AJACS advanced: NGSデータベース検索
•
2 likes•1,047 views
第1回 データ解析よろず相談会：AJACS advanced NGSデータベース解析
Recommended
More Related Content
What's hot
Similar to AJACS advanced: NGSデータベース検索
Similar to AJACS advanced: NGSデータベース検索 (20)
AJACS advanced: NGSデータベース検索
- 1. 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 仲里 猛留 Research Organization of Information and Systems (ROIS)Database Center for Life Science (DBCLS), NAKAZATO, Takeru 2015/1/27 @chalkless 第1回 データ解析よろず相談会：AJACS advanced (AJACSa) NGSデータベース検索 遺伝研W412 撮影 可
- 2. 自己紹介
- 3. 3 仲里 猛留名前 なかざと たけるふりがな 所属 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合 データベースセンター Twitter chalkless 詳しくは所属のページをごらんください... 質問などどうぞ http://dbcls.rois.ac.jp/~nakazato/
- 4. 4 Wet浸透圧調節・イオン輸送 イオントランスポーターの クローニング 東工大院・生命理工 阪大院・情報科学 文献情報を利用した マイクロアレイデータの 生物学的知見の付与 99.4 02.4 05.10 08.9 15.1 07.4 NEC バイオIT事業推進センター 文献検索（もどき）ツールの開発 遺伝子（群）への文献情報を用いた アノテーションづけ 07.9 Dry ライフサイエンス 統合データベースセンター 遺伝子、疾患のアノテーション キーワードづけ、用語整備 NGSデータの整理 休眠時代 （部署解体 → 異動） 毎日、PowerPointで営業資料作成 Dry Dry
- 6. 血圧調節 分子生物学っぽく 言ってみる イオン濃度調節 mouse の系 高Na食 or 高K食 変化が見にくい ウナギ 淡水と海水を行き来 （サケ、マスと同じ） SW FW blood urine Anguilla japonica 淡水／海水で遺伝子発現が どうかわるか。 （イオントランスポーター中心） wet時代・ ウナギの海水適応機構
- 8. 8 経時変化 淡水 → 海水 で発現増大 wet時代・ ウナギの海水適応機構
- 9. 9 H2O H2O Na+ Cl- Ca2+ Mg2+ HCO3 - HCO3 - Osm H2O eSult? 腸内 血液 腸細胞 wet時代・ ウナギの海水適応機構 海水適応に伴う浸透圧適応モデル
- 10. ライフサイエンス統合データベースセンター特任助教。博士（情報 科学）。東京工業大学の学部 ･ 修士課程にて魚類の遺伝子研究を行 い、2002 年修了。同年、NEC バイオ IT 事業推進センターに入社し、 遺伝子発現データの解析用ソフトの開発を行う。2007 年同部門の 解体に伴い、現職に転職。2008 年大阪大学情報科学研究科にて博 士号取得。最近は、公共データベース中の NGS データを検索する ウェブサービスを作成。研究活動も行う。 自分の研究用に検索エンジンを作ったら、 世界中のユーザーから反響があった。 大勢の役に立ててうれしかった 仲 里 猛 留 Nakazato Takeru 25www.nature.com/naturedigest ©2014 Nature Japan K.K., trading as Nature Publishing Group. All rights reserved. ワタクシも取材してもらいました （Natureダイジェスト '15年1月号）
- 11. 本題 だんだん
- 12. アンケート
- 14. 本題
- 15. 次世代シーケンサー（NGS） 電気泳動式 キャピラリ式 NGS Next Generation Sequencing → High-Throughput Sequencing ABI社 北海道システム社 750 (base/lane) 48/4 lanes = 9kbase 500 (base/lane) 96 lane = 48kbase 36 (base/seq) 300M seq/run = 10.8Gbase 次世代とか新型とか
- 17. PubMed BLAST
- 21. SRA: Sequence Read Archive ちなみに、昔は Short Read Archive
- 25. JGA (Japanese Genotype-Phenotype Archive) Controlled-access データのアーカイブ
- 27. FASTQ データ @DRR001107.1 GEZQ5FO01EEA7F length=77 GCAACATTCAACACATATGTGTTGAATGTTGCACGACGGNGTG... +DRR001107.1 GEZQ5FO01EEA7F length=77 C@BBBECCECDBBBAAAAA<441111<?@>?=?????44!000... 4行1組 1行目： @ + タイトル 2行目：塩基配列 3行目： + （+ タイトル） 4行目：シーケンスクオリティ + メタデータ = 実験情報 プロジェクト名、生物種、シーケンサー、... × 数千万 数十億
- 28. mappingde novo assemble Quality check データベース検索 Download 自分で 発現量解析 SNP検出ゲノム
- 32. Soleil Hikumo Rouge名前 タイプ ワイナリー ブドウ品種 製造年 生産地 赤で重くないやつ → 中身のクオリティによる足切り 赤 旭洋酒 山梨 ピノノワール＋ベイリーA 2012年 → メタデータによる選択
- 36. 論文からの検索
- 37. 疾患から検索
- 40. NCBI SRA やめます事件 (2011/2/22) http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf11/jf11_ncbi_reprint_sra.html 発現はGEOへ
- 41. BioProject SRA GEO Project Summary Run data Umbrella Project Study Sample Platform Sample Run data Primary Project Exp Run BioSample Sample SRAのデータ構造（最新版） http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html を改
- 43. PMID: 24167589
- 45. mappingde novo assemble Quality check データベース検索 Download 自分で 発現量解析 SNP検出ゲノム
