1. 1
2014 3月富山 PCP受賞記念
Plant Cell Physiol. 53(2): e1(1–12) (2012)
ボゴール農大
奈良先端大
千葉大
理研横浜
前橋工科大学
[0]バイオインフォマティクス
[1]生物種-代謝物関係DB（KNApSAcK Core)
[2]配合生薬DB
[3]今後の課題(on going works)
徳島文理大

2. k
細胞の働きと遺伝子の関係を研究してノーベル賞を受けた
シドニー・ブレンナー氏は、来日した時こんな冗談を言った。
「DNAは何の訳だと思う？」
本村 有紀子著 「理系思考 分からないから面白い」
毎日新聞社(2007)
2

3. k
細胞の働きと遺伝子の関係を研究してノーベル賞を受けた
シドニー・ブレンナー氏は、来日した時こんな冗談を言った。
「DNAは何の訳だと思う？」
Don’t (K)Now Anything.
何もわかならいってこと」。DNAだけですべて説明できるほ
ど、人間は単純じゃない。だからおもしろい。」
本村 有紀子著 「理系思考 分からないから面白い」
毎日新聞社(2007)
3

4. k
細胞の働きと遺伝子の関係を研究してノーベル賞を受けた
シドニー・ブレンナー氏は、来日した時こんな冗談を言った。
「DNAは何の訳だと思う？」
Don’t (K)Now Anything.
何もわかならいってこと」。DNAだけですべて説明できるほ
ど、人間は単純じゃない。だからおもしろい。」
バイオインフォマティクスで解明しよう。
本村 有紀子著 「理系思考 分からないから面白い」
毎日新聞社(2007) 4

5. 5
[0]バイオインフォマティクスバイオインフォマティクスバイオインフォマティクスバイオインフォマティクス
a
b c
d e f g
h i k m
j l
5’
5’3’
3’
A B C D E F G H I J K L MProtein
A B C D E
F
G H I JK L M
Function
Unit
代謝物 1 代謝物2 代謝物3
代謝物4
Metabolite 5
Metabolite 6
B C
D E
F
I L
H K
Metabolic Pathway
G
Activation (+)
A
GRepression (-)
a
b c
d e f g
h i k m
j l
5’
5’3’
3’
ゲノムゲノムゲノムゲノム:
トランスクリプトームトランスクリプトームトランスクリプトームトランスクリプトーム：
プロテオームプロテオームプロテオームプロテオーム
メタボロームメタボロームメタボロームメタボローム
FT-MS
生体要素生体要素生体要素生体要素
(ゲノムゲノムゲノムゲノム, mRNAs,
たんぱく質たんぱく質たんぱく質たんぱく質, 代謝物代謝物代謝物代謝物)
生命をシステムとして理生命をシステムとして理生命をシステムとして理生命をシステムとして理
解解解解
(Systems Biology)
生物間の関係生物間の関係生物間の関係生物間の関係
(Survival Strategy)

6. 6
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
ConnectwithTherapeuticUsage
ConnectwithPhysiologicalActivity
伝統知識と現代的知識の融合: KNApSAcK Family データベース
217ヵ国
48,256対の薬用植物と使用国の関係
709種の食用生物
336種の漢方処方
278種生薬
5310の配合処方
1133種生薬
50048種の代謝物
101500対の生物種-代謝物の関
係
配合配合配合配合 メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクス薬用植物薬用植物薬用植物薬用植物 生理活性生理活性生理活性生理活性治療法治療法治療法治療法 プロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
植物植物植物植物/微生物微生物微生物微生物Omicis
薬用・食用薬用・食用薬用・食用薬用・食用
知識ベース知識ベース知識ベース知識ベース
メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
9056 対の代謝物-生物活性の関
係
2,500 生物種-代謝反応の
関係
3708種の組み合わせ
414種食材
309種加工食品
261種食材
602種の食用植物
403種の代謝物
33703 対の生物種対の生物種対の生物種対の生物種-活性の関係活性の関係活性の関係活性の関係
1949 種の活性種種の活性種種の活性種種の活性種
1533 種の生物種種の生物種種の生物種種の生物種
ヒトヒトヒトヒト/生物生物生物生物Omics

