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UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO
FACULTAD DE INGENIERÍA
PROGRAMA DE INGENIERÍA MECATRÓNICA
DISEÑO DE UN SISTEMA DE ADQUISICIÓN Y PROCESAMIENTO DE
SEÑALES ELECTROCARDIOGRAFICAS PARA LA AYUDA EN EL
DIAGNÓSTICO DE ARRITMIAS MEDIANTE REDES NEURONALES
CONVOLUCIONALES
Tesis para optar el título de:
INGENIERO MECATRÓNICO
AUTOR: Bach. Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier
ASESOR: Ms. Ing. Asto Rodríguez, Emerson Maximo
TRUJILLO – PERÚ
FEBRERO 2021
2
Dedicatoria:
A Dios, por las fuerzas y las
capacidades que me brinda, a mis
padres por su apoyo incondicional, a
mi esposa por su empuje y su
fortaleza.
3
AGRADECIMIENTOS
Agradezco a mis padres, especialmente a mi madre por su esfuerzo realizado y
el apoyo que me ha dado para seguir adelante y concluir mis estudios profesionales, sin
su ayuda no hubiese sido posible este logro. Le agradezco también a mi esposa por la
alegría y la fortaleza para seguir adelante que me ha brindado en el tiempo de elaboración
del presente trabajo.
4
RESUMEN
Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier; Asto Rodriguez, Emerson Maximo.
“Diseño de un sistema de adquisición y procesamiento de señales
electrocardiográficas para la ayuda en el diagnóstico de arritmias mediante
redes neuronales convolucionales”. Trujillo, 2020, 133 páginas. Tesis para optar
el título de Ingeniero Mecatrónico, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional
de Trujillo.
La detección inoportuna de arritmias puede degenerar la calidad de vida de las personas
e incluso puede provocar la muerte. Estas anomalías cardiacas son detectadas principalmente
mediante el análisis de un electrocardiograma (ECG) por un médico especialista. Sin embargo,
las condiciones socio económicas del Perú hacen que sea difícil realizar un diagnóstico oportuno
debido a que las personas no acuden con frecuencia a realizarse chequeos médicos, y por lo
general el costo de estos chequeos es restrictivo para muchos. Por ello en esta investigación se
desarrolla un sistema que permita el diagnóstico de arritmias, el cual solo requiere una
computadora personal, y un módulo electrocardiográfico de bajo costo.
El sistema de detección de arritmias propuesto por esta tesis, hace uso de la base de datos
ECG Heartbeat Categorization Dataset, la cual es utilizada para realizar el entrenamiento de la
red neuronal convolucional (CNN). Con el modelo neuronal creado, se procede a implementar un
sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG de bajo costo, permitiendo que las nuevas
señales adquiridas sean clasificadas en una de las 5 categorías de arritmias consideradas (N, S, V,
F y Q). Después de realizar las pruebas adecuadas y verificar que el sistema funciona
correctamente se procede a elaborar una interfaz gráfica que permite una evaluar de una forma
eficiente e imprimir un reporte pdf del diagnóstico realizado.
La capacidad de detección del sistema elaborado mostró resultados positivos, teniendo
una exactitud general por encima del 93%, por lo que este sistema se puede utilizar para obtener
un primer diagnóstico, el cual con un alto nivel de certeza puede alertar de una anomalía en el
ritmo cardiaco, permitiendo a la persona asistir con un especialista para confirmar el resultado, lo
cual evita gastos innecesarios.
PALABRAS CLAVES:
Redes Neuronales Convolucionales; Detección de Arritmias, Procesamiento de señales.
5
ABSTRACT
Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier; Asto Rodriguez, Emerson Maximo.
“Design of an electrocardiographic signal acquisition and processing system
to aid in the diagnosis of arrhythmias using convolutional neural networks”.
Trujillo, 2020, p.p. 133. Thesis for the degree of Mechatronic Engineer, Faculty
of Engineering. National University of Trujillo
The untimely detection of arrhythmias can degenerate people's quality of life and
can even lead to death. These cardiac abnormalities are mainly detected by analysis of an
electrocardiogram (ECG) by a specialist doctor. However, Peru's socio-economic
conditions make it difficult to make a timely diagnosis because people do not frequently
go for medical check-ups, and the cost of these check-ups is generally restrictive for
many. For this reason, this research develops a system that allows the diagnosis of
arrhythmias, which only requires a personal computer, and a low-cost
electrocardiographic module.
The arrhythmia detection system proposed by this thesis makes use of the ECG
Heartbeat Categorization Dataset database, which is used to train the convolutional neural
network (CNN). With the neural model created, a low-cost ECG signal acquisition and
processing system is implemented, allowing new acquired signals to be classified into
one of the 5 arrhythmia categories considered (N, S, V, F and Q ). After carrying out the
appropriate tests and verifying that the system works correctly, a graphic interface is
developed that allows an efficient evaluation and the printing of a pdf report of the
diagnosis made.
The detection capacity of the elaborated system showed positive results, having
an overall accuracy above 93%, so this system can be used to obtain a first diagnosis,
which with a high level of certainty can alert of an anomaly in the heart rate, allowing the
person to assist a specialist to confirm the result, which avoids unnecessary expenses.
KEYWORDS:
Convolutional Neural Networks; Arrhythmia Detection, Signal Processing.
6
INDICE
AGRADECIMIENTOS.................................................................................................... 3
RESUMEN....................................................................................................................... 4
ABSTRACT ..................................................................................................................... 5
LISTA FIGURAS............................................................................................................. 9
LISTA DE TABLAS...................................................................................................... 13
CAPITULO 1: INTRODUCCION................................................................................. 14
1.1. REALIDAD PROBLEMÁTICA..................................................................... 14
1.2. FORMULACION DEL PROBLEMA............................................................. 15
CAPITULO 2: FUNDAMENTO TEORICO................................................................. 17
2.1. ANTECEDENTES .......................................................................................... 17
2.2. MARCO TEORICO ........................................................................................ 23
2.2.1. SISTEMA CARDIOVASCULAR ........................................................... 23
2.2.2. PROCESAMIENTO DIGITAL DE SEÑALES ...................................... 26
2.2.3. APRENDIZAJE AUTOMÁTICO............................................................ 31
2.3. MARCO CONCEPTUAL ............................................................................... 43
2.3.1. SISTEMA DE ADQUISICIÓN DE DATOS........................................... 43
2.3.2. PROCESAMIENTO DE SEÑALES........................................................ 44
2.3.3. PULSO ..................................................................................................... 45
2.3.4. DIAGNÓSTICO....................................................................................... 45
2.3.5. ARRITMIAS ............................................................................................ 46
2.3.6. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES.................................. 46
CAPITULO 3: METODOLOGIA.................................................................................. 48
2.1.1. DISEÑO DE LA INFORMACIÓN.......................................................... 48
2.1.2. PROCEDIMIENTOS ............................................................................... 49
CAPITULO 4: RESULTADOS ..................................................................................... 51
4.1. ANÁLISIS DE LAS BASES DE DATOS DE ARRITMIAS CARDIACAS. 51
4.1.1. LA BASE DE DATOS MIT-BIH ............................................................ 51
4.1.2. LA BASE DE DATOS ECG HEARTBEAT CATEGORIZATION ....... 52
4.1.3. CONSIDERACIONES FINALES SOBRE LA BASE DE DATOS A
UTILIZAR.............................................................................................................. 53
4.2. CREACIÓN Y ENTRENAMIENTO DE LA CNN........................................ 55
4.2.1. SELECCIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED.......................... 55
7
4.2.2. SOFTWARE UTILIZADO...................................................................... 56
4.2.3. ALGORITMO DE PREPROCESAMIENTO.......................................... 59
4.2.4. CREACIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED ........................... 62
4.2.5. ENTRENAMIENTO DE LA RED .......................................................... 65
4.2.6. SELECCIÓN Y EVALUACIÓN DEL MODELO FINAL ..................... 71
4.3. ADQUISICIÓN DE LAS SEÑALES DE ECG. ............................................. 75
4.3.1. SELECCIÓN DEL SENSOR................................................................... 75
4.3.2. LECTURA DEL SENSOR....................................................................... 78
4.3.3. RECEPCIÓN DE LA SEÑAL ECG EN LA COMPUTADORA............ 82
4.4. PROCESAMIENTO DE LAS SEÑALES ECG ............................................. 83
4.4.1. CONSIDERACIONES SOBRE LA SEÑAL ECG ADQUIRIDA .......... 83
4.4.2. Filtrado y submuestreo de la señal de la señal ECG................................. 85
4.4.3. SEGMENTACIÓN Y NORMALIZACIÓN DE LA SEÑAL ECG ........ 88
4.5. PRUEBAS DE CLASIFICACIÓN Y ANALISIS DE LOS RESULTADOS. 91
CAPITULO 5: DISCUSION.......................................................................................... 98
5.1. SOBRE LOS RESULTADOS OBTENIDOS EN RELACION A LOS
OBJETIVOS............................................................................................................... 98
5.2. SOBRE LAS SEMEJANZAS Y DIFERENCIAS CON LOS
ANTECEDENTES..................................................................................................... 99
5.3. SOBRE LOS APORTES Y LIMITACIONES DE LA INVESTIGACION . 101
CAPITULO 6: CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES .................................. 102
6.1. CONCLUSIONES......................................................................................... 102
6.2. RECOMENDACIONES................................................................................ 103
BIBLIOGRAFIA.......................................................................................................... 104
ANEXOS...................................................................................................................... 112
ANEXO A ................................................................................................................ 112
A.1. PREPROCESAMIENTO DE LA BASE DE DATOS................................. 112
A.3. CREACION Y ENTRENAMIENTO DE LA RED NEURONAL .............. 113
ANEXO B ................................................................................................................ 114
B.1. CODIGO ARDUINO PARA ADQUISICION Y ENVIO DE LA SEÑAL ECG
.............................................................................................................................. 114
B.2. RECEPCION DEL ECG EN LA COMPUTADORA...................................... 114
ANEXO C ................................................................................................................ 115
8
ANEXO D ................................................................................................................ 117
D.1. CLASIFICACIÓN DE LOS LATIDOS USANDO EL MODELO
ENTRENADO...................................................................................................... 117
D.2. CALCULO DE LA PERFORMANCE DEL MODELO ............................. 117
ANEXO E................................................................................................................. 118
E.1. CODIGO DE PRINCIPAL DE LA GUI .......................................................... 118
E.2. MODULO <Arduino> .................................................................................. 126
E.3. MODULO <procesamientoSenal> ............................................................... 127
E.4. MODULO <predicción>............................................................................... 129
E.5. MODULO <preparar_data>.......................................................................... 129
E.5. MODULO <reportesMod> ........................................................................... 131
E.6. MODULO <test_report>............................................................................... 132
E.7. MODULO <datos_paciente>........................................................................ 134
9
LISTA FIGURAS
Figura 2.1- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView
(Cervantes & Gómez, 2017)........................................................................................... 17
Figura 2.2- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView
(Velázquez & Villagrán, 2016). ..................................................................................... 18
Figura 2.3- Comparativa de señales ECG y PPG (Acero et al., 2017)........................... 19
Figura 2.4- Comparativa de señales ECG y PPG (Magne, 2009). ................................. 20
Figura 2.5- Matriz de confusión obtenida por (Kachuee et al., 2018)............................ 23
Figura 2.6- Ondas e intervalos de un electrocardiograma (nursingmanthra.com, 2018).
........................................................................................................................................ 25
Figura 2.7- Estructura general de un procesador de señales digitales (Tan & Jiang, 2005).
........................................................................................................................................ 27
Figura 2.8- Representación del efecto de una selección equivocada de la tasa de muestreo
(Tan & Jiang, 2005)........................................................................................................ 27
Figura 2.9- Representación gráfica de un filtro FIR de tercer orden (Walker, 2016). ... 29
Figura 2.10- Representación gráfica de un filtro IIR (M Martínez, Gómez, Serrano, Vila,
& Gómez, 2009). ............................................................................................................ 29
Figura 2.11- Forma de filtro pasabajos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005)
........................................................................................................................................ 30
Figura 2.12- Comparación de filtros pasabajos analógicos utilizados para elaborar filtros
IIR (M Martínez et al., 2009). ........................................................................................ 30
Figura 2.13- Forma de filtro pasa-altos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang,
2005)............................................................................................................................... 31
Figura 2.14- Forma de filtro pasabanda en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang,
2005)............................................................................................................................... 31
Figura 2.15- Estructura de una red neuronal (towardsdatascience.com, 2017).............. 32
Figura 2.16- Estructura de una neurona artificial en comparación de una biológica (Lopez,
2017)............................................................................................................................... 33
Figura 2.17- Efecto de la elección de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com,
2019)............................................................................................................................... 36
Figura 2.18- Problema con la elección de una tasa de aprendizaje fija (Shen, 2018). ... 36
Figura 2.19- Resultados de una tasa de aprendizaje adaptativa (Bhardwaj, Curtin, Edel,
Mentekidis, & Sanderson, 2018).................................................................................... 37
Figura 2.20- Underfitting y overfiting (geeksforgeeks.org, 2019)................................. 38
Figura 2.21- Truncado del número de épocas de entrenamiento (Saxena, 2020). ......... 38
Figura 2.22- Matriz de confusión para medir la performance de un modelo de
clasificación(Liu & Mukhopadhyay, 2018).................................................................... 39
Figura 2.23- Estructura general de una CNN. Adaptada de (Shuler, 2018)................... 40
Figura 2.24- Proceso de la capa convolucional de una CNN (Durán Suárez, Del, Torres,
& Suárez, 2017).............................................................................................................. 41
Figura 2.25- Proceso de la operación de Maxpooling (Llodrà-Bisellach, 2018). .......... 42
10
Figura 2.26- Estructura de una capa Fully connected (missinglink.ai, 2019). ............... 42
Figura 2.27- Función Softmax (Medium.com, 2020)..................................................... 43
Figura 2.28 Definición de Sistema de Adquisición de datos (National Instruments, 2017).
........................................................................................................................................ 44
Figura 2.29 Definición de Procesamiento digital de señales (Zañartu, 2010)................ 45
Figura 4.1- Archivos de la Base de datos MIT-BIH disponible en (Physiobank Archieve,
2015)............................................................................................................................... 52
Figura 4.2- Forma de onda y aparición de una arritmia para el paciente 1 de la base de
datos MIT-BIH. (Physiobank Archieve, 2015). ............................................................. 52
Figura 4.3- Muestras de la categoría N presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 54
Figura 4.4- Muestras de la categoría S presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 54
Figura 4.5- Muestras de la categoría V presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 54
Figura 4.6- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 55
Figura 4.7- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 55
Figura 4.8- Arquitectura base para el desarrollo del presente proyecto. (Kachuee et al.,
2018)............................................................................................................................... 57
Figura 4.9- Problemas en las capas convolucionales 1D en la red construida en Matlab.
(Elaboración propia en Matlab)...................................................................................... 57
Figura 4.10- Arquitectura de la red construida en Matlab. (Elaboración propia en Matlab)
........................................................................................................................................ 58
Figura 4.11- Resultados del entrenamiento de la CNN residual (Elaboración propia en
Matlab) ........................................................................................................................... 58
Figura 4.12- Preprocesamiento aplicado al dataset (Elaboración propia)...................... 61
Figura 4.13- Figura 4.14. Arquitectura CNN. Modificada de (Han et al., 2018)........... 63
Figura 4.14- Arquitectura final de la red convolucional residual creada. (Elaboración
Propia) ............................................................................................................................ 64
Figura 4.15- Comparación de Adam con otras funciones de optimización existentes
(Kingma & Ba, 2015)..................................................................................................... 66
Figura 4.16- Función de perdidas inicial (Elaboración Propia). .................................... 67
Figura 4.17- Función de exactitud inicial (Elaboración Propia). ................................... 67
Figura 4.18- Resultados del primer entrenamiento para las ultimas 10 épocas (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 68
Figura 4.19- Exactitud con épocas = 20 y tamaño de batch= 500 (Elaboración propia).68
Figura 4.20- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 500 (Elaboración propia). 68
Figura 4.21- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia).
........................................................................................................................................ 69
Figura 4.22- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia).
........................................................................................................................................ 69
11
Figura 4.23- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia).
........................................................................................................................................ 69
Figura 4.24- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia).
........................................................................................................................................ 70
Figura 4.25- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 100 (Elaboración propia). 70
Figura 4.26- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 100 (Elaboración propia). 70
Figura 4.27- Modelos guardados durante el entrenamiento de la CNN (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 71
Figura 4.28- Pruebas de exactitud y matrices de confusión obtenidas en Spyder
(Elaboración propia)....................................................................................................... 72
Figura 4.29- Matriz de confusión y métricas de clasificación del modelo CNN
(Elaboración propia)....................................................................................................... 73
Figura 4.30- Configuración de electrodos para Lead I, Lead II y Lead III (hrwproject.com,
2015)............................................................................................................................... 76
Figura 4.31- Modulo ECG basado en CI AD8232 adquirido (Elaboración Propia) ...... 77
Figura 4.32- Conexión modulo AD8232 a la tarjeta Arduino (cdmxelectronica.com).. 78
Figura 4.33- Algoritmo de lectura de la señal ECG. (Elaboración Propia).................... 79
Figura 4.34- Señal ECG presente en la librería NeuroKit (Elaboración Propia). .......... 79
Figura 4.35- Señal ECG presente en la librería NeuroKit normalizada. (Elaboración
Propia) ............................................................................................................................ 80
Figura 4.36- Señal ECG presente en la librería NeuroKit normalizada (Elaboración
Propia). ........................................................................................................................... 80
Figura 4.37- Algoritmo de lectura de la señal ECG a 250 Hz. (Elaboración Propia) .... 81
Figura 4.38- Ubicación de los electrodos en la adquisición de la señal ECG. (Elaboración
Propia) ............................................................................................................................ 82
Figura 4.39- Señal ECG adquirida. (Elaboración Propia).............................................. 82
Figura 4.40- Señal ECG adquirida. (Elaboración Propia).............................................. 83
Figura 4.41- Señal ECG adquirida. Adaptado de (Vera et al., 2006)............................. 84
Figura 4.42- Diagrama de flujo del proceso de filtrado y submuestreo de la señal ECG
recibida (Elaboración Propia)......................................................................................... 86
Figura 4.43- Señal Adquirida y Señal filtrada de la persona 1. (Elaboración Propia) ... 86
Figura 4.44- Señal Adquirida y Señal filtrada superpuestas de la persona 1 (Elaboración
Propia) ............................................................................................................................ 86
Figura 4.45- Acercamiento de la señal adquirida y la señal filtrada de la persona 1.
(Elaboración Propia)....................................................................................................... 86
Figura 4.46- Submuestreo de la señal filtrada de 250Hz a 125Hz de la persona 1
(Elaboración Propia)....................................................................................................... 87
Figura 4.47- Señal Adquirida y Señal filtrada de la persona 2 (Elaboración Propia). ... 87
Figura 4.48- Señal Adquirida y Señal filtrada superpuestas de la persona 2 (Elaboración
Propia). ........................................................................................................................... 87
Figura 4.49- Acercamiento de la señal adquirida y la señal filtrada de la persona 2
(Elaboración Propia)....................................................................................................... 88
12
Figura 4.50- Submuestreo de la señal filtrada de 250Hz a 125Hz de la persona 1
(Elaboración Propia)....................................................................................................... 88
Figura 4.51- Longitud aproximada para cada latido. Adaptada de (Cerebromedico.com)
........................................................................................................................................ 89
Figura 4.52- Umbralización de los picos R de la ECG de la persona 1 (Elaboración
Propia). ........................................................................................................................... 89
Figura 4.53- Umbralización de los picos R de la ECG de la persona 2 (Elaboración
Propia). ........................................................................................................................... 89
Figura 4.54- Señales segmentadas del ECG de la persona 1. (Elaboración Propia) ...... 90
Figura 4.55- Señales segmentadas del ECG de la persona 2. (Elaboración Propia) ...... 90
Figura 4.56- Comparación de señales de la base de datos utilizada con las señales
segmentadas del ECG de la persona 1. (Elaboración Propia) ........................................ 91
Figura 4.57- Figura 4.57. Diagrama de flujo de la Segmentación y normalización de las
ECG adquiridas. (Elaboración Propia) ........................................................................... 92
Figura 4.58- Vector predicción de la categoría de los latidos para la persona 1.
(elaboración propia)........................................................................................................ 93
Figura 4.59- Diagnóstico categórico realizado para la persona 1. (elaboración propia) 93
Figura 4.60- Interfaz gráfica elaborada (Elaboración propia) ........................................ 94
Figura 4.61- Proceso de análisis y detección de arritmias en el ECG............................ 95
Figura 4.62- Reporte generado para la persona 1 por medio de la GUI elaborada
(Elaboración propia)....................................................................................................... 96
Figura 4.63- Reporte generado para la persona 2 mediante la GUI elaborada (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 96
Figura 4.64- Visualización de un latido dudoso numerado en el informe de la GUI
(Elaboración Propia)....................................................................................................... 96
Figura 5.1- Diferencias con el trabajo de Magne. Adaptado de (Magne, 2009) .......... 100
13
LISTA DE TABLAS
Tabla 2.1- Comparativa de los indicies temporales y espectrales para las señales HRV y
PRV en los tres estados de estudio (Acero et al., 2017),................................................ 19
Tabla 2.2- Exactitud en la detección de arritmias (Magne, 2009).................................. 20
Tabla 2.3- comparación de F1 score para el modelo entrenado como para Cardiólogos en
el diagnóstico de diferentes tipos de arritmias (Rajpurkar et al., 2017). ........................ 21
Tabla 2.4- Resultados de clasificación de 4 modelos de redes neuronales con parámetros
diferentes (Llodrà-Bisellach, 2018)................................................................................ 22
Tabla 2.5- Categorías en la clasificación de arritmias consideradas por la AAMI.
