This is a graphical manual of AutoDock & AutoDockTools in Japanese. Autodock is a molecular docking simulation software.

1. 120816 version 1.0
AutoDock 4.2 & MGLTools
on Mac OSX
Provided by
Satoshi Kume & Masatoshi Nakatsuji
Osaka Prefecture University

2. 1. AutoDock4 (http://autodock.scripps.edu/)とMGL Tools
(http://mgltools.scripps.edu/)をダウンロードする。
AutoDock4
MGL Tools

3. 2. MGL ToolsのAutoDock Toolsを起動する (ダブルクリック)。
この画面が表示される

4. 3. PBD fileの取得
Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)
PDB IDまたはkeywordを入力
PDB Fileのダウンロード

5. 4. Ligand fileの取得
① Protein Data Bankから取得
② PubChem ~ CORINA Compound nameを入力
1. PubChemでSMILEを取得する
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Online Demo CORINA
3. PDB fileのダウンロード
SMILEからPDB fileへの変換
SMILEの入力
SmileをCORINAに投げる。
http://www.molecular-networks.com/node/84

6. 5. ProteinとLigandのPDBファイルからPDBQTへ変換する。
PDBQTファイルは、原子電荷とTorsionの定義を付け加えたPDBファイルである。
Process for Protein
① File → Read Molecule → Open PDB file (Check Ribon.)
② Edit → Hydrogens → add → Polar only → OK. ②
③ Edit → Charges → Compute Gasteiger → OK
(④ Edit → Hydrogens → Merge Non-Polar)
(⑤ Edit → Atoms → Assign AD4 type)
⑥ File → save → Write PDBQT (or Grid → Macromolecule
→ Choose 同じPDB file → Save PDBQT)
⑦ Edit → Delete → All molecules
① PDB Fileの表示

7. ③ ④ ⑤
⑥
⑦

8. Process for Ligand
① Ligand → input → open Ligand PDB File
② Ligand → Torsion Tree → Direct Root
③ Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions → Done
④ Ligand → Output → save as PDBQT
⑤ Edit → Delete → All molecules
①
PDB Fileを呼び出す
②

9. ③
最大３２個まで回転可能
④
回転箇所の確認
PDBQT Fileとして保存

10. 6. GridBoxを設定する。
① Grid → Micromolecules → Open PBDQT file
② Grid → Set Map Types → Open ligand PDBQT file
③ Grid → Grid Box → Grid Boxの設定 → File → close saving current
④ Grid → output → Save GPF
①
Protein Fileの表示
②
Ligand Fileの表示

11. ③
Grid Boxの
大きさ変更 Grid BoxのSave
④
Grid Boxの
位置変更
GPF Fileの保存

12. 7. Run AUTOgrid
※ PDBQTとGPF Fileを同じフォルダにおく。
① RUN → AUTOgrid4
② Program Pathname → universal darwin10のAUTOgrid4を選択
③ Parameter Filename → gpf file
④ Log Filename → glg file
⑤ ターミナルを起動 → bashを起動する。
⑥ PDBQTのあるFileまで移動して、CMDコードを貼付け、Enter。Map fileができる。
⑦ Edit → Delete → All molecules
①
② autogrid4を選択する
③ GPF fileを選択する
④ Nameを付ける
⑤ CmdをCopyする

13. ⑤
bashと入力する
% ls: 現在のフォルダを表示
% cd: フォルダの移動
% cd AAA*: AAAから始まる
実行Fileがあるフォルダへ移動
PDBQTとGPFがあるフォルダに移動する
⑥ CmdをCopy&Pasteして、Enter。
※ 1 分ぐらいで完了する。
⑦
PDBQT fileを消す

14. 8. Dockingパラメータを設定する。
① Docking → Macromolecules → Set Rigid Filename → PDBQT File of Protein
② Docking → Ligand → Open PDBQT File of ligand → Accept
③ Docking → Search Parameters → Genetical Algoritm Parameters
→ Number of GA Runs ≥ 200, Maximum Number of generation: 270000 → Accept
④ Docking → Docking Parameters → Accept
⑤ Docking → Output → Lamarckian GA
①
Rigid Protein Fileの
読み込み
②
Ligand FileのDocking

15. ③
④
⑤

16. 9. RUN AutoDock4
① Run → Run AUTODOCK4
② Program Pathname → Browse → universal darwin10 → AUTODOCK4を選択
③ Parameter Filename → DPF File
④ Log Filename → DLG File
⑤ ターミナルの起動 → Bashに変更 → 実行フォルダに移動
⑥ CMD codeの貼付け → Enter
⑦ ユーティリティ → アクティビティモニタ → Autodockの動作確認
※ MGL Tools、及びX11は消しても大丈夫。
①
②
③
④
⑤

17. 10. Analysis of AutoDock Data
① Analyze → Dockings → Open DLG file
② Analyze → Macromolecule → Open PDBQT file of Protein
③ Analyze → Clusterings → Show → Docking Parameter表示
④ Analyze → Dockings → Show Interactions → for all residuesにチェック
⑤ Docking Parameterの各グラフをダブルクリックでDocking表示
※ .dlg fileをテキストエディットで表示することで各Docking結果を表示可能
(rankで検索，2個目)
①
Ligand .dlg file
の読み込み
②
Protein .pdbqt file
の読み込み

18. Docking
③ Parameterの表示
④
11. DLG fileをPDB fileへ変換
① ターミナル起動 → docking fileのあるディレクトリへ移動 (% cd)
② % grep ‘^DOCKED’ XXX.dlg | cut -c9- > XXX.pdbqt
③ % cut -c-66 XXX.pdbqt > XXX.pdb # XXXは任意のファイル名
④ Pymol上でProteinとLigandのPDB fileを開き，重ね合わせる
補足: % less XXX.dlg # DLG file内をターミナル上で表示するコマンド