Bioinformatics Resources and Tools

1. Bioinforma)cs
Resources
and
Tools
141212
Kanegae
1

2. Springer exemplar
〜学術論文中の特定の単語やフレーズが、どのような文脈・用法で使用されているのか?を検索
h:p://www.springerexemplar.com
Springer’s
collec)on
to
find
authen)c
examples
of
how
a
word
or
phrase
is
used
in
published
literature.
2
興味のある研究がどの雑誌に掲載され
ているか？を調べることができる
論文を投稿する際にも参考になる
どこの国で、その分野の研究が盛んで
あるか？を知ることが出来る
Pubmed検索でヒットしない文献も
調べることが可能
論文を執筆する際にも使える

3.
phytozome 10
〜植物ゲノムDB
h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
Sta)s)cs
Genome
Size
726,616,606
base
pairs
arranged
in
2n=20
chromosomes
Loci
33,032
loci
containing
protein-­‐coding
transcripts
Transcripts
39,441
protein-­‐coding
transcripts
3
様々な植物のゲノム情報を収集できる

4.
phytozome 10
〜植物ゲノムDB
h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
植物ゲノム情報をダウンロード可能
fa
-­‐>
fasta
file
annota)on
file
protein
gene
cds
gff3
-­‐>
Generic
Feature
Format
version
3
4

5.
phytozome 10 Biomart
〜植物ゲノムDB
h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
Tools
-­‐>
Biomart
5
IDの変換やOrtholog
Table作成に便利

6.
TogoTV
〜生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介
h:ps://www.youtube.com/user/togotv
Tutorial
videos
of
bioinforma2cs
resources:
online
distribu2on
trial
in
Japan
named
TogoTV
6

7.
OpenRefine
〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール
h:p://openrefine.org
7
データの編集ができる
外部データの利用など、Excel
にはない様々な機能がある
データの名寄せをする際には
便利

8.
OpenRefine
〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール
h:p://openrefine.org
h:p://togows.dbcls.jp/entry/protein/"
+
value
+
"/defini)on"
8
外部データの利用

9.
OpenRefine
〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール
h:p://openrefine.org
9
データの名寄せ
大文字か？小文字か？
カンマの有無の違い

10.
difff デユフフ
〜テキスト比較
h:p://difff.jp/
10
スクリプトを比較する際にも便利