7. 0
7
配合配合配合配合 メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクス生物生物生物生物 生理活性生理活性生理活性生理活性機能性機能性機能性機能性 プロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
有用生物有用生物有用生物有用生物 ヒトヒトヒトヒト/生物生物生物生物
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
薬用・食用薬用・食用薬用・食用薬用・食用
知識ベース知識ベース知識ベース知識ベース
メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
ヒトヒトヒトヒト-生物関係システムズバイオロジー生物関係システムズバイオロジー生物関係システムズバイオロジー生物関係システムズバイオロジー
生物システムズバイオロジー生物システムズバイオロジー生物システムズバイオロジー生物システムズバイオロジー ヒトシステムバイオロジーヒトシステムバイオロジーヒトシステムバイオロジーヒトシステムバイオロジー
The Fourth Paradigm Data-intesive Scientific Discovery
オミックス研究をヒトオミックス研究をヒトオミックス研究をヒトオミックス研究をヒト-生物の関係に拡張すると生物の関係に拡張すると生物の関係に拡張すると生物の関係に拡張すると…
Afendi et al., Systems Biology Approaches and Metabolomics for Understanding
Japanese Traditional Kampo Medicine,
Cur. Pharmacogenomics Personalized Med., 10, 111-124, (2012)
Okada et al,Metabolomics of medicinal plants: the importance of multivariate analysis of
analytical chemistry data
Current Computer Aided Drug Design, 10, 179-196,, (2010)

8. Republic of
the Philippines
Republik
Indonesia
Republic
of Kenya
中中中中华华华华人民共和国人民共和国人民共和国人民共和国
Malaysia
People's Republic
of Bangladesh 小野
賀久(M)
日本
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
Plant HumanMedicinal&Edible Plant DB
Ingredient Metabolomics
Biology
Biological
Activity
Functional Proteomics
Transcriptomics
MetabolomicsProteomics
Transcriptomics
Genome Biology Bio-simulation Biometric Medical
Engineering
Healthcare
Database
Japan

9. 0
配合配合配合配合 メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクス薬用植物薬用植物薬用植物薬用植物 生理活性生理活性生理活性生理活性機能性機能性機能性機能性 プロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
植物植物植物植物 ヒトヒトヒトヒト/生物生物生物生物
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
薬用・食用薬用・食用薬用・食用薬用・食用
知識ベース知識ベース知識ベース知識ベース
メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
生物種・代謝物生物種・代謝物生物種・代謝物生物種・代謝物DB
[1]KNApSAcK: 生物種-代謝物関係データベース
9

10. 0
10
0
600
±1 ±0.1 ±0.01 ±0.001
候補分子式の数候補分子式の数候補分子式の数候補分子式の数
精密分子量精密分子量精密分子量精密分子量: 226.0477
251
32
1
Chorismic acid Isochorismic acid
597
FT-MS 分子の精密分子量を測定できる (ppm)]
KNApSAcK: 生物種生物種生物種生物種-代謝物関係データベース代謝物関係データベース代謝物関係データベース代謝物関係データベース
±±±±1 ±±±±0.1 ±±±±0.01 ±±±±0.001
分子式分子式分子式分子式 候補代謝物候補代謝物候補代謝物候補代謝物
Since 2004
(Mw ±±±± margin )
C10H10O6
LTQ-Orbitrap MS
high accurate MW for
metabolites <5ppm
resolution: 30,000
（FWHM ＠ m/z 400）
HCD Collision Cell ）

11. 0
11
代謝物 1 代謝物 2 代謝物 3
代謝物 4
代謝物 5
代謝物 6
B C
D E
F
I L
H K
Interpretation of Metabolome
生物種
分子量と分子式
フラグメンテーションパターン
代謝物情報
生物種生物種生物種生物種 代謝物代謝物代謝物代謝物
生物サンプル
生物種-代謝物DB
Experimental Information
MSMSMSMS
代謝経路推定代謝経路推定代謝経路推定代謝経路推定
PNAS, 101, 10205-10210,(2004））））
1年年年年/ 2 研究者研究者研究者研究者 (Bottleneck)
MS ３日３日３日３日

12. 0
12
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム
41歳歳歳歳

13. 0
13
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム
41歳歳歳歳

14. 0
14
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム
植物化学シンポジウム植物化学シンポジウム植物化学シンポジウム植物化学シンポジウム
41歳歳歳歳

15. 0
15
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム
41歳歳歳歳

16. 0
16
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム逐次入力システム 一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
41歳歳歳歳

