Enzim tyrosil-tRNA sintetase dapat meningkatkan aktivitasnya melalui mutagenesis terarah. Peneliti mengganti asam amino treonin pada posisi 51 dengan alanin atau prolin pada enzim tersebut. Hasilnya, mutasi penggantian treonin menjadi prolin menghasilkan enzim dengan efisiensi katalitik tertinggi secara in vitro, sedangkan penggantian menjadi alanin memberikan aktivitas tertinggi secara in vivo.
Dokumen tersebut membahas tentang genetika dan struktur DNA. DNA terdiri atas nukleotida yang terdiri dari basa nitrogen, gula deoksiribosa, dan fosfat. DNA berbentuk dua rantai yang saling melengkung membentuk struktur double helix dan dihubungkan oleh ikatan hidrogen antara pasangan basanya. DNA berperan sebagai bahan genetik dalam sel yang menyimpan dan menyalurkan informasi genetik.
Dokumen tersebut membahas tentang metode sekuensing DNA yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida pada DNA dengan menjelaskan prinsip dasar, bahan-bahan, dan dua metode utama yaitu metode Maxam-Gilbert dan metode Sanger."
Isolasi Dan Karakterisasi Fragmen C DnaYassier Anwar
Fragmen cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 (GmMt2) dari kedelai kultivar Slamet berhasil diisolasi dan berukuran 246 bp. Analisis menunjukkan fragmen GmMt2 memiliki urutan nukleotida dan asam amino yang sama dengan metallothionein dari Arabidopsis thaliana dan berperan dalam mengikat logam dan mendetoksifikasi unsur logam serta membatasi kerusakan oksidatif pada tanaman.
Ppt genetika pengaturan ekspresi gen dan perkembangan genDesirinnawatiSinaga
Dokumen tersebut membahas tentang pengaturan ekspresi gen dan perkembangan ilmu genetika dalam 3 kalimat. Pertama, ekspresi gen diatur pada berbagai tingkatan seperti transkripsi, pasca-transkripsi, translasi, dan pasca-translasi. Kedua, ilmu genetika berkembang setelah penemuan mikroskop, teori sel, dan publikasi Darwin. Ketiga, pada akhir 1850-an, ilmuwan memahami bagaimana sel berkembang
Materi genetika membahas konsep DNA sebagai bahan genetik, struktur DNA ganda, dan fungsinya menyimpan dan mereplikasi informasi genetik. DNA terdiri atas nukleotida yang membentuk heliks ganda dan mereplikasi diri melalui proses yang melibatkan enzim.
Dokumen tersebut membahas tentang genetika dan struktur DNA. DNA terdiri atas nukleotida yang terdiri dari basa nitrogen, gula deoksiribosa, dan fosfat. DNA berbentuk dua rantai yang saling melengkung membentuk struktur double helix dan dihubungkan oleh ikatan hidrogen antara pasangan basanya. DNA berperan sebagai bahan genetik dalam sel yang menyimpan dan menyalurkan informasi genetik.
Dokumen tersebut membahas tentang metode sekuensing DNA yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida pada DNA dengan menjelaskan prinsip dasar, bahan-bahan, dan dua metode utama yaitu metode Maxam-Gilbert dan metode Sanger."
Isolasi Dan Karakterisasi Fragmen C DnaYassier Anwar
Fragmen cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 (GmMt2) dari kedelai kultivar Slamet berhasil diisolasi dan berukuran 246 bp. Analisis menunjukkan fragmen GmMt2 memiliki urutan nukleotida dan asam amino yang sama dengan metallothionein dari Arabidopsis thaliana dan berperan dalam mengikat logam dan mendetoksifikasi unsur logam serta membatasi kerusakan oksidatif pada tanaman.
