Download to read offline
Uploaded byDNA Data Bank of Japan center
[DDBJing29]NBDC ヒトデータベースを介した Japanese Genotype-phenotype Archive のデータ共有の審査過程と登録手続き（第29回 DDBJing 講習会 in 三島）
NBDC ヒトデータベースを介した Japanese Genotype-phenotype Archive のデータ共有の審査過程と登録手続き。2014年6月12日「第29回 DDBJing 講習会 in 三島」
More Related Content
![[DDBJing29]Mass Submission System の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/29ddbjingmss-140619195135-phpapp01-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
Similar to [DDBJing29]NBDC ヒトデータベースを介した Japanese Genotype-phenotype Archive のデータ共有の審査過程と登録手続き（第29回 DDBJing 講習会 in 三島）
![[DDBJing31] BioProject, BioSample, DDBJ Sequence Read Archive の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/31ddbjingdrabpbs-150626071413-lva1-app6891-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJjing34] DRA(DDBJ Read Sequence Archive) の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/34ddbjingfukuda-171228013306-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[2015-11-11][DDBJing33] DDBJとNIG Supercomputerの紹介、大量配列情報解析 (第33回 DDBJing 講習会 ...](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/ddbjing33ek-151105061151-lva1-app6892-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJing27] DDBJ Pipeline の紹介と実習](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/27ddbjingnagasaki-180110004647-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] PDBデータの検索・見方](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/kudou-180109063530-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] ゲノム配列と蛋白質立体構造の統合的検索とモデリング](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/kawabata-180109063341-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2015] 文献情報関連サービス活用法](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone201507yamamoto-180109063146-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2015] データベース統合化の取り組みとNBDCで提供するサービス](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone201507minowa-180109062644-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2015] DDBJ へのデータ登録](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone201507mashima-180109062441-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2015] セマンティックウェブ技術を活用した生命科学データ利用環境の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone201507kawashima-180109062144-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] 文献情報を利用したサービスの活用法](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone2016yamamoto-180109060834-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] ＪＳＴ／ＮＢＤＣ が提供するサービス及びプロジェクト概観](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone2016onami-180109055545-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] 立体構造データの検索・可視化法](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone2016kudou-180109055309-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] 文献情報を利用したサービスの活用法](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone2016kawabata-180109055102-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All-in-one2016] DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/allinone2016arita-180109054232-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All in-one2017] 「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋質構造データバンク](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/all-in-one2017pdbjsuzuki-180109052945-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[All in-one2017] 誰でも使える最先端の研究成果／今日からあなたも生命科学者](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/all-in-one2017nbdcminowa-180109052739-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJing34] NIG SuperComputer の利用方法(1) PCに公開鍵を設定してスパコンにログインする（Mac用）](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/34ddbjingscwin-171228014928-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJing34]NIG SuperComputer の利用方法(1) PCに公開鍵を設定してスパコンにログインする(Win用）](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/34ddbjingscwin-171228013855-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJing34] BioProject, BioSample の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/34ddbjingmukaida2-171228012818-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJing34] DDBJ と NIG SuperComputer の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/20161215ddbjingyn2-171228011805-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
![[DDBJ Challenge 2016] DDBJデータ解析事例「ChIP-Atlasデータベース」の紹介](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/ddbj-challenge2016oki-160715012042-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
[DDBJing29]NBDC ヒトデータベースを介した Japanese Genotype-phenotype Archive のデータ共有の審査過程と登録手続き（第29回 DDBJing 講習会 in 三島）