Modificada de (Luz & Menotti, 2011). .......................................................................... 26
Tabla 2.6- Funciones de activación comunes (simplilearn.com, 2020). ........................ 34
Tabla 2.7- Funciones de perdidas usadas usualmente (Udell, 2018).............................. 35
Tabla 2.8- Funciones de pérdidas de acuerdo al problema solucionado (mc.ai, 2019).. 35
Tabla 3.1 Variables e indicadores de la investigación (Elaboración Propia). ................ 48
Tabla 4.1- Clases de arritmias contenidas en la base de datos ECG Heartbeat
Categorization(Kachuee et al., 2018). ............................................................................ 53
Tabla 4.2- Exactitud de diferentes estudios en la base de datos ECG Heartbeat
Categorization (Kachuee et al., 2018) ............................................................................ 55
Tabla 4.3- Proporción en el número de registros en la base de datos. (Elaboración Propia)
........................................................................................................................................ 59
Tabla 4.4- Arquitectura creada a través de la función residual CNN............................. 63
Tabla 4.5- Resumen de la arquitectura de red elaborada. (Elaboración Propia) ............ 65
Tabla 4.6- Métricas para análisis de resultados obtenidos del modelo CNN. (Elaboración
propia)............................................................................................................................. 73
Tabla 4.7- Recálculo de F score con un β =2 (Elaboración propia)............................... 74
Tabla 4.8- Comparación de los posibles sensores para el proyecto. (Elaboración propia)
........................................................................................................................................ 77
Tabla 5.1- Sensibilidad del modelo entrenado para las diferentes categorías. (Elaboración
Propia). ........................................................................................................................... 99
14
CAPITULO 1: INTRODUCCION
1.1. REALIDAD PROBLEMÁTICA
Según cifras de la (OMS, 2019), las enfermedades cardiovasculares (ECV) son un
conjunto de anomalías del corazón y de los vasos sanguíneos que constituyen la principal
causa de muerte en todo el mundo. Afectando principalmente en países de ingresos
medios y bajos, con una ocurrencia de 80% en ellos.
Una arritmia cardiaca es una ECV debida a anomalías en el sistema eléctrico del
corazón y que produce una alteración en la frecuencia de los latidos. Esta alteración puede
significar que la persona tiene latidos acelerados (taquicardia), latidos muy lentos
(bradicardia) o porque el corazón late irregularmente (saltándose un latido o agregando
un latido adicional). Según (Vázquez Ruiz de Castroviejo et al., 2005), aproximadamente
el 40% de los pacientes que acuden a una consulta de cardiología general y 25% de los
que consultan por primera vez, presentan arritmias cardíacas o trastornos de conducción.
En (nisainforma, 2010), se manifiesta que un 60% de las personas tienen algún
tipo de arritmia cardiaca, existiendo algunas arritmias que pueden producir muerte súbita,
como la que puede suceder en las personas con el síndrome de Wolff-Parkinson-White
(con probabilidad de ocurrencia de 1 / 1000). Algunos casos de arritmias letales son
futbolistas que, durante un partido, se desmayan y fallecen repentinamente (secretaria de
la salud-Mexico, 2018). En el artículo del diario (La República, 2011), se afirma que 20%
de las personas mayores a 80 años pueden tener una fibrilación muscular, la cual es una
arritmia que causa una desorganización total en los latidos y es potencialmente mortal.
Según el artículo de la (La República, 2011), las arritmias se presentaban solo en
personas mayores de 50 años, sin embargo, ahora también aqueja a jóvenes mayores de
18 años. El articulo informa que, según el experto Enrique Ruíz Mori, ex presidente de la
Sociedad Peruana de Cardiología, este hecho se debe al estrés y el consumo, por parte de
los jóvenes, de bebidas energizantes, alcohol y tabaco. El experto también manifiesta que,
los síntomas de las arritmias pueden ser mareos, inestabilidad al caminar, desmayos, dolor
en el tórax, sin embargo, muchas arritmias son asintomáticas. Ruiz Mori, recomienda una
detección y tratamiento a tiempo de las arritmias ya que pueden llegar a causar la muerte
en contados minutos.
15
De acuerdo a los datos brindados por un artículo del (El Correo, 2019), en el Perú
las ECV son la segunda causa de muerte, además, según la Sociedad Peruana de
Cardiología, el 27.3% de adultos mayores de 20 años padecen hipertensión, lo que puede
llevar a desarrollar arritmias y otras ECV. Se menciona también que, los métodos de
diagnóstico de ECV pueden llegar a costar S/ 500, lo cual es restrictivo en el contexto
económico nacional, así mismo, se informa que un estudio de Deloitte afirma que las
perdidas por ECV suman en el país S/ 2900 millones por año.
La información presentada en párrafos anteriores y sumado al déficit de
especialistas médicos en el Perú, nos lleva a deducir que se necesita formas asequibles
para diagnosticar arritmias cardiacas, ya que su oportuna detección y tratamiento puede
salvar la vida a muchas personas. Es así, que el objetivo de esta investigación, es diseñar
un sistema que permita realizar un diagnóstico de estas anomalías a partir de señales
electrocardiográficas (ECG), basándose en algoritmos de procesamiento de señales y de
aprendizaje profundo, como son las redes neuronales convolucionales.
1.2. FORMULACION DEL PROBLEMA
¿Cómo se puede ayudar a diagnosticar arritmias mediante un sistema de
adquisición y procesamiento de señales ECG que utilice redes neuronales
convolucionales?
1.3. HIPOTESIS
Con un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG que hace uso de
redes neuronales convolucionales se puede ayudar en el diagnóstico de arritmias.
1.4. OBJETIVOS
1.4.1. GENERAL
Diseñar un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG basado en
redes neuronales convolucionales para la ayuda en el diagnóstico de arritmias cardiacas.
1.4.2. ESPECÍFICOS
• Realizar el análisis de la base de datos de arritmias cardiacas: ECG Heartbeat
Categorization Dataset.
16
• Crear y entrenar la red neuronal convolucional para la detección de arritmias.
• Realizar el diseño e implementación del sistema de la adquisición de las señales
ECG.
• Realizar el procesamiento de las señales de ECG adquiridas para adaptarlas a las
señales de la base de datos.
• Realizar las pruebas de clasificación del sistema desarrollado y analizar los
resultados.
1.5. JUSTIFICACION
Los resultados de la presente investigación, pueden ayudar a realizar un
diagnóstico oportuno de anomalías en el ritmo cardiaco, que podrían afectar el estilo de
vida de las personas o incluso causar la muerte de no ser tratadas a tiempo. Como se
mencionó anteriormente, según la (OMS, 2019) las ECV son la principal causa de muerte
en el mundo, teniendo mayor ocurrencia en países como Perú, donde los ingresos per
cápita están en el nivel medio-bajo. Esta realidad económica, sumado a lo que se
mencionó sobre lo costoso que puede ser diagnosticar una arritmia (El Correo, 2019),
genera que el habitante peruano no acuda a realizarse revisiones médicas periódicas, por
lo cual la detección se hace tardíamente, cuando el tratamiento ya no es posible o es
demasiado costoso.
Dentro del contexto explicado en el párrafo anterior, se puede afirmar que se
requiere formas accesibles que permita disminuir los costos y ayudar en el diagnóstico de
las arritmias cardiacas. Lo cual es el objetivo de la presente investigación.
El aporte que se pretende realizar, es una metodología para el uso de CNN en la
búsqueda de patrones, que indiquen la presencia de anomalías en el ritmo cardiaco,
además de su generalización para la detección en contextos diferentes (lugares alejados
que carecen de especialistas) usando datos tomados con instrumentos de bajo coste.
17
CAPITULO 2: FUNDAMENTO TEORICO
2.1. ANTECEDENTES
(Cervantes & Gómez, 2017), en su tesis titulada “Detección de Arritmias
Cardiacas mediante un Sistema de Amplificación y Digitalización de Señales
Electrocardiográficas”, diseñó un sistema electrónico de amplificación y filtrado, el cual
junto con la tarjeta de Adquisición de Datos NI USB-6008, de National Intruments, y una
interfaz gráfica que diseñó en LabView, logró digitalizar y obtener todos los parámetros
de una señal electrocardiográfica (Ondas P,Q,R,S y T), y las cuales deberían servir para
la detección de 3 tipos de arritmias cardiacas: taquicardias, bradicardias y latido ectópico.
El método de detección especifico que proponen es la comparación de los diversos
parámetros de la señal, utilizando como muestras a personas que padecen arritmia
cardiaca, a partir de las cuales pretenden hacer una generalización. La interfaz gráfica que
diseñó se muestra en la figura 2.1, en la cual se muestra todos los parámetros de señal
electrocardiográfica que su sistema diseñado fue capaz de obtener. Cabe resaltar que su
sistema es capaz de generar un reporte para enviarlo a un médico especialista.
Figura 2.1- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Cervantes & Gómez,
2017).
El trabajo de (Cervantes & Gómez, 2017), si bien muestra una forma eficaz de
cómo digitalizar y obtener los parámetros de una señal electrocardiográfica, no muestra
una forma feahaciente sobre el proceso de diagnóstico de las arritmias cardiacas, ya que
prueba su sistema con señales artificiales (rampas) a diferentes frecuencias y no con datos
reales, sin embargo, la relevancia de su trabajo está en que se puede utilizar los reportes
18
que produce su sistema, para ayudar en el diagnóstico por parte de un especialista.
Ademas demuestra que es factible la realización de un sistema para el análisis de
frecuencias cardiacas a bajo costo.
(Velázquez & Villagrán, 2016), en su tesis titulada “Monitor de ritmo cardiaco
para dispositivos Android mediante un enlace Bluetooth”, utiliza un único sensor
fotopletismógrafo SEN-11574 para el sensado de la frecuencia cardiaca, la cual mediante
un acondicionador de señal convierte la señal en forma cuadrada, esta es recibida por un
microcontrolador PIC18F4550, el cual se encarga de enviarlo vía bluetooth a una
aplicación móvil elaborada con el software MIT App Inventor. El diagrama de bloques
del proceso se puede apreciar en la figura 2.2.
Figura 2.2- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Velázquez &
Villagrán, 2016).
El trabajo de (Velázquez & Villagrán, 2016), aunque no aporta información en
cuanto a la detección de arritmias, brinda referencias relevantes sobre el
acondicionamiento de señal y las características de los sensores que pueden utilizarse en
esta tesis.
En la investigación de (Acero, Acero, & Reyes, 2017), titulada “Análisis de
Variabilidad de la Frecuencia Cardiaca durante Estrés y Relajación empleando Señales
Adquiridas con un Smartphone”, hacen uso de la cámara de un smartphone a modo de
fotopletismógrafo de imágenes (iPPG), adquiriendo y procesando las imágenes para
obtener una señal de pulso cardiaco. Así mismo, se utiliza un sistema BIOPAC MP150
para la adquisición de la señal electrocardiograma (ECG). Se realiza una comparación
entre los parámetros PRV (pulse rate variability), que es obtenida del smartphone, y el
HRV (Heart rate variability), que es obtenido de la señal ECG, para el estado de
control(normal), estado de relajación y estado de estrés. Los resultados que obtuvieron se
pueden apreciar en la tabla 2.1., donde se aprecia la comparación de los índices meanHR
19
(frecuencia cardiaca promedio en bpm), LFn (potencia normalizada a baja frecuencia de
0.04-0.15 Hz), HFn (potencia normalizada en la banda baja frecuencia de 0.15-0.4 Hz) y
TPR (turning point ratio) respeto a las señales ECG y iPPG en los tres estados de estudio.
Tabla 2.1- Comparativa de los indicies temporales y espectrales para las señales HRV y PRV en los tres
estados de estudio (Acero et al., 2017),
La investigación de (Acero et al., 2017), muestra una metodología acertada para
la obtención de los índices cardiacos, mencionados en el párrafo anterior, utilizando
algoritmos de procesamiento de señales. Además, sus resultados muestran que los índices
obtenidos de pulso cardiaco y los índices obtenidos de la señal de ECG, son levemente
diferentes lo cual se puede apreciar en la figura 2.3. Esto constituye una limitación del
sensor a elegir en esta tesis, ya que para la detección de arritmias se requiere una señal
ECG y no una PPG.
Figura 2.3- Comparativa de señales ECG y PPG (Acero et al., 2017).
En la tesis de (Magne, 2009), titulada “Detección De Arritmias Cardiacas Con
Redes Neuronales Artificiales”, hace uso del software MatLab, para crear una red
neuronal densa, con 4 capas ocultas, la cual la entrena durante 1000 épocas, para que esta
sea capaz de detectar 3 tipos específicos de arritmias, siendo estas: Bloqueo de rama
derecha (LBBB), Contracción ventricular prematura (PVC) y Fibrilación ventricular
(VF). La base de datos que usó fue la MIT-BIH Arrhythmia Database, y logró obtener
una exactitud mayor al 80% en la detección. Los resultados se muestran en la tabla 2.2.
20
Tabla 2.2- Exactitud en la detección de arritmias (Magne, 2009).
El diagrama de bloques general del proceso de la detección se muestra en la figura
2.4. En la cual se puede apreciar cómo es construido el modelo usando solamente los la
base de datos MIT-BIH, la cual pasa previamente por un proceso de normalización y
extracción de características. Un proceso análogo se debe utilizar para la señal que se
quiere clasificar. Finalmente, como se aprecia, el resultado debe ser corroborado por un
especialista.
Figura 2.4- Comparativa de señales ECG y PPG (Magne, 2009).
El trabajo de (Magne, 2009), tiene 2 aspectos que se pueden mejorar, en primer
lugar la base de datos que utiliza, solo contiene 48 registros, por lo que la clasificación
no será lo suficientemente generalizada. En segundo lugar, el proceso de extracción de
características se puede hacer automáticamente usando redes neuronales convolucionales.
La metodología de la figura 2.4., que Magne propone para abordar el problema, posee
una estructura coherente con sus objetivos, por lo cual se la tomará como marco de trabajo
para el desarrollo de la presente investigación.
En el artículo de (Rajpurkar, Hannun, Haghpanahi, Bourn, & Ng, 2017), titulado
“Cardiologist-Level Arrhythmia Detection with Convolutional Neural Networks” hacen
uso de una red convolucional residual de 34 capas para realizar la detección de 12 tipos
de arritmias, ritmo sinusal y ruido, teniendo la arquitectura de la red un total 16 bloques
residuales. Hacen uso de un dataset de grabaciones de señales ECG de una sola
21
derivación, de 30 segundos muestreadas a 200 Hz de un total de 29163 pacientes,
constituyendo en total 64121 muestras. Cada registro es evaluado por un grupo de
cardiólogos expertos en la detección de arritmias, anotando en el registro la clase de
arritmia presente. Después de entrenado el modelo se compara la precisión individual en
el diagnóstico de arritmias de otros 6 cardiólogos, los cuales no participaron en las
anotaciones de los registros del dataset, versus la precisión en el diagnóstico del modelo,
resultando los valores de recall (sensibilidad) y precisión (verdadero positivo) mayor para
el modelo. Las métricas de evaluación usadas es F1 score tanto para la precisión en la
secuencia (Seq) de diagnóstico para cada latido dentro del registro, como para precisión
de arritmias únicas dentro del registro (Set). Estos resultados se muestran en la tabla 2.3.
Tabla 2.3- comparación de F1 score para el modelo entrenado como para Cardiólogos en el diagnóstico de
diferentes tipos de arritmias (Rajpurkar et al., 2017).
El trabajo de (Rajpurkar et al., 2017) da información valiosa acerca de la
arquitectura que se puede usar para la creación de la red neuronal en esta tesis, así como
demuestra que un modelo de deeplearning puede ser mejor que un experto cardiólogo en
la detección de arritmias, por supuesto, el cardiólogo puede hacer uso de otros medios
para elevar su precisión, pero en el diagnostico por observación del ECG, el modelo
demuestra ser mejor. Este trabajo también brinda una forma de comparar el rendimiento
del modelo, el cual es a través del F score.
22
En el trabajo de (Llodrà-Bisellach, 2018), titulado “Aprendizaje automático para
la clasificación de arritmias cardíacas” explora el uso de redes neuronales (NN) y redes
neuronales convolucionales (CNN) de forma comparativa para la detección de arritmias
en la base de datos MIT-BIH, tratando de clasificar segmentos de 5 segundos de los ECG
en latidos normales(clase 0) y latidos arrítmicos(clase 1). Su base de datos la divide en 3
secciones, una sección para entrenamiento (28080 segmentos), otra para validación (7964
segmentos) y la última para testeo (7964 segmentos). Para el entrenamiento realiza una
variación de los hiperparámetros tanto para la NN como para la CNN, sus resultados se
pueden observar en la tabla 2.4, donde se puede observar que su valor predictivo positivo
(PPV) o precisión para su conjunto de testeo es de 58.73% para la NN y 70.39% para la
CNN.
Tabla 2.4- Resultados de clasificación de 4 modelos de redes neuronales con parámetros diferentes (Llodrà-
Bisellach, 2018).
El trabajo de (Llodrà-Bisellach, 2018) brinda una visión general de como la
variación de los hiperparámetros influyen en los resultados de la clasificación tanto en la
NN como en la CNN, además brinda una referencia de cómo evitar el overfiting durante
el entrenamiento.
En el artículo de (Kachuee, Fazeli, & Sarrafzadeh, 2018) titulado “ECG Heartbeat
Classification: A Deep Transferable Representation” usan redes convolucionales
residuales para la clasificación de latidos en categorías de arritmias de acuerdo al estándar
AAMI EC57, y proponen un método para la transferencia de conocimiento a la
clasificación de infartos del miocardio. Logran una exactitud de 93.4% en la clasificación
de arritmias y 95.9% en la detección de infartos al miocardio. Hacen uso de las bases de
datos MIT BIH y PTB diagnostics, las cuales segmentan la señal ECG en latidos
individuales. Los resultados de clasificación para la detección de arritmias, se aprecia en
la matriz de confusión de la figura 2.5, en la que es posible ver la alta sensibilidad (recall)
de obtuvieron en cada clase (recuadros negros).
23
Figura 2.5- Matriz de confusión obtenida por (Kachuee et al., 2018).
El trabajo de (Kachuee et al., 2018) muestra una arquitectura de la red neuronal
semejante al trabajo de (Rajpurkar et al., 2017), siendo la de (Kachuee et al., 2018) más
sintética al usar solo 5 bloques residuales, a diferencia de los 16 usados por (Rajpurkar et
al., 2017). Ambos trabajos se toman como referencia para la creación de la arquitectura
en la presente tesis. Así mismo, la base de datos procesada por (Kachuee et al., 2018)
disponible en Kaggle será la base de datos utilizada en este proyecto.
2.2. MARCO TEORICO
2.2.1. SISTEMA CARDIOVASCULAR
Un latido cardíaco se genera debido a la actividad eléctrica inherente y rítmica de
las fibras autorrítmicas o de conducción del miocardio (Tortosa, 2010), las cuales actúan
como marcapasos coordinando la contracción y relajación de las diferentes cámaras
(aurículas y ventrículos) del corazón, y constituyen el sistema de conducción cardíaco, el
cual garantiza la contracción coordinada de las cavidades cardíacas creando así una
acción de bombeo en forma de onda que mueve la sangre por todo nuestro cuerpo de
manera eficiente (PHRI, 2015).
Las fibras de conducción representan el 1% del total de fibras del miocardio. Su
función es la generación y propagación rápida de los potenciales de acción sobre el
miocardio. La llegada de un impulso eléctrico a una fibra miocárdica normal genera un
potencial de acción (cambio en la permeabilidad de la membrana celular a determinados
iones), el cual provoca la contracción de la fibra muscular del miocardio. El potencial de
acción abarca tres fases: despolarización, meseta y repolarización. Un ciclo cardiaco
incluye todos los fenómenos eléctricos (potencial de acción y su propagación) y
24
mecánicos (sístole: contracción; diástole: relajación). Cada ciclo cardíaco consta de una
sístole y una diástole auricular, y una sístole y una diástole ventricular. (Tortosa, 2010)
2.2.1.1. ELECTROCARDIOGRAMA
El electrocardiograma (ECG) es una de las principales herramientas para la
detección de problemas cardiovasculares como las arritmias, (Llodrà-Bisellach, 2018).
Este se obtiene a partir de la pequeña corriente eléctrica en la superficie corporal
propagada desde el corazón (Tortosa, 2010).
El ECG registra las fuerzas electromotrices instantáneas (vectores) originadas en
el corazón en los procesos de despolarización y repolarización, mediante la utilización de
electrodos situados en la superficie del cuerpo. El ECG suele representar solo el vector
resultante promedio del cual se grafica únicamente su magnitud escalar (voltaje) (Pozas,
2012). El ECG estándar consiste en un total de 10 electrodos, 6 en el tórax y 4 en las
extremidades, de los cuales se obtienen 12 derivaciones, las cuales representan diferentes
vistas de la actividad eléctrica del corazón, teniendo 6 derivaciones precordiales que
observa el corazón desde un plano horizontal y 6 derivaciones de miembros que observan
el corazón desde un plano frontal (Llodrà-Bisellach, 2018).
Cada latido cardíaco genera 3 ondas en el ECG (Tortosa, 2010):
1. La onda P, que representa la despolarización de las aurículas y la
transmisión del impulso del nódulo sinusal a las fibras musculares
auriculares.
2. El complejo QRS, que representa la despolarización ventricular y oculta
la repolarización auricular.
3. La onda T, que representa la repolarización ventricular.
En el análisis de un ECG se suelen considerar la medición de las duraciones de
los siguientes intervalos (Tortosa, 2010):
1. El intervalo P-R, que se mide desde el inicio de la onda P hasta el comienzo
del complejo QRS.
2. El segmento S-T, que representa el intervalo entre el final del complejo
QRS y el inicio de la onda T.
3. El intervalo Q-T, que incluye el complejo QRS, el segmento ST.
25
La figura 2.6 mostrada a continuación muestra las diferentes ondas e intervalos
representados en un ECG, en la cual adicionalmente se aprecia la onda U (que no aparece
siempre) y el intervalo R-R que muestra un ciclo completo del corazón medido a partir
del pico R. Así mismo se muestra valores promedios de la duración de cada intervalo.