Ppt genetika pengaturan ekspresi gen dan perkembangan genDesirinnawatiSinaga
Dokumen tersebut membahas tentang pengaturan ekspresi gen dan perkembangan ilmu genetika dalam 3 kalimat. Pertama, ekspresi gen diatur pada berbagai tingkatan seperti transkripsi, pasca-transkripsi, translasi, dan pasca-translasi. Kedua, ilmu genetika berkembang setelah penemuan mikroskop, teori sel, dan publikasi Darwin. Ketiga, pada akhir 1850-an, ilmuwan memahami bagaimana sel berkembang
Materi genetika membahas konsep DNA sebagai bahan genetik, struktur DNA ganda, dan fungsinya menyimpan dan mereplikasi informasi genetik. DNA terdiri atas nukleotida yang membentuk heliks ganda dan mereplikasi diri melalui proses yang melibatkan enzim.
PCR adalah teknik perbanyakan DNA secara enzimatik melalui perubahan suhu. Terdiri dari tiga tahap: 1) denaturasi, 2) annealing, 3) elongasi. Komponen utama PCR adalah primer, dNTP, buffer, dan ion logam. Prosesnya melibatkan pemanasan dan pendinginan berulang untuk memisahkan dan memanjangkan DNA.
1. DNA terdiri dari dua rantai yang saling melengkung dan berpasangan secara komplementer untuk menyimpan dan mereplikasi informasi genetik.
2. Proses replikasi DNA diperlukan agar informasi genetik dapat diwariskan ke generasi berikutnya.
3. Ekspresi gen melibatkan transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi protein melalui proses yang melibatkan berbagai molekul seperti enzim, rRNA, dan tRNA.
Dokumen tersebut membahas tentang DNA sebagai materi genetik, mulai dari perbedaan kromatin, kromosom, dan kromatid, DNA sebagai materi genetik, susunan DNA di sel tubuh, bukti bahwa DNA adalah materi genetik, transmisi materi genetik ke generasi berikutnya, perbedaan materi genetik virus, prokariota dan eukariota, perbedaan DNA dan RNA, sintesis protein, struktur gen, dan DNA mitokondria.
PCR adalah teknik enzimatis untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro dengan menggunakan enzim DNA polimerase. Teknik ini terdiri dari tahapan denaturasi, annealing, dan elongasi yang diulang 30-40 kali untuk memperbanyak DNA target. Hasil PCR dapat diidentifikasi melalui elektroforesis gel agarosa. Teknik ini bermanfaat untuk berbagai aplikasi seperti deteksi patogen, diagnostik genetik, dan kuantitasi DNA.
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi genetik dalam DNA ditranskripsi menjadi mRNA lalu ditranslasi menjadi protein. Terdiri dari dua tahap utama yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi melibatkan sintesis mRNA oleh RNA polimerase, sedangkan translasi melibatkan pembentukan protein melalui aktivitas ribosom. Kontrol ekspresi gen dapat dilakukan melalui regulasi transkripsi seperti promotor dan operon pada bakteri,
Teks ini membahas pengembangan metode isolasi DNA genomik dari tanaman jarak pagar (Jatropha curcas) untuk digunakan dalam analisis molekuler. Tiga teknik isolasi DNA (CTAB, Doyle and Doyle, dan SDS) diuji untuk menentukan metode mana yang mampu menghasilkan DNA berkualitas baik. Hasilnya menunjukkan bahwa dua dari tiga teknik mampu mengisolasi DNA tanaman jarak pagar yang berkualitas dan dapat digunakan untuk
1. Dokumen tersebut membahas tentang gen dan ekspresi gen, yang meliputi replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi mRNA, dan translasi mRNA menjadi protein.
2. Replikasi DNA melibatkan enzim DNA polimerase yang mensintesis DNA baru berdasarkan cetakan DNA induk, membentuk DNA ganda.
3. Transkripsi melibatkan RNA polimerase yang mensintesis mRNA berdasarkan cetakan DNA, sehingga kode genetik dapat diekspresikan.
1. Dokumen membahas tentang asam nukleat DNA dan RNA, serta struktur dan fungsi kromosom dan gen dalam sel.
2. DNA dan RNA berperan sebagai pembawa informasi genetik dalam sel, dengan DNA mengalami replikasi dan RNA mensintesis protein.