17. 0
17
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
41歳歳歳歳

18. 0
18
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
41歳歳歳歳

19. 0
19
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数 49,553/2010.3年年年年
41歳歳歳歳

20. 0
20
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
50,054代謝物代謝物代謝物代謝物
102,009 生物種生物種生物種生物種-代謝物関係代謝物関係代謝物関係代謝物関係
/2010.3年年年年
ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積
41歳歳歳歳

21. 0
21
データ入力履歴
0000
5,0005,0005,0005,000
10,00010,00010,00010,000
15,00015,00015,00015,000
20,00020,00020,00020,000
25,00025,00025,00025,000
30,00030,00030,00030,000
35,00035,00035,00035,000
40,00040,00040,00040,000
45,00045,00045,00045,000
50,00050,00050,00050,000
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010
一括入力システム一括入力システム一括入力システム一括入力システム
重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム重複チェックシステム
4月月月月 ？月？月？月？月
代謝物数代謝物数代謝物数代謝物数
50,054代謝物代謝物代謝物代謝物
102,009 生物種生物種生物種生物種-代謝物関係代謝物関係代謝物関係代謝物関係
/2010.3年年年年
ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積ノウハウの蓄積
41歳歳歳歳

22. ꄠԄ
22
How many metabolites in organisms?
植物植物植物植物 (Predicted)
-- 200,000 種の代謝物がある。
D. Strack and R. Dixon (2003)
既知天然物既知天然物既知天然物既知天然物
-- 50,000 /植物植物植物植物, Luca and Pierre, (2000)
-- 43,000 entries Chapman & Hall
KNApSAcK(last updata 2009/10/5)
-- 50,054 代謝物代謝物代謝物代謝物
102,009 生物種生物種生物種生物種-代謝物の関係代謝物の関係代謝物の関係代謝物の関係
モデル生物モデル生物モデル生物モデル生物
Arabidopsis thaliana
-- 5,000 ca. 1/3 of 1200 protein types
Human
-- 2,500 Ryals (2004)
Bacteria (E. coli, B. subtilis)
-- 800 – 1700
Chemotaxonomy
生物-代謝物の関係の体系化
--天然物における生物進化
--遺伝子-代謝物関連解析
--メタボロミクス解析
長寿、持続、安全社会
-- 食品化学
日本は食材の宝庫
-- 医薬学
健康維持
(新規ドラッグの探索)

23. ؐ㳀
地球上で生合成される天然物の数は？
KNApSAcK Core DB
Species Metabolite
20,741 sp 50,048 met
101,500 sp-met..
scale freescale free (partial)
log [天然物の数天然物の数天然物の数天然物の数] = −2.155 log 生物種の数生物種の数生物種の数生物種の数] +4.813
r = 0.973
DB中の正味の代謝物数: 98,800 種
顕花植物 223,300 種/ DB: 20,741 種
地球上の天然物の数：1060,000 種
Plant Cell Physiol.53, e1(1-12) (2012)
23

24. 炐‫ء‬
24
生物活性のある代謝物数の予測: 13 -36万種
0000
1000100010001000
2000200020002000
3000300030003000
4000400040004000
5000500050005000
6000600060006000
7000700070007000
0000 10,00010,00010,00010,000 20,00020,00020,00020,000 30,00030,00030,00030,000 40,00040,00040,00040,000
Asia
Others
China
Indonesia
India
Malaysia
the US
Thailand
Vietnam
Hungary
Jordan
Sri Lanka
Bulgaria
Philippines
NepalFranceKorea
Pakistan
Japan
(Schippmann et al.,(2006)を改変して作成
薬用植物の報告数薬用植物の報告数薬用植物の報告数薬用植物の報告数
自生植物数自生植物数自生植物数自生植物数
13万 代謝物数
36万 代謝物数
Afendi et al Plant Cell Physiol.(2012)