Figura 2.6- Ondas e intervalos de un electrocardiograma (nursingmanthra.com, 2018).
Debido a que la magnitud eléctrica del corazón es pequeña, la medición de esta
en la superficie del cuerpo es aún menor, estando en el orden de los milivoltios (mV),
esto lo hace susceptible a la contaminación por diferentes fuentes de ruido, siendo la
reducción del ruido uno de los principales problemas del ECG (Llodrà-Bisellach, 2018).
2.2.1.2. ARRITMIAS CARDIACAS
El corazón puede latir a diferentes ritmos debido a diversos factores, como la
actividad física, un estado de relajación o estrés, incluso algunas personas pueden
ocasionalmente experimentar variaciones inofensivas en el ritmo cardiaco, conocidas
como palpitaciones, sin embargo, si estas anomalías en el ritmo cardiaco aparecen
consistentemente se les conocen como arritmias pudiendo el corazón latir demasiado
rápido, demasiado despacio, o con un patrón irregular y son causadas por irregularidades
en la transmisión de los impulsos eléctricos que hacen que los músculos del corazón se
contraigan. Algunas arritmias pueden ser inofensivas, sin embargo, otras pueden llegar a
provocar problemas de salud serios (PHRI, 2015).
Una arritmia peligrosa bastante común es la fibrilación arterial, producida por
impulsos eléctricos anormales en las aurículas, que se caracteriza por un latido cardiaco
rápido e irregular que hace que el corazón no bombee sangre eficientemente. Esta arritmia
26
aumenta el riesgo de ataque al corazón, derrame cerebral, y enfermedad cardiaca de una
persona (PHRI, 2015).
Generalmente el diagnóstico de arritmias se hace mediante el análisis de un ECG,
pudiéndose detectar la arritmia debido a la presencia de una forma inusual o su aparición
a destiempo de una onda, por ejemplo, algunas arritmias se pueden detectar a partir de la
duración, amplitud y morfología del complejo QRS. La clasificación de la tabla 2.5 es
dada por la Association for the Advancement of Medical Instrumentation (AAMI), agrupa
las diferentes arritmias en (Llodrà-Bisellach, 2018):
• Supraventriculares (S): las cuales tienen un origen supraventricular y que tienen
una diferencia temporal con los latidos normales (N).
• Ventriculares (V): las cuales tienen un origen ventricular y que presentan
diferencias morfológicas con a los latidos N.
• Fusión (F): son latidos resultados de la fusión entre latidos ventriculares y
normales.
Tabla 2.5- Categorías en la clasificación de arritmias consideradas por la AAMI. Modificada de (Luz &
Menotti, 2011).
Uno de los principales problemas en la detección de arritmias es producto de que
las anormalidades pueden ocurrir en lapsos de tiempo bastante largos, siendo la mayoría
de latidos normales, esto genera que se tenga que registrar la actividad cardiaca durante
largos periodos, lo que dificulta que un cardiólogo analice manualmente la gran cantidad
de datos generados (latidos individuales). Debido a esto se vienen desarrollando sistemas
automáticos que analicen los datos sirvan como apoyo para el diagnóstico (Llodrà-
Bisellach, 2018), lo cual también es objetivo de este proyecto.
2.2.2. PROCESAMIENTO DIGITAL DE SEÑALES
Se puede definir al procesamiento de señales como el conjunto de técnicas para la
manipulación o modificación matemática de una señal con el fin de adaptarla o mejorarla
según los objetivos que se requiera. El termino digital se refiere al uso de técnicas en el
dominio del tiempo discreto, frecuencia discreta u otro dominio discreto de señales,
27
siendo las señales analógicas convertidas a digitales mediante un conversor
análogo/digital (ADC). El diagrama de bloques general de un procesador de señales
digitales (DSP) este compuesto por un filtro analógico, el ADC, el DSP, el conversor
digital análogo (DAC) y un filtro de reconstrucción (Tan & Jiang, 2005), este se muestra
en la figura 2.7 a continuación.
Figura 2.7- Estructura general de un procesador de señales digitales (Tan & Jiang, 2005).
Entre algunos de las aplicaciones del procesamiento digital de señales esta la
compresión y codificación de audio y video como es el caso de los CD, sistemas de
reducción de ruido, cifrado de datos, síntesis y reconocimiento de voz,
telecomunicaciones digitales, controladores digitales, instrumentación industrial, etc.
(Tan & Jiang, 2005). En la presente tesis se utiliza el procesamiento digital de señales
específicamente para filtrar y adaptar las señales ECG que se adquirirán a través de un
sensor, de tal forma que la señal adquirida sea adecuada para un proceso de
reconocimiento de arritmias.
2.2.2.1. FRECUENCIA DE MUESTREO
Cuando una señal analógica es muestreada por un ADC se debe de elegir una
frecuencia de muestreo que asegure que la señal analógica original pueda ser reconstruida
o recuperada más tarde. La elección equivocada de la frecuencia de muestreo produce
aliasing, que causa que la señal recuperada no sea la correcta tal como se muestra en la
figura 2.8, donde una señal de 90 Hz es muestreada a una tasa de 10 Hz, obteniéndose el
alias de la línea punteada (Tan & Jiang, 2005).
Figura 2.8- Representación del efecto de una selección equivocada de la tasa de muestreo (Tan & Jiang, 2005).
28
Para evitar el aliasing se hace uso del teorema de muestreo, el cual garantiza que,
en teoría, una señal analógica se pueda recuperar perfectamente, lo cual ocurre cuando la
frecuencia de muestreo es al menos dos veces de la frecuencia de la señal analógica que
se va a muestrear.
2.2.2.2. FILTROS DIGITALES
Un filtro digital es un sistema que modifica de acuerdo a sus parámetros, una señal
de entrada en una señal de salida. La señal de salida resultante tiene características
diferentes a la original ya sea en amplitud, frecuencia o fase. El filtrado digital es una de
las aplicaciones más relevantes del procesamiento digital de señales siendo el objetivo
más común la atenuación o amplificación de ciertas frecuencias.
Se pueden considerar 2 tipos generales de filtros digitales, los filtros no recursivos
y recursivos, los cuales tienen fase lineal y no lineal respectivamente, estos se diseñan y
analizan en el dominio de la transformada Z. A partir de las ecuaciones de los filtros
digitales, se pueden implementar algoritmos en cualquier lenguaje de programación, sin
embargo existen algunos lenguajes de programación con muchos de los filtros y
algoritmos de procesamiento de señales más habituales ya implementados (Alva, Coras
Carlos, 2012).
Los filtros no recursivos también llamados como filtros de respuesta finita al
impulso (FIR), conservan una fase lineal en todo el dominio de la frecuencia y son por lo
general de un orden elevado (Alva, Coras Carlos, 2012), la ecuación 1 muestra la
representación general de un filtro de este tipo (Tan & Jiang, 2005). La figura 2.9 es una
representación gráfica (grafo) de un filtro FIR de tercer orden, el cual es en sí un
algoritmo, que puede ser programado en una computadora o microcontrolador (Walker,
2016).
𝑦(𝑛) = ∑ 𝑏𝑖𝑥(𝑛 − 𝑘)
𝑁
𝐾=0
( 1)
Los filtros recursivos, también llamados como filtros de respuesta infinita al
impulso (IIR), cuentan con una retroalimentación de la salida, poseen una característica
de fase no lineal, pero son más cortos respecto a los filtros FIR, lo que constituye una
ventaja en cuanto a ahorro computacional (Alva, Coras Carlos, 2012). La ecuación 2 es
29
la representación general de estos filtros. La figura 2.10 muestra un grafo de un filtro IIR
de t 3° grado que puede ser implementado en software, se puede notar que la salida del
filtro depende de las entradas y de las salidas anteriores, a diferencia del filtro FIR, en el
que la salida depende solo de las entradas.
𝑌(𝑛) = ∑ 𝑏𝐾𝑥(𝑛 − 𝐾) + ∑ 𝑎𝑘𝑌(𝑛 − 𝐾)
𝑁
𝐾=1
𝑁
𝐾=0
( 2)
Figura 2.9- Representación gráfica de un filtro FIR de tercer orden (Walker, 2016).
Figura 2.10- Representación gráfica de un filtro IIR (M Martínez, Gómez, Serrano, Vila, & Gómez, 2009).
Existen diferentes métodos para realizar el diseño de filtros FIR por ejemplo el
método de ventanas, mínimos cuadrados, etc. Para el caso de filtros IIR los métodos de
diseño son aproximación de su prototipo analógico, y aproximación por mínimos
cuadrados. En ambos casos se tiene que especificar la frecuencia o frecuencias de corte
que se desea.
2.2.2.2.1. FILTROS PASA BAJOS
Los filtros pasa-bajos son aquellos que solo dejan pasar la señal hasta una
frecuencia de corte determinada, luego la atenúan o eliminan. La figura 2.11 muestra la
forma del filtro (magnitud) en el dominio de la frecuencia. La banda de paso corresponde
30
a las frecuencias que se desea dejar pasar, la banda de transición es donde el filtro empieza
a atenuar la frecuencia y la banda de rechazo es donde el filtro atenúa casi por completo
las frecuencias.
Figura 2.11- Forma de filtro pasabajos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005)
Como se puede apreciar en la figura 2.11, el filtro puede agregar ciertas
distorsiones a la señal dependiendo del diseño, en la figura 2.12 es posible ver una
comparación entre varios filtros analógicos que pueden usarse como prototipos de filtros
digitales IIR, se debe notar las diferencias que estos tienen en cuanto a rizado en las
bandas de paso y de rechazo.
Figura 2.12- Comparación de filtros pasabajos analógicos utilizados para elaborar filtros IIR (M Martínez et
al., 2009).
2.2.2.2.2. FILTROS PASA ALTOS
Los filtros pasa-altos atenúan una señal hasta una frecuencia determinada, y luego
la dejan pasar libremente, la forma general de estos se aprecia en la figura 2.13. Las
mismas consideraciones anteriores se pueden aplicar a estos filtros en cuanto al rizado ya
que también pueden ser inferidos a partir de su prototipo pasa-alto analógico.
31
Figura 2.13- Forma de filtro pasa-altos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005).
2.2.2.2.3. FILTROS PASA BANDA
Los filtros pasa-banda se les puede considerar como una unión de un filtro pasa-
altos y un filtro pasabajos en secuencia. La forma general de este tipo de filtros se aprecia
en la figura 2.14. En estos filtros se requiere especificar 2 frecuencias de corte, las que
determinan el ancho de banda del filtro.
Figura 2.14- Forma de filtro pasabanda en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005).
2.2.3. APRENDIZAJE AUTOMÁTICO
El aprendizaje automático (machine learning) es una tecnología que desarrolla
algoritmos informáticos capaces de emular la inteligencia humana, incorpora ideas de
diferentes campos como la neurociencia, probabilidad y estadística, psicología, teoría de
control, entre otras. Esta tecnología ha sido aplicada con éxito en áreas como la visión
por computadora, robótica, entretenimiento, ecología, biología y medicina. Se puede
decir que el aprendizaje automático permite a las computadoras aprender de su entorno y
de las experiencias anteriores, con o sin un maestro (El Naqa, Murphy, & Li, 2015).
32
En la primera generación de sistemas inteligentes, las maquinas ejecutaban
algoritmos escritos por humanos de forma secuencial para la solución de problemas, es
decir, solo se limitaban a seguir instrucciones sin cambios. En la actualidad, los modelos
de aprendizaje automático pueden ser entrenados utilizando grandes cantidades de datos
para discriminar diferentes clases, encontrando una función matemática adecuada que
establece una relación robusta entre los datos de entrenamiento y las salidas buscadas
(Gad, 2018).
El aprendizaje automático se divide en diferentes tipos como el aprendizaje
supervisado, en el que los datos usados para el entrenamiento del modelo están
etiquetados, pudiéndose determinar la exactitud del sistema. Otro tipo es el aprendizaje
no supervisado, en el que los datos no están etiquetados y el objetivo es descubrir
relaciones existentes a partir de las características intrínsecas de los datos, y donde el ser
humano tiene que interpretar que es lo que ha aprendido el modelo. Otro tipo de mucho
énfasis es el aprendizaje por refuerzo, en el que el modelo (agente) aprende de acuerdo a
la experiencia de su interacción con los datos (entorno), y donde entran en juego el
refuerzo positivo y negativo que consiguen que a través de prueba y error el modelo quede
optimizado en una tarea específica (Llodrà-Bisellach, 2018).
2.2.3.1. REDES NEURONALES ARTIFICIALES
Las redes neuronales son modelos computacionales inspirados en los sistemas
nerviosos biológicos, las cuales están conformadas por un conjunto de unidades llamadas
neuronas interconectadas entre si (Llodrà-Bisellach, 2018; Lopez, 2017). Las Redes
Neuronales artificiales son utilizadas para la elaboración de modelos descriptivos y
predictivos, y son técnicas importantes dentro de la minería de datos, el reconocimiento
de patrones, los sistemas de control adaptativo, la inteligencia artificial, entre otros
(Mateo Sotos, 2012).
Figura 2.15- Estructura de una red neuronal (towardsdatascience.com, 2017).
33
Existen una variedad de arquitecturas de redes neuronales, siendo quizás la más
conocida la arquitectura llamada perceptrón multicapa la que se muestra en la figura 2.15.
El esquema habitual de este tipo de red neuronal está formado por una capa de entrada
(amarillo), una capa salida (rojo) y capas ocultas intermedias (verde). La figura 2.16
muestra un modelo simplificado de un perceptrón comparado con una neurona biológica
y donde cada entrada de la neurona (𝑥𝑖) se multiplica peso (𝑤𝑖) y se suman, aplicándose
al final una función de activación (𝑓) que corresponde a la salida de la neurona (Llodrà-
Bisellach, 2018). Esto se muestra formalmente en la ecuación 3.
𝑦 = 𝑓(∑ 𝑤𝑖𝑥𝑖
𝑛
𝑖=1
)
( 3)
Figura 2.16- Estructura de una neurona artificial en comparación de una biológica (Lopez, 2017).
Las redes neuronales fueron los primeros métodos computacionales con la
capacidad de tolerancia a fallos (ruido en los datos de entrada), lo cual se debe a que
pueden aprender a reconocer patrones con ruido, distorsiones o datos incompletos y
pueden seguir realizando su función, aunque con una leve degradación, esto constituye
una de sus principales ventajas (Mateo Sotos, 2012).
2.2.3.1.1. FUNCION DE ACTIVACION
Se puede considerar que una neurona biológica tiene un estado de activación ya
que puede estar excitada o no, análogamente las neuronas artificiales también cuentan
con diferentes estados de activación, algunas de ellas pueden tomar un estado digital (solo
dos estados) o analógico dentro de rango determinado. La función activación transforma
la entrada en un valor de activación, cuyo rango puede ir de 0 a 1 o de –1 a 1 (Mateo
Sotos, 2012).
34
Sin la función de activación, las capacidades del perceptrón se limitan solo a
estimar funciones lineales, para lograr que estas sirvan también para funciones no lineales
es necesario agregar la función de activación. Existen varias funciones de activación que
se usan en las redes neuronales, estas se muestran en la tabla a continuación. La función
de activación ReLU es la que más se suele usar en los algoritmos de aprendizaje profundo
(Llodrà-Bisellach, 2018).
Tabla 2.6- Funciones de activación comunes (simplilearn.com, 2020).
2.2.3.1.2. FUNCIÓN DE PERDIDAS
Cuando una red neuronal se entrena es necesario definir una función de pérdidas
que mida cuan cercana es la salida de la red neuronal con el valor o valores reales. Durante
el proceso de entrenamiento los valores de los pesos son asignados inicialmente de forma
aleatoria, por lo que la función de perdidas arroja valores grandes, siendo el objetivo del
entrenamiento reducir los valores de esta función (Gad, 2018). La tabla 2.7 muestra
algunas de las funciones de perdidas usadas de acuerdo al tipo de datos que maneja la
última capa de la red neuronal.
35
Tabla 2.7- Funciones de perdidas usadas usualmente (Udell, 2018).
La tabla 2.8 muestra las distintas funciones de perdidas usadas de acuerdo al tipo
de problema que se esté solucionando, así como la última capa de activación requerida
para su uso.
Tabla 2.8- Funciones de pérdidas de acuerdo al problema solucionado (mc.ai, 2019)
2.2.3.1.3. LEARNING RATE
La tasa de aprendizaje (learning rate), es un parámetro que controla la velocidad
con la que los pesos de la red neuronal se actualizan a valores más óptimos (disminuye la
función de perdida). Para elegir el valor de la tasa de aprendizaje se debe tener en cuenta
que, si la tasa de aprendizaje es muy grande, se puede llegar a omitir la solución óptima
y si su valor es demasiado pequeño, necesitaremos demasiadas iteraciones para converger
a los mejores valores. Por lo tanto, usar una buena tasa de aprendizaje es crucial, ya que
podría ser la diferencia entre un modelo incapaz de aprender y un modelo con alto
rendimiento. La figura 2.17 muestra los diferentes resultados que se puede obtener por
36
la elección de diferentes valores de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com,
2019).
Figura 2.17- Efecto de la elección de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com, 2019).
Tener una tasa de aprendizaje fija puede conllevar a ciertos problemas para
converger a la solución óptima, por ello la mejor elección es tener una tasa de aprendizaje
adaptativa, tal como la que se muestra en la figura 2.18, en la que la línea roja corresponde
a una tasa de aprendizaje fija, nótese que esta tiene problemas para converger a diferencia
de una tasa de aprendizaje adaptativa (Shen, 2018).
Figura 2.18- Problema con la elección de una tasa de aprendizaje fija (Shen, 2018).
2.2.3.1.4. FUNCION DE OPTIMIZACION
La función de optimización es la que se encarga de actualizar los pesos de la red
neuronal con el fin de reducir la función de perdidas. Están basadas en el algoritmo de
backpropagation, el cual calcula la gradiente de la función de perdida respecto a cada uno
de los pesos de la red, y luego mediante el algoritmo de descenso de la gradiente (SGD)
actualiza los pesos de la red neuronal (Goodfellow, Bengio, & Courville, 2016).
La función de activación clásica del descenso de la gradiente (SGD) usa una tasa
de aprendizaje fija, lo cual como ya se explicó presenta problemas en la convergencia al
37
modelo más óptimo, por ello se han desarrollado diferentes funciones de activación que
ahora usan una tasa de aprendizaje adaptativa, como es el caso del optimizador Adam,
que es uno de los más populares actualmente, ya que los resultados empíricos demuestran
que Adam funciona bien y se compara favorablemente con otros métodos de optimización
estocástica (machinelearningmastery.com, 2017). La figura 2.19 muestra una
comparación de la convergencia de diversas funciones de optimización.
Figura 2.19- Resultados de una tasa de aprendizaje adaptativa (Bhardwaj, Curtin, Edel, Mentekidis, &
Sanderson, 2018).
2.2.3.1.5. OVERFITING – UNDERFITING
El overfiting ocurre cuando un modelo se entrena con información redundante, lo
que suele pasar al entrenar durante muchas épocas, lo que origina que el modelo comience
a aprender del ruido y características demasiado del conjunto de datos. El overfiting
genera que el modelo clasifique muy bien los datos de entrenamiento, pero no sea capaz
de clasificar con la misma exactitud información nueva, por lo tanto, es un estado que se
debe evitar. Algunos métodos para evitar el overfiting es reducir la complejidad del
modelo, activar o desactivar neuronas (dropout) o agregar más información diferente
(Llodrà-Bisellach, 2018).
Por otro lado, un modelo presenta underfitting cuando no se ajusta lo
suficientemente bien a los datos, lo que suele ocurrir cuando no hay datos suficientes o
cuando no se usa un sistema lo suficientemente complejo. La solución es agregar más
38
data, aumentar la complejidad del modelo por ejemplo más neuronas o más capas (Llodrà-
Bisellach, 2018).
Figura 2.20- Underfitting y overfiting (geeksforgeeks.org, 2019).
La figura 2.20 muestra de manera gráfica los conceptos de underfitting y
overfiting, mientras que la figura 2.21 muestra cómo se debe truncar el entrenamiento
del modelo para evitar ambos problemas.
Figura 2.21- Truncado del número de épocas de entrenamiento (Saxena, 2020).
2.2.3.1.6. MÉTRICAS DE EVALUACION
Una vez entrenada una red neuronal es necesario evaluar los resultados obtenidos
para determinar si estos se ajustan a lo deseado, un método comúnmente utilizado son las
matrices de confusión, que permiten visualizar que tan bien el sistema ha clasificado los
datos. Una matriz de confusión tiene como ejes a las etiquetas reales y a las etiquetas
predichas por el modelo, estas pueden servir para manejar 2 o más etiquetas. En la figura
2.22 se muestra un ejemplo de matriz de confusión multiclase, en la que se aprecia que
los elementos clasificados correctamente (verdaderos positivos) se encuentran en la
diagonal. El total de elementos de cada clase se puede obtener sumando horizontalmente,
y el total de todos los elementos considerados se obtiene sumando cada recuadro de la
matriz (Roiger, 2013).
39
Figura 2.22- Matriz de confusión para medir la performance de un modelo de clasificación(Liu &
Mukhopadhyay, 2018).
Como se puede notar la matriz de confusión proporciona un medio de evaluación
bastante eficiente para hacernos una idea de cuan bien está clasificando nuestro modelo
(Llodrà-Bisellach, 2018). Sin embargo, a partir de la matriz de confusión es posible
obtener diferentes métricas como lo son la precisión, el recall y F score.
2.2.3.1.6.1. PRECISIÓN
La precisión indica que tantos de los datos clasificados en una clase determinada
son correctos. La precisión se puede obtener de la matriz de confusión dividiendo los
verdaderos positivos de la clase (valor que se encuentra en la diagonal) entre el total de
elementos clasificados en esa clase. Tomado como referencia la matriz de confusión de
la figura anterior, para la clase airplane sería 828 entre la suma total de la columna, que
en este caso 977, por lo que la precisión para la clase airplane será 0.8475 o lo que es lo
mismo un 84.79%. El proceso para las demás clases es idéntico.