3. Struktur DNA berbentuk heliks ganda yang tersusun dari nukleotida yang dihubungkan fosfodiester, sementara RNA hanya beruntai tunggal.
C13 Sintesis Protein dan Protein TargettingCatatan Medis
1. Sintesis protein pada eukariota melibatkan transkripsi di inti sel dan translasi di sitosol. Prosesnya memerlukan modifikasi pre-mRNA menjadi mRNA matang sebelum ditranslasi menjadi protein.
2. Pada prokariota, transkripsi dan translasi terjadi di sitosol. mRNA tidak memerlukan modifikasi karena sudah terdiri atas ekson saja.
3. Protein hasil translasi akan ditargetkan ke organel atau membran tertentu berg
1. Transkripsi adalah proses pengkopian DNA menjadi RNA yang komplementer.
2. Terdiri dari tahap inisiasi, elongasi, dan terminasi.
3. Inisiasi melibatkan pembentukan kompleks RNA polimerase pada promoter, pembukaan DNA heliks, dan sintesis RNA.
Proses genetik replikasi DNA, transkripsi, dan translasi secara singkat dapat dirangkum sebagai berikut:
1. Replikasi DNA melibatkan proses penyalinan DNA induk menjadi DNA anak melalui tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi oleh enzim-enzim tertentu.
2. Transkripsi adalah proses pembentukan mRNA dari DNA melalui tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi oleh enzim RNA polimerase.
Dokumen tersebut membahas proses transkripsi, translasi, dan replikasi DNA. Transkripsi adalah proses sintesis RNA dari DNA menggunakan enzim RNA polimerase. Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik pada mRNA menjadi urutan asam amino. Replikasi DNA adalah proses penyalinan DNA selama proses pembelahan sel.
Materi tersebut membahas dua materi genetik utama yaitu DNA dan RNA. DNA menyimpan informasi genetik dalam bentuk kode basa nitrogen dan terdiri atas deoksiribosa, fosfat, serta basa nitrogen. RNA berperan sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik melalui transkripsi dan translasi.
Polymerase Chain Reactions (PCR) adalah teknik untuk mensintesis sekuens DNA tertentu dengan menggunakan enzim DNA polimerase dan dua primer yang mengikat pada target DNA. PCR dapat meningkatkan jumlah DNA ribuan kali melalui siklus pemanasan dan pendinginan yang menurunkan, melepas, dan memperpanjang primer. Teknik ini memiliki banyak aplikasi dalam ilmu forensik, genetika, dan diagnosis penyakit.
Dokumen tersebut membahas tentang Polymerase Chain Reaction (PCR) yang merupakan teknik amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik ini melibatkan beberapa komponen utama seperti DNA templat, primer, dNTPs, buffer PCR, dan enzim polimerase DNA. Proses PCR terdiri dari siklus denaturasi, annealing, dan ekstensi primer untuk menggandakan DNA target.
PCR adalah teknik perbanyakan DNA secara enzimatik melalui perubahan suhu. Terdiri dari tiga tahap: 1) denaturasi, 2) annealing, 3) elongasi. Komponen utama PCR adalah primer, dNTP, buffer, dan ion logam. Prosesnya melibatkan pemanasan dan pendinginan berulang untuk memisahkan dan memanjangkan DNA.
1. DNA terdiri dari dua rantai yang saling melengkung dan berpasangan secara komplementer untuk menyimpan dan mereplikasi informasi genetik.
2. Proses replikasi DNA diperlukan agar informasi genetik dapat diwariskan ke generasi berikutnya.
3. Ekspresi gen melibatkan transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi protein melalui proses yang melibatkan berbagai molekul seperti enzim, rRNA, dan tRNA.
Dokumen tersebut membahas tentang DNA sebagai materi genetik, mulai dari perbedaan kromatin, kromosom, dan kromatid, DNA sebagai materi genetik, susunan DNA di sel tubuh, bukti bahwa DNA adalah materi genetik, transmisi materi genetik ke generasi berikutnya, perbedaan materi genetik virus, prokariota dan eukariota, perbedaan DNA dan RNA, sintesis protein, struktur gen, dan DNA mitokondria.