- 46. Statistics ? wt/disease Drug(+/-) microarray Interpretation from biological viewpoint ... k-means raw data (sequence) normalization clustering PCA gene list (cluster) What is biological features? What is relationships to initial conditions? mapping Next generation Sequencing raw data (intensity） No biology!
- 47. Gene Ontology DNA binding androgen receptor binding enzyme binding transcription coactivator activity tubulin binding ubiquitin protein ligase binding ... Molecular Function Biological Process DNA damage response, signal transduction by p53 class media resulting in transcription of p21 class mediator G2 DNA damage checkpoint androgen receptor signaling pathway apoptotic process cellular response to indole-3-methanol chromosome segregation double-strand break repair via homologous recombination positive regulation of DNA repair positive regulation of protein ubiquitination postreplication repair regulation of cell proliferation BRCA1-A complex BRCA1-BARD1 complex gamma-tubulin ring complex Cellular Component Example) BRCA1 (Gene ID: 672) Controlled vocabulary for representing biological features
- 48. GO assign and enrichment analysis http://david.abcc.ncifcrf.gov/ TogoTV (Tutorial movie) http://togotv.dbcls.jp/
- 49. Gene Ontology, ... DNA binding androgen receptor binding enzyme binding transcription coactivator activity tubulin binding ubiquitin protein ligase binding ... Molecular Function Biological Process DNA damage response, signal transduction by p53 class mediato resulting in transcription of p21 class mediator G2 DNA damage checkpoint androgen receptor signaling pathway apoptotic process cellular response to indole-3-methanol chromosome segregation double-strand break repair via homologous recombination positive regulation of DNA repair positive regulation of protein ubiquitination postreplication repair regulation of cell proliferation regulation of transcription from RNA polymerase II promoter regulation of transcription from RNA polymerase III promoter BRCA1-A complex BRCA1-BARD1 complex gamma-tubulin ring complex nucleus protein complex Cellular Component Example) BRCA1 (Gene ID: 672) No information on diseases and anatomy
- 50. MeSH terms 50 Medical Subject Headings > 23,000 terms Controlled vocabulary 15 categories Disease, Drugs, Anatomy, ... Gene MeSH Article
- 51. MeSH keywords related to BRCA1 51 Example) BRCA1 (Gene ID: 672) Breast Neoplasms Ovarian Neoplasms BRCA1 Protein Tumor Suppressor Proteins Rad51 Recombinase Breast Chromosomes, Human, Pair 17 0 0 0 5.91 × 10-136 1.66 × 10-54 1.52 × 10-43 9.03 × 10-23 Disease Chemicals and Drugs Anatomy MeSH Terms Category p-value
- 52. Differences and similarities between type 1/2 diabetes 52 MeSH keywords type1 diabetes type2 diabetes 10e-10 10e-09 10e-08 10e-07 10e-06 10e-05 10e-04 10e-03 10e-02 0.05 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 0.75 1 p-value Category Diseases Chemicals and drugs Anatomy Diabetes Mellitus Diabetes Mellitus, Type 1 Diabetes Mellitus, Type 2 Autoimmune Diseases Insulin Resistance Obesity Insulin Adiponectin Pancreas Spleen Adipocytes
- 53. Implementation 53 http://gendoo.dbcls.jp/ Reference: Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary. Nucleic Acids Res, 37 (Suppl. 2), 2009. PMID: 19498079