2.2.3.1.6.2. RECALL
El recall (recuerdo) también llamado sensibilidad, indica que tantos de los
elementos pertenecientes a una clase fueron clasificados correctamente, y se puede
calcular dividiendo el valor de verdaderos positivos (valor en la diagonal) entre la suma
total de la fila. Para la matriz de confusión mostrada el recall de la clase airplane sería
828/1000 lo que es igual a 0.828 o 82.8%.
40
2.2.3.1.6.3. F SCORE
Dependiendo de los objetivos de un determinado problema, la precisión o el recall
puede ser más o menos importante que el otro, por ello la métrica F score realiza una
ponderación de la calidad del modelo tomando en cuenta esta consideración. La ecuación
4 es la expresión general de la métrica, donde 𝛽 indica la cantidad de veces mas
importante que es el recall en comparación de la precisión (Aoullay Amine, 2018).
Valores típicos de 𝛽 es 1 (F1), que indica igual importancia entre precisión y recall, y 2
(F2) que da el doble de importancia al recall que a la precisión.
𝐹β = (1 + β2
)
𝑃𝑟𝑒𝑐𝑖𝑠𝑖𝑜𝑛 ∗ 𝑅𝑒𝑐𝑎𝑙𝑙
(β2 ∗ 𝑃𝑟𝑒𝑐𝑖𝑠𝑖𝑜𝑛) + 𝑅𝑒𝑐𝑎𝑙𝑙
( 4)
2.2.3.2. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES
Las redes neuronales convolucionales (CNN) es una estructura de red neuronal
artificial recientemente emergente. Aunque originalmente se diseñaron para procesar
imágenes, se han aplicado exitosamente en el reconocimiento de series temporales,
obteniendo resultados superiores a las redes neuronales convencionales. A diferencia de
las redes convencionales, las CNN pueden aprender automáticamente las características
de un conjunto de datos (Li et al., 2017). Las CNN están formadas por diversas capas, las
capas de convolución (de ahí deriva su nombre), las capas de pooling (agrupación), las
capas fully connected (es una red neuronal convencional) y una capa de salida
SOFTMAX (Vasishta, 2019). La figura 2.23 muestra una representación intuitiva del
funcionamiento general de las CNN.
Figura 2.23- Estructura general de una CNN. Adaptada de (Shuler, 2018).
41
2.2.3.2.1. CAPA CONVOLUCIONAL
Esta capa es el núcleo de las CNN. Consisten en un grupo de filtros que recorren
la imagen produciendo un mapa de características (Lopez, 2017). En cada capa de
convolución cada imagen se procesa por convolución con un conjunto de filtros, y el
ancho y la longitud de la imagen se comprimen para obtener información de imagen más
profunda. (Li et al., 2017). Cada capa convolucional adicional es capaz de reconocer
formas mas complejas, así la primera capa puede que solamente reconozca líneas,
mientras que las siguientes sean capaces de reconocer formas cada vez más complejas
como ojos, ruedas, etc. lo que se muestra también en la figura 2.23.
Figura 2.24- Proceso de la capa convolucional de una CNN (Durán Suárez, Del, Torres, & Suárez, 2017).
La convolución es una operación de productos y sumas entre la imagen de entrada
y un filtro. La figura 2.24 muestra un ejemplo de esta operación, en la que se puede
observar como como las dimensiones de salida se reducen. Nótese también que el filtro
(mostrado de amarillo) avanza en 1 posición cada vez, esto corresponde a un parámetro
configurable de una capa convolucional denominado stride (Durán Suárez et al., 2017).
2.2.3.2.2. CAPA DE POOLING
Después del proceso de convolución la matriz resultante muestra valores altos y
bajos, son los valores altos los que indican una correlación alta del filtro aplicado con una
sección especifica de la imagen, por lo tanto, se puede realizar una operación de
agrupación de estos valores máximos tomando pequeñas ventanas (Gad, 2018). Se
pueden plantear otras operaciones de pooling como el average pooling (toma el promedio
de la ventana), sin embargo, el max pooling es la más usada por el motivo mencionado.
Se puede deducir que el pooling reduce significativamente las dimensiones de las
42
matrices convolucionadas (Llodrà-Bisellach, 2018). La figura 2.25 muestra cómo
funciona esta operación, se debe notar también que el tamaño de la ventana de pooling y
el parámetro stride o paso tienen mucha importancia en las dimensiones finales luego de
concluida la operación.
Figura 2.25- Proceso de la operación de Maxpooling (Llodrà-Bisellach, 2018).
2.2.3.2.3. CAPA TOTALMENTE CONECTADA
Esta capa se encarga de hacer la clasificación a partir de las características
extraídas por las capas convolucionales por lo que se encuentra después de la última capa
de pooling (Durán Suárez et al., 2017). Los datos después de las capas de convolución y
pooling deben ser aplanados (convertidos a 1D) antes de entrar en la capa totalmente
conectada (caso de imágenes 2D), siendo cada una de las entradas la probabilidad de que
cierta característica pertenezca a una clase específica, estas entradas se multiplican por
pesos los cuales se irán ajustando mediante backpropagation, luego se utiliza una función
de activación que generalmente es la función Relu para finalmente pasar a la capa de
salida que está compuesta por un número de neuronas igual al número de clases (Lopez,
2017). La figura a continuación muestra una capa totalmente conectada para la
clasificación de gatos y perros.
.
Figura 2.26- Estructura de una capa Fully connected (missinglink.ai, 2019).
43
2.2.3.2.4. SOFTMAX
Los valores de la última capa de una red neuronal se les denomina usualmente
logits y en general pueden tomar cualquier valor real, pero con el objetivo para tener
valores más significativos se usa la función softmax, la cual es capaz convertir un vector
de valores reales de n dimensiones a valores en el rango de 0 a 1. Cada una de las
componentes de salida de la función softmax representa la probabilidad que tiene la
imagen de entrada de pertenecer a una clase especifica (Durán Suárez et al., 2017), es
decir, a la salida de la función softmax se tiene una distribución de probabilidades que
entre todas suman 1. La figura 2.27 muestra un ejemplo de esta función.
Figura 2.27- Función Softmax (Medium.com, 2020).
2.3. MARCO CONCEPTUAL
A continuación, se explican los conceptos fundamentales que se utilizan en la
presente investigación.
2.3.1. SISTEMA DE ADQUISICIÓN DE DATOS
En (Omega Engineering, 2018), se define a un sistema de adquisición de datos
como un producto y/o proceso capaz de almacenar información con el fin de
documentar o analizar un determinado proceso. Estos sistemas son cada vez mas
sofisticados y precisos, donde intervienen sensores (temperatura, nivel, caudal,
presión, etc.), conversores (análogo-digital o digital-análogo), microcontroladores
(pic, atmega, etc.) y estándares de comunicación de comunicación (USB, RS232,
RS485, etc.).
En (National Instruments, 2017) se define la adquisición de datos, (DAQ)
como el proceso de medir un fenómeno eléctrico o físico como voltaje, corriente,
nivel, presión o fuerza, utilizando un computador. Un sistema DAQ consiste de
44
sensores, tarjeta de medición DAQ y un computador con software programable en el
cual se aprovechan todas las características de procesamiento, visualización y
conectividad con estándares industriales de los computadores. La figura 2.28
muestra un diagrama de esta definición.
Figura 2.28 Definición de Sistema de Adquisición de datos (National Instruments, 2017).
En (JMIndustrial, 2017) definen la adquisición de datos (DAQ) como un
proceso de muestreo de señales que representan fenómenos físicos y convirtiendo
las muestras valores numéricos, que pueden modificarse por una computadora que
pueden ser manipulados mediante una computadora. Estando constituidos por
sensores, circuitos de acondicionamientos de señal y convertidores analógicos-
digitales. Siendo controlados por software desarrollados en lenguajes de
programación de propósito general, como MatLab, C, Python, Fortran, Java,
LabVIEW, etcétera.
2.3.2. PROCESAMIENTO DE SEÑALES
El concepto al que se refiere esta tesis es el concepto de procesamiento digital
de señales. Se muestran algunas definiciones a continuación.
(Vignolo, 2008) define el concepto como un área de la Ingeniería Electrónica
que se concentra en la representación, transformación y manipulación de señales, y
de la información que ellas contienen. Cuando se refiere a procesamiento digital de
señales, implica el manejo de la variable independiente y de la amplitud en forma
discreta, es decir, el valor de la señal solo puede ser un numero finito de valores y es
conocido en instantes o en puntos específicos.
(Marcelino Martínez, Serrano, & Gómez, 2005; Zañartu, 2010) definen el
término procesamiento digital de señales, como el área de la ingeniería que se ocupa
45
de la representación, transformación y manipulación de señales, discretizadas en el
tiempo y el espacio, desde el punto de vista de la información que contienen”. La
figura 2.29, es una representación gráfica del concepto.
Figura 2.29 Definición de Procesamiento digital de señales (Zañartu, 2010).
(Escobar, 2017) define el termino como un área de la ingeniería que agrupa
un conjunto de transformaciones matemáticas aplicadas a señales discretas, siendo
los objetivos obtener una mejor aproximación del análisis o estimación del contenido
de la información.
2.3.3. PULSO
En (National Cancer Institute, 2019b) se define el pulso como el número de
veces que el corazón late durante cierto periodo de tiempo, generalmente un minuto.
Siendo posible paalparlo en el costado del cuello, la parte de atrás de las rodillas, la
parte de adelante de los pies, la ingle y otros lugares del cuerpo donde haya una arteria
cerca de la piel.
En (Concepto.de, 2019), se define como un movimiento arterial de expansion
y contraccion, producto de los latidos cardíacos, que sirve como medicion de la
frecuencia cardiaca.
La (Escuela de medicina-PUCP Chile, 2007) define el pulso como una onda,
con una fase ascendente y otra descendente que normalmente tiene una amplitud que
permite palparlo fácilmente y una ritmicidad regular.
2.3.4. DIAGNÓSTICO
Diagnóstico es un término formado por el prefijo diag que significa “a través
de”; gnosis que significa “conocimiento”, y tico que significa “relativo a”. Por tanto
etimologicamente significa a traves del conocimiento (definicion.de, 2012).
(Grossman, Oliet, & Del Rio, 1974; Vazquez, 2006) definen diagnostico
como el arte de distinguir o identificar la enfermedad, basado en en los síntomas y
46
en la examinación objetiva (diagnóstico clínico) o mediante pruebas clínicas de
laboratorio (diagnóstico de laboratorio). Literalmente significa saber apartar o
reconocer una enfermedad de otra, y permite un manejo y tratamiento adecuado del
paciente.
En (National Cancer Institute, 2019a) se define como el proceso en el que se
identifica una enfermedad, afección o lesión por sus signos y síntomas. Pudiendo
utilizarse los antecedentes de salud o realizar un examenes físicos y pruebas, como
análisis de sangre, etc.
En (concepto.de, 2019) se define como un procedimiento ordenado,
sistemático, para conocer y establecer de manera clara una circunstancia, a partir de
observaciones y datos concretos. En los terminos medicos significa determinar una
enfermedad basándose en los síntomas, el historial medico y exámenes
complementarios.
2.3.5. ARRITMIAS
(Mayo Clinic, 2019; MedlinePlus, 2019; NHLBI, 2018) definen una arritmia
como un transtorno relacionado con la frecuencia o el ritmo del latido cardíaco,
donde el corazón puede latir demasiado rápido, demasiado lento o con un ritmo
irregular. Siendo causada por cambios en el tejido y la actividad del corazón o en las
señales eléctricas que controlan los latidos y pudiendo llegar a ser mortales.
2.3.6. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES
(Lopez, 2017) manifiesta que una red neuronal convolucional es una
arquitectura especializada de red neuronal que esta inspirada en la organizacion de
la corteza visual de los animales, donde cada neurona puede representarse
matematicamente como una convolucion. Por lo tanto estan caracterizadas por tener
una estructura multicapa, con un determinado numero de convoluciones en cada
capa.
(Durán Suárez et al., 2017) definen el concepto como una clase de red
neuronal artificial donde las neuronas son semejantes a las neuronas en la corteza
visual primaria del cerebro. Por tanto, tienen buen rendimiento en el dominio de la
47
visión artificial, siendo muy efectivas en aplicaciones de reconocimiento y
clasificación de patrones presentes en una imagen.
(Li et al., 2017) definen el concepto como una estructura de red neuronal
emergente. Cuyo uso se ha extendido rapidamente en aplicaciones de análisis de
video, análisis de drogas, procesamiento del lenguaje natural y otros campos.
48
CAPITULO 3: METODOLOGIA
2.1.1. DISEÑO DE LA INFORMACIÓN
2.1.1.1. POBLACIÓN Y MUESTRA
• Población: Las señales ECG provenientes de cualquier fuente.
• Muestra: las señales disponibles en el ECG Heartbeat Categorization Dataset
y las provenientes del sistema de adquisición elaborado.
2.1.1.2. VARIABLES
• Variables independientes:
o Arquitectura de la red neuronal convolucional
o Performance en la adquisicion de datos
o Performance en el procesamiento de señales
• Variable dependiente:
o Detección de la arritmia
Tabla 3.1 Variables e indicadores de la investigación (Elaboración Propia).
Variables independientes Indicador Tipo
- Arquitectura de la red
neuronal convolucional.
- Performance en la
adquisición de datos.
- Performance en el
procesamiento de señales.
- Numero de capas
- Numero de filtros en cada capa
- Tamaño de filtros
- Stride
- Función de activación
- Neuronas y capas ocultas de la
red densa
- Frecuencia de muestreo
- Ruido
- Parecido de la señal procesada
con la de la base de datos
- Cuantitativo
- Cuantitativo
- Cuantitativo
- Cuantitativo
- Cualitativo
- Cuantitativo
- Cuantitativa
- Cuantitativo
- Cualitativa
Variables dependientes
- Detección de la arritmia - Exactitud (Accuracy) 𝐷𝑒𝑡𝑒𝑐𝑐𝑖𝑜𝑛𝑒𝑠 𝑐𝑜𝑟𝑟𝑒𝑐𝑡𝑎𝑠
𝐷𝑒𝑡𝑒𝑐𝑐𝑖𝑜𝑛𝑒𝑠 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙𝑒𝑠
49
2.1.2. PROCEDIMIENTOS
El procedimiento de este estudio se describe a continuación:
• Etapa 1: Se inicia con un análisis detallado de la base de datos ECG
Heartbeat Categorization Dataset disponible en (Kaggle, 2018), con la
finalidad de entender los datos que esta contiene, por ejemplo: el número de
arritmias consideradas, el número de muestras por cada tipo de arritmia, la
frecuencia de muestreo, la frecuencia de la señal, amplitud de la señal, ruido,
la forma y tamaño de las señales individuales, etc. Entender bien la base de
datos nos permitirán proceder con las etapas 2 y 4.
• Etapa 2: Se procede a elaborar un algoritmo de deeplearnig, que use redes
neuronales convolucionales, para luego entrenar la red y crear un modelo que
sea capaz de clasificar los diferentes tipos de arritmias. Este proceso tiene una
fase de experimentación en la que probaran diferentes estructuras de redes
convolucionales además de la variación de sus parametros hasta obtener una
clasificacion aceptable, que para ese estudio se pone la meta en un 85% de
exactitud. Cuando el objetivo se ha conseguido se guardara el modelo para
probarlo con las mediciones de los sensores.
• Etapa 3: Se procede a implementar el sistema para la adquisición
de las señales. Este sistema esta compuesto por el sensor de ECG, la tarjeta
de adquisicion de datos Arduino, y la interfaz de recepcion de recepción y
grabación de las señales en la computadora. Una característica importante que
debe poseer este sistema, es la estabilidad en cuanto a las conexiones del
cableado a utilizar, ya que pequeños movimientos pueden agregar datos
erroneos a la señal de lectura restando nuestra capacidad para obtener
resultados. Una vez que se compruebe que el sistema funciona
adecuadamente, se realiza la adquisicion y grabación de las señales ECG.
• Etapa 4: Las señales almacenadas en la computadora, son procesadas usando
técnicas de procesamiento digital de señales (filtrado, submuestreo,
50
segmentación, etc.). El objetivo del procesamiento aplicado a la señal
sensada, es transformarla de tal forma que tenga todas las características que
se analizaron en la etapa 1, es decir, la señal sensada debe convertirse al
formato usado en la base de datos ECG Heartbeat Categorization
Dataset, de esta manera, se podrá utilizar el modelo neuronal creado en la
etapa 2 para hacer la deteccion de la arritmia.
• Etapa 5: En esta etapa se realizan las pruebas finales del sistema, tomando
como señales de prueba, señales ECG medidas de personas usando el sistema
creado. Finalmente se hace un análisis comparativo de los resultados.
51
CAPITULO 4: RESULTADOS
4.1. ANÁLISIS DE LAS BASES DE DATOS DE ARRITMIAS CARDIACAS
4.1.1. LA BASE DE DATOS MIT-BIH
Esta base de datos ha sido elaborada por el Centro Médico Diácono Beth Israel y
el MIT y, siendo su primera versión el año 1980, y la cual fue el primer conjunto de
material de prueba estándar generalmente disponible para la evaluación de detectores de
arritmias. La primera mitad de la base de datos se liberó gratuitamente el año 1999 y la
segunda mitad el año 2005 (Moody & Mark, 2001).
Esta base de datos contiene 48 registros de media hora de señales de ECG
ambulatorios de dos canales, que fueron obtenidos de 47 pacientes, de los cuales se
tomaron al azar 23 de un total de 4000 registros, que fueron recopilados de una población
mixta de pacientes hospitalizados (alrededor del 60%) y pacientes ambulatorios
(alrededor del 40%). Las 25 grabaciones restantes se seleccionaron arbitrariamente del
mismo conjunto para incluir arritmias menos comunes, pero clínicamente significativas
que no estarían bien representadas en una pequeña muestra aleatoria. Las anotaciones
fueron realizadas por dos o más cardiólogos independientemente para cada registro, luego
resolvieron los desacuerdos para obtener las anotaciones de referencia que suman
aproximadamente 110,000 anotaciones en total (Moody & Mark, 2001).
Las características técnicas de la base de datos son las siguientes:
• 48 registros de 30 minutos
• Frecuencia de muestreo 360Hz
• Resolución de 11 bits
• Rango de medida 10 mV
La base de datos completa se encuentra alojada en (Physiobank Archieve, 2015),
los datos están disponibles en la forma como se aprecia en la figura 4.1.
La visualización de las señales contenidas en la base de datos se puede apreciar
en la figura 4.2, donde además es posible apreciar la anotación una arritmia tipo [A]
(latido atrial prematuro).
52
Figura 4.1- Archivos de la Base de datos MIT-BIH disponible en (Physiobank Archieve, 2015).
Figura 4.2- Forma de onda y aparición de una arritmia para el paciente 1 de la base de datos MIT-BIH.
(Physiobank Archieve, 2015).
4.1.2. LA BASE DE DATOS ECG HEARTBEAT CATEGORIZATION
Esta base de datos está disponible en (Kaggle, 2018) y realiza el procesamiento
de las señales provenientes de 2 bases de importantes en el estudio de las arritmias, como
son la base de datos MIT-BIH y la base de datos PTB Diagnostic ECG, con la finalidad
de formar una base de datos derivada para el entrenamiento de redes neuronales
profundas.
En esta base de datos las señales de ECG son procesadas de tal forma que cada
registro corresponde a un latido cardiaco, conteniendo muestras de latidos normales y
muestras de diferentes arritmias e infartos al miocardio. Esta base de datos se está
utilizando para la exploración diferentes arquitecturas de redes neuronales profundas.
Las características técnicas de la base de datos son las siguientes:
• 109446 registros
• 5 clases -> ['N': 0, 'S': 1, 'V': 2, 'F': 3, 'Q': 4]
• Frecuencia de muestreo 125Hz
53
• Resolución de 11 bits
• Todas las muestras se recortan, se submuestrean y se rellenan con ceros si
es necesario hasta la dimensión fija de 188.
• El último elemento de cada registro indica la clase.
4.1.3. CONSIDERACIONES FINALES SOBRE LA BASE DE DATOS A UTILIZAR
Para este estudio en específico se utiliza la base de datos ECG Heartbeat
Categorization que corresponde al procesamiento de la base de datos MIT-BIH, ya que
esta última es la que contiene las diferentes clases de arritmias clasificadas en 5
categorías. Como se describe en (Kachuee et al., 2018), las clases de este dataset
seleccionado se han creado de acuerdo con el estándar EC57 de la Asociación para el
Avance de la Instrumentación Médica (AAMI) y se muestran en la tabla 4.1. Las figuras
4.3, 4.4, 4.5, 4.6 y 4.7 muestran graficas de los latidos de cada categoría, nótese que estas
gráficas muestran diferencias las cuales deben ser aprendidas por la red neuronal a
entrenar.
Tabla 4.1- Clases de arritmias contenidas en la base de datos ECG Heartbeat Categorization(Kachuee et al.,
2018).
De las características técnicas de las 2 bases de datos mencionadas en las
secciones 4.1.1 y 4.1.2 podemos deducir el trabajo necesario para el procesamiento de las
señales de ECG que serán adquiridas del paciente a diagnosticar. Ya que, para poder
clasificar la señal ECG adquirida en una categoría de arritmia específica, es necesario que
54
la señal adquirida tenga los mismos parámetros que las señales utilizadas durante el
entrenamiento de la red neuronal. Por lo tanto, el procesamiento de la señal proveniente
del sensor, debe ser submuestreado a 125 Hz, luego ser segmentada en latidos
individuales, finalmente cada sub señal perteneciente a cada latido, debe ser rellenada con
ceros hasta una longitud de 187.
Figura 4.3- Muestras de la categoría N presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
Figura 4.4- Muestras de la categoría S presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
Figura 4.5- Muestras de la categoría V presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
55
Figura 4.6- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
Figura 4.7- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
4.2. CREACIÓN Y ENTRENAMIENTO DE LA CNN
4.2.1. SELECCIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED
Varias arquitecturas han sido elaboradas para la clasificación de arritmias en la
base de datos ECG Heartbeat Categorization, obteniéndose diferentes grados de
exactitud, la tabla 4.2. muestra algunos de los estudios realizados, así como el nivel de
exactitud que obtuvieron.