PCR adalah teknik enzimatis untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro dengan menggunakan enzim DNA polimerase. Teknik ini terdiri dari tahapan denaturasi, annealing, dan elongasi yang diulang 30-40 kali untuk memperbanyak DNA target. Hasil PCR dapat diidentifikasi melalui elektroforesis gel agarosa. Teknik ini bermanfaat untuk berbagai aplikasi seperti deteksi patogen, diagnostik genetik, dan kuantitasi DNA.
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi genetik dalam DNA ditranskripsi menjadi mRNA lalu ditranslasi menjadi protein. Terdiri dari dua tahap utama yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi melibatkan sintesis mRNA oleh RNA polimerase, sedangkan translasi melibatkan pembentukan protein melalui aktivitas ribosom. Kontrol ekspresi gen dapat dilakukan melalui regulasi transkripsi seperti promotor dan operon pada bakteri,
Teks ini membahas pengembangan metode isolasi DNA genomik dari tanaman jarak pagar (Jatropha curcas) untuk digunakan dalam analisis molekuler. Tiga teknik isolasi DNA (CTAB, Doyle and Doyle, dan SDS) diuji untuk menentukan metode mana yang mampu menghasilkan DNA berkualitas baik. Hasilnya menunjukkan bahwa dua dari tiga teknik mampu mengisolasi DNA tanaman jarak pagar yang berkualitas dan dapat digunakan untuk
1. Dokumen tersebut membahas tentang gen dan ekspresi gen, yang meliputi replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi mRNA, dan translasi mRNA menjadi protein.
2. Replikasi DNA melibatkan enzim DNA polimerase yang mensintesis DNA baru berdasarkan cetakan DNA induk, membentuk DNA ganda.
3. Transkripsi melibatkan RNA polimerase yang mensintesis mRNA berdasarkan cetakan DNA, sehingga kode genetik dapat diekspresikan.
1. Dokumen membahas tentang asam nukleat DNA dan RNA, serta struktur dan fungsi kromosom dan gen dalam sel.
2. DNA dan RNA berperan sebagai pembawa informasi genetik dalam sel, dengan DNA mengalami replikasi dan RNA mensintesis protein.
3. Struktur DNA berbentuk heliks ganda yang tersusun dari nukleotida yang dihubungkan fosfodiester, sementara RNA hanya beruntai tunggal.
C13 Sintesis Protein dan Protein TargettingCatatan Medis
1. Sintesis protein pada eukariota melibatkan transkripsi di inti sel dan translasi di sitosol. Prosesnya memerlukan modifikasi pre-mRNA menjadi mRNA matang sebelum ditranslasi menjadi protein.
2. Pada prokariota, transkripsi dan translasi terjadi di sitosol. mRNA tidak memerlukan modifikasi karena sudah terdiri atas ekson saja.
3. Protein hasil translasi akan ditargetkan ke organel atau membran tertentu berg
1. Transkripsi adalah proses pengkopian DNA menjadi RNA yang komplementer.
2. Terdiri dari tahap inisiasi, elongasi, dan terminasi.
3. Inisiasi melibatkan pembentukan kompleks RNA polimerase pada promoter, pembukaan DNA heliks, dan sintesis RNA.
Proses genetik replikasi DNA, transkripsi, dan translasi secara singkat dapat dirangkum sebagai berikut:
1. Replikasi DNA melibatkan proses penyalinan DNA induk menjadi DNA anak melalui tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi oleh enzim-enzim tertentu.
2. Transkripsi adalah proses pembentukan mRNA dari DNA melalui tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi oleh enzim RNA polimerase.
Dokumen tersebut membahas proses transkripsi, translasi, dan replikasi DNA. Transkripsi adalah proses sintesis RNA dari DNA menggunakan enzim RNA polimerase. Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik pada mRNA menjadi urutan asam amino. Replikasi DNA adalah proses penyalinan DNA selama proses pembelahan sel.
