Cytoscapeでchemoinformatics

1. Cytoscapeで
Chemoinformatics
2014.10.25
@fmkz___

2. 自己紹介
• kzfm (@fmkz___)
– blog.kzfmix.com
– Shizuoka.py(次回は12/05)
• 研究所のインフラ構築をしていま
す。
• Perl Python R Haskell
– (最近Rubyも)

3. 今日のハンズオンのゴール
• Cytoscapeで化合物ネットワークが描ける
ようになる
• その他
– igraphでgml形式でファイル出力できる
– RDKitで化合物を取り扱えるようになる

4. Cytoscapeのインストール
http://www.cytoscape.org/

5. Chemviz2プラグインのインストー
ル
Apps -> App managerから

6. 準備完了☆

7. 化合物データ
ダウンロードしてもOK
from pychembldb import *
ChEMBLから
#Inhibition of recombinant Syk
#Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949
assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one()
for act in assay.activities:
if act.standard_relation == "=":
print act.compound.molecule.structure.molfile
print "n> <pIC50>n{}n".format(9 - log10(act.standard_value))
print "$$$$"

8. データ
• https://github.com/kzfm/mishimasyk4

9. ケミカルスペース

10. ネットワークの作り方

11. ネットワークの作り方

12. ネットワークの作り方

13. ネットワークの作り方

14. こんな感じ

15. この先
• ネットワークの作り方
• ネットワークの分析

16. ネットワークの作り方
• 記述子ベース
– フィンガープリント
– 部分構造ベースのフィンガープリント
• グラフベース
• GWT
• pyGWT書きたい
• Matched Molecular Pairs

17. ネットワーク分析
• これからやっていくべき
– iGraph
– networkx

18. 補足

19. Pythonのインストール
• mac osxだったら入っています
• windowsはバイナリがあります
– https://www.python.org/
• pipも入れましょう
– http://pip.readthedocs.org/en/latest/installing.h
tml

20. RDKitのインストール
• ドキュメントを読んで頑張る
– http://www.rdkit.org/docs/Install.html