Tabla 4.2- Exactitud de diferentes estudios en la base de datos ECG Heartbeat Categorization (Kachuee et
al., 2018)
Tesis ver final
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  • 1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO FACULTAD DE INGENIERÍA PROGRAMA DE INGENIERÍA MECATRÓNICA DISEÑO DE UN SISTEMA DE ADQUISICIÓN Y PROCESAMIENTO DE SEÑALES ELECTROCARDIOGRAFICAS PARA LA AYUDA EN EL DIAGNÓSTICO DE ARRITMIAS MEDIANTE REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES Tesis para optar el título de: INGENIERO MECATRÓNICO AUTOR: Bach. Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier ASESOR: Ms. Ing. Asto Rodríguez, Emerson Maximo TRUJILLO – PERÚ FEBRERO 2021
  • 2. 2 Dedicatoria: A Dios, por las fuerzas y las capacidades que me brinda, a mis padres por su apoyo incondicional, a mi esposa por su empuje y su fortaleza.
  • 3. 3 AGRADECIMIENTOS Agradezco a mis padres, especialmente a mi madre por su esfuerzo realizado y el apoyo que me ha dado para seguir adelante y concluir mis estudios profesionales, sin su ayuda no hubiese sido posible este logro. Le agradezco también a mi esposa por la alegría y la fortaleza para seguir adelante que me ha brindado en el tiempo de elaboración del presente trabajo.
  • 4. 4 RESUMEN Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier; Asto Rodriguez, Emerson Maximo. “Diseño de un sistema de adquisición y procesamiento de señales electrocardiográficas para la ayuda en el diagnóstico de arritmias mediante redes neuronales convolucionales”. Trujillo, 2020, 133 páginas. Tesis para optar el título de Ingeniero Mecatrónico, Facultad de Ingeniería, Universidad Nacional de Trujillo. La detección inoportuna de arritmias puede degenerar la calidad de vida de las personas e incluso puede provocar la muerte. Estas anomalías cardiacas son detectadas principalmente mediante el análisis de un electrocardiograma (ECG) por un médico especialista. Sin embargo, las condiciones socio económicas del Perú hacen que sea difícil realizar un diagnóstico oportuno debido a que las personas no acuden con frecuencia a realizarse chequeos médicos, y por lo general el costo de estos chequeos es restrictivo para muchos. Por ello en esta investigación se desarrolla un sistema que permita el diagnóstico de arritmias, el cual solo requiere una computadora personal, y un módulo electrocardiográfico de bajo costo. El sistema de detección de arritmias propuesto por esta tesis, hace uso de la base de datos ECG Heartbeat Categorization Dataset, la cual es utilizada para realizar el entrenamiento de la red neuronal convolucional (CNN). Con el modelo neuronal creado, se procede a implementar un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG de bajo costo, permitiendo que las nuevas señales adquiridas sean clasificadas en una de las 5 categorías de arritmias consideradas (N, S, V, F y Q). Después de realizar las pruebas adecuadas y verificar que el sistema funciona correctamente se procede a elaborar una interfaz gráfica que permite una evaluar de una forma eficiente e imprimir un reporte pdf del diagnóstico realizado. La capacidad de detección del sistema elaborado mostró resultados positivos, teniendo una exactitud general por encima del 93%, por lo que este sistema se puede utilizar para obtener un primer diagnóstico, el cual con un alto nivel de certeza puede alertar de una anomalía en el ritmo cardiaco, permitiendo a la persona asistir con un especialista para confirmar el resultado, lo cual evita gastos innecesarios. PALABRAS CLAVES: Redes Neuronales Convolucionales; Detección de Arritmias, Procesamiento de señales.
  • 5. 5 ABSTRACT Rodríguez Bermúdez, Fernando Javier; Asto Rodriguez, Emerson Maximo. “Design of an electrocardiographic signal acquisition and processing system to aid in the diagnosis of arrhythmias using convolutional neural networks”. Trujillo, 2020, p.p. 133. Thesis for the degree of Mechatronic Engineer, Faculty of Engineering. National University of Trujillo The untimely detection of arrhythmias can degenerate people's quality of life and can even lead to death. These cardiac abnormalities are mainly detected by analysis of an electrocardiogram (ECG) by a specialist doctor. However, Peru's socio-economic conditions make it difficult to make a timely diagnosis because people do not frequently go for medical check-ups, and the cost of these check-ups is generally restrictive for many. For this reason, this research develops a system that allows the diagnosis of arrhythmias, which only requires a personal computer, and a low-cost electrocardiographic module. The arrhythmia detection system proposed by this thesis makes use of the ECG Heartbeat Categorization Dataset database, which is used to train the convolutional neural network (CNN). With the neural model created, a low-cost ECG signal acquisition and processing system is implemented, allowing new acquired signals to be classified into one of the 5 arrhythmia categories considered (N, S, V, F and Q ). After carrying out the appropriate tests and verifying that the system works correctly, a graphic interface is developed that allows an efficient evaluation and the printing of a pdf report of the diagnosis made. The detection capacity of the elaborated system showed positive results, having an overall accuracy above 93%, so this system can be used to obtain a first diagnosis, which with a high level of certainty can alert of an anomaly in the heart rate, allowing the person to assist a specialist to confirm the result, which avoids unnecessary expenses. KEYWORDS: Convolutional Neural Networks; Arrhythmia Detection, Signal Processing.
  • 6. 6 INDICE AGRADECIMIENTOS.................................................................................................... 3 RESUMEN....................................................................................................................... 4 ABSTRACT ..................................................................................................................... 5 LISTA FIGURAS............................................................................................................. 9 LISTA DE TABLAS...................................................................................................... 13 CAPITULO 1: INTRODUCCION................................................................................. 14 1.1. REALIDAD PROBLEMÁTICA..................................................................... 14 1.2. FORMULACION DEL PROBLEMA............................................................. 15 CAPITULO 2: FUNDAMENTO TEORICO................................................................. 17 2.1. ANTECEDENTES .......................................................................................... 17 2.2. MARCO TEORICO ........................................................................................ 23 2.2.1. SISTEMA CARDIOVASCULAR ........................................................... 23 2.2.2. PROCESAMIENTO DIGITAL DE SEÑALES ...................................... 26 2.2.3. APRENDIZAJE AUTOMÁTICO............................................................ 31 2.3. MARCO CONCEPTUAL ............................................................................... 43 2.3.1. SISTEMA DE ADQUISICIÓN DE DATOS........................................... 43 2.3.2. PROCESAMIENTO DE SEÑALES........................................................ 44 2.3.3. PULSO ..................................................................................................... 45 2.3.4. DIAGNÓSTICO....................................................................................... 45 2.3.5. ARRITMIAS ............................................................................................ 46 2.3.6. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES.................................. 46 CAPITULO 3: METODOLOGIA.................................................................................. 48 2.1.1. DISEÑO DE LA INFORMACIÓN.......................................................... 48 2.1.2. PROCEDIMIENTOS ............................................................................... 49 CAPITULO 4: RESULTADOS ..................................................................................... 51 4.1. ANÁLISIS DE LAS BASES DE DATOS DE ARRITMIAS CARDIACAS. 51 4.1.1. LA BASE DE DATOS MIT-BIH ............................................................ 51 4.1.2. LA BASE DE DATOS ECG HEARTBEAT CATEGORIZATION ....... 52 4.1.3. CONSIDERACIONES FINALES SOBRE LA BASE DE DATOS A UTILIZAR.............................................................................................................. 53 4.2. CREACIÓN Y ENTRENAMIENTO DE LA CNN........................................ 55 4.2.1. SELECCIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED.......................... 55
  • 7. 7 4.2.2. SOFTWARE UTILIZADO...................................................................... 56 4.2.3. ALGORITMO DE PREPROCESAMIENTO.......................................... 59 4.2.4. CREACIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED ........................... 62 4.2.5. ENTRENAMIENTO DE LA RED .......................................................... 65 4.2.6. SELECCIÓN Y EVALUACIÓN DEL MODELO FINAL ..................... 71 4.3. ADQUISICIÓN DE LAS SEÑALES DE ECG. ............................................. 75 4.3.1. SELECCIÓN DEL SENSOR................................................................... 75 4.3.2. LECTURA DEL SENSOR....................................................................... 78 4.3.3. RECEPCIÓN DE LA SEÑAL ECG EN LA COMPUTADORA............ 82 4.4. PROCESAMIENTO DE LAS SEÑALES ECG ............................................. 83 4.4.1. CONSIDERACIONES SOBRE LA SEÑAL ECG ADQUIRIDA .......... 83 4.4.2. Filtrado y submuestreo de la señal de la señal ECG................................. 85 4.4.3. SEGMENTACIÓN Y NORMALIZACIÓN DE LA SEÑAL ECG ........ 88 4.5. PRUEBAS DE CLASIFICACIÓN Y ANALISIS DE LOS RESULTADOS. 91 CAPITULO 5: DISCUSION.......................................................................................... 98 5.1. SOBRE LOS RESULTADOS OBTENIDOS EN RELACION A LOS OBJETIVOS............................................................................................................... 98 5.2. SOBRE LAS SEMEJANZAS Y DIFERENCIAS CON LOS ANTECEDENTES..................................................................................................... 99 5.3. SOBRE LOS APORTES Y LIMITACIONES DE LA INVESTIGACION . 101 CAPITULO 6: CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES .................................. 102 6.1. CONCLUSIONES......................................................................................... 102 6.2. RECOMENDACIONES................................................................................ 103 BIBLIOGRAFIA.......................................................................................................... 104 ANEXOS...................................................................................................................... 112 ANEXO A ................................................................................................................ 112 A.1. PREPROCESAMIENTO DE LA BASE DE DATOS................................. 112 A.3. CREACION Y ENTRENAMIENTO DE LA RED NEURONAL .............. 113 ANEXO B ................................................................................................................ 114 B.1. CODIGO ARDUINO PARA ADQUISICION Y ENVIO DE LA SEÑAL ECG .............................................................................................................................. 114 B.2. RECEPCION DEL ECG EN LA COMPUTADORA...................................... 114 ANEXO C ................................................................................................................ 115
  • 8. 8 ANEXO D ................................................................................................................ 117 D.1. CLASIFICACIÓN DE LOS LATIDOS USANDO EL MODELO ENTRENADO...................................................................................................... 117 D.2. CALCULO DE LA PERFORMANCE DEL MODELO ............................. 117 ANEXO E................................................................................................................. 118 E.1. CODIGO DE PRINCIPAL DE LA GUI .......................................................... 118 E.2. MODULO <Arduino> .................................................................................. 126 E.3. MODULO <procesamientoSenal> ............................................................... 127 E.4. MODULO <predicción>............................................................................... 129 E.5. MODULO <preparar_data>.......................................................................... 129 E.5. MODULO <reportesMod> ........................................................................... 131 E.6. MODULO <test_report>............................................................................... 132 E.7. MODULO <datos_paciente>........................................................................ 134
  • 9. 9 LISTA FIGURAS Figura 2.1- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Cervantes & Gómez, 2017)........................................................................................... 17 Figura 2.2- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Velázquez & Villagrán, 2016). ..................................................................................... 18 Figura 2.3- Comparativa de señales ECG y PPG (Acero et al., 2017)........................... 19 Figura 2.4- Comparativa de señales ECG y PPG (Magne, 2009). ................................. 20 Figura 2.5- Matriz de confusión obtenida por (Kachuee et al., 2018)............................ 23 Figura 2.6- Ondas e intervalos de un electrocardiograma (nursingmanthra.com, 2018). ........................................................................................................................................ 25 Figura 2.7- Estructura general de un procesador de señales digitales (Tan & Jiang, 2005). ........................................................................................................................................ 27 Figura 2.8- Representación del efecto de una selección equivocada de la tasa de muestreo (Tan & Jiang, 2005)........................................................................................................ 27 Figura 2.9- Representación gráfica de un filtro FIR de tercer orden (Walker, 2016). ... 29 Figura 2.10- Representación gráfica de un filtro IIR (M Martínez, Gómez, Serrano, Vila, & Gómez, 2009). ............................................................................................................ 29 Figura 2.11- Forma de filtro pasabajos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005) ........................................................................................................................................ 30 Figura 2.12- Comparación de filtros pasabajos analógicos utilizados para elaborar filtros IIR (M Martínez et al., 2009). ........................................................................................ 30 Figura 2.13- Forma de filtro pasa-altos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005)............................................................................................................................... 31 Figura 2.14- Forma de filtro pasabanda en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005)............................................................................................................................... 31 Figura 2.15- Estructura de una red neuronal (towardsdatascience.com, 2017).............. 32 Figura 2.16- Estructura de una neurona artificial en comparación de una biológica (Lopez, 2017)............................................................................................................................... 33 Figura 2.17- Efecto de la elección de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com, 2019)............................................................................................................................... 36 Figura 2.18- Problema con la elección de una tasa de aprendizaje fija (Shen, 2018). ... 36 Figura 2.19- Resultados de una tasa de aprendizaje adaptativa (Bhardwaj, Curtin, Edel, Mentekidis, & Sanderson, 2018).................................................................................... 37 Figura 2.20- Underfitting y overfiting (geeksforgeeks.org, 2019)................................. 38 Figura 2.21- Truncado del número de épocas de entrenamiento (Saxena, 2020). ......... 38 Figura 2.22- Matriz de confusión para medir la performance de un modelo de clasificación(Liu & Mukhopadhyay, 2018).................................................................... 39 Figura 2.23- Estructura general de una CNN. Adaptada de (Shuler, 2018)................... 40 Figura 2.24- Proceso de la capa convolucional de una CNN (Durán Suárez, Del, Torres, & Suárez, 2017).............................................................................................................. 41 Figura 2.25- Proceso de la operación de Maxpooling (Llodrà-Bisellach, 2018). .......... 42
  • 10. 10 Figura 2.26- Estructura de una capa Fully connected (missinglink.ai, 2019). ............... 42 Figura 2.27- Función Softmax (Medium.com, 2020)..................................................... 43 Figura 2.28 Definición de Sistema de Adquisición de datos (National Instruments, 2017). ........................................................................................................................................ 44 Figura 2.29 Definición de Procesamiento digital de señales (Zañartu, 2010)................ 45 Figura 4.1- Archivos de la Base de datos MIT-BIH disponible en (Physiobank Archieve, 2015)............................................................................................................................... 52 Figura 4.2- Forma de onda y aparición de una arritmia para el paciente 1 de la base de datos MIT-BIH. (Physiobank Archieve, 2015). ............................................................. 52 Figura 4.3- Muestras de la categoría N presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 54 Figura 4.4- Muestras de la categoría S presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 54 Figura 4.5- Muestras de la categoría V presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 54 Figura 4.6- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 55 Figura 4.7- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 55 Figura 4.8- Arquitectura base para el desarrollo del presente proyecto. (Kachuee et al., 2018)............................................................................................................................... 57 Figura 4.9- Problemas en las capas convolucionales 1D en la red construida en Matlab. (Elaboración propia en Matlab)...................................................................................... 57 Figura 4.10- Arquitectura de la red construida en Matlab. (Elaboración propia en Matlab) ........................................................................................................................................ 58 Figura 4.11- Resultados del entrenamiento de la CNN residual (Elaboración propia en Matlab) ........................................................................................................................... 58 Figura 4.12- Preprocesamiento aplicado al dataset (Elaboración propia)...................... 61 Figura 4.13- Figura 4.14. Arquitectura CNN. Modificada de (Han et al., 2018)........... 63 Figura 4.14- Arquitectura final de la red convolucional residual creada. (Elaboración Propia) ............................................................................................................................ 64 Figura 4.15- Comparación de Adam con otras funciones de optimización existentes (Kingma & Ba, 2015)..................................................................................................... 66 Figura 4.16- Función de perdidas inicial (Elaboración Propia). .................................... 67 Figura 4.17- Función de exactitud inicial (Elaboración Propia). ................................... 67 Figura 4.18- Resultados del primer entrenamiento para las ultimas 10 épocas (Elaboración propia)............................................................................................................................. 68 Figura 4.19- Exactitud con épocas = 20 y tamaño de batch= 500 (Elaboración propia).68 Figura 4.20- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 500 (Elaboración propia). 68 Figura 4.21- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia). ........................................................................................................................................ 69 Figura 4.22- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia). ........................................................................................................................................ 69
  • 11. 11 Figura 4.23- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia). ........................................................................................................................................ 69 Figura 4.24- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 1000 (Elaboración propia). ........................................................................................................................................ 70 Figura 4.25- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 100 (Elaboración propia). 70 Figura 4.26- Perdidas con épocas = 20 y tamaño de batch= 100 (Elaboración propia). 70 Figura 4.27- Modelos guardados durante el entrenamiento de la CNN (Elaboración propia)............................................................................................................................. 71 Figura 4.28- Pruebas de exactitud y matrices de confusión obtenidas en Spyder (Elaboración propia)....................................................................................................... 72 Figura 4.29- Matriz de confusión y métricas de clasificación del modelo CNN (Elaboración propia)....................................................................................................... 73 Figura 4.30- Configuración de electrodos para Lead I, Lead II y Lead III (hrwproject.com, 2015)............................................................................................................................... 76 Figura 4.31- Modulo ECG basado en CI AD8232 adquirido (Elaboración Propia) ...... 77 Figura 4.32- Conexión modulo AD8232 a la tarjeta Arduino (cdmxelectronica.com).. 78 Figura 4.33- Algoritmo de lectura de la señal ECG. (Elaboración Propia).................... 79 Figura 4.34- Señal ECG presente en la librería NeuroKit (Elaboración Propia). .......... 79 Figura 4.35- Señal ECG presente en la librería NeuroKit normalizada. (Elaboración Propia) ............................................................................................................................ 80 Figura 4.36- Señal ECG presente en la librería NeuroKit normalizada (Elaboración Propia). ........................................................................................................................... 80 Figura 4.37- Algoritmo de lectura de la señal ECG a 250 Hz. (Elaboración Propia) .... 81 Figura 4.38- Ubicación de los electrodos en la adquisición de la señal ECG. (Elaboración Propia) ............................................................................................................................ 82 Figura 4.39- Señal ECG adquirida. (Elaboración Propia).............................................. 82 Figura 4.40- Señal ECG adquirida. (Elaboración Propia).............................................. 83 Figura 4.41- Señal ECG adquirida. Adaptado de (Vera et al., 2006)............................. 84 Figura 4.42- Diagrama de flujo del proceso de filtrado y submuestreo de la señal ECG recibida (Elaboración Propia)......................................................................................... 86 Figura 4.43- Señal Adquirida y Señal filtrada de la persona 1. (Elaboración Propia) ... 86 Figura 4.44- Señal Adquirida y Señal filtrada superpuestas de la persona 1 (Elaboración Propia) ............................................................................................................................ 86 Figura 4.45- Acercamiento de la señal adquirida y la señal filtrada de la persona 1. (Elaboración Propia)....................................................................................................... 86 Figura 4.46- Submuestreo de la señal filtrada de 250Hz a 125Hz de la persona 1 (Elaboración Propia)....................................................................................................... 87 Figura 4.47- Señal Adquirida y Señal filtrada de la persona 2 (Elaboración Propia). ... 87 Figura 4.48- Señal Adquirida y Señal filtrada superpuestas de la persona 2 (Elaboración Propia). ........................................................................................................................... 87 Figura 4.49- Acercamiento de la señal adquirida y la señal filtrada de la persona 2 (Elaboración Propia)....................................................................................................... 88
  • 12. 12 Figura 4.50- Submuestreo de la señal filtrada de 250Hz a 125Hz de la persona 1 (Elaboración Propia)....................................................................................................... 88 Figura 4.51- Longitud aproximada para cada latido. Adaptada de (Cerebromedico.com) ........................................................................................................................................ 89 Figura 4.52- Umbralización de los picos R de la ECG de la persona 1 (Elaboración Propia). ........................................................................................................................... 89 Figura 4.53- Umbralización de los picos R de la ECG de la persona 2 (Elaboración Propia). ........................................................................................................................... 89 Figura 4.54- Señales segmentadas del ECG de la persona 1. (Elaboración Propia) ...... 90 Figura 4.55- Señales segmentadas del ECG de la persona 2. (Elaboración Propia) ...... 90 Figura 4.56- Comparación de señales de la base de datos utilizada con las señales segmentadas del ECG de la persona 1. (Elaboración Propia) ........................................ 91 Figura 4.57- Figura 4.57. Diagrama de flujo de la Segmentación y normalización de las ECG adquiridas. (Elaboración Propia) ........................................................................... 92 Figura 4.58- Vector predicción de la categoría de los latidos para la persona 1. (elaboración propia)........................................................................................................ 93 Figura 4.59- Diagnóstico categórico realizado para la persona 1. (elaboración propia) 93 Figura 4.60- Interfaz gráfica elaborada (Elaboración propia) ........................................ 94 Figura 4.61- Proceso de análisis y detección de arritmias en el ECG............................ 95 Figura 4.62- Reporte generado para la persona 1 por medio de la GUI elaborada (Elaboración propia)....................................................................................................... 96 Figura 4.63- Reporte generado para la persona 2 mediante la GUI elaborada (Elaboración propia)............................................................................................................................. 96 Figura 4.64- Visualización de un latido dudoso numerado en el informe de la GUI (Elaboración Propia)....................................................................................................... 96 Figura 5.1- Diferencias con el trabajo de Magne. Adaptado de (Magne, 2009) .......... 100
  • 13. 13 LISTA DE TABLAS Tabla 2.1- Comparativa de los indicies temporales y espectrales para las señales HRV y PRV en los tres estados de estudio (Acero et al., 2017),................................................ 19 Tabla 2.2- Exactitud en la detección de arritmias (Magne, 2009).................................. 20 Tabla 2.3- comparación de F1 score para el modelo entrenado como para Cardiólogos en el diagnóstico de diferentes tipos de arritmias (Rajpurkar et al., 2017). ........................ 21 Tabla 2.4- Resultados de clasificación de 4 modelos de redes neuronales con parámetros diferentes (Llodrà-Bisellach, 2018)................................................................................ 22 Tabla 2.5- Categorías en la clasificación de arritmias consideradas por la AAMI. Modificada de (Luz & Menotti, 2011). .......................................................................... 26 Tabla 2.6- Funciones de activación comunes (simplilearn.com, 2020). ........................ 34 Tabla 2.7- Funciones de perdidas usadas usualmente (Udell, 2018).............................. 35 Tabla 2.8- Funciones de pérdidas de acuerdo al problema solucionado (mc.ai, 2019).. 35 Tabla 3.1 Variables e indicadores de la investigación (Elaboración Propia). ................ 48 Tabla 4.1- Clases de arritmias contenidas en la base de datos ECG Heartbeat Categorization(Kachuee et al., 2018). ............................................................................ 53 Tabla 4.2- Exactitud de diferentes estudios en la base de datos ECG Heartbeat Categorization (Kachuee et al., 2018) ............................................................................ 55 Tabla 4.3- Proporción en el número de registros en la base de datos. (Elaboración Propia) ........................................................................................................................................ 59 Tabla 4.4- Arquitectura creada a través de la función residual CNN............................. 63 Tabla 4.5- Resumen de la arquitectura de red elaborada. (Elaboración Propia) ............ 65 Tabla 4.6- Métricas para análisis de resultados obtenidos del modelo CNN. (Elaboración propia)............................................................................................................................. 73 Tabla 4.7- Recálculo de F score con un β =2 (Elaboración propia)............................... 74 Tabla 4.8- Comparación de los posibles sensores para el proyecto. (Elaboración propia) ........................................................................................................................................ 77 Tabla 5.1- Sensibilidad del modelo entrenado para las diferentes categorías. (Elaboración Propia). ........................................................................................................................... 99
  • 14. 14 CAPITULO 1: INTRODUCCION 1.1. REALIDAD PROBLEMÁTICA Según cifras de la (OMS, 2019), las enfermedades cardiovasculares (ECV) son un conjunto de anomalías del corazón y de los vasos sanguíneos que constituyen la principal causa de muerte en todo el mundo. Afectando principalmente en países de ingresos medios y bajos, con una ocurrencia de 80% en ellos. Una arritmia cardiaca es una ECV debida a anomalías en el sistema eléctrico del corazón y que produce una alteración en la frecuencia de los latidos. Esta alteración puede significar que la persona tiene latidos acelerados (taquicardia), latidos muy lentos (bradicardia) o porque el corazón late irregularmente (saltándose un latido o agregando un latido adicional). Según (Vázquez Ruiz de Castroviejo et al., 2005), aproximadamente el 40% de los pacientes que acuden a una consulta de cardiología general y 25% de los que consultan por primera vez, presentan arritmias cardíacas o trastornos de conducción. En (nisainforma, 2010), se manifiesta que un 60% de las personas tienen algún tipo de arritmia cardiaca, existiendo algunas arritmias que pueden producir muerte súbita, como la que puede suceder en las personas con el síndrome de Wolff-Parkinson-White (con probabilidad de ocurrencia de 1 / 1000). Algunos casos de arritmias letales son futbolistas que, durante un partido, se desmayan y fallecen repentinamente (secretaria de la salud-Mexico, 2018). En el artículo del diario (La República, 2011), se afirma que 20% de las personas mayores a 80 años pueden tener una fibrilación muscular, la cual es una arritmia que causa una desorganización total en los latidos y es potencialmente mortal. Según el artículo de la (La República, 2011), las arritmias se presentaban solo en personas mayores de 50 años, sin embargo, ahora también aqueja a jóvenes mayores de 18 años. El articulo informa que, según el experto Enrique Ruíz Mori, ex presidente de la Sociedad Peruana de Cardiología, este hecho se debe al estrés y el consumo, por parte de los jóvenes, de bebidas energizantes, alcohol y tabaco. El experto también manifiesta que, los síntomas de las arritmias pueden ser mareos, inestabilidad al caminar, desmayos, dolor en el tórax, sin embargo, muchas arritmias son asintomáticas. Ruiz Mori, recomienda una detección y tratamiento a tiempo de las arritmias ya que pueden llegar a causar la muerte en contados minutos.