Materi tersebut membahas dua materi genetik utama yaitu DNA dan RNA. DNA menyimpan informasi genetik dalam bentuk kode basa nitrogen dan terdiri atas deoksiribosa, fosfat, serta basa nitrogen. RNA berperan sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik melalui transkripsi dan translasi.
Polymerase Chain Reactions (PCR) adalah teknik untuk mensintesis sekuens DNA tertentu dengan menggunakan enzim DNA polimerase dan dua primer yang mengikat pada target DNA. PCR dapat meningkatkan jumlah DNA ribuan kali melalui siklus pemanasan dan pendinginan yang menurunkan, melepas, dan memperpanjang primer. Teknik ini memiliki banyak aplikasi dalam ilmu forensik, genetika, dan diagnosis penyakit.
Dokumen tersebut membahas tentang Polymerase Chain Reaction (PCR) yang merupakan teknik amplifikasi DNA secara in vitro. Teknik ini melibatkan beberapa komponen utama seperti DNA templat, primer, dNTPs, buffer PCR, dan enzim polimerase DNA. Proses PCR terdiri dari siklus denaturasi, annealing, dan ekstensi primer untuk menggandakan DNA target.
Teknik PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA spesifik secara cepat dan akurat melalui siklus pengulangan proses pemanasan dan pendinginan yang memisahkan dan memperbanyak DNA target. Teknik ini memungkinkan deteksi dan karakterisasi DNA dalam jumlah sedikit untuk berbagai aplikasi medis dan forensik.
Dokumen tersebut memberikan informasi mengenai staf pengajar bagian biokimia di suatu perguruan tinggi kedokteran, serta menjelaskan penemuan struktur DNA oleh Watson dan Crick tahun 1953. Dokumen ini juga menjelaskan tentang ekspresi gen, replikasi DNA, transkripsi, translasi, dan kode genetik.
Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu metode yang sering digunakan pada bioteknologi modern yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro.
Asam nukleat merupakan makromolekul penting dalam sel yang menyimpan dan mereplikasi informasi genetik. Terdiri dari nukleotida yang terhubung oleh ikatan fosfodiester membentuk rantai tunggal atau ganda. RNA dan DNA berperan dalam proses replikasi, transkripsi, dan translasi yang menghasilkan protein.
Nukleotida adalah prekursor untuk asam nukleat DNA dan RNA yang terdiri dari basa, gula, dan fosfat. Asam nukleat adalah polimer nukleotida yang membawa informasi genetika dan diturunkan dari generasi ke generasi melalui DNA dan RNA.
DNA dan RNA merupakan molekul yang menyimpan dan menyalurkan informasi genetik melalui proses replikasi, transkripsi, dan translasi sesuai dengan dogma sentral biologi molekuler. Replikasi adalah proses duplikasi DNA selama pembelahan sel yang melibatkan pembukaan heliks ganda DNA, pembentukan primer, dan sintesis untai baru DNA.
Dokumen tersebut membahas tentang replikasi DNA dan komponen-komponennya. Terdapat enzim DNA polimerase, helikase, dan ligase yang berperan dalam proses replikasi DNA. Replikasi DNA terdiri dari tahapan denaturasi, inisiasi, pemanjangan, dan terminasi untuk mereplikasi DNA.
Dokumen tersebut membahas tentang replikasi dan ekspresi gen. Secara singkat:
1. Replikasi DNA diperlukan untuk menyalin informasi genetik ke generasi berikutnya.
2. Replikasi melibatkan pemisahan rangkaian DNA menjadi utas tunggal yang berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis rangkaian baru.
3. Ekspresi gen melibatkan transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi protein.
1. Transkripsi pada prokariot dan eukariot melibatkan proses sintesis RNA menggunakan DNA sebagai cetakan. 2. Pada prokariot, transkripsi dan translasi terjadi secara bersamaan tanpa membran inti memisahkan, sedangkan pada eukariot terjadi pemisahan oleh membran inti. 3. Proses transkripsi pada kedua sistem melibatkan penempelan RNA polimerase pada promoter diikuti sintesis RNA, namun mekanisme penemp
Studi ini meneliti dampak stres akut dan kronis terhadap fosforilasi reseptor glukokortikoid dan aktivitas transkripsinya di otak tikus. Stres isolasi kronis selama 21 hari mengubah lokalisasi dan fosforilasi GR serta ekspresi gen CRF dan BDNF di hipokampus dan korteks prefrontal tikus. Stres gabungan lebih lanjut menunjukkan dampak stres kronis yang tidak dapat dipulihkan.
