สถาบันอุดมศึกษาเป็นองค์กรที่มีความสลับซับซ้อนสูง ประกอบไปด้วยกิจกรรมที่แตกต่างจากองค์กรอื่นๆ เป็นอย่างมาก มีรูปแบบการบริหารสินทรัพย์และบุคลากรที่มีลักษณะเฉพาะ เนื่องจากการจะสร้างประดิษฐกรรมและงานวิจัยชั้นดีออกมาได้ ผู้ปฏิบัติงานต้องมีเสรีภาพในการสร้างสรรมากพอ ผู้บริหารต้องมีลักษณะของเพื่อนร่วมงาน หรือต้องให้เกียรติเพื่อนร่วมงานมากกว่าระบบการสั่งงานตามสายการบังคับบัญชาทั่วไป ในขณะเดียวกัน ผลผลิตของสถาบันอุดมศึกษามีความหลากหลายกันไปจนยากที่จะประเมินด้วยการทดสอบมาตรฐานเพียงชนิดเดียว อีกทั้งการปฏิบัติต่อนักศึกษาก็มีลักษณะพิเศษ เพราะนักศึกษามีทั้งสถานะของลูกค้าผู้ใช้บริการและอยู่ในสถานะของผลิตภัณฑ์ที่เป็นผลผลิตของสถาบันอุดมศึกษาเอง หากมุ่งแต่จะเอาใจนักศึกษาในฐานะลูกค้าก็อาจจะนำไปสู่บัณฑิตหรือผลผลิตด้อยคุณภาพซึ่งไปทำร้ายสังคมและประเทศชาติอันเป็นลูกค้าและผู้ใช้บริการของสถาบันอุดมศึกษาในระดับมหภาค ในขณะเดียวกัน หากมุ่งแต่จะเอาใจรัฐซึ่งเป็นผู้ดูแลกฏหมายที่บังคับใช้กับสถาบันอุดมศึกษาและเป็นผู้จัดสรรงบประมาณให้แก่สถาบันอุดมศึกษา ก็อาจจะละเลยต่อการวิพากษ์การปฏิบัติที่ไม่ถูกต้องของรัฐ จนกระทั่งทำให้เกิดผลเสียหายในระยะยาวของประเทศชาติ การประเมินสมรรถนะสถาบันอุดมศึกษาควรเริ่มด้วยการจำแนกประเภท ศึกษาวัตถุประสงค์ เป้าหมายในการก่อตั้ง ปรัชญา วิสัยทัศน์ และพันธกิจของแต่ละมหาวิทยาลัย เพื่อแสวงหารูปแบบการประเมินสมรรถนะที่เหมาะสมสอดคล้องกับเป้าหมายของสถาบันอุดมศึกษา (fitness for purpose) และการประเมินนั้นควรจะเป็นไปเพื่อการพัฒนาขีดสมรรถนะของตัวมหาวิทยาลัยเอง