  • 15. 15 De acuerdo a los datos brindados por un artículo del (El Correo, 2019), en el Perú las ECV son la segunda causa de muerte, además, según la Sociedad Peruana de Cardiología, el 27.3% de adultos mayores de 20 años padecen hipertensión, lo que puede llevar a desarrollar arritmias y otras ECV. Se menciona también que, los métodos de diagnóstico de ECV pueden llegar a costar S/ 500, lo cual es restrictivo en el contexto económico nacional, así mismo, se informa que un estudio de Deloitte afirma que las perdidas por ECV suman en el país S/ 2900 millones por año. La información presentada en párrafos anteriores y sumado al déficit de especialistas médicos en el Perú, nos lleva a deducir que se necesita formas asequibles para diagnosticar arritmias cardiacas, ya que su oportuna detección y tratamiento puede salvar la vida a muchas personas. Es así, que el objetivo de esta investigación, es diseñar un sistema que permita realizar un diagnóstico de estas anomalías a partir de señales electrocardiográficas (ECG), basándose en algoritmos de procesamiento de señales y de aprendizaje profundo, como son las redes neuronales convolucionales. 1.2. FORMULACION DEL PROBLEMA ¿Cómo se puede ayudar a diagnosticar arritmias mediante un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG que utilice redes neuronales convolucionales? 1.3. HIPOTESIS Con un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG que hace uso de redes neuronales convolucionales se puede ayudar en el diagnóstico de arritmias. 1.4. OBJETIVOS 1.4.1. GENERAL Diseñar un sistema de adquisición y procesamiento de señales ECG basado en redes neuronales convolucionales para la ayuda en el diagnóstico de arritmias cardiacas. 1.4.2. ESPECÍFICOS • Realizar el análisis de la base de datos de arritmias cardiacas: ECG Heartbeat Categorization Dataset.
  • 16. 16 • Crear y entrenar la red neuronal convolucional para la detección de arritmias. • Realizar el diseño e implementación del sistema de la adquisición de las señales ECG. • Realizar el procesamiento de las señales de ECG adquiridas para adaptarlas a las señales de la base de datos. • Realizar las pruebas de clasificación del sistema desarrollado y analizar los resultados. 1.5. JUSTIFICACION Los resultados de la presente investigación, pueden ayudar a realizar un diagnóstico oportuno de anomalías en el ritmo cardiaco, que podrían afectar el estilo de vida de las personas o incluso causar la muerte de no ser tratadas a tiempo. Como se mencionó anteriormente, según la (OMS, 2019) las ECV son la principal causa de muerte en el mundo, teniendo mayor ocurrencia en países como Perú, donde los ingresos per cápita están en el nivel medio-bajo. Esta realidad económica, sumado a lo que se mencionó sobre lo costoso que puede ser diagnosticar una arritmia (El Correo, 2019), genera que el habitante peruano no acuda a realizarse revisiones médicas periódicas, por lo cual la detección se hace tardíamente, cuando el tratamiento ya no es posible o es demasiado costoso. Dentro del contexto explicado en el párrafo anterior, se puede afirmar que se requiere formas accesibles que permita disminuir los costos y ayudar en el diagnóstico de las arritmias cardiacas. Lo cual es el objetivo de la presente investigación. El aporte que se pretende realizar, es una metodología para el uso de CNN en la búsqueda de patrones, que indiquen la presencia de anomalías en el ritmo cardiaco, además de su generalización para la detección en contextos diferentes (lugares alejados que carecen de especialistas) usando datos tomados con instrumentos de bajo coste.
  • 17. 17 CAPITULO 2: FUNDAMENTO TEORICO 2.1. ANTECEDENTES (Cervantes & Gómez, 2017), en su tesis titulada “Detección de Arritmias Cardiacas mediante un Sistema de Amplificación y Digitalización de Señales Electrocardiográficas”, diseñó un sistema electrónico de amplificación y filtrado, el cual junto con la tarjeta de Adquisición de Datos NI USB-6008, de National Intruments, y una interfaz gráfica que diseñó en LabView, logró digitalizar y obtener todos los parámetros de una señal electrocardiográfica (Ondas P,Q,R,S y T), y las cuales deberían servir para la detección de 3 tipos de arritmias cardiacas: taquicardias, bradicardias y latido ectópico. El método de detección especifico que proponen es la comparación de los diversos parámetros de la señal, utilizando como muestras a personas que padecen arritmia cardiaca, a partir de las cuales pretenden hacer una generalización. La interfaz gráfica que diseñó se muestra en la figura 2.1, en la cual se muestra todos los parámetros de señal electrocardiográfica que su sistema diseñado fue capaz de obtener. Cabe resaltar que su sistema es capaz de generar un reporte para enviarlo a un médico especialista. Figura 2.1- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Cervantes & Gómez, 2017). El trabajo de (Cervantes & Gómez, 2017), si bien muestra una forma eficaz de cómo digitalizar y obtener los parámetros de una señal electrocardiográfica, no muestra una forma feahaciente sobre el proceso de diagnóstico de las arritmias cardiacas, ya que prueba su sistema con señales artificiales (rampas) a diferentes frecuencias y no con datos reales, sin embargo, la relevancia de su trabajo está en que se puede utilizar los reportes
  • 18. 18 que produce su sistema, para ayudar en el diagnóstico por parte de un especialista. Ademas demuestra que es factible la realización de un sistema para el análisis de frecuencias cardiacas a bajo costo. (Velázquez & Villagrán, 2016), en su tesis titulada “Monitor de ritmo cardiaco para dispositivos Android mediante un enlace Bluetooth”, utiliza un único sensor fotopletismógrafo SEN-11574 para el sensado de la frecuencia cardiaca, la cual mediante un acondicionador de señal convierte la señal en forma cuadrada, esta es recibida por un microcontrolador PIC18F4550, el cual se encarga de enviarlo vía bluetooth a una aplicación móvil elaborada con el software MIT App Inventor. El diagrama de bloques del proceso se puede apreciar en la figura 2.2. Figura 2.2- Interfaz gráfica del sistema de detección de arritmias realizado en LabView (Velázquez & Villagrán, 2016). El trabajo de (Velázquez & Villagrán, 2016), aunque no aporta información en cuanto a la detección de arritmias, brinda referencias relevantes sobre el acondicionamiento de señal y las características de los sensores que pueden utilizarse en esta tesis. En la investigación de (Acero, Acero, & Reyes, 2017), titulada “Análisis de Variabilidad de la Frecuencia Cardiaca durante Estrés y Relajación empleando Señales Adquiridas con un Smartphone”, hacen uso de la cámara de un smartphone a modo de fotopletismógrafo de imágenes (iPPG), adquiriendo y procesando las imágenes para obtener una señal de pulso cardiaco. Así mismo, se utiliza un sistema BIOPAC MP150 para la adquisición de la señal electrocardiograma (ECG). Se realiza una comparación entre los parámetros PRV (pulse rate variability), que es obtenida del smartphone, y el HRV (Heart rate variability), que es obtenido de la señal ECG, para el estado de control(normal), estado de relajación y estado de estrés. Los resultados que obtuvieron se pueden apreciar en la tabla 2.1., donde se aprecia la comparación de los índices meanHR
  • 19. 19 (frecuencia cardiaca promedio en bpm), LFn (potencia normalizada a baja frecuencia de 0.04-0.15 Hz), HFn (potencia normalizada en la banda baja frecuencia de 0.15-0.4 Hz) y TPR (turning point ratio) respeto a las señales ECG y iPPG en los tres estados de estudio. Tabla 2.1- Comparativa de los indicies temporales y espectrales para las señales HRV y PRV en los tres estados de estudio (Acero et al., 2017), La investigación de (Acero et al., 2017), muestra una metodología acertada para la obtención de los índices cardiacos, mencionados en el párrafo anterior, utilizando algoritmos de procesamiento de señales. Además, sus resultados muestran que los índices obtenidos de pulso cardiaco y los índices obtenidos de la señal de ECG, son levemente diferentes lo cual se puede apreciar en la figura 2.3. Esto constituye una limitación del sensor a elegir en esta tesis, ya que para la detección de arritmias se requiere una señal ECG y no una PPG. Figura 2.3- Comparativa de señales ECG y PPG (Acero et al., 2017). En la tesis de (Magne, 2009), titulada “Detección De Arritmias Cardiacas Con Redes Neuronales Artificiales”, hace uso del software MatLab, para crear una red neuronal densa, con 4 capas ocultas, la cual la entrena durante 1000 épocas, para que esta sea capaz de detectar 3 tipos específicos de arritmias, siendo estas: Bloqueo de rama derecha (LBBB), Contracción ventricular prematura (PVC) y Fibrilación ventricular (VF). La base de datos que usó fue la MIT-BIH Arrhythmia Database, y logró obtener una exactitud mayor al 80% en la detección. Los resultados se muestran en la tabla 2.2.
  • 20. 20 Tabla 2.2- Exactitud en la detección de arritmias (Magne, 2009). El diagrama de bloques general del proceso de la detección se muestra en la figura 2.4. En la cual se puede apreciar cómo es construido el modelo usando solamente los la base de datos MIT-BIH, la cual pasa previamente por un proceso de normalización y extracción de características. Un proceso análogo se debe utilizar para la señal que se quiere clasificar. Finalmente, como se aprecia, el resultado debe ser corroborado por un especialista. Figura 2.4- Comparativa de señales ECG y PPG (Magne, 2009). El trabajo de (Magne, 2009), tiene 2 aspectos que se pueden mejorar, en primer lugar la base de datos que utiliza, solo contiene 48 registros, por lo que la clasificación no será lo suficientemente generalizada. En segundo lugar, el proceso de extracción de características se puede hacer automáticamente usando redes neuronales convolucionales. La metodología de la figura 2.4., que Magne propone para abordar el problema, posee una estructura coherente con sus objetivos, por lo cual se la tomará como marco de trabajo para el desarrollo de la presente investigación. En el artículo de (Rajpurkar, Hannun, Haghpanahi, Bourn, & Ng, 2017), titulado “Cardiologist-Level Arrhythmia Detection with Convolutional Neural Networks” hacen uso de una red convolucional residual de 34 capas para realizar la detección de 12 tipos de arritmias, ritmo sinusal y ruido, teniendo la arquitectura de la red un total 16 bloques residuales. Hacen uso de un dataset de grabaciones de señales ECG de una sola
  • 21. 21 derivación, de 30 segundos muestreadas a 200 Hz de un total de 29163 pacientes, constituyendo en total 64121 muestras. Cada registro es evaluado por un grupo de cardiólogos expertos en la detección de arritmias, anotando en el registro la clase de arritmia presente. Después de entrenado el modelo se compara la precisión individual en el diagnóstico de arritmias de otros 6 cardiólogos, los cuales no participaron en las anotaciones de los registros del dataset, versus la precisión en el diagnóstico del modelo, resultando los valores de recall (sensibilidad) y precisión (verdadero positivo) mayor para el modelo. Las métricas de evaluación usadas es F1 score tanto para la precisión en la secuencia (Seq) de diagnóstico para cada latido dentro del registro, como para precisión de arritmias únicas dentro del registro (Set). Estos resultados se muestran en la tabla 2.3. Tabla 2.3- comparación de F1 score para el modelo entrenado como para Cardiólogos en el diagnóstico de diferentes tipos de arritmias (Rajpurkar et al., 2017). El trabajo de (Rajpurkar et al., 2017) da información valiosa acerca de la arquitectura que se puede usar para la creación de la red neuronal en esta tesis, así como demuestra que un modelo de deeplearning puede ser mejor que un experto cardiólogo en la detección de arritmias, por supuesto, el cardiólogo puede hacer uso de otros medios para elevar su precisión, pero en el diagnostico por observación del ECG, el modelo demuestra ser mejor. Este trabajo también brinda una forma de comparar el rendimiento del modelo, el cual es a través del F score.
  • 22. 22 En el trabajo de (Llodrà-Bisellach, 2018), titulado “Aprendizaje automático para la clasificación de arritmias cardíacas” explora el uso de redes neuronales (NN) y redes neuronales convolucionales (CNN) de forma comparativa para la detección de arritmias en la base de datos MIT-BIH, tratando de clasificar segmentos de 5 segundos de los ECG en latidos normales(clase 0) y latidos arrítmicos(clase 1). Su base de datos la divide en 3 secciones, una sección para entrenamiento (28080 segmentos), otra para validación (7964 segmentos) y la última para testeo (7964 segmentos). Para el entrenamiento realiza una variación de los hiperparámetros tanto para la NN como para la CNN, sus resultados se pueden observar en la tabla 2.4, donde se puede observar que su valor predictivo positivo (PPV) o precisión para su conjunto de testeo es de 58.73% para la NN y 70.39% para la CNN. Tabla 2.4- Resultados de clasificación de 4 modelos de redes neuronales con parámetros diferentes (Llodrà- Bisellach, 2018). El trabajo de (Llodrà-Bisellach, 2018) brinda una visión general de como la variación de los hiperparámetros influyen en los resultados de la clasificación tanto en la NN como en la CNN, además brinda una referencia de cómo evitar el overfiting durante el entrenamiento. En el artículo de (Kachuee, Fazeli, & Sarrafzadeh, 2018) titulado “ECG Heartbeat Classification: A Deep Transferable Representation” usan redes convolucionales residuales para la clasificación de latidos en categorías de arritmias de acuerdo al estándar AAMI EC57, y proponen un método para la transferencia de conocimiento a la clasificación de infartos del miocardio. Logran una exactitud de 93.4% en la clasificación de arritmias y 95.9% en la detección de infartos al miocardio. Hacen uso de las bases de datos MIT BIH y PTB diagnostics, las cuales segmentan la señal ECG en latidos individuales. Los resultados de clasificación para la detección de arritmias, se aprecia en la matriz de confusión de la figura 2.5, en la que es posible ver la alta sensibilidad (recall) de obtuvieron en cada clase (recuadros negros).
  • 23. 23 Figura 2.5- Matriz de confusión obtenida por (Kachuee et al., 2018). El trabajo de (Kachuee et al., 2018) muestra una arquitectura de la red neuronal semejante al trabajo de (Rajpurkar et al., 2017), siendo la de (Kachuee et al., 2018) más sintética al usar solo 5 bloques residuales, a diferencia de los 16 usados por (Rajpurkar et al., 2017). Ambos trabajos se toman como referencia para la creación de la arquitectura en la presente tesis. Así mismo, la base de datos procesada por (Kachuee et al., 2018) disponible en Kaggle será la base de datos utilizada en este proyecto. 2.2. MARCO TEORICO 2.2.1. SISTEMA CARDIOVASCULAR Un latido cardíaco se genera debido a la actividad eléctrica inherente y rítmica de las fibras autorrítmicas o de conducción del miocardio (Tortosa, 2010), las cuales actúan como marcapasos coordinando la contracción y relajación de las diferentes cámaras (aurículas y ventrículos) del corazón, y constituyen el sistema de conducción cardíaco, el cual garantiza la contracción coordinada de las cavidades cardíacas creando así una acción de bombeo en forma de onda que mueve la sangre por todo nuestro cuerpo de manera eficiente (PHRI, 2015). Las fibras de conducción representan el 1% del total de fibras del miocardio. Su función es la generación y propagación rápida de los potenciales de acción sobre el miocardio. La llegada de un impulso eléctrico a una fibra miocárdica normal genera un potencial de acción (cambio en la permeabilidad de la membrana celular a determinados iones), el cual provoca la contracción de la fibra muscular del miocardio. El potencial de acción abarca tres fases: despolarización, meseta y repolarización. Un ciclo cardiaco incluye todos los fenómenos eléctricos (potencial de acción y su propagación) y
  • 24. 24 mecánicos (sístole: contracción; diástole: relajación). Cada ciclo cardíaco consta de una sístole y una diástole auricular, y una sístole y una diástole ventricular. (Tortosa, 2010) 2.2.1.1. ELECTROCARDIOGRAMA El electrocardiograma (ECG) es una de las principales herramientas para la detección de problemas cardiovasculares como las arritmias, (Llodrà-Bisellach, 2018). Este se obtiene a partir de la pequeña corriente eléctrica en la superficie corporal propagada desde el corazón (Tortosa, 2010). El ECG registra las fuerzas electromotrices instantáneas (vectores) originadas en el corazón en los procesos de despolarización y repolarización, mediante la utilización de electrodos situados en la superficie del cuerpo. El ECG suele representar solo el vector resultante promedio del cual se grafica únicamente su magnitud escalar (voltaje) (Pozas, 2012). El ECG estándar consiste en un total de 10 electrodos, 6 en el tórax y 4 en las extremidades, de los cuales se obtienen 12 derivaciones, las cuales representan diferentes vistas de la actividad eléctrica del corazón, teniendo 6 derivaciones precordiales que observa el corazón desde un plano horizontal y 6 derivaciones de miembros que observan el corazón desde un plano frontal (Llodrà-Bisellach, 2018). Cada latido cardíaco genera 3 ondas en el ECG (Tortosa, 2010): 1. La onda P, que representa la despolarización de las aurículas y la transmisión del impulso del nódulo sinusal a las fibras musculares auriculares. 2. El complejo QRS, que representa la despolarización ventricular y oculta la repolarización auricular. 3. La onda T, que representa la repolarización ventricular. En el análisis de un ECG se suelen considerar la medición de las duraciones de los siguientes intervalos (Tortosa, 2010): 1. El intervalo P-R, que se mide desde el inicio de la onda P hasta el comienzo del complejo QRS. 2. El segmento S-T, que representa el intervalo entre el final del complejo QRS y el inicio de la onda T. 3. El intervalo Q-T, que incluye el complejo QRS, el segmento ST.