Acute or chronic stress induce cell compartment specific phosphorylation of g...
Kenaikan aktivitas enzim
1.
2. Suatu biokatalisator yang dapat mempercepat laju
reaksi dengan menurunkan energi aktivasi.
Sifat-sifat
enzim
Enzim sebagai katalisator
Enzim itu suatu protein
Enzim itu khusus
Enzim ada yang bisa bekerja bolak-balik
Enzim
3. 1. Suhu
2. pH
3. Konsentrasi Enzim, Substrat dan Kofaktor.
4. Inhibitor
Enzim
4. (1) Tyr + ATP Tyr-A + PPi
(2) Tyr-A + tRNATyr
Tyr-tRNATyr
+ AMP
Tyrosyl-tRNA sintetase
Mengkatalisis reaksi aminosilasi.
Aminosilasi yaitu: pengikatan asam amino yang sesuai ke tRNA terjadi melalui reaksi
kimia
Mengkatalisis reaksi aminosilasi.
Aminosilasi yaitu: pengikatan asam amino yang sesuai ke tRNA terjadi melalui reaksi
kimia
9. Enzim Kcat (s-1
) KM (ATP)
(mM)
Kcat/ KM
(s-1
M-1
)
TyrTS 7,6 0,9 8.400
TyrTS (Ala 51) 8,6 0,54 15.900
TyrTS (Pro 51) 12,0 0.058 208.000
Tabel 1. Aktivitas pertukaran pirofosfat dari tirosil-tRNA sintetase
Ket :
Kcat : jumlah maksimum molekul substrat yang dikonversi menjadi produk
KM : kesetimbangan disosiasi kompleks ES menjadi enzim dan substrat
Kcat/ KM : efisiensi katalitik
In Vitro
10. Enzim Kcat (s-1
) KM (ATP)
(mM)
Kcat/ KM
(s-1
M-1
)
TyrTS 4,7 2,8 1.860
TyrTS (Ala 51) 4,0 1,2 3.200
TyrTS (Pro 51) 1,8 0.019 95.800
Tabel 2. Aktivitas aminosasilasi dari tirosil-tRNA sintetase
In Vitro
11. 1. Apa substrat dari enzim tyrosil-TRNA syntetase? Tyr-A (tyrosyl adenylate)
dan t-RNA
2. Bagaimana peneliti memprediksi asam amino pada situs aktif enzim?
Jawab:
Untuk memprediksi asam amino pada situs aktif enzim, peneliti menggunakan
bantuan komputer grafis. Dengan bantuan komputer ini, efek perubahan dari satu
atau lebih residu asam amino pada situs aktif enzim berdasarkan interaksi antara
enzim dan substrat dapat diprediksi. Komputer grafis merupakan cabang dari ilmu
komputer dan berkaitan dengan manipulasi visual content dan proses sintesisnya
secara digital. Sebagai contoh enzim yang mengandung residu asam amino
treonin pada posisi 51 (Thr 51) akan terlihat adanya ikatan hidrogen yang jauh atau
panjang antara hidroksil dari Thr 51 dengan oksigen dari ribosa pada tirosin
adenilat (substrat). Apabila Thr 51 ini digantikan oleh Alanin, maka akan terjadi
penghilangan ikatan hidrogen dan kemungkinan hilangnya ikatan hidrogen ini
akan meningkatkan afinitas enzim.