- 1. 2014年6月12日 NBDC ヒトデータベースを介した Japanese Genotype-phenotypeArchive のデータ共有の審査過程と登録手続き 児玉 悠一 Kodama Yuichi, Ph.D DDBJ センター、アノテータ DDBJ center, annotator 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ)
- 2. 2014年6月12日 Japanese Genotype-phenotype Archive 第29回DDBJing 講習会 (DDBJ)
- 3. 2014年6月12日 DDBJ/NBDC の役割分担 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) 利用制限が必要な個人ゲノムデータを受入・保存・提供 NBDC ヒトデータ共有ガイドラインに従い、データの登録と利用を審査
- 4. 2014年6月12日 アクセス制限データベース 第29回 DDBJing 講習会(DDBJ) dbGaP Database of Genotype and Phenotype JGA Japanese Genotype-phenotype Archive EGA European Genome-phenome Archive JGA と EGA は SRA をベースにした同様のデータモデルを使用 dbGaP と EGA はサマリー情報を交換 INSDC ではない
- 5. 2014年6月12日 Japanese Genotype-phenotype Archive 第29回DDBJing 講習会 (DDBJ) インフォームドコンセントにより利用制限が必要な 個人レベルの遺伝学的なデータと表現型情報を受入・保存・提供 匿名化されたメタデータのみ受付 http://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/index.html
- 6. 2014年6月12日 JGA 登録に必要なデータ 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) メタデータ: 専用のエクセルファイルで作成 実験データ: fastq, bam, vcf, アレイデータ, 表現型情報 etc http://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/submission.html
- 7. 2014年6月12日 JGA データモデル 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ)
- 8. 2014年6月12日 JGA データモデル 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 アクセッション番号プレフィックス SRA データモデルにオブジェクトを追加
- 9. 2014年6月12日 JGA Submission 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 登録のためだけのオブジェクト 名前や連絡先などの登録者情報、提供開始日
- 10. 2014年6月12日 JGA Study 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 トップレベルのオブジェクトで研究内容・研究費・論文情報を含む データ提供開始後、研究概要を示すために一般に公開される
- 11. 2014年6月12日 JGA Experiment 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 実験手順、質問票、ライブラリー情報やシークエンサなど １つの Sample と複数の Data オブジェクトを連結
- 12. 2014年6月12日 JGA Sample 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 Sample ≒ 個人 表現型情報 (gender, age etc) や匿名化された donor ID
- 13. 2014年6月12日 JGA Data 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 個人に対応する (生) データファイル (fastq, bam, アレイデータ) を格納
- 14. 2014年6月12日 JGA Analysis 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 複数の Data もしくは Sample を解析したデータを格納 例: 変異データ (vcf) や表現型情報をまとめた表
- 15. 2014年6月12日 JGA Dataset 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 Policy が適用される Data と Analysis をまとめる (データ提供の単位) データ提供開始後、含まれているデータの種類を示すために一般に公開される
- 16. 2014年6月12日 JGA Policy 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Data set JGAD Policy JGAP Data set 1 Policy 1 Study Data 1 Analysis 1 Experiment 1 Sample 1 Submission JGA Study JGAS Experiment JGAX Sample JGAN Data JGAR Analysis JGAZ Data 2 Experiment 2 Sample 2 Analysis 2 Dataset に適用される利用制限事項 独自の利用制限事項 (例: 特定の研究のみ) を NBDC ガイドラインに追加したい場合に作成
- 17. 2014年6月12日 JGA データ構成の例 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ)
- 18. 2014年6月12日 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) JGA データ 例1: シンプルなケース Experiment – Sample – Data が個人に対応 Dara: 生データ、Analysis: 解析したデータ NBDC ガイドラインのみが 適用される場合、作成する必要はない
- 19. 2014年6月12日 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) JGA データ 例2: NGS とアレイデータ
- 20. 2014年6月12日 NBDC ガイドライン 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) JGA データ 例3: 異なる利用制限事項 患者由来の個人データに対して、特定の研究目的に利用を制限する場合 特定の研究目的に利用を制限 健常者 患者
- 21. 2014年6月12日 JGA へのデータ登録 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ)
- 22. 2014年6月12日 JGA へのデータアップロード 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) NBDC にデータ提供を申請 専用ツールで暗号化し、サーバにアップロード http://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/submission.html
- 23. 2014年6月12日 JGA アクセッション番号 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) プレフィックス メタデータオブジェクト 数字の桁数 例 JGA Submission 11 JGA00000000001 JGAS Study 11 JGAS00000000001 JGAN Sample 11 JGAN00000000001 JGAX Experiment 11 JGAX00000000001 JGAR Data 11 JGAR00000000001 JGAZ Analysis 11 JGAZ00000000001 JGAD Data set 11 JGAD00000000001 JGAP Policy 11 JGAP00000000001 JGA メタデータオブジェクトに対してアクセッション番号を発行
- 24. 2014年6月12日 JGA データの利用 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ)
- 25. 2014年6月12日 利用可能な JGA データ一覧 第29回DDBJing 講習会 (DDBJ) JGAS (例: JGAS00000000004) 番号が JGA データ http://humandbs.biosciencedbc.jp/data-use/all-researches-jp
- 26. 2014年6月12日 JGA データのダウンロード 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) NBDC にデータ利用を申請 専用ツールでダウンロード・復号化して利用 http://trace.ddbj.nig.ac.jp/jga/submission.html
- 27. 2014年6月12日 第29回 DDBJing講習会 (DDBJ) Wong ML, Dong C, Andreev V, Arcos-Burgos M, Licinio J. Mol Psychiatry (2012) 17:624-33 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000020.v2.p1 うつ病患者 278 人、対照群 321 人のデータを解析 うつ病と相関がある、新規を含む 15 の遺伝的変異を同定 + 1862 (dbGaP) + 1857 (dbGaP) dbGaP データの活用例
- 28. 2014年6月12日 問い合わせ先 第29回 DDBJing 講習会(DDBJ) http://trace.ddbj.nig.ac.jp/contact.html?db=jga 登録について問い合わせる場合には ID をお知らせください