2012/03/23 第48回 SIG-MBI

1. 生物学辞書のLinked Open Data化
とその応用
加藤 文彦，南 佳孝，神保 宇嗣，川本 祥子，武田 英明
(共)情報・システム研究機構
第48回人工知能学会 分子生物情報研究会, 2012/03/23

2. 背景
• LODAC Project
• 学術LOD基盤構築
• 論文, 研究者, 美術品, 標本, 図鑑, ...
• 生物学分野にも結び付けたい

3. 著者
著者
文献 命名
標本
言及
種の同定
Papilio xuthus
採集場所
シーケンス
採集者
Photo of Papilio xuthus:
北九州市立自然史・歴史博物館

4. 標本データ 種 外部情報
LOD Cloud

5. 生物種の問題
ある生物種に関する資料やデータを収集
• 表記揺れ: Papilio xuthus, P. xuthus, ...
• 種名の変更: 分類学的研究の発展に伴う学名や分類体系の変更
和名のほうが安定している場合も
• 種名や分類体系が一義的でない: 複数の分類体
系，複数の和名・英名，…
種名・分類体系の名寄せ問題

6. 要件
• LODで使用する
• リンクしやすくしたい
• 様々な種名・分類体系を扱いたい
名称典拠を作成するだけでは不十分

7. アプローチ
• 種名・分類体系のグラフ
• 緩やかに関係を辿れるように
• リンクのルーティング
Papilio xuthus Papilio
Linnaeus, 1767
out
ナミアゲハ
Papilio xuthus
Chinese in
Swallowtail

8. 和名・学名リスト
• 図鑑等の文献
• 生物学辞書
• 生物標本情報
• 国立科学博物館サイエンス・ミュージ
アムネット，生物学辞書
• 専門家が管理しているリスト
• 日本昆虫学会 日本産蝶類和名学名便覧

9. LODAC BDLS
生物学辞書 http://lifesciencedb.jp/bdls/
100近くの出典元から集めた種名・用語の辞書
種名や用語の関係をグラフに
種名: 和名と学名
用語: 日本語と英語
種名や用語の関係を抽出した出典元を明記

10. データモデル

11. 6,366,545トリプル

18. Future Work
• データの整備
• 生物学辞書自体とLODAC BDLS
• 専門家の種名データとの関係
• LODAC Species
• リンク or 統合
• 学術データから/へのリンク
• CiNii, LODAC Museum, PubMed, DOI,...

19. まとめ
• 生物学辞書のLOD化
• 種名の名寄せに貢献
• 種名を学術と科学のハブに