25. 炐‫ء‬
Davey, M.P., et al., Metabolomics, (2009) 18 papers-2009 (Red, Foreign country)
Hounsome, N. et al., Postharvest Biol. Technol., (2009)
Xie,Z., et al., J.Exp.Botany,60, 87-97, (2009)
Giavalisco, Anal.Chem.(2009)
Draper et al., BMC Bioinformatics, (2009)
Shroff et al., PNAS(2009)
Yonekura-Sakakibara and Saito, Nat. Prod. Rep., 26, 1466-1487 (2009)
Oish et al., Plant Biotechnol.,26,167-174 (2009)
Kai et al., Plant Biotechnol, 26, 175-182(2009)
Matsuda et al., ProS One, 4, e7490.1-10(2009)
Malitsky, S.,., et al., Plant Physiol., (2008) 17 papers-2008
Warner, E., et al., J.Chromatography B,(2008)
Fait, A., et al., Plant Physiol., 148, 730-750 (2008)
Mintz-Oron, S., et al., Plant Physiol., 147, 823-851, (2008)
Hanhineva, K., et al., Phytochemistry, 69, 2463-2481 (2008)
Bottcher,C., et al., Plant Physiol.,147,2107-2120, (2008)
Farder, A. et al., J. Nutrition, 138, 1282-1287, (2008)
Mintz-Oron, S., et al., Plant Physiol.,147,823-825, (2008)
Overy, D.P., et al., Nature Protocols, 3, 471-485, (2008)
Dunn, W.B., Physical Biol.,5, 1-24, (2008)
Akiyama, K., In Silico Biol., 8, 27, (2008)
Sawada, Plant Cell Physiol., (2008)
Arita,M. and Suwa, K., BioData Mining, 1,7.1-8 (2008)
Saito, K. et al., Trends in Plant Sci.,13, 36-43, (2008)
Akiyama, K., et al., In Silico Biol., 8, 339-345, (2008)
Takahashi, H., Anal. Bioanal Chem. (in press) (2008)
Iijima, Y., et al., Plant J., 54, 949-962, (2008)
Want, E.J. et al., J. Proteome Res., 6, 459-468, (2007) 10papers-2007
Sofia, M., et al., Trends in Anal. Chem., 26, 855-866, (2007)
Hummel, J., et al., Topics in Curr. Genet., 18, 75-95, (2007)
Gaida, A., and Neumann, S., J. Int. Bioinf., (2007)
Griffiths,W.J.,Metabolomics,Metabolonomics and Metabolite Profiling,(Royal Soc.Chem.),2007
Ohta, D., et al., Anal.Biol. Chem.(2007)
Nakamura, Y., et al., Planta, (2007)
Suzuki, H., et al., Phytochemistry, (2007)
Sakakibara, K., et al., , J .Biol. Chem.,282, 14932-14941, (2007)
Saito, K. et al., Trends in Plant Sci., 13, 36-42, (2007)
Kikuchi, K and Kakeya, H., Nature Chem. Biol., 2, 392-394, (2006) 4papers-2006
Oikawa, A.,et al., Plant Physiol., 142, 398-413, (2006)
Shinbo, Y., et al., Biotchnol. Agric. Forestry, 57, 166-181, (2006)
Shinbo, Y., et al., J. Comput. Aided Chem., 7, 94-101, (2006)
since 2004
Web-sites linked to KNApSAcK
(WikiBook) http://en.wikibooks.org/wiki/Metabolomics/Databases
(UC Davis）））） http://fiehnlab.ucdavis.edu/staff/kind/Metabolomics/Structure_Elucidation/
KNApSAcKによるによるによるによるMetabolomics 研究研究研究研究: １１７か国からアクセス１１７か国からアクセス１１７か国からアクセス１１７か国からアクセス
～１００～１００～１００～１００
25

26. ؐ㳀
KNApSAcK Family KNApSAcK Core System
マニュアルマニュアルマニュアルマニュアル
26

27. )
KNApSAcK Keyword Search Web Versionの画面
1.Metabolite(代謝物）を選択する。
2.「 Gibberelin A4 」と入力する。
3.Listボタンをクリックする。
Gibberellin A4
27

28. 炐‫ء‬
Fungi
Bacteria
Plantae
Gibberellin A4
中村建介氏
(前橋工科大学)
との共同研究
28

29. 炐‫ء‬
[2]配合生薬(機能性食品)とヒトの効能の
関係
29

30. 炐‫ء‬
植物の多目的利用データベース
植物の食・薬用利用植物の食・薬用利用植物の食・薬用利用植物の食・薬用利用
30

31. 炐‫ء‬
31
配合配合配合配合 メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクス薬用植物薬用植物薬用植物薬用植物 生理活性生理活性生理活性生理活性機能性機能性機能性機能性 プロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス
植物植物植物植物 ヒトヒトヒトヒト
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
・・・
薬用・食用薬用・食用薬用・食用薬用・食用
知識ベース知識ベース知識ベース知識ベース
メタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスメタボロミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクスプロテオミクス
トランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクストランスクリプトミクス

