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24th mtg 1
- 2. 本日の予定
• Sagace
– アクセス解析
– 進捗報告
– Sagaceに追加するDBについて
・医薬基盤研内のデータのRDF化
– 希少疾病用医薬品のRDF化について
• 厚生労働科学研究成果データベース
– カタログ化と論文化について
• 今後の予定
- 7. 活用例
• 一般
– DBpedia, BBC, Data.gov.uk,
– Geonames, RDF Book Mashup
• ライフサイエンス・医薬
– Bio2RDF, UniProt, KEGG
– Open Drug Data, ChEMBL, Drugbank
- 16. RDFの記述方法(Turtle形式の場合)
@prefix drgb: <http://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/> .
@prefix drgn: <http://www.nibio.go.jp/drugVocabulary#> .
@prefix db: <http://dbpedia.org/ontology/> .
<http://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#(8薬A)第81号>
drgb:name "イミグルセラーゼ(遺伝子組換え)";
drgn:designationApplicant "ジェンザイム・ジャパン㈱";
db:icd10 "E752" .
ラフになる。
(8 薬 A)第 81 号
イミグルセラーゼ
ジェンザイム・ジャパン㈱
E752
医薬品の名称
販売者
ICD10
Subject
Predicate
Object
- 19. PREFIX ab: <http://learningsparql.com/ns/addressbook#>
SELECT ?craigEmail WHERE
{
?person ab:firstName "Craig" .
?person ab:email ?craigEmail . }
@prefix ab: <http://learningsparql.com/ns/addressbook#> .
@prefix d: <http://learningsparql.com/ns/data#> .
d:i9771 ab:firstName "Cindy" .
d:i9771 ab:lastName "Marshall" .
d:i9771 ab:homeTel "(245) 646-5488" .
d:i9771 ab:email "cindym@gmail.com" .
d:i8301 ab:firstName "Craig" .
d:i8301 ab:lastName "Ellis" .
d:i8301 ab:email "craigellis@yahoo.com" .
d:i8301 ab:email "c.ellis@usairwaysgroup.com" .
--------------------------------------------
| craigEmail |
=========================
| "c.ellis@usairwaysgroup.com" |
| "craigellis@yahoo.com” |
--------------------------------------------
RDF (turtle形式)
SPARQL
firstNameが”Craig”という人を
personとした時に
その人のemailを
craigEmailとして出して!
実行結果
- 29. 今後の予定
• 9月
– 文献データを検索結果に反映
– Apache Solrの検討と実装
• 10月
– トーゴーの日
• 11月
– 実験動物バンクのRDF化
– 外部データベースとの連携
• 12月
– 分子生物学会
• 1月
– BioHackathon 国内版