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120704 ver. 1.0                                             Presented by Satoshi Kume, Osaka Pref. Univ.                  ...
5. GridBox を 設 定 す る 。  Grid → Micromolecules → Open PBDQT file  Grid → Set Map Types → Open ligand PDBQT file  Grid → Gri...
9. Docking Data Analysis  AutoDock Tools) Analyze → Docking → Open DLG file  Open PDBQT file of Protein  Analyze → Cluster...
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AutoDock_doc_japanese_ver.1.0

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This is a manual of AutoDock & AutoDockTools in Japanese. Autodock is a molecular docking simulation software.

AutoDock & AutoDockToolsに関する日本語マニュアルです。Autodockは、主にタンパク質-低分子化合物の複合体予測を行うソフトウェアです。

Published in: Education, Technology
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AutoDock_doc_japanese_ver.1.0

  1. 1. 120704 ver. 1.0 Presented by Satoshi Kume, Osaka Pref. Univ. How to use AutoDock 4.2 on Mac1. Auto Dock (http://autodock.scripps.edu/)と MGL Tools (http://mgltools.scripps.edu/)を ダウンロードする。2. MGL Tools の AutoDock Tools を 起 動 す る 。3. Protein Data Bank(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)よ り PBD フ ァ イ ル を 取 得 す る 。3. Protein と Ligand の PDB フ ァ イ ル か ら PDBQT へ 変 換 す る 。 PDBQT ファイルは、原子電荷と Torsion の定義を付け加えた PDB ファイルである。a. Process for Protein File → Read Molecule → Open PDB file (Check Ribon.) Edit → Hydrogens → add → Polar only → OK. Edit → Charges → Compute Gasteiger → OK (Edit → Hydrogens → Merge Non-Polar) (Edit → Atoms → Assign AD4 type) File → save → Write PDBQT (or Grid → Macromolecule → Choose 同じ PDB file → Save PDBQT) Edit → Delete → All moleculesb. Process for Ligand Ligand → input → open Ligand PDB File Ligand → Torsion Tree → Direct Root Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions → Done Ligand → Output → save as PDBQT Edit → Delete → All molecules4. Protein の flexible residues を 設 定 す る 。 Flexible Residues → Input → Open PDBQT file flexible にしたい Amino acid residues の Sel.(select)を選択する(less than 32 residues)。 flexible Residues → Choose Torsions in Currently Selected → Residues → OK flexible Residues → Output → Save Flexible PDBQT or Save Rigid PDBQT Edit → Delete → All molecules 1
  2. 2. 5. GridBox を 設 定 す る 。 Grid → Micromolecules → Open PBDQT file Grid → Set Map Types → Open ligand PDBQT file Grid → Grid Box → Grid Box の設定 → File → close saving current Grid → output → Save GPF6. Run AUTOgrid すべて同じ File 内で行う。 RUN → AUTOgrid4 Program Pathname → universal darwin10 の AUTOgrid4 を選択 Parameter Filename → gpf file Log Filename → glg file ターミナルを起動 → bash を起動する PDBQT のある File まで移動して、CMD コードを貼付け、Enter Map file ができる。 Edit → Delete → All molecules7. Docking パ ラ メ ー タ を 設 定 す る 。 Docking → Macromolecules → Set Rigid Filename → PDBQT File of Protein Docking → Ligand → Open PDBQT File of ligand → Accept Docking → Search Parameters → Genetical Algoritm Parameters → Number of GA Runs ≥ 200, Maximum Number of generation: 270000 → Accept Docking → Docking Parameters → Accept Docking → Output → Lamarckian GA8. RUN AUTODOCK4 RUN → RUN AUTODOCK4 Program Pathname → universal darwin10 の AUTODOCK4 を選択 Parameter Filename → dpf file Log Filename → dlg file ターミナルを起動 → bash を起動する PDBQT のある File まで移動して、CMD コードを貼付け、Enter アクティビティモニタで Autodock の動作を確認。 MGL Tools、及び X11 は消しても大丈夫。 2
  3. 3. 9. Docking Data Analysis AutoDock Tools) Analyze → Docking → Open DLG file Open PDBQT file of Protein Analyze → Clustering → Show (Xterm → cd file → less DLG file → /Rank → /number / → control + Z)10. Pymol で の Docking フ ァ イ ル の 作 成 ~ dlg フ ァ イ ル を pdb フ ァ イ ル へ 変 換 ~ Terminal) cd docking file Terminal) grep ^DOCKED ???.dlg | cut -c9- > ???.pdbqt Terminal) cut -c-66 ???.pdbqt > ???.pdb Terminal) less ???.dlg Pymol) File → Open PDB file of Ligand Docking Pymol) File → Open PDB file of Protein追記11. リ ガ ン ド pdb フ ァ イ ル の 作 製⑴Chemskech software でリガンドの化学構造式を作製する。 Tools → 3D …. File → Export → save .mol file Open .mol file by Chimera → save as a pdb file⑵ Pubchem の SMILE から PDB file の作製Pubchem でリガンドの SMILE をコピーして、CORINA demo に Submit する。CORINA (http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo)⑶ Pubchem の sdf file から PDB file の作製リガンドの sdf file をダンロードして、Chimera で pdb file に変換する。12. Pubchem の SMILE か ら logP 計 算ALOGPS にリガンドの SMILE をペーストして、Submit する。logP や pKa などが計算される。http://www.vcclab.org/lab/alogps/ 3

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