data menjadi penyimpanan sumber daya berbasis sistem informasi pendidikan.