Ada dua sumber energi yang diperoleh organisme, yaitu energi dari matahari dan energi kimiawi dari bahan organik. Terdapat tiga jenis bakteri berdasarkan sumber energinya, yaitu bakteri autotroph, heterotroph, dan fakultatif anaerobik. Bakteri dapat dibedakan pula berdasarkan kebutuhan oksigennya dalam memecah senyawa organik, yaitu aerobik dan anaerobik.