32. )
Kansai Airport
Kuala Lumpur
Singapore
Jakarta
Bali
8-9 hours
32

33. 炐‫ء‬
私の経験では B
日本日本日本日本の腹痛の腹痛の腹痛の腹痛
インドネシアでの腹痛での腹痛での腹痛での腹痛
日本の生薬日本の生薬日本の生薬日本の生薬
××××
緩和せず緩和せず緩和せず緩和せず
すぐに緩和すぐに緩和すぐに緩和すぐに緩和
徐々に緩和徐々に緩和徐々に緩和徐々に緩和
インドネシア配合生薬インドネシア配合生薬インドネシア配合生薬インドネシア配合生薬
(ジャムウジャムウジャムウジャムウ)
Psidium guajava Psidii Folium 24% (Daun jambu biji: leaf);
Curcuma domestca Curcuma Domesticae Rhizoma 20%
Coix lacrymajobi Coicis Lacrymae-jobii Semen 41% (Biji jali : L. semen);
Terminaliae chebulae Terminaliae Chebulae Fructus 8%
Punica granatum Granati Pericarpium 7% (Kulit delima : percarpium)
Phellodendron amurense (Rutaceae ミカン科）のコルク層を除いた樹皮から抽出)
Curcuma zedoaria（Zingiberaceae ショウガ科）の根茎を通例湯通ししたもの)
Geranium thunbergii（Geraniaceae フウロソウ科）の地上部)
腹痛の地域多様性
33

34. 襀‫؟‬
34
Design of JamuDB(Collaborated with Indonesia Univ. Group)
Herb. Jamu Formula Composition of Herb. KNApSAcK DB
# of Herbs: 1133
# of Jamu: 5310
Dr Afendi
Bogor Agric. Univ.
IPB JAMU DB http://jamu.ipb.ac.id/

35. 襀‫؟‬
漢方配合とインドネシア配合生薬Jamuの比較
KAMPO DB
JAMU DB
Formula Med. PlantGroup
Formula Med. Plant
1,581 fomulas 278 sp.
5,310 fomulas 5,310 sp.
3,363 fm-sp.
25,436 fm-sp.
スケール・フリー
生物種の数
8 種
5 種
5
sp. formula
配合生薬の数
配合生薬の数
生物種の数生物種の数
配合生薬の数
配合生薬の数生物種の数
35

36. ᐠ
36
漢方配合漢方配合漢方配合漢方配合
インドネシアインドネシアインドネシアインドネシア
ジャムウ配合ジャムウ配合ジャムウ配合ジャムウ配合
⊃⊃⊃⊃⊃⊃⊃⊃
地域特異性が高い地域特異性が高い地域特異性が高い地域特異性が高い
Farit Mochamad Afendi, Tetsuo Katsuragi, Akira Kato, Noritaka Nishihara,Kensuke Nakamura, Yukiko Nakamura, Ken
Tanaka, Aki Hirai Morita, Altaf-Ul-Amin, Hiroki Takahashi and Shigehiko Kanaya
Systems Biology Approaches and Metabolomics for Understanding Japanese Traditional Kampo Medicine
Current Pharmacogenomics and Personalized Medicine,, 10, 111-124 111 (2012)

37. ؒ
今後の課題1: LUNCHBOX: 日本人の飽くなき挑戦！
37

38. 襀‫؟‬
9,584 代謝物-活性関係
2,356 代謝物
140 活性カテゴリー
2,963 生物活性
778 対象種
今後の課題2 : Metabolite Activity DB
(二次)代謝物-生物活性関係DB
38
Nakamura, Y. et al. Plant Cell Physiol., 55: e7(1-9). 2014
KNApSAcK metabolite activity database for retrieving the relationships between
metabolites and biological activities

39. ؒ
相同性検索相同性検索相同性検索相同性検索BLASTP
代謝物代謝物代謝物代謝物-生物関係情報生物関係情報生物関係情報生物関係情報
今後の課題3: 二次代謝物生合成DB
Ikeda et al., Plant Cell Physiol.,54: 711-727, 2013
39

40. ؒ
今後の課題4: 代謝物とヒトの健康との関連づけ
40