  • 25. 25 La figura 2.6 mostrada a continuación muestra las diferentes ondas e intervalos representados en un ECG, en la cual adicionalmente se aprecia la onda U (que no aparece siempre) y el intervalo R-R que muestra un ciclo completo del corazón medido a partir del pico R. Así mismo se muestra valores promedios de la duración de cada intervalo. Figura 2.6- Ondas e intervalos de un electrocardiograma (nursingmanthra.com, 2018). Debido a que la magnitud eléctrica del corazón es pequeña, la medición de esta en la superficie del cuerpo es aún menor, estando en el orden de los milivoltios (mV), esto lo hace susceptible a la contaminación por diferentes fuentes de ruido, siendo la reducción del ruido uno de los principales problemas del ECG (Llodrà-Bisellach, 2018). 2.2.1.2. ARRITMIAS CARDIACAS El corazón puede latir a diferentes ritmos debido a diversos factores, como la actividad física, un estado de relajación o estrés, incluso algunas personas pueden ocasionalmente experimentar variaciones inofensivas en el ritmo cardiaco, conocidas como palpitaciones, sin embargo, si estas anomalías en el ritmo cardiaco aparecen consistentemente se les conocen como arritmias pudiendo el corazón latir demasiado rápido, demasiado despacio, o con un patrón irregular y son causadas por irregularidades en la transmisión de los impulsos eléctricos que hacen que los músculos del corazón se contraigan. Algunas arritmias pueden ser inofensivas, sin embargo, otras pueden llegar a provocar problemas de salud serios (PHRI, 2015). Una arritmia peligrosa bastante común es la fibrilación arterial, producida por impulsos eléctricos anormales en las aurículas, que se caracteriza por un latido cardiaco rápido e irregular que hace que el corazón no bombee sangre eficientemente. Esta arritmia
  • 26. 26 aumenta el riesgo de ataque al corazón, derrame cerebral, y enfermedad cardiaca de una persona (PHRI, 2015). Generalmente el diagnóstico de arritmias se hace mediante el análisis de un ECG, pudiéndose detectar la arritmia debido a la presencia de una forma inusual o su aparición a destiempo de una onda, por ejemplo, algunas arritmias se pueden detectar a partir de la duración, amplitud y morfología del complejo QRS. La clasificación de la tabla 2.5 es dada por la Association for the Advancement of Medical Instrumentation (AAMI), agrupa las diferentes arritmias en (Llodrà-Bisellach, 2018): • Supraventriculares (S): las cuales tienen un origen supraventricular y que tienen una diferencia temporal con los latidos normales (N). • Ventriculares (V): las cuales tienen un origen ventricular y que presentan diferencias morfológicas con a los latidos N. • Fusión (F): son latidos resultados de la fusión entre latidos ventriculares y normales. Tabla 2.5- Categorías en la clasificación de arritmias consideradas por la AAMI. Modificada de (Luz & Menotti, 2011). Uno de los principales problemas en la detección de arritmias es producto de que las anormalidades pueden ocurrir en lapsos de tiempo bastante largos, siendo la mayoría de latidos normales, esto genera que se tenga que registrar la actividad cardiaca durante largos periodos, lo que dificulta que un cardiólogo analice manualmente la gran cantidad de datos generados (latidos individuales). Debido a esto se vienen desarrollando sistemas automáticos que analicen los datos sirvan como apoyo para el diagnóstico (Llodrà- Bisellach, 2018), lo cual también es objetivo de este proyecto. 2.2.2. PROCESAMIENTO DIGITAL DE SEÑALES Se puede definir al procesamiento de señales como el conjunto de técnicas para la manipulación o modificación matemática de una señal con el fin de adaptarla o mejorarla según los objetivos que se requiera. El termino digital se refiere al uso de técnicas en el dominio del tiempo discreto, frecuencia discreta u otro dominio discreto de señales,
  • 27. 27 siendo las señales analógicas convertidas a digitales mediante un conversor análogo/digital (ADC). El diagrama de bloques general de un procesador de señales digitales (DSP) este compuesto por un filtro analógico, el ADC, el DSP, el conversor digital análogo (DAC) y un filtro de reconstrucción (Tan & Jiang, 2005), este se muestra en la figura 2.7 a continuación. Figura 2.7- Estructura general de un procesador de señales digitales (Tan & Jiang, 2005). Entre algunos de las aplicaciones del procesamiento digital de señales esta la compresión y codificación de audio y video como es el caso de los CD, sistemas de reducción de ruido, cifrado de datos, síntesis y reconocimiento de voz, telecomunicaciones digitales, controladores digitales, instrumentación industrial, etc. (Tan & Jiang, 2005). En la presente tesis se utiliza el procesamiento digital de señales específicamente para filtrar y adaptar las señales ECG que se adquirirán a través de un sensor, de tal forma que la señal adquirida sea adecuada para un proceso de reconocimiento de arritmias. 2.2.2.1. FRECUENCIA DE MUESTREO Cuando una señal analógica es muestreada por un ADC se debe de elegir una frecuencia de muestreo que asegure que la señal analógica original pueda ser reconstruida o recuperada más tarde. La elección equivocada de la frecuencia de muestreo produce aliasing, que causa que la señal recuperada no sea la correcta tal como se muestra en la figura 2.8, donde una señal de 90 Hz es muestreada a una tasa de 10 Hz, obteniéndose el alias de la línea punteada (Tan & Jiang, 2005). Figura 2.8- Representación del efecto de una selección equivocada de la tasa de muestreo (Tan & Jiang, 2005).
  • 28. 28 Para evitar el aliasing se hace uso del teorema de muestreo, el cual garantiza que, en teoría, una señal analógica se pueda recuperar perfectamente, lo cual ocurre cuando la frecuencia de muestreo es al menos dos veces de la frecuencia de la señal analógica que se va a muestrear. 2.2.2.2. FILTROS DIGITALES Un filtro digital es un sistema que modifica de acuerdo a sus parámetros, una señal de entrada en una señal de salida. La señal de salida resultante tiene características diferentes a la original ya sea en amplitud, frecuencia o fase. El filtrado digital es una de las aplicaciones más relevantes del procesamiento digital de señales siendo el objetivo más común la atenuación o amplificación de ciertas frecuencias. Se pueden considerar 2 tipos generales de filtros digitales, los filtros no recursivos y recursivos, los cuales tienen fase lineal y no lineal respectivamente, estos se diseñan y analizan en el dominio de la transformada Z. A partir de las ecuaciones de los filtros digitales, se pueden implementar algoritmos en cualquier lenguaje de programación, sin embargo existen algunos lenguajes de programación con muchos de los filtros y algoritmos de procesamiento de señales más habituales ya implementados (Alva, Coras Carlos, 2012). Los filtros no recursivos también llamados como filtros de respuesta finita al impulso (FIR), conservan una fase lineal en todo el dominio de la frecuencia y son por lo general de un orden elevado (Alva, Coras Carlos, 2012), la ecuación 1 muestra la representación general de un filtro de este tipo (Tan & Jiang, 2005). La figura 2.9 es una representación gráfica (grafo) de un filtro FIR de tercer orden, el cual es en sí un algoritmo, que puede ser programado en una computadora o microcontrolador (Walker, 2016). 𝑦(𝑛) = ∑ 𝑏𝑖𝑥(𝑛 − 𝑘) 𝑁 𝐾=0 ( 1) Los filtros recursivos, también llamados como filtros de respuesta infinita al impulso (IIR), cuentan con una retroalimentación de la salida, poseen una característica de fase no lineal, pero son más cortos respecto a los filtros FIR, lo que constituye una ventaja en cuanto a ahorro computacional (Alva, Coras Carlos, 2012). La ecuación 2 es
  • 29. 29 la representación general de estos filtros. La figura 2.10 muestra un grafo de un filtro IIR de t 3° grado que puede ser implementado en software, se puede notar que la salida del filtro depende de las entradas y de las salidas anteriores, a diferencia del filtro FIR, en el que la salida depende solo de las entradas. 𝑌(𝑛) = ∑ 𝑏𝐾𝑥(𝑛 − 𝐾) + ∑ 𝑎𝑘𝑌(𝑛 − 𝐾) 𝑁 𝐾=1 𝑁 𝐾=0 ( 2) Figura 2.9- Representación gráfica de un filtro FIR de tercer orden (Walker, 2016). Figura 2.10- Representación gráfica de un filtro IIR (M Martínez, Gómez, Serrano, Vila, & Gómez, 2009). Existen diferentes métodos para realizar el diseño de filtros FIR por ejemplo el método de ventanas, mínimos cuadrados, etc. Para el caso de filtros IIR los métodos de diseño son aproximación de su prototipo analógico, y aproximación por mínimos cuadrados. En ambos casos se tiene que especificar la frecuencia o frecuencias de corte que se desea. 2.2.2.2.1. FILTROS PASA BAJOS Los filtros pasa-bajos son aquellos que solo dejan pasar la señal hasta una frecuencia de corte determinada, luego la atenúan o eliminan. La figura 2.11 muestra la forma del filtro (magnitud) en el dominio de la frecuencia. La banda de paso corresponde
  • 30. 30 a las frecuencias que se desea dejar pasar, la banda de transición es donde el filtro empieza a atenuar la frecuencia y la banda de rechazo es donde el filtro atenúa casi por completo las frecuencias. Figura 2.11- Forma de filtro pasabajos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005) Como se puede apreciar en la figura 2.11, el filtro puede agregar ciertas distorsiones a la señal dependiendo del diseño, en la figura 2.12 es posible ver una comparación entre varios filtros analógicos que pueden usarse como prototipos de filtros digitales IIR, se debe notar las diferencias que estos tienen en cuanto a rizado en las bandas de paso y de rechazo. Figura 2.12- Comparación de filtros pasabajos analógicos utilizados para elaborar filtros IIR (M Martínez et al., 2009). 2.2.2.2.2. FILTROS PASA ALTOS Los filtros pasa-altos atenúan una señal hasta una frecuencia determinada, y luego la dejan pasar libremente, la forma general de estos se aprecia en la figura 2.13. Las mismas consideraciones anteriores se pueden aplicar a estos filtros en cuanto al rizado ya que también pueden ser inferidos a partir de su prototipo pasa-alto analógico.
  • 31. 31 Figura 2.13- Forma de filtro pasa-altos en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005). 2.2.2.2.3. FILTROS PASA BANDA Los filtros pasa-banda se les puede considerar como una unión de un filtro pasa- altos y un filtro pasabajos en secuencia. La forma general de este tipo de filtros se aprecia en la figura 2.14. En estos filtros se requiere especificar 2 frecuencias de corte, las que determinan el ancho de banda del filtro. Figura 2.14- Forma de filtro pasabanda en el dominio de la frecuencia (Tan & Jiang, 2005). 2.2.3. APRENDIZAJE AUTOMÁTICO El aprendizaje automático (machine learning) es una tecnología que desarrolla algoritmos informáticos capaces de emular la inteligencia humana, incorpora ideas de diferentes campos como la neurociencia, probabilidad y estadística, psicología, teoría de control, entre otras. Esta tecnología ha sido aplicada con éxito en áreas como la visión por computadora, robótica, entretenimiento, ecología, biología y medicina. Se puede decir que el aprendizaje automático permite a las computadoras aprender de su entorno y de las experiencias anteriores, con o sin un maestro (El Naqa, Murphy, & Li, 2015).
  • 32. 32 En la primera generación de sistemas inteligentes, las maquinas ejecutaban algoritmos escritos por humanos de forma secuencial para la solución de problemas, es decir, solo se limitaban a seguir instrucciones sin cambios. En la actualidad, los modelos de aprendizaje automático pueden ser entrenados utilizando grandes cantidades de datos para discriminar diferentes clases, encontrando una función matemática adecuada que establece una relación robusta entre los datos de entrenamiento y las salidas buscadas (Gad, 2018). El aprendizaje automático se divide en diferentes tipos como el aprendizaje supervisado, en el que los datos usados para el entrenamiento del modelo están etiquetados, pudiéndose determinar la exactitud del sistema. Otro tipo es el aprendizaje no supervisado, en el que los datos no están etiquetados y el objetivo es descubrir relaciones existentes a partir de las características intrínsecas de los datos, y donde el ser humano tiene que interpretar que es lo que ha aprendido el modelo. Otro tipo de mucho énfasis es el aprendizaje por refuerzo, en el que el modelo (agente) aprende de acuerdo a la experiencia de su interacción con los datos (entorno), y donde entran en juego el refuerzo positivo y negativo que consiguen que a través de prueba y error el modelo quede optimizado en una tarea específica (Llodrà-Bisellach, 2018). 2.2.3.1. REDES NEURONALES ARTIFICIALES Las redes neuronales son modelos computacionales inspirados en los sistemas nerviosos biológicos, las cuales están conformadas por un conjunto de unidades llamadas neuronas interconectadas entre si (Llodrà-Bisellach, 2018; Lopez, 2017). Las Redes Neuronales artificiales son utilizadas para la elaboración de modelos descriptivos y predictivos, y son técnicas importantes dentro de la minería de datos, el reconocimiento de patrones, los sistemas de control adaptativo, la inteligencia artificial, entre otros (Mateo Sotos, 2012). Figura 2.15- Estructura de una red neuronal (towardsdatascience.com, 2017).
  • 33. 33 Existen una variedad de arquitecturas de redes neuronales, siendo quizás la más conocida la arquitectura llamada perceptrón multicapa la que se muestra en la figura 2.15. El esquema habitual de este tipo de red neuronal está formado por una capa de entrada (amarillo), una capa salida (rojo) y capas ocultas intermedias (verde). La figura 2.16 muestra un modelo simplificado de un perceptrón comparado con una neurona biológica y donde cada entrada de la neurona (𝑥𝑖) se multiplica peso (𝑤𝑖) y se suman, aplicándose al final una función de activación (𝑓) que corresponde a la salida de la neurona (Llodrà- Bisellach, 2018). Esto se muestra formalmente en la ecuación 3. 𝑦 = 𝑓(∑ 𝑤𝑖𝑥𝑖 𝑛 𝑖=1 ) ( 3) Figura 2.16- Estructura de una neurona artificial en comparación de una biológica (Lopez, 2017). Las redes neuronales fueron los primeros métodos computacionales con la capacidad de tolerancia a fallos (ruido en los datos de entrada), lo cual se debe a que pueden aprender a reconocer patrones con ruido, distorsiones o datos incompletos y pueden seguir realizando su función, aunque con una leve degradación, esto constituye una de sus principales ventajas (Mateo Sotos, 2012). 2.2.3.1.1. FUNCION DE ACTIVACION Se puede considerar que una neurona biológica tiene un estado de activación ya que puede estar excitada o no, análogamente las neuronas artificiales también cuentan con diferentes estados de activación, algunas de ellas pueden tomar un estado digital (solo dos estados) o analógico dentro de rango determinado. La función activación transforma la entrada en un valor de activación, cuyo rango puede ir de 0 a 1 o de –1 a 1 (Mateo Sotos, 2012).
  • 34. 34 Sin la función de activación, las capacidades del perceptrón se limitan solo a estimar funciones lineales, para lograr que estas sirvan también para funciones no lineales es necesario agregar la función de activación. Existen varias funciones de activación que se usan en las redes neuronales, estas se muestran en la tabla a continuación. La función de activación ReLU es la que más se suele usar en los algoritmos de aprendizaje profundo (Llodrà-Bisellach, 2018). Tabla 2.6- Funciones de activación comunes (simplilearn.com, 2020). 2.2.3.1.2. FUNCIÓN DE PERDIDAS Cuando una red neuronal se entrena es necesario definir una función de pérdidas que mida cuan cercana es la salida de la red neuronal con el valor o valores reales. Durante el proceso de entrenamiento los valores de los pesos son asignados inicialmente de forma aleatoria, por lo que la función de perdidas arroja valores grandes, siendo el objetivo del entrenamiento reducir los valores de esta función (Gad, 2018). La tabla 2.7 muestra algunas de las funciones de perdidas usadas de acuerdo al tipo de datos que maneja la última capa de la red neuronal.
  • 35. 35 Tabla 2.7- Funciones de perdidas usadas usualmente (Udell, 2018). La tabla 2.8 muestra las distintas funciones de perdidas usadas de acuerdo al tipo de problema que se esté solucionando, así como la última capa de activación requerida para su uso. Tabla 2.8- Funciones de pérdidas de acuerdo al problema solucionado (mc.ai, 2019) 2.2.3.1.3. LEARNING RATE La tasa de aprendizaje (learning rate), es un parámetro que controla la velocidad con la que los pesos de la red neuronal se actualizan a valores más óptimos (disminuye la función de perdida). Para elegir el valor de la tasa de aprendizaje se debe tener en cuenta que, si la tasa de aprendizaje es muy grande, se puede llegar a omitir la solución óptima y si su valor es demasiado pequeño, necesitaremos demasiadas iteraciones para converger a los mejores valores. Por lo tanto, usar una buena tasa de aprendizaje es crucial, ya que podría ser la diferencia entre un modelo incapaz de aprender y un modelo con alto rendimiento. La figura 2.17 muestra los diferentes resultados que se puede obtener por
  • 36. 36 la elección de diferentes valores de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com, 2019). Figura 2.17- Efecto de la elección de la tasa de aprendizaje (towardsdatascience.com, 2019). Tener una tasa de aprendizaje fija puede conllevar a ciertos problemas para converger a la solución óptima, por ello la mejor elección es tener una tasa de aprendizaje adaptativa, tal como la que se muestra en la figura 2.18, en la que la línea roja corresponde a una tasa de aprendizaje fija, nótese que esta tiene problemas para converger a diferencia de una tasa de aprendizaje adaptativa (Shen, 2018). Figura 2.18- Problema con la elección de una tasa de aprendizaje fija (Shen, 2018). 2.2.3.1.4. FUNCION DE OPTIMIZACION La función de optimización es la que se encarga de actualizar los pesos de la red neuronal con el fin de reducir la función de perdidas. Están basadas en el algoritmo de backpropagation, el cual calcula la gradiente de la función de perdida respecto a cada uno de los pesos de la red, y luego mediante el algoritmo de descenso de la gradiente (SGD) actualiza los pesos de la red neuronal (Goodfellow, Bengio, & Courville, 2016). La función de activación clásica del descenso de la gradiente (SGD) usa una tasa de aprendizaje fija, lo cual como ya se explicó presenta problemas en la convergencia al
  • 37. 37 modelo más óptimo, por ello se han desarrollado diferentes funciones de activación que ahora usan una tasa de aprendizaje adaptativa, como es el caso del optimizador Adam, que es uno de los más populares actualmente, ya que los resultados empíricos demuestran que Adam funciona bien y se compara favorablemente con otros métodos de optimización estocástica (machinelearningmastery.com, 2017). La figura 2.19 muestra una comparación de la convergencia de diversas funciones de optimización. Figura 2.19- Resultados de una tasa de aprendizaje adaptativa (Bhardwaj, Curtin, Edel, Mentekidis, & Sanderson, 2018). 2.2.3.1.5. OVERFITING – UNDERFITING El overfiting ocurre cuando un modelo se entrena con información redundante, lo que suele pasar al entrenar durante muchas épocas, lo que origina que el modelo comience a aprender del ruido y características demasiado del conjunto de datos. El overfiting genera que el modelo clasifique muy bien los datos de entrenamiento, pero no sea capaz de clasificar con la misma exactitud información nueva, por lo tanto, es un estado que se debe evitar. Algunos métodos para evitar el overfiting es reducir la complejidad del modelo, activar o desactivar neuronas (dropout) o agregar más información diferente (Llodrà-Bisellach, 2018). Por otro lado, un modelo presenta underfitting cuando no se ajusta lo suficientemente bien a los datos, lo que suele ocurrir cuando no hay datos suficientes o cuando no se usa un sistema lo suficientemente complejo. La solución es agregar más
  • 38. 38 data, aumentar la complejidad del modelo por ejemplo más neuronas o más capas (Llodrà- Bisellach, 2018). Figura 2.20- Underfitting y overfiting (geeksforgeeks.org, 2019). La figura 2.20 muestra de manera gráfica los conceptos de underfitting y overfiting, mientras que la figura 2.21 muestra cómo se debe truncar el entrenamiento del modelo para evitar ambos problemas. Figura 2.21- Truncado del número de épocas de entrenamiento (Saxena, 2020). 2.2.3.1.6. MÉTRICAS DE EVALUACION Una vez entrenada una red neuronal es necesario evaluar los resultados obtenidos para determinar si estos se ajustan a lo deseado, un método comúnmente utilizado son las matrices de confusión, que permiten visualizar que tan bien el sistema ha clasificado los datos. Una matriz de confusión tiene como ejes a las etiquetas reales y a las etiquetas predichas por el modelo, estas pueden servir para manejar 2 o más etiquetas. En la figura 2.22 se muestra un ejemplo de matriz de confusión multiclase, en la que se aprecia que los elementos clasificados correctamente (verdaderos positivos) se encuentran en la diagonal. El total de elementos de cada clase se puede obtener sumando horizontalmente, y el total de todos los elementos considerados se obtiene sumando cada recuadro de la matriz (Roiger, 2013).
  • 39. 39 Figura 2.22- Matriz de confusión para medir la performance de un modelo de clasificación(Liu & Mukhopadhyay, 2018). Como se puede notar la matriz de confusión proporciona un medio de evaluación bastante eficiente para hacernos una idea de cuan bien está clasificando nuestro modelo (Llodrà-Bisellach, 2018). Sin embargo, a partir de la matriz de confusión es posible obtener diferentes métricas como lo son la precisión, el recall y F score. 2.2.3.1.6.1. PRECISIÓN La precisión indica que tantos de los datos clasificados en una clase determinada son correctos. La precisión se puede obtener de la matriz de confusión dividiendo los verdaderos positivos de la clase (valor que se encuentra en la diagonal) entre el total de elementos clasificados en esa clase. Tomado como referencia la matriz de confusión de la figura anterior, para la clase airplane sería 828 entre la suma total de la columna, que en este caso 977, por lo que la precisión para la clase airplane será 0.8475 o lo que es lo mismo un 84.79%. El proceso para las demás clases es idéntico. 2.2.3.1.6.2. RECALL El recall (recuerdo) también llamado sensibilidad, indica que tantos de los elementos pertenecientes a una clase fueron clasificados correctamente, y se puede calcular dividiendo el valor de verdaderos positivos (valor en la diagonal) entre la suma total de la fila. Para la matriz de confusión mostrada el recall de la clase airplane sería 828/1000 lo que es igual a 0.828 o 82.8%.