Pertanyaan-pertanyaan
1
2
12. 2. Bagaimana peneliti menguji prediksi mereka? (Mutagenesis
Oligonukleotida Terarah)
Jawab:
Metode Sanger Memerlukan :
DNA utas tunggal dalam jumlah cukup sebagai template DNA
Primer yang sesuai (sepotong kecil DNA yang berpasangan dengan template DNA
dan berfungsi sebagai starting point untuk replikasi
DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA, menambahkan nukleotida baru ke
ujung 3 dari template
Sejumlah nukeotida normal
Sejumlah kecil dideoxynucleotide yang dilabel (radioaktif atau dengan pewarna
fluorescent)
Template DNA direplikasi melibatkan nukeotida normal tetapi secara random
dideoxy (DD) nukleotida diambil (dipasangkan).
Penambahan dideoxy nukeotida menyebabkan reaksi berhenti
Hasilnya DNA dengan panjang yang bervariasi , masing-masing berhenti pada
DDnukleotida tertentu yang dilabel.
Karena tiap panjang yang berbeda bergerak dengan kecepatan yang berbeda
selama elektroforesis, maka urutannya dapat ditentukan.
Pertanyaan-pertanyaan
3
13. Pertanyaan-pertanyaan
Tahapan Sekuensing Metode Sanger :
1. Tahapan sekuensing yang pertama adalah menyediakan
dsDNA (double strand DNA)
2. Memotong dsDNA (double strand DNA) menjadi ssDNA
(single strand DNA)
14. Pertanyaan-pertanyaan
3. Mengambil template (cetakan) DNA dari ssDNA hasil potongan dari dsDNA tadi
4. Menyediakan seluruh alat dan bahan untuk sekuensing DNA. Bahan untuk
sekuensing adalah template (cetakan) DNA, primer, dNTP, ddNTP dan enzym
polymerase.
15. Template DNA berfungsi sebagai cetakan.
Primer berfungsi sebagai landasan/pijakan yang mengenal situs spesifik pada
DNA template untuk memulai prooses polymerase.
dNTP (deoksi nukleotida tri phospat) berfungsi sebagai sumber nukleotida pada
proses polymerase sekuensing. dNTP ada 5 jenis, yaitu dATP (deoksi adenin tri
phospat), dGTP (deoksi guanin tri phospat), dUTP (deoksi urasil tri phospat),
dCTP (deoksi citosin tri phospat), dan dTTP (deoksi timin tri phospat).
ddNTP (dideoksi nukleotida tri phospat) berfungsi untuk
menghentikan/terminasi proses enzim polymerase, sehingga proses
perbanyakan nukleotida terhenti.
Enzym polymerase berfungsi untuk reaksi polimerisasi atau perbanyakan
nukleotida.
Pertanyaan-pertanyaan
16. 5. Menyiapkan 4 tabung reaksi. Masing-masing tabung reaksi diberikan
ddNTP, yaitu ddGTP, ddCTP, ddATP, dan ddTTP. Masing-masing tabung
reaksi diisi dengan ddNTP yang berbeda. Tabung pertama diisi dengan
ddGTP, tabung kedua diisi dengan ddCTP, tabung ketiga diisi dengan
ddATP, dan tabung keempat diisi dengan ddTTP.
Pertanyaan-pertanyaan
17. 6. Setelah masing-masing tabung diisi dengan ddNTP, kemudian masing-
masing tabung diisi dengan dNTP, sebagai sumber nukleotida pada proses
polimerasi. Yaitu dGTP, dCTP, dATP, dan dTTP.
Pertanyaan-pertanyaan
18. 7. Memasukkan dNTP ke dalam tabung reaksi tadi.
8. Kemudian memasukkan primer ke dalam tabung reaksi. Primer berfungsi
mengenali situs spesifik pada DNA template, juga berfungsi sebagai
landasan/pijakan untuk memulai polimerisasi.
