Mikrobiologija proučava mikroorganizme, uključujući bakterije, gljive, viruse i protozoe, te njihov utjecaj na zdravlje i okoliš. Različite vrste mikroskopije koriste se za istraživanje ovih mikroba, a klasifikacija mikroorganizama temelji se na njihovoj strukturi i funkciji. Podjela mikrobiologije uključuje medicinsku, poljoprivrednu i tehnološku mikrobiologiju, pri čemu su mikroorganizmi razvrstani prema njihovoj korisnosti ili patogenosti.