  • 40. 40 2.2.3.1.6.3. F SCORE Dependiendo de los objetivos de un determinado problema, la precisión o el recall puede ser más o menos importante que el otro, por ello la métrica F score realiza una ponderación de la calidad del modelo tomando en cuenta esta consideración. La ecuación 4 es la expresión general de la métrica, donde 𝛽 indica la cantidad de veces mas importante que es el recall en comparación de la precisión (Aoullay Amine, 2018). Valores típicos de 𝛽 es 1 (F1), que indica igual importancia entre precisión y recall, y 2 (F2) que da el doble de importancia al recall que a la precisión. 𝐹β = (1 + β2 ) 𝑃𝑟𝑒𝑐𝑖𝑠𝑖𝑜𝑛 ∗ 𝑅𝑒𝑐𝑎𝑙𝑙 (β2 ∗ 𝑃𝑟𝑒𝑐𝑖𝑠𝑖𝑜𝑛) + 𝑅𝑒𝑐𝑎𝑙𝑙 ( 4) 2.2.3.2. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES Las redes neuronales convolucionales (CNN) es una estructura de red neuronal artificial recientemente emergente. Aunque originalmente se diseñaron para procesar imágenes, se han aplicado exitosamente en el reconocimiento de series temporales, obteniendo resultados superiores a las redes neuronales convencionales. A diferencia de las redes convencionales, las CNN pueden aprender automáticamente las características de un conjunto de datos (Li et al., 2017). Las CNN están formadas por diversas capas, las capas de convolución (de ahí deriva su nombre), las capas de pooling (agrupación), las capas fully connected (es una red neuronal convencional) y una capa de salida SOFTMAX (Vasishta, 2019). La figura 2.23 muestra una representación intuitiva del funcionamiento general de las CNN. Figura 2.23- Estructura general de una CNN. Adaptada de (Shuler, 2018).
  • 41. 41 2.2.3.2.1. CAPA CONVOLUCIONAL Esta capa es el núcleo de las CNN. Consisten en un grupo de filtros que recorren la imagen produciendo un mapa de características (Lopez, 2017). En cada capa de convolución cada imagen se procesa por convolución con un conjunto de filtros, y el ancho y la longitud de la imagen se comprimen para obtener información de imagen más profunda. (Li et al., 2017). Cada capa convolucional adicional es capaz de reconocer formas mas complejas, así la primera capa puede que solamente reconozca líneas, mientras que las siguientes sean capaces de reconocer formas cada vez más complejas como ojos, ruedas, etc. lo que se muestra también en la figura 2.23. Figura 2.24- Proceso de la capa convolucional de una CNN (Durán Suárez, Del, Torres, & Suárez, 2017). La convolución es una operación de productos y sumas entre la imagen de entrada y un filtro. La figura 2.24 muestra un ejemplo de esta operación, en la que se puede observar como como las dimensiones de salida se reducen. Nótese también que el filtro (mostrado de amarillo) avanza en 1 posición cada vez, esto corresponde a un parámetro configurable de una capa convolucional denominado stride (Durán Suárez et al., 2017). 2.2.3.2.2. CAPA DE POOLING Después del proceso de convolución la matriz resultante muestra valores altos y bajos, son los valores altos los que indican una correlación alta del filtro aplicado con una sección especifica de la imagen, por lo tanto, se puede realizar una operación de agrupación de estos valores máximos tomando pequeñas ventanas (Gad, 2018). Se pueden plantear otras operaciones de pooling como el average pooling (toma el promedio de la ventana), sin embargo, el max pooling es la más usada por el motivo mencionado. Se puede deducir que el pooling reduce significativamente las dimensiones de las
  • 42. 42 matrices convolucionadas (Llodrà-Bisellach, 2018). La figura 2.25 muestra cómo funciona esta operación, se debe notar también que el tamaño de la ventana de pooling y el parámetro stride o paso tienen mucha importancia en las dimensiones finales luego de concluida la operación. Figura 2.25- Proceso de la operación de Maxpooling (Llodrà-Bisellach, 2018). 2.2.3.2.3. CAPA TOTALMENTE CONECTADA Esta capa se encarga de hacer la clasificación a partir de las características extraídas por las capas convolucionales por lo que se encuentra después de la última capa de pooling (Durán Suárez et al., 2017). Los datos después de las capas de convolución y pooling deben ser aplanados (convertidos a 1D) antes de entrar en la capa totalmente conectada (caso de imágenes 2D), siendo cada una de las entradas la probabilidad de que cierta característica pertenezca a una clase específica, estas entradas se multiplican por pesos los cuales se irán ajustando mediante backpropagation, luego se utiliza una función de activación que generalmente es la función Relu para finalmente pasar a la capa de salida que está compuesta por un número de neuronas igual al número de clases (Lopez, 2017). La figura a continuación muestra una capa totalmente conectada para la clasificación de gatos y perros. . Figura 2.26- Estructura de una capa Fully connected (missinglink.ai, 2019).
  • 43. 43 2.2.3.2.4. SOFTMAX Los valores de la última capa de una red neuronal se les denomina usualmente logits y en general pueden tomar cualquier valor real, pero con el objetivo para tener valores más significativos se usa la función softmax, la cual es capaz convertir un vector de valores reales de n dimensiones a valores en el rango de 0 a 1. Cada una de las componentes de salida de la función softmax representa la probabilidad que tiene la imagen de entrada de pertenecer a una clase especifica (Durán Suárez et al., 2017), es decir, a la salida de la función softmax se tiene una distribución de probabilidades que entre todas suman 1. La figura 2.27 muestra un ejemplo de esta función. Figura 2.27- Función Softmax (Medium.com, 2020). 2.3. MARCO CONCEPTUAL A continuación, se explican los conceptos fundamentales que se utilizan en la presente investigación. 2.3.1. SISTEMA DE ADQUISICIÓN DE DATOS En (Omega Engineering, 2018), se define a un sistema de adquisición de datos como un producto y/o proceso capaz de almacenar información con el fin de documentar o analizar un determinado proceso. Estos sistemas son cada vez mas sofisticados y precisos, donde intervienen sensores (temperatura, nivel, caudal, presión, etc.), conversores (análogo-digital o digital-análogo), microcontroladores (pic, atmega, etc.) y estándares de comunicación de comunicación (USB, RS232, RS485, etc.). En (National Instruments, 2017) se define la adquisición de datos, (DAQ) como el proceso de medir un fenómeno eléctrico o físico como voltaje, corriente, nivel, presión o fuerza, utilizando un computador. Un sistema DAQ consiste de
  • 44. 44 sensores, tarjeta de medición DAQ y un computador con software programable en el cual se aprovechan todas las características de procesamiento, visualización y conectividad con estándares industriales de los computadores. La figura 2.28 muestra un diagrama de esta definición. Figura 2.28 Definición de Sistema de Adquisición de datos (National Instruments, 2017). En (JMIndustrial, 2017) definen la adquisición de datos (DAQ) como un proceso de muestreo de señales que representan fenómenos físicos y convirtiendo las muestras valores numéricos, que pueden modificarse por una computadora que pueden ser manipulados mediante una computadora. Estando constituidos por sensores, circuitos de acondicionamientos de señal y convertidores analógicos- digitales. Siendo controlados por software desarrollados en lenguajes de programación de propósito general, como MatLab, C, Python, Fortran, Java, LabVIEW, etcétera. 2.3.2. PROCESAMIENTO DE SEÑALES El concepto al que se refiere esta tesis es el concepto de procesamiento digital de señales. Se muestran algunas definiciones a continuación. (Vignolo, 2008) define el concepto como un área de la Ingeniería Electrónica que se concentra en la representación, transformación y manipulación de señales, y de la información que ellas contienen. Cuando se refiere a procesamiento digital de señales, implica el manejo de la variable independiente y de la amplitud en forma discreta, es decir, el valor de la señal solo puede ser un numero finito de valores y es conocido en instantes o en puntos específicos. (Marcelino Martínez, Serrano, & Gómez, 2005; Zañartu, 2010) definen el término procesamiento digital de señales, como el área de la ingeniería que se ocupa
  • 45. 45 de la representación, transformación y manipulación de señales, discretizadas en el tiempo y el espacio, desde el punto de vista de la información que contienen”. La figura 2.29, es una representación gráfica del concepto. Figura 2.29 Definición de Procesamiento digital de señales (Zañartu, 2010). (Escobar, 2017) define el termino como un área de la ingeniería que agrupa un conjunto de transformaciones matemáticas aplicadas a señales discretas, siendo los objetivos obtener una mejor aproximación del análisis o estimación del contenido de la información. 2.3.3. PULSO En (National Cancer Institute, 2019b) se define el pulso como el número de veces que el corazón late durante cierto periodo de tiempo, generalmente un minuto. Siendo posible paalparlo en el costado del cuello, la parte de atrás de las rodillas, la parte de adelante de los pies, la ingle y otros lugares del cuerpo donde haya una arteria cerca de la piel. En (Concepto.de, 2019), se define como un movimiento arterial de expansion y contraccion, producto de los latidos cardíacos, que sirve como medicion de la frecuencia cardiaca. La (Escuela de medicina-PUCP Chile, 2007) define el pulso como una onda, con una fase ascendente y otra descendente que normalmente tiene una amplitud que permite palparlo fácilmente y una ritmicidad regular. 2.3.4. DIAGNÓSTICO Diagnóstico es un término formado por el prefijo diag que significa “a través de”; gnosis que significa “conocimiento”, y tico que significa “relativo a”. Por tanto etimologicamente significa a traves del conocimiento (definicion.de, 2012). (Grossman, Oliet, & Del Rio, 1974; Vazquez, 2006) definen diagnostico como el arte de distinguir o identificar la enfermedad, basado en en los síntomas y
  • 46. 46 en la examinación objetiva (diagnóstico clínico) o mediante pruebas clínicas de laboratorio (diagnóstico de laboratorio). Literalmente significa saber apartar o reconocer una enfermedad de otra, y permite un manejo y tratamiento adecuado del paciente. En (National Cancer Institute, 2019a) se define como el proceso en el que se identifica una enfermedad, afección o lesión por sus signos y síntomas. Pudiendo utilizarse los antecedentes de salud o realizar un examenes físicos y pruebas, como análisis de sangre, etc. En (concepto.de, 2019) se define como un procedimiento ordenado, sistemático, para conocer y establecer de manera clara una circunstancia, a partir de observaciones y datos concretos. En los terminos medicos significa determinar una enfermedad basándose en los síntomas, el historial medico y exámenes complementarios. 2.3.5. ARRITMIAS (Mayo Clinic, 2019; MedlinePlus, 2019; NHLBI, 2018) definen una arritmia como un transtorno relacionado con la frecuencia o el ritmo del latido cardíaco, donde el corazón puede latir demasiado rápido, demasiado lento o con un ritmo irregular. Siendo causada por cambios en el tejido y la actividad del corazón o en las señales eléctricas que controlan los latidos y pudiendo llegar a ser mortales. 2.3.6. REDES NEURONALES CONVOLUCIONALES (Lopez, 2017) manifiesta que una red neuronal convolucional es una arquitectura especializada de red neuronal que esta inspirada en la organizacion de la corteza visual de los animales, donde cada neurona puede representarse matematicamente como una convolucion. Por lo tanto estan caracterizadas por tener una estructura multicapa, con un determinado numero de convoluciones en cada capa. (Durán Suárez et al., 2017) definen el concepto como una clase de red neuronal artificial donde las neuronas son semejantes a las neuronas en la corteza visual primaria del cerebro. Por tanto, tienen buen rendimiento en el dominio de la
  • 47. 47 visión artificial, siendo muy efectivas en aplicaciones de reconocimiento y clasificación de patrones presentes en una imagen. (Li et al., 2017) definen el concepto como una estructura de red neuronal emergente. Cuyo uso se ha extendido rapidamente en aplicaciones de análisis de video, análisis de drogas, procesamiento del lenguaje natural y otros campos.
  • 48. 48 CAPITULO 3: METODOLOGIA 2.1.1. DISEÑO DE LA INFORMACIÓN 2.1.1.1. POBLACIÓN Y MUESTRA • Población: Las señales ECG provenientes de cualquier fuente. • Muestra: las señales disponibles en el ECG Heartbeat Categorization Dataset y las provenientes del sistema de adquisición elaborado. 2.1.1.2. VARIABLES • Variables independientes: o Arquitectura de la red neuronal convolucional o Performance en la adquisicion de datos o Performance en el procesamiento de señales • Variable dependiente: o Detección de la arritmia Tabla 3.1 Variables e indicadores de la investigación (Elaboración Propia). Variables independientes Indicador Tipo - Arquitectura de la red neuronal convolucional. - Performance en la adquisición de datos. - Performance en el procesamiento de señales. - Numero de capas - Numero de filtros en cada capa - Tamaño de filtros - Stride - Función de activación - Neuronas y capas ocultas de la red densa - Frecuencia de muestreo - Ruido - Parecido de la señal procesada con la de la base de datos - Cuantitativo - Cuantitativo - Cuantitativo - Cuantitativo - Cualitativo - Cuantitativo - Cuantitativa - Cuantitativo - Cualitativa Variables dependientes - Detección de la arritmia - Exactitud (Accuracy) 𝐷𝑒𝑡𝑒𝑐𝑐𝑖𝑜𝑛𝑒𝑠 𝑐𝑜𝑟𝑟𝑒𝑐𝑡𝑎𝑠 𝐷𝑒𝑡𝑒𝑐𝑐𝑖𝑜𝑛𝑒𝑠 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙𝑒𝑠
  • 49. 49 2.1.2. PROCEDIMIENTOS El procedimiento de este estudio se describe a continuación: • Etapa 1: Se inicia con un análisis detallado de la base de datos ECG Heartbeat Categorization Dataset disponible en (Kaggle, 2018), con la finalidad de entender los datos que esta contiene, por ejemplo: el número de arritmias consideradas, el número de muestras por cada tipo de arritmia, la frecuencia de muestreo, la frecuencia de la señal, amplitud de la señal, ruido, la forma y tamaño de las señales individuales, etc. Entender bien la base de datos nos permitirán proceder con las etapas 2 y 4. • Etapa 2: Se procede a elaborar un algoritmo de deeplearnig, que use redes neuronales convolucionales, para luego entrenar la red y crear un modelo que sea capaz de clasificar los diferentes tipos de arritmias. Este proceso tiene una fase de experimentación en la que probaran diferentes estructuras de redes convolucionales además de la variación de sus parametros hasta obtener una clasificacion aceptable, que para ese estudio se pone la meta en un 85% de exactitud. Cuando el objetivo se ha conseguido se guardara el modelo para probarlo con las mediciones de los sensores. • Etapa 3: Se procede a implementar el sistema para la adquisición de las señales. Este sistema esta compuesto por el sensor de ECG, la tarjeta de adquisicion de datos Arduino, y la interfaz de recepcion de recepción y grabación de las señales en la computadora. Una característica importante que debe poseer este sistema, es la estabilidad en cuanto a las conexiones del cableado a utilizar, ya que pequeños movimientos pueden agregar datos erroneos a la señal de lectura restando nuestra capacidad para obtener resultados. Una vez que se compruebe que el sistema funciona adecuadamente, se realiza la adquisicion y grabación de las señales ECG. • Etapa 4: Las señales almacenadas en la computadora, son procesadas usando técnicas de procesamiento digital de señales (filtrado, submuestreo,
  • 50. 50 segmentación, etc.). El objetivo del procesamiento aplicado a la señal sensada, es transformarla de tal forma que tenga todas las características que se analizaron en la etapa 1, es decir, la señal sensada debe convertirse al formato usado en la base de datos ECG Heartbeat Categorization Dataset, de esta manera, se podrá utilizar el modelo neuronal creado en la etapa 2 para hacer la deteccion de la arritmia. • Etapa 5: En esta etapa se realizan las pruebas finales del sistema, tomando como señales de prueba, señales ECG medidas de personas usando el sistema creado. Finalmente se hace un análisis comparativo de los resultados.
  • 51. 51 CAPITULO 4: RESULTADOS 4.1. ANÁLISIS DE LAS BASES DE DATOS DE ARRITMIAS CARDIACAS 4.1.1. LA BASE DE DATOS MIT-BIH Esta base de datos ha sido elaborada por el Centro Médico Diácono Beth Israel y el MIT y, siendo su primera versión el año 1980, y la cual fue el primer conjunto de material de prueba estándar generalmente disponible para la evaluación de detectores de arritmias. La primera mitad de la base de datos se liberó gratuitamente el año 1999 y la segunda mitad el año 2005 (Moody & Mark, 2001). Esta base de datos contiene 48 registros de media hora de señales de ECG ambulatorios de dos canales, que fueron obtenidos de 47 pacientes, de los cuales se tomaron al azar 23 de un total de 4000 registros, que fueron recopilados de una población mixta de pacientes hospitalizados (alrededor del 60%) y pacientes ambulatorios (alrededor del 40%). Las 25 grabaciones restantes se seleccionaron arbitrariamente del mismo conjunto para incluir arritmias menos comunes, pero clínicamente significativas que no estarían bien representadas en una pequeña muestra aleatoria. Las anotaciones fueron realizadas por dos o más cardiólogos independientemente para cada registro, luego resolvieron los desacuerdos para obtener las anotaciones de referencia que suman aproximadamente 110,000 anotaciones en total (Moody & Mark, 2001). Las características técnicas de la base de datos son las siguientes: • 48 registros de 30 minutos • Frecuencia de muestreo 360Hz • Resolución de 11 bits • Rango de medida 10 mV La base de datos completa se encuentra alojada en (Physiobank Archieve, 2015), los datos están disponibles en la forma como se aprecia en la figura 4.1. La visualización de las señales contenidas en la base de datos se puede apreciar en la figura 4.2, donde además es posible apreciar la anotación una arritmia tipo [A] (latido atrial prematuro).
  • 52. 52 Figura 4.1- Archivos de la Base de datos MIT-BIH disponible en (Physiobank Archieve, 2015). Figura 4.2- Forma de onda y aparición de una arritmia para el paciente 1 de la base de datos MIT-BIH. (Physiobank Archieve, 2015). 4.1.2. LA BASE DE DATOS ECG HEARTBEAT CATEGORIZATION Esta base de datos está disponible en (Kaggle, 2018) y realiza el procesamiento de las señales provenientes de 2 bases de importantes en el estudio de las arritmias, como son la base de datos MIT-BIH y la base de datos PTB Diagnostic ECG, con la finalidad de formar una base de datos derivada para el entrenamiento de redes neuronales profundas. En esta base de datos las señales de ECG son procesadas de tal forma que cada registro corresponde a un latido cardiaco, conteniendo muestras de latidos normales y muestras de diferentes arritmias e infartos al miocardio. Esta base de datos se está utilizando para la exploración diferentes arquitecturas de redes neuronales profundas. Las características técnicas de la base de datos son las siguientes: • 109446 registros • 5 clases -> ['N': 0, 'S': 1, 'V': 2, 'F': 3, 'Q': 4] • Frecuencia de muestreo 125Hz
  • 53. 53 • Resolución de 11 bits • Todas las muestras se recortan, se submuestrean y se rellenan con ceros si es necesario hasta la dimensión fija de 188. • El último elemento de cada registro indica la clase. 4.1.3. CONSIDERACIONES FINALES SOBRE LA BASE DE DATOS A UTILIZAR Para este estudio en específico se utiliza la base de datos ECG Heartbeat Categorization que corresponde al procesamiento de la base de datos MIT-BIH, ya que esta última es la que contiene las diferentes clases de arritmias clasificadas en 5 categorías. Como se describe en (Kachuee et al., 2018), las clases de este dataset seleccionado se han creado de acuerdo con el estándar EC57 de la Asociación para el Avance de la Instrumentación Médica (AAMI) y se muestran en la tabla 4.1. Las figuras 4.3, 4.4, 4.5, 4.6 y 4.7 muestran graficas de los latidos de cada categoría, nótese que estas gráficas muestran diferencias las cuales deben ser aprendidas por la red neuronal a entrenar. Tabla 4.1- Clases de arritmias contenidas en la base de datos ECG Heartbeat Categorization(Kachuee et al., 2018). De las características técnicas de las 2 bases de datos mencionadas en las secciones 4.1.1 y 4.1.2 podemos deducir el trabajo necesario para el procesamiento de las señales de ECG que serán adquiridas del paciente a diagnosticar. Ya que, para poder clasificar la señal ECG adquirida en una categoría de arritmia específica, es necesario que
  • 54. 54 la señal adquirida tenga los mismos parámetros que las señales utilizadas durante el entrenamiento de la red neuronal. Por lo tanto, el procesamiento de la señal proveniente del sensor, debe ser submuestreado a 125 Hz, luego ser segmentada en latidos individuales, finalmente cada sub señal perteneciente a cada latido, debe ser rellenada con ceros hasta una longitud de 187. Figura 4.3- Muestras de la categoría N presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia) Figura 4.4- Muestras de la categoría S presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia) Figura 4.5- Muestras de la categoría V presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia)
  • 55. 55 Figura 4.6- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia) Figura 4.7- Muestras de la categoría Q presentes la base de datos a utilizar. (Elaboración propia) 4.2. CREACIÓN Y ENTRENAMIENTO DE LA CNN 4.2.1. SELECCIÓN DE LA ARQUITECTURA DE LA RED Varias arquitecturas han sido elaboradas para la clasificación de arritmias en la base de datos ECG Heartbeat Categorization, obteniéndose diferentes grados de exactitud, la tabla 4.2. muestra algunos de los estudios realizados, así como el nivel de exactitud que obtuvieron. Tabla 4.2- Exactitud de diferentes estudios en la base de datos ECG Heartbeat Categorization (Kachuee et al., 2018)