Pertanyaan-pertanyaan
19. 9. Setelah pemberian primer, juga dimasukkan enzim polimerase (taq-
polymerase). Enzim polimerase memulai proses polimerisasi
Pertanyaan-pertanyaan
20. 10. Enzim polymerase terus mengkatalisis pembentukan polinukleotida dari
nukleotida dNTP (deoksi nukleotida tri phospat)
Pertanyaan-pertanyaan
21. 11. Pada saat enzim taq-polymerase mengkatalisis pembentukan ikatan
antara nukleotida, deoksi-nukleotida (ddNTP) hadir berikatan dengan
polimer nukleotida sebelumnya
Pertanyaan-pertanyaan
22. 12. Kehadiran ddNTP (deoksinukleotida) mengakibatkan
terhentinya/terminasi proses polimerase, sehingga dihasilkan rantai
polinukleotida yang berbeda panjangnya
Pertanyaan-pertanyaan
23. a). Berikut ini gambar perbedaan struktur dNTP (deoksinukleotida tri
phospat) dan ddNTP (dideoksinukleotida tri phospat).
b). Keberadaan ddNTP menghalangi terbentuknya ikatan phospodiester
antara satu nukleotida dengan nukleotida berikutnya, sehingga
mengakibatkan terminasi/pengakhiran proses polimerisasi
Pertanyaan-pertanyaan
24. 13. Kehadiran ddNTP menghasilkan beberapa rantai polinukleotida berbeda
Pertanyaan-pertanyaan
25. 14. Kegiatan nomor 9 sampai nomor 13 dilakukan pada semua tabung reaksi
15. Keempat tabung reaksi tersebut dipersiapkan untuk di alirkan pada gel
agarosa
Pertanyaan-pertanyaan
26. 16. Perbedaan panjang polinukleotida tersebut, mengakibatkan perbedaan
letak pada gel agarosa. Polinukleotida yang paling pendek
bermigrasi/pergerakannya apling cepat pada gel agarosa.
Pertanyaan-pertanyaan
27. 17. Hasil pembacaan sekeuensing dari arah 5’ ke 3’ adalah rantai kompemen,
yaitu 5’ AGCCGATCC 3’. Sehingga DNA templatenya adalah 5’ GGATCGGCT
3’
Pertanyaan-pertanyaan
28. 5. Apa yang dapat disimpulkan dari penelitian ini?
Jawab:
Aktivitas enzim dapat ditingkatkan dengan melakukan mutagenesis
terarah. Aktivitas yang maksud diantaranya: Stabilitas termal, meningkat
afinitas, dan fungsi katalitik enzim. Pada jurnal dilakukan mutagenesis
terarah oligonukleotida pada enzim Tyr-TS (Thr51), dimana terjadi
mutagenesis pada Tyr-TS (Thr51) menjadi Tyr-TS (Ala-51) dan Tyr-TS(Pro-
51). Metoda mutagenesis ini dilakukan secara in vitro dan in vivo.
Pertanyaan-pertanyaan
4
29. 5. Mutasi manakah yang dilakukan peneliti yang menghasilkan enzim tyrosil-tRNA
synthetase yang paling baik? Jelaskan jawaban anda?
Jawab:
Enzim TyrTS yang lebih baik tergantung pada kondisi yaitu dimana pada in vitro yg
lebih baik adalah TyrTS (Pro51) sedangkan pada in vivo yaitu pada TyrTS(Ala51). Hal
ini disebabkan karena pada in vitro nilai Km kecil yg baik dan nilai Kcat besar yg baik
dan Kcat/ KM yang memiliki nilai besar yang baik. Dimana, Kcat merupakan jumlah
maksimum molekul substrat yang dikonversi menjadi produk sedangkan KM
merupaka kesetimbangan disosiasi kompleks ES menjadi enzim dan substrat, Kcat/ KM :
efisiensi katalitik
Pada in vivo, yang baik adalah TyrTS(Ala51). Baiknya aktivitas enzim TyrTS(Ala51) ini
tidak dipengaruhi oleh nilai Kcat/Km namun dipengaruhi oleh nilai Kcat, dimana
semakin besar nilai Kcat maka semakin baik aktivitas enzimnya. Hal ini disebabkan
oleh energi (ATP) yang diperlukan berada pada range <2mM. (Range ATP 2-3mM
menandakan enzim tersebut sudah jenuh).
Pertanyaan